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70
Estratégias de replicação vírica
•
EBR
-
Genética
Molecular
-
FFUP
SARS - COVID19
• tipos de genomas víricos
- DNA (3 a 200 Kb) de cadeia simples ou dupla
- RNA (7 a 20 kb) de cadeia simples ou dupla
- genomas podem ser circulares ou lineares
- não há formas víricas de DNA segmentado (exceto nas plantas)
- não há formas víricas de RNA circular (nos eucariotas)
- produção de proteínas estruturais e enzimas
- replicação do genoma vírico (dsDNA, ssDNA, dsRNA, ssRNA)
Incomplete double stranded
•
EBR
-
Genética
Molecular
-
FFUP
71
• classificação dos vírus (Baltimore)
- feita com base na composição dos genomas e na via pela qual se forma o mRNA
72
•
EBR
-
Genética
Molecular
-
FFUP
- esta nomenclatura descreve a configuração do genoma de cadeia simples dos vírus,
quer sejam de RNA ou de DNA
RNA
replicase
Transcriptase
reversa
transcriptase
Transcriptase
reversa
• estratégias
de replicação
* replicação: - ocorre no núcleo da célula hospedeira
- exceção: poxvirus (DNA), poliovirus (RNA) e reovirus (RNA) no citoplasma
* RNA replicase: existe nas proteínas da cápside e sintetiza RNA(-) a partir de RNA(+)
* transcriptase: sintetiza mRNA a partir de RNA (-)
* transcriptase reversa: sintetiza DNA de cadeia dupla a partir de RNA
•
EBR
-
Genética
Molecular
-
FFUP
73
- por convenção, o mRNA tem
a configuração mais (+)
- o seu complementar tem a
configuração menos (-)
- vírus com genoma de RNA
de cadeia simples com a
mesma orientação que o
mRNA corresponde um
vírus de RNA de cadeia
positiva (+)
- a replicação de um vírus com cadeia (+) requer a síntese de cadeia (-) para formar mais cadeias (+)
RNA
replicase
transcriptase
Transcriptase
reversa
74
* DNA víricos
- codificam para mRNAs monocistrónicos
- promotores de transcrição para todos os genes
- requerem a formação de um primer
- splicing alternativo (mRNAs sempre com as mesmas extremidades-5’)
Adenovirus
* RNAs víricos
- clivagem proteolítica: síntese de poliproteínas e posterior digestão com protease
em múltiplas proteínas
- genomas segmentados: vários genomas de RNA em cada um codifica para uma ou
mais proteínas
- “nested mRNAs”: mRNAs com extremidades-3’ iguais e extremidades-5’ diferentes
que codificam para proteínas específicas
- síntese sequencial: síntese de uma unidade longa de RNA (+) que depois é separada
em mRNAs para cada proteína, por clivagem ou terminação
• estratégias de replicação
Coronavirus
(SARS)
•
EBR
-
Genética
Molecular
-
FFUP
• vírus de DNA de cadeia dupla
- usam a RNA polimerase celular para a síntese do mRNA (excepto os poxvirus)
- codificam para proteínas da cápside e as necessárias para a replicação dos seus
genomas
• vírus de DNA de cadeia simples (-) ou (+)
- codificam para as proteínas da cápside
- usam os sistemas de replicação e de transcrição da célula hospedeira
• vírus de RNA(+)
- RNA+ funciona logo depois da infeção como mRNA
- RNA(+) tem cauda polyA a 3’ e modificações a 5’ semelhantes às observadas no mRNA dos eucariotas
- codificam para enzimas que podem replicar o RNA através de um intermediário de cadeia (-)
• vírus de RNA(-)
- RNA(-) serve de molde na síntese de mRNA por acção da transcriptase vírica (RNA polimerase) do virião
logo após a infeção
• vírus de RNA de cadeia dupla
- codificam para enzimas que se encontram no virião capazes de sintetizar mRNA a partir deste tipo de molde
• retrovírus
- a cadeia de RNA (+) serve primeiro de molde para a síntese de DNA de cadeia dupla, através da transcriptase reversa, que se
integra no genoma do hospedeiro e serve como molde para a transcrição de +mRNA
• vírus da Hepatite B
- possuem genomas com uma cadeia de DNA(-) completa e uma cadeia de DNA(+) incompleta
- após infeção, a DNA polimerase completa a cadeia (+), forma-se uma cadeia de DNA dupla e ocorre transcrição do mRNA
• estratégias de replicação
•
EBR
-
Genética
Molecular
-
FFUP
75
- Classe I - DNA de cadeia dupla com proteínas
ligadas covalentemente nas
extremidades (adenovirus)
- DNA de cadeia dupla circular
(simian virus 40 -SV40-)
- DNA de cadeia dupla (herpes e  T4)
- DNA de cadeia dupla e
extremidades seladas (poxvirus)
• classificação dos vírus (Baltimore)
76
•
EBR
-
Genética
Molecular
-
FFUP
• virus com DNA de cadeia dupla (dsDNA)
- contêm genoma dsDNA
- a maioria dos vírus dsDNA replicam seus genomas no núcleo da célula
- usam a maquinaria de síntese de DNA e RNA do hospedeiro
Adapted from D. R.
Harper. Molecular
Virology, Second
Edition. BIOS
Scientific Publishers,
1999.
•
EBR
-
Genética
Molecular
-
FFUP
77
- dsDNA linear 130-375Kb
covalentemente seladas nas extremidades
com sequências repetidas
- (10Kb) associadas à replicação
- codifica para 150-300 proteínas
- regiões codificantes estão espaçadas, mas não tem intrões
- regiões codificantes nas duas cadeias do genoma
• replicação na classe I
* poxvirus: (varíola)
- replica-se no citoplasma
- é o único que codifica para a
sua RNA polimerase
•
EBR
-
Genética
Molecular
-
FFUP
78
• poxvirus
1. entrada na célula e remoção do
core (mecanismo não conhecido)
2-5. síntese de mRNA iniciais,
proliferação celular e supressão da
resposta imune do hospedeiro
6-9. síntese de DNA para
empacotamento e como molde
para expressão de genes
intermediários que depois
especificam fatores da expressão
génica tardia
10-18. transcrição e tradução de
proteínas estruturais víricas,
partículas que se reúnem no Golgi e
libertação de virião na células
lisada ou infeção da células
adjacentes
•
EBR
-
Genética
Molecular
-
FFUP
79
PNAS 101, 11178–11192 , 2004
- expressão e replicação do genoma
circular é feita no núcleo
- utiliza as polimerases celulares
- região inicial
* proteínas T (20 e 90 kDa) requeridas
para o início da replicação
- região tardia
* codifica para as proteínas da
cápside (VP1,VP2 e VP3)
que se formam por splicing
alternativo de RNAs sobrepostos
•
EBR
-
Genética
Molecular
-
FFUP
- região de regulação
* contém local de origem de replicação, promotores e reguladores de expressão
* a origem serve para iniciar a replicação do DNA e para a transcrição feita pela
RNA Polimerase II
• classe I: SV40 (vesicular stomatitis virus)
80
•
EBR
-
Genética
Molecular
-
FFUP
• T grande liga-se à ori, regula a sua
própria produção, a replicação do
DNA e ativa a transcrição de mRNAs
tardios
• a expressão do antigénio T na
ausência de infeção viral leva à
transformação celular e formação de
tumores em animais
81
• eventos na transformação de células por um polyomavirus, SV40 (cancro)
•a expressão do antigénio T na
ausência de infeção viral leva à
transformação celular e formação
de tumores em animais
• herpes viruses (classe I)
- são grandes vírus de DNA de cadeia dupla
DNA viral que circulariza e é replicado por
um mecanismo de círculo rolante
•
EBR
-
Genética
Molecular
-
FFUP
82
- causam uma variedade de
doenças e podem manter-se
em estado latente no
hospedeiro para sempre,
iniciando a replicação viral
periodicamente
- replicação é no núcleo, utiliza
splicing alternativo, genes
sobrepostos e as duas cadeias de
DNA para maximizar o uso do seu
genoma
• adenovirus (classe I)
•
EBR
-
Genética
Molecular
-
FFUP
- início da replicação requer primers e
proteínas activadoras (das extremidades)
- evita a síntese da cadeia lagging
83
• adenovirus (hepatites, conjuntivites, pneumonia, gastroenterites)
•
EBR
-
Genética
Molecular
-
FFUP
84
• ssDNA viruses (classe II)
Adapted from D. R. Harper. Molecular Virology,
Second Edition. BIOS Scientific Publishers, 1999.
•
EBR
-
Genética
Molecular
-
FFUP
erythema infectiosum
85
Rep Cap
- 5 kb ssDNA, inverted terminal repeats (ITR)
- Rep gene requerido para a replicação
- Cap gene codifica para proteínas da cápside
• replicação na classe II
•
EBR
-
Genética
Molecular
-
FFUP
86
- eritema infecioso
- podem ter cadeias (+) ou (-), em viriões separados, e fazem da
síntese da cadeia dupla à custa das DNA polimerases de células
em crescimento
- codificam para as proteínas da cápside por tradução de mRNAs
formados por splicing alternativo
- multiplicam-se: na presença de vírus mais complexos (adenovirus) em células
com proliferação rápida (células sanguíneas e tumorais) From Medical Microbiology,
5th ed., Murray, Rosenthal,
Kobayashi & Pfaller, Mosby
Inc., 2002,
* Parvovirus (sistema linfático, respiratório e gastrointestinal)
* fagos M13 e ΦX174
- DNA de cadeia simples circular
- replicação por formas replicativas (RFs)
• replicação na classe II
•
EBR
-
Genética
Molecular
-
FFUP
mRNA is read
twice by
ribosomes,
once for A
and second
for A*
87
- após a infeção, a molécula de DNA do M13 de
cadeia simples é convertida na forma replicativa
(RF) de cadeia dupla
- o RF replica para produzir várias cópias de si mesmo
- moléculas de cadeia simples são sintetizadas por
replicação de círculos rolantes e usadas na
montagem do novo M13
transcrição
•
EBR
-
Genética
Molecular
-
FFUP
• replicação em vírus com DNA de cadeia simples
3’_ GACGUACAUAUGGGGCAUGCAGAAGGGCUCGCUUUUGCUAGUCG _ 5’
transcrição
RNA antisense
RNA sense
88
•
EBR
-
Genética
Molecular
-
FFUP
• replicação através de formas replicativas (RFs)
- ocorre em certos vírus
de cadeia de DNA
simples: M13, X174
- cadeia de DNA (+) serve
de molde para sintetizar
cadeia de DNA (-) 
DNA de cadeia dupla
(RF I)
- proteína A (codificada
pelo genoma do vírus)
corta o DNA no local
de origem de replicação
e o DNA da forma (RF II)
e liberta genomas de
cadeia simples
- proteína Rep = helicase
89
• replicação na classe II cleaves the plus
strand of the RF
- todos os fagos com proteína A (incluindo
Φ174) não matam as células hospedeiras
- estes vírus são ferramentas muito úteis
para sequenciar DNA e fazer estudos de
engenharia genética
•
EBR
-
Genética
Molecular
-
FFUP
90
• dsRNA viruses (classe III)
- contêm genomas
segmentados por dsRNA
- RNA polimerase viral
dependente do RNA viral
Adapted from D. R. Harper. Molecular Virology, Second
Edition. BIOS Scientific Publishers, 1999.
•
EBR
-
Genética
Molecular
-
FFUP
91
• replicação na classe III
* reovirus
- RNA de cadeia dupla em 10 segmentos
- codificam para a transcriptase e RNA polimerase
- replicam-se no citoplasma
- fazem mRNA a partir da cadeia (-)
- pré-core: * estrutura que contém as cadeias de RNA(+)
* a síntese da cadeia dupla de RNA pela polimerase dentro do pré-core
Modified from Flint et al.,
Principles of Virology 2nd Ed., ASM
Press
Virion
Infectious subviral
particle (ISVP)
Core
Electron micrograph
RdRp
Methyltransferase,
guanylyltransferase
Helicase NTPase
Core
Core
turret
Core Core
Outer
capsid
Non-
struct.
Non-
struct.
Outer
capsid
Core
Outer
capsid
Membrane
penetration
Attachment
Assembly?
Subcellular
localization
One copy of each dsRNA per particle
•
EBR
-
Genética
Molecular
-
FFUP
92
Os reovírus replica-se no citosol das células infectadas; depois da entrada na membrana celular, os núcleos
virais começam a transcrever os 10 segmentos do genoma viral dsRNA, sendo cada um transcrito num mRNA
independente pela transcriptase vírica; os 10 segmentos do genoma viral codificam 12 proteínas (8
estruturais e 4 não estruturais); a proteína não estrutural mNS forma a matriz das fábricas virais onde novos
núcleos se reúnem e começam ciclos secundários de transcrição, sendo o material genómico revestido com as
proteínas da cápsíde (m1, s3 e s1) para formar viriões que são liberados após a lise celular
• replicação na classe III: reovírus
•
EBR
-
Genética
Molecular
-
FFUP
93
• +ssRNA viruses
(classe IV)
- contêm genomas (+)
não segmentados de
ssRNA
- o RNA na partícula de
vírus funciona como
mRNA viral e é
reconhecido pela
maquinaria de
tradução celular
- têm uma RNA
dependente de
polimerase RNA viral
para replicar o genoma
(+) em (-)
Adapted from D. R. Harper. Molecular
Virology, Second Edition. BIOS Scientific
Publishers, 1999.
•
EBR
-
Genética
Molecular
-
FFUP
94
• replicação na classe IV
•
EBR
-
Genética
Molecular
-
FFUP
- genoma de RNA (+) que funciona como mRNA na fase inicial da infeção
- não modificam os mRNAs celulares, mas afetam a sua síntese e bloqueiam o
início da síntese proteica 95
• +ssRNA viruses
•
EBR
-
Genética
Molecular
-
FFUP
96
- a replicação é iniciada através da
tradução do poli-RNA(+) numa
poliproteína precursor, a NCVP
(240 kDa)
- é clivada nos locais “nascent
cleavages” (3’-OH) e forma as
proteínas víricas VPO (VP4 e VP2),
VP3 e VP1 da estrutura pró-vírica
- a região carboxílica contém as
proteínas necessárias para a
replicação
* VPg: associada à formação do primer
* RNA polimerase-RNA protease
dependente: cliva resíduos de
glutamina-glicina da poliproteína
• +ssRNA viruses (classe IV)
•
EBR
-
Genética
Molecular
-
FFUP
- o RNA e a síntese proteica do
hospedeiro são inibidos
quando a replicação começa
- é feita por intermediários
replicativos
- as cadeias (-) servem de
molde para síntese de novas
cadeias (+)
- as novas cadeias (+) servem:
* molde para a síntese de
novas cadeias (-)
* mRNA para a síntese de
proteínas
* genomas dos novos
viriões
97
* patogénese
- entrada pela boca
- ligação a CD155 poliovirus receptor (PVR)
- replicação na faringe, trato gastrointestinal e
SN
- atinge os vasos linfáticos, fibras nervosas e
SNC
- destruição dos neurónios motores
- paralisias e asfixia
• poliovirus (classe IV)
•
EBR
-
Genética
Molecular
-
FFUP
98
• togavirus (classe IV)
- genoma dicistrónico
- cistrão a 5’codifica
para a replicase vírica
- cistrão a 3’ codifica
para o precursor das
proteínas víricas
•
EBR
-
Genética
Molecular
-
FFUP
99
• togavirus (rubéola) * rubéola
- infeção durante o primeiro trimestre
* síndrome de infeção congénita:
- cataratas
- defeitos cardíacos (CAP)
- microcefalia
- atraso mental
- surdez
•
EBR
-
Genética
Molecular
-
FFUP
100
• coronavirus (classe IV)
•
EBR
-
Genética
Molecular
-
FFUP
- genoma com nested mRNAs
* síntese de mRNAs sub-genómicos
(SG) a partir de RNA (+) permite a
expressão diferencial de genes
virais específicos
* as sequências de RNA são mais curtas
(sub-genómicas) do que o RNA
genómico
* as sequências comuns a 3', mas por
vezes são co-terminais a 5'
* sete cistrões distintos
101
• coronavirus (infeções respiratórias)
•
EBR
-
Genética
Molecular
-
FFUP
Carlo Urbani identified SARS
as new disease
102
103
• COVID-19
- SARS-CoV-2
- genoma ORF1a (beije), ORF1b (azul), que codificam 16 proteínas não estruturais (NSP1- NSP16)
- NSPs são processados para formar um complexo de replicação-transcrição que está envolvido na
transcrição e replicação do genoma
- NSP12 codifica para RNA polimerase dependente de RNA (RdRp)
- NSP15 codifica para RNA helicase
- genes estruturais codificam as proteínas estruturais espícula (S), envelope (E), membrana (M) e
nucleocapsíde (N) (verde)
- proteínas acessórias (cinza) são exclusivas do SARS-CoV-2 em termos de número, organização
genómica, sequência e função
Pathogens 9(5), 331, 2020
•
EBR
-
Genética
Molecular
-
FFUP
• ssRNA viruses (classe V)
- genomas de ssRNA
segmentados o e
não-segmentados
* - contem uma
RNA-dependente da
RNA polimerase
vírica
Adapted from D. R. Harper. Molecular Virology,
Second Edition. BIOS Scientific Publishers, 1999.
•
EBR
-
Genética
Molecular
-
FFUP
• VSV (vesicular stomatitis virus):
- genoma RNA(-) não segmentado
- serve de molde para a síntese
de mRNA pela transcriptase vírica
• replicação na classe V
•
EBR
-
Genética
Molecular
-
FFUP
(sarampo)
- genoma RNA(-) não
segmentado
- serve de molde para a
síntese de mRNA pela
transcriptase vírica
• VSV (vesicular stomatitis virus):
•
EBR
-
Genética
Molecular
-
FFUP
* nos animais: encefalites,
mastites e estomatites
* em humanos: sintomas
semelhantes aos da gripe
- proteína N necessária
para ativar RNA (-)
controla a replicação
(N alta) e transcrição
(N baixa)
- 13 kb genoma dividido em 8 (-) segmentos de ribonucleoproteínas em esferas
de 100nm envolvidos por NP (nucleocapside protein)
- replicação no núcleo e reunião no citoplasma
• influenza A
•
EBR
-
Genética
Molecular
-
FFUP
• influenza A
- passa de pessoa a pessoa por aerossol, direta ou
indiretamente (não há vetores), animais de criação
e aves
- causa dores de cabeça, mialgias, febre, tosse
- período de incubação: 1-3 dias
- sintomas: 2-7 dias (intensidade depende da
espécie vírica)
- espécies descritas de acordo com a
antigenicidade:
* HA: Hemaglutinina (H)
- 15 subtipos diferentes
- fator de virulência mais importante
- liga-se às células hospedeiras
* NA: Neuraminidase (N)
- 9 subtipos
- hidrolisa a mucosa
- auxilia no desenvolvimento e
e libertação viral
•
EBR
-
Genética
Molecular
-
FFUP
• influenza A
• Currently 15 HA (1-15) and 9 NA (1-9) described
– 1918 “Spanish flu” pandemic - H1N1 (~50 million mortality)
– 1957 “Asian flu” epidemic - H2N2
•
EBR
-
Genética
Molecular
-
FFUP
- pandemia é
uma epidemia
de doença
infeciosa que se
espalha entre a
população
localizada numa
grande região
geográfica
(continente)
- epidemia
caracteriza-se
pela incidência,
em curto
período de
tempo, de
grande número
de casos de
uma doença
• influenza A
• Currently 15 HA (1-15) and 9 NA (1-9) described
- 1968 “Hong Kong flu” pandemic - H1N2
- 1977 “swine flu” epidemic - H1N1 (Russion flu)
- 1999 current threat is H5N1, similar to 1918 strain (high mortality ~50%)
- 2009 swine origin- H1N1
* made up of genes from pigs, birds, and humans
Influenza A H5N1 virus Vaccinating ducks
0.5 µm
•
EBR
-
Genética
Molecular
-
FFUP
• ss/dsDNA viruses (using an RNA intermediate) classe VII
• virus possui a sua própria transcriptase reversa
• dsDNA entra no núcleo e forma um epissoma
(DNA integrado no cromossoma do
hospedeiro)
Adapted from D. R. Harper. Molecular Virology, Second Edition.
BIOS Scientific Publishers, 1999.
•
EBR
-
Genética
Molecular
-
FFUP
111
* hepadnavirus
- cadeia DNA (-) completa
- cadeia de DNA (+) incompleta
- DNA polimerase vírica, presente
na nucleocápside completa
a cadeia de DNA (+)
- o RNA molde para a síntese de
cadeias de DNA(-) completas ou pré-genoma
• replicação na classe VII
•
EBR
-
Genética
Molecular
-
FFUP
112
• Hepadnavirus (classe VII)
* ciclo de infeção
1-4. vírus entra via recetores dos
hepatócitos; material genómico
entra no núcleo e o DNA é
completado
5-6. síntese do pré-genoma e transcritos
sub-genómicos que depois são
exportados para o citoplasma
7-9. tradução de proteínas de superfície
e proteínas a partir de pequenos
RNAs; as proteínas da cápside e a
polimerase (TR - transcriptase
reversa) transcritas a partir do pré-
genoma
10-11. empacotamento do pré-genoma
com a TR e posterior síntese de DNA
12. infeção inicial e direcionamento do DNA para o núcleo
13-15. reunião da partícula, aquisição da membrana e saída
•
EBR
-
Genética
Molecular
-
FFUP
mRNAs subgenómicos: alguns genomas virais possuem duas ou mais ORFs que pela RNA polimerase RNA-dependente forma
RNAs com a mesma sequência a 3’ e com sequências a 5' diferentes
113
• Hepadnavirus (classe VII)
•
EBR
-
Genética
Molecular
-
FFUP
114
• viruses with ssRNA genomes that use a dsDNA
intermediate to replicate (classe VI)
Adapted from
D. R. Harper.
Molecular
Virology,
Second
Edition. BIOS
Scientific
Publishers,
1999.
•
EBR
-
Genética
Molecular
-
FFUP
- genoma viral é transcrito reversamente e integrado
como um cDNA (+/-) no cromossoma do hospedeiro
115
• replicação na classe VI
• retrovírus
- genoma RNA (+) que serve de molde
para síntese de DNA de cadeia dupla
pela transcriptase reversa
- fazem parte dos retrovírus os agentes
causadores do cancro e da SIDA
integrates into host
chromosome
•
EBR
-
Genética
Molecular
-
FFUP
116
- síntese de DNA a partir de RNA
- atividade RNaseH (degrada o
RNA dos híbridos DNA-RNA)
- síntese de DNA de cadeia dupla
a partir da DNA de cadeia
simples
- cliva o RNA da extremidade
5’ da sequência U3
• transcriptase reversa
•
EBR
-
Genética
Molecular
-
FFUP
117
RNAse polimerase
- os genes gag, pol e env fazem parte do genoma destes vírus
* gag - codifica para um precursor poliproteico que depois é clivado
e forma as proteínas da cápside
* pol - codifica para a transcriptase reversa e para a integrase
* env - codifica para o percursor das glicoproteínas do envelope
• retrovírus
* duas regiões não traduzidas, U5 e U3, nas extremidades 5’ e 3’,
necessárias à replicação e transcrição
* uma sequência diretamente repetida (R) em cada extremidade
* uma molécula de tRNA na extremidade 5’
•
EBR
-
Genética
Molecular
-
FFUP
118
• síntese de DNA no retrovirus
•
EBR
-
Genética
Molecular
-
FFUP
119
• síntese de DNA no retrovirus
•
EBR
-
Genética
Molecular
-
FFUP
120
• características do DNA pró-vírico e das LTR
•
EBR
-
Genética
Molecular
-
FFUP
121
DNA pró-vírico
p66/51 p32
p55
p11
p17
p24
p6
p7
- tradução de mRNA de retrovírus e processamento das proteínas
• retrovírus
•
EBR
-
Genética
Molecular
-
FFUP
gp160
gp120
gp41
122
• SIDA
Semen
11,000
Vaginal
Fluid
7,000
Blood
18,000
Amniotic
Fluid
4,000
Saliva
1
- média de partículas víricas HIV por 1 ml de fluído corporal
•
EBR
-
Genética
Molecular
-
FFUP
123
- maior suscetibilidade a infeções
por oportunistas
- transmissão:
* via sexual
* transfusões (sangue,
fatores da coagulação)
* utilização de agulhas
comuns no uso de drogas
* transmissão materna pela
placenta (30% das mães
infetadas transmitem o
vírus aos descendentes)
- entrada do HIV na célula hospedeira
* CXCr4 é o coreceptor principal das células T
* CCr5 é o coreceptor principal macrófagos
- a gp120 possui um domínio específico que se liga
à molécula CD4 presente nas células suscetíveis
- após a ligação a CD4, a gp120 sofre uma
alteração conformacional que permite a ligação
a um subconjunto específico de recetores de
citoquinas na superfície celular, o recetor CCr5 e
o recetor CXCr4
•
EBR
-
Genética
Molecular
-
FFUP
gp160
gp120
gp41
• células alvo: * linfócitos T-helper
* recetores CD4
* macrófagos
* células dendríticas
• níveis de anticorpos, de células T, concentração de HIV após a infecção e
diferentes estágios da doença
- stage 1 (asymptomatic
infection):
* sintomas gripais,
mononucleose,
linfoadenopatia e
meningite
- stage 2 (symptomatic
infection):
* perda de peso, mal-estar,
infeções oportunistas,
diarreia, suores noturnos,
fadiga
- stage 3 (AIDS):
* início da doença ocorre
quando as células T CD4
são <200 / sangue ul)
* perda de peso, diarreia
por mais de 1 mês e
doenças associadas
•
EBR
-
Genética
Molecular
-
FFUP
125
• doenças associadas à SIDA
- patologias associadas:* sarcoma de Kaposi’s
* pneumonia (pneumocystis carinii)
•
EBR
-
Genética
Molecular
-
FFUP
126
dermatosis vesicles
• doenças associadas à SIDA
•
EBR
-
Genética
Molecular
-
FFUP
127
- fontes de infeção por HIV
em homens e mulheres nos EUA
•
EBR
-
Genética
Molecular
-
FFUP
Pearson Education, 2009
128
Pearson Education, 2011
Pearson Education, 2013
129
•
EBR
-
Genética
Molecular
-
FFUP
- diagnóstico e infeção por HIV
em homens e mulheres nos
EUA, Europa e mundo
2015
EUA
Mundo
2015
130
- 2021: 1,5 milhão de novas infeções
por HIV e 650.000 mortes
relacionadas com a SIDA, o que se
traduz em 4.000 novas infeções
por HIV todos os dias, 1.800
mortes diárias ou uma morte a
cada minuto (UNAIDS)
- distribuição de
novas infeções por
HIV na população
global 2021
Estimativa de adultos e crianças que vivem com HIV em 2021
•
EBR
-
Genética
Molecular
-
FFUP
• vírus associados ao cancro
•
EBR
-
Genética
Molecular
-
FFUP
* Herpes simplex virus
- HSV-I: febre e vesículas orais
- HSV-II: herpes genital
Papular cutaneous
Kaposi's Sarcoma
- HSV-8:
* Human papilloma virus
- verrugas genitais e cancro genital
* Epstein-Barr virus
Burkitt’s lymphoma
nasopharyngeal
carcinoma
(Mononucleosis)
* Hepatitis B and C virus
131
AIDS GRAFFITI.wmv
•
EBR
-
Genética
Molecular
-
FFUP
132
Conceitos a reter:
Classe I
(dsDNA)
* poxvirus:
- replica no citoplasma
- codifica a própria RNA polimerase
- regiões codificantes nas duas cadeias do genoma
- varicela
* herpes:
- replica círculos rolantes
- estado de latência
- herpes labial
* SV40:
- regiões codificantes inicial e tardia
- antigénios T pequeno e T grande
- T grande sequestra p53 e pode, mesmo
na ausência de replicação, provocar
tumores
* adenovirus:
- splicing alternativo
- genes sobrepostos
- informação duas cadeias
de DNA
- hepatites, conjuntivites,
pneumonia, gastroenterites
•
EBR
-
Genética
Molecular
-
FFUP
Classe II
(ssDNA)
* parvovirus
- genoma pequeno
- replicam-se na presença de células de
multiplicação rápida e vírus mais complexos
* M13 e ΦX174
- formas replicativas
- ΦX174 tem genes
sobrepostos
Classe III
(dsRNA)
Rep Cap
* reovírus
- replicação no citosol
- transcriptase e polimerase
- genoma segmentado (10)
- RNA(+) encapsulado no
pré-core e só depois
é feito o dsRNA
•
EBR
-
Genética
Molecular
-
FFUP
Classe IV
(+ ssRNA)
•
EBR
-
Genética
Molecular
-
FFUP
* poliovirus
- forma poliproteína que é
posteriormente clivada
- replica RNA no citoplasma
por formas replicativas
no citosol
- protease e replicase
- poliomielite
* togavirus
- genoma dicistrónico
- a 5’codifica replicase
- rubéola
* coronavirus (SARS)
- nested mRNAs
- 7 cistrões distintos
* SARS-CoV-2 (Covid-19)
- nested mRNAs
- 10 cistrões
Classe V
(- ssRNA)
•
EBR
-
Genética
Molecular
-
FFUP
* VSV
- genoma RNA(-)
não segmentado
- transcriptase vírica e
polimerase
- proteína N controla a
replicação (N alta)
e transcrição (N baixa)
* influenza A
- 8 segmentos
- replicação no núcleo e reunião no
citoplasma (transcriptase e replicase)
- hemaglutinina e neuraminidase
definem as espécies
- infeções respiratórias
* hepadnavirus
- cadeia DNA (-) completa e DNA (+) incompleta
- DNA polimerase vírica e transcriptase reversa: pré-
genoma empacotado é ssRNA(+), depois passa a
dsDNA incompleto
- hepatites e cancro fígado
Classe VII
dsDNA
incompleto
137
AIDS GRAFFITI.wmv
•
EBR
-
Genética
Molecular
-
FFUP
2
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  • 1. 70 Estratégias de replicação vírica • EBR - Genética Molecular - FFUP SARS - COVID19
  • 2. • tipos de genomas víricos - DNA (3 a 200 Kb) de cadeia simples ou dupla - RNA (7 a 20 kb) de cadeia simples ou dupla - genomas podem ser circulares ou lineares - não há formas víricas de DNA segmentado (exceto nas plantas) - não há formas víricas de RNA circular (nos eucariotas) - produção de proteínas estruturais e enzimas - replicação do genoma vírico (dsDNA, ssDNA, dsRNA, ssRNA) Incomplete double stranded • EBR - Genética Molecular - FFUP 71
  • 3. • classificação dos vírus (Baltimore) - feita com base na composição dos genomas e na via pela qual se forma o mRNA 72 • EBR - Genética Molecular - FFUP - esta nomenclatura descreve a configuração do genoma de cadeia simples dos vírus, quer sejam de RNA ou de DNA RNA replicase Transcriptase reversa transcriptase Transcriptase reversa
  • 4. • estratégias de replicação * replicação: - ocorre no núcleo da célula hospedeira - exceção: poxvirus (DNA), poliovirus (RNA) e reovirus (RNA) no citoplasma * RNA replicase: existe nas proteínas da cápside e sintetiza RNA(-) a partir de RNA(+) * transcriptase: sintetiza mRNA a partir de RNA (-) * transcriptase reversa: sintetiza DNA de cadeia dupla a partir de RNA • EBR - Genética Molecular - FFUP 73 - por convenção, o mRNA tem a configuração mais (+) - o seu complementar tem a configuração menos (-) - vírus com genoma de RNA de cadeia simples com a mesma orientação que o mRNA corresponde um vírus de RNA de cadeia positiva (+) - a replicação de um vírus com cadeia (+) requer a síntese de cadeia (-) para formar mais cadeias (+) RNA replicase transcriptase Transcriptase reversa
  • 5. 74 * DNA víricos - codificam para mRNAs monocistrónicos - promotores de transcrição para todos os genes - requerem a formação de um primer - splicing alternativo (mRNAs sempre com as mesmas extremidades-5’) Adenovirus * RNAs víricos - clivagem proteolítica: síntese de poliproteínas e posterior digestão com protease em múltiplas proteínas - genomas segmentados: vários genomas de RNA em cada um codifica para uma ou mais proteínas - “nested mRNAs”: mRNAs com extremidades-3’ iguais e extremidades-5’ diferentes que codificam para proteínas específicas - síntese sequencial: síntese de uma unidade longa de RNA (+) que depois é separada em mRNAs para cada proteína, por clivagem ou terminação • estratégias de replicação Coronavirus (SARS) • EBR - Genética Molecular - FFUP
  • 6. • vírus de DNA de cadeia dupla - usam a RNA polimerase celular para a síntese do mRNA (excepto os poxvirus) - codificam para proteínas da cápside e as necessárias para a replicação dos seus genomas • vírus de DNA de cadeia simples (-) ou (+) - codificam para as proteínas da cápside - usam os sistemas de replicação e de transcrição da célula hospedeira • vírus de RNA(+) - RNA+ funciona logo depois da infeção como mRNA - RNA(+) tem cauda polyA a 3’ e modificações a 5’ semelhantes às observadas no mRNA dos eucariotas - codificam para enzimas que podem replicar o RNA através de um intermediário de cadeia (-) • vírus de RNA(-) - RNA(-) serve de molde na síntese de mRNA por acção da transcriptase vírica (RNA polimerase) do virião logo após a infeção • vírus de RNA de cadeia dupla - codificam para enzimas que se encontram no virião capazes de sintetizar mRNA a partir deste tipo de molde • retrovírus - a cadeia de RNA (+) serve primeiro de molde para a síntese de DNA de cadeia dupla, através da transcriptase reversa, que se integra no genoma do hospedeiro e serve como molde para a transcrição de +mRNA • vírus da Hepatite B - possuem genomas com uma cadeia de DNA(-) completa e uma cadeia de DNA(+) incompleta - após infeção, a DNA polimerase completa a cadeia (+), forma-se uma cadeia de DNA dupla e ocorre transcrição do mRNA • estratégias de replicação • EBR - Genética Molecular - FFUP 75
  • 7. - Classe I - DNA de cadeia dupla com proteínas ligadas covalentemente nas extremidades (adenovirus) - DNA de cadeia dupla circular (simian virus 40 -SV40-) - DNA de cadeia dupla (herpes e  T4) - DNA de cadeia dupla e extremidades seladas (poxvirus) • classificação dos vírus (Baltimore) 76 • EBR - Genética Molecular - FFUP
  • 8. • virus com DNA de cadeia dupla (dsDNA) - contêm genoma dsDNA - a maioria dos vírus dsDNA replicam seus genomas no núcleo da célula - usam a maquinaria de síntese de DNA e RNA do hospedeiro Adapted from D. R. Harper. Molecular Virology, Second Edition. BIOS Scientific Publishers, 1999. • EBR - Genética Molecular - FFUP 77
  • 9. - dsDNA linear 130-375Kb covalentemente seladas nas extremidades com sequências repetidas - (10Kb) associadas à replicação - codifica para 150-300 proteínas - regiões codificantes estão espaçadas, mas não tem intrões - regiões codificantes nas duas cadeias do genoma • replicação na classe I * poxvirus: (varíola) - replica-se no citoplasma - é o único que codifica para a sua RNA polimerase • EBR - Genética Molecular - FFUP 78
  • 10. • poxvirus 1. entrada na célula e remoção do core (mecanismo não conhecido) 2-5. síntese de mRNA iniciais, proliferação celular e supressão da resposta imune do hospedeiro 6-9. síntese de DNA para empacotamento e como molde para expressão de genes intermediários que depois especificam fatores da expressão génica tardia 10-18. transcrição e tradução de proteínas estruturais víricas, partículas que se reúnem no Golgi e libertação de virião na células lisada ou infeção da células adjacentes • EBR - Genética Molecular - FFUP 79 PNAS 101, 11178–11192 , 2004
  • 11. - expressão e replicação do genoma circular é feita no núcleo - utiliza as polimerases celulares - região inicial * proteínas T (20 e 90 kDa) requeridas para o início da replicação - região tardia * codifica para as proteínas da cápside (VP1,VP2 e VP3) que se formam por splicing alternativo de RNAs sobrepostos • EBR - Genética Molecular - FFUP - região de regulação * contém local de origem de replicação, promotores e reguladores de expressão * a origem serve para iniciar a replicação do DNA e para a transcrição feita pela RNA Polimerase II • classe I: SV40 (vesicular stomatitis virus) 80
  • 12. • EBR - Genética Molecular - FFUP • T grande liga-se à ori, regula a sua própria produção, a replicação do DNA e ativa a transcrição de mRNAs tardios • a expressão do antigénio T na ausência de infeção viral leva à transformação celular e formação de tumores em animais 81 • eventos na transformação de células por um polyomavirus, SV40 (cancro) •a expressão do antigénio T na ausência de infeção viral leva à transformação celular e formação de tumores em animais
  • 13. • herpes viruses (classe I) - são grandes vírus de DNA de cadeia dupla DNA viral que circulariza e é replicado por um mecanismo de círculo rolante • EBR - Genética Molecular - FFUP 82 - causam uma variedade de doenças e podem manter-se em estado latente no hospedeiro para sempre, iniciando a replicação viral periodicamente
  • 14. - replicação é no núcleo, utiliza splicing alternativo, genes sobrepostos e as duas cadeias de DNA para maximizar o uso do seu genoma • adenovirus (classe I) • EBR - Genética Molecular - FFUP - início da replicação requer primers e proteínas activadoras (das extremidades) - evita a síntese da cadeia lagging 83
  • 15. • adenovirus (hepatites, conjuntivites, pneumonia, gastroenterites) • EBR - Genética Molecular - FFUP 84
  • 16. • ssDNA viruses (classe II) Adapted from D. R. Harper. Molecular Virology, Second Edition. BIOS Scientific Publishers, 1999. • EBR - Genética Molecular - FFUP erythema infectiosum 85
  • 17. Rep Cap - 5 kb ssDNA, inverted terminal repeats (ITR) - Rep gene requerido para a replicação - Cap gene codifica para proteínas da cápside • replicação na classe II • EBR - Genética Molecular - FFUP 86 - eritema infecioso - podem ter cadeias (+) ou (-), em viriões separados, e fazem da síntese da cadeia dupla à custa das DNA polimerases de células em crescimento - codificam para as proteínas da cápside por tradução de mRNAs formados por splicing alternativo - multiplicam-se: na presença de vírus mais complexos (adenovirus) em células com proliferação rápida (células sanguíneas e tumorais) From Medical Microbiology, 5th ed., Murray, Rosenthal, Kobayashi & Pfaller, Mosby Inc., 2002, * Parvovirus (sistema linfático, respiratório e gastrointestinal)
  • 18. * fagos M13 e ΦX174 - DNA de cadeia simples circular - replicação por formas replicativas (RFs) • replicação na classe II • EBR - Genética Molecular - FFUP mRNA is read twice by ribosomes, once for A and second for A* 87 - após a infeção, a molécula de DNA do M13 de cadeia simples é convertida na forma replicativa (RF) de cadeia dupla - o RF replica para produzir várias cópias de si mesmo - moléculas de cadeia simples são sintetizadas por replicação de círculos rolantes e usadas na montagem do novo M13
  • 19. transcrição • EBR - Genética Molecular - FFUP • replicação em vírus com DNA de cadeia simples 3’_ GACGUACAUAUGGGGCAUGCAGAAGGGCUCGCUUUUGCUAGUCG _ 5’ transcrição RNA antisense RNA sense 88
  • 20. • EBR - Genética Molecular - FFUP • replicação através de formas replicativas (RFs) - ocorre em certos vírus de cadeia de DNA simples: M13, X174 - cadeia de DNA (+) serve de molde para sintetizar cadeia de DNA (-)  DNA de cadeia dupla (RF I) - proteína A (codificada pelo genoma do vírus) corta o DNA no local de origem de replicação e o DNA da forma (RF II) e liberta genomas de cadeia simples - proteína Rep = helicase 89
  • 21. • replicação na classe II cleaves the plus strand of the RF - todos os fagos com proteína A (incluindo Φ174) não matam as células hospedeiras - estes vírus são ferramentas muito úteis para sequenciar DNA e fazer estudos de engenharia genética • EBR - Genética Molecular - FFUP 90
  • 22. • dsRNA viruses (classe III) - contêm genomas segmentados por dsRNA - RNA polimerase viral dependente do RNA viral Adapted from D. R. Harper. Molecular Virology, Second Edition. BIOS Scientific Publishers, 1999. • EBR - Genética Molecular - FFUP 91
  • 23. • replicação na classe III * reovirus - RNA de cadeia dupla em 10 segmentos - codificam para a transcriptase e RNA polimerase - replicam-se no citoplasma - fazem mRNA a partir da cadeia (-) - pré-core: * estrutura que contém as cadeias de RNA(+) * a síntese da cadeia dupla de RNA pela polimerase dentro do pré-core Modified from Flint et al., Principles of Virology 2nd Ed., ASM Press Virion Infectious subviral particle (ISVP) Core Electron micrograph RdRp Methyltransferase, guanylyltransferase Helicase NTPase Core Core turret Core Core Outer capsid Non- struct. Non- struct. Outer capsid Core Outer capsid Membrane penetration Attachment Assembly? Subcellular localization One copy of each dsRNA per particle • EBR - Genética Molecular - FFUP 92
  • 24. Os reovírus replica-se no citosol das células infectadas; depois da entrada na membrana celular, os núcleos virais começam a transcrever os 10 segmentos do genoma viral dsRNA, sendo cada um transcrito num mRNA independente pela transcriptase vírica; os 10 segmentos do genoma viral codificam 12 proteínas (8 estruturais e 4 não estruturais); a proteína não estrutural mNS forma a matriz das fábricas virais onde novos núcleos se reúnem e começam ciclos secundários de transcrição, sendo o material genómico revestido com as proteínas da cápsíde (m1, s3 e s1) para formar viriões que são liberados após a lise celular • replicação na classe III: reovírus • EBR - Genética Molecular - FFUP 93
  • 25. • +ssRNA viruses (classe IV) - contêm genomas (+) não segmentados de ssRNA - o RNA na partícula de vírus funciona como mRNA viral e é reconhecido pela maquinaria de tradução celular - têm uma RNA dependente de polimerase RNA viral para replicar o genoma (+) em (-) Adapted from D. R. Harper. Molecular Virology, Second Edition. BIOS Scientific Publishers, 1999. • EBR - Genética Molecular - FFUP 94
  • 26. • replicação na classe IV • EBR - Genética Molecular - FFUP - genoma de RNA (+) que funciona como mRNA na fase inicial da infeção - não modificam os mRNAs celulares, mas afetam a sua síntese e bloqueiam o início da síntese proteica 95
  • 27. • +ssRNA viruses • EBR - Genética Molecular - FFUP 96 - a replicação é iniciada através da tradução do poli-RNA(+) numa poliproteína precursor, a NCVP (240 kDa) - é clivada nos locais “nascent cleavages” (3’-OH) e forma as proteínas víricas VPO (VP4 e VP2), VP3 e VP1 da estrutura pró-vírica - a região carboxílica contém as proteínas necessárias para a replicação * VPg: associada à formação do primer * RNA polimerase-RNA protease dependente: cliva resíduos de glutamina-glicina da poliproteína
  • 28. • +ssRNA viruses (classe IV) • EBR - Genética Molecular - FFUP - o RNA e a síntese proteica do hospedeiro são inibidos quando a replicação começa - é feita por intermediários replicativos - as cadeias (-) servem de molde para síntese de novas cadeias (+) - as novas cadeias (+) servem: * molde para a síntese de novas cadeias (-) * mRNA para a síntese de proteínas * genomas dos novos viriões 97
  • 29. * patogénese - entrada pela boca - ligação a CD155 poliovirus receptor (PVR) - replicação na faringe, trato gastrointestinal e SN - atinge os vasos linfáticos, fibras nervosas e SNC - destruição dos neurónios motores - paralisias e asfixia • poliovirus (classe IV) • EBR - Genética Molecular - FFUP 98
  • 30. • togavirus (classe IV) - genoma dicistrónico - cistrão a 5’codifica para a replicase vírica - cistrão a 3’ codifica para o precursor das proteínas víricas • EBR - Genética Molecular - FFUP 99
  • 31. • togavirus (rubéola) * rubéola - infeção durante o primeiro trimestre * síndrome de infeção congénita: - cataratas - defeitos cardíacos (CAP) - microcefalia - atraso mental - surdez • EBR - Genética Molecular - FFUP 100
  • 32. • coronavirus (classe IV) • EBR - Genética Molecular - FFUP - genoma com nested mRNAs * síntese de mRNAs sub-genómicos (SG) a partir de RNA (+) permite a expressão diferencial de genes virais específicos * as sequências de RNA são mais curtas (sub-genómicas) do que o RNA genómico * as sequências comuns a 3', mas por vezes são co-terminais a 5' * sete cistrões distintos 101
  • 33. • coronavirus (infeções respiratórias) • EBR - Genética Molecular - FFUP Carlo Urbani identified SARS as new disease 102
  • 34. 103 • COVID-19 - SARS-CoV-2 - genoma ORF1a (beije), ORF1b (azul), que codificam 16 proteínas não estruturais (NSP1- NSP16) - NSPs são processados para formar um complexo de replicação-transcrição que está envolvido na transcrição e replicação do genoma - NSP12 codifica para RNA polimerase dependente de RNA (RdRp) - NSP15 codifica para RNA helicase - genes estruturais codificam as proteínas estruturais espícula (S), envelope (E), membrana (M) e nucleocapsíde (N) (verde) - proteínas acessórias (cinza) são exclusivas do SARS-CoV-2 em termos de número, organização genómica, sequência e função Pathogens 9(5), 331, 2020 • EBR - Genética Molecular - FFUP
  • 35. • ssRNA viruses (classe V) - genomas de ssRNA segmentados o e não-segmentados * - contem uma RNA-dependente da RNA polimerase vírica Adapted from D. R. Harper. Molecular Virology, Second Edition. BIOS Scientific Publishers, 1999. • EBR - Genética Molecular - FFUP
  • 36. • VSV (vesicular stomatitis virus): - genoma RNA(-) não segmentado - serve de molde para a síntese de mRNA pela transcriptase vírica • replicação na classe V • EBR - Genética Molecular - FFUP (sarampo)
  • 37. - genoma RNA(-) não segmentado - serve de molde para a síntese de mRNA pela transcriptase vírica • VSV (vesicular stomatitis virus): • EBR - Genética Molecular - FFUP * nos animais: encefalites, mastites e estomatites * em humanos: sintomas semelhantes aos da gripe - proteína N necessária para ativar RNA (-) controla a replicação (N alta) e transcrição (N baixa)
  • 38. - 13 kb genoma dividido em 8 (-) segmentos de ribonucleoproteínas em esferas de 100nm envolvidos por NP (nucleocapside protein) - replicação no núcleo e reunião no citoplasma • influenza A • EBR - Genética Molecular - FFUP
  • 39. • influenza A - passa de pessoa a pessoa por aerossol, direta ou indiretamente (não há vetores), animais de criação e aves - causa dores de cabeça, mialgias, febre, tosse - período de incubação: 1-3 dias - sintomas: 2-7 dias (intensidade depende da espécie vírica) - espécies descritas de acordo com a antigenicidade: * HA: Hemaglutinina (H) - 15 subtipos diferentes - fator de virulência mais importante - liga-se às células hospedeiras * NA: Neuraminidase (N) - 9 subtipos - hidrolisa a mucosa - auxilia no desenvolvimento e e libertação viral • EBR - Genética Molecular - FFUP
  • 40. • influenza A • Currently 15 HA (1-15) and 9 NA (1-9) described – 1918 “Spanish flu” pandemic - H1N1 (~50 million mortality) – 1957 “Asian flu” epidemic - H2N2 • EBR - Genética Molecular - FFUP - pandemia é uma epidemia de doença infeciosa que se espalha entre a população localizada numa grande região geográfica (continente) - epidemia caracteriza-se pela incidência, em curto período de tempo, de grande número de casos de uma doença
  • 41. • influenza A • Currently 15 HA (1-15) and 9 NA (1-9) described - 1968 “Hong Kong flu” pandemic - H1N2 - 1977 “swine flu” epidemic - H1N1 (Russion flu) - 1999 current threat is H5N1, similar to 1918 strain (high mortality ~50%) - 2009 swine origin- H1N1 * made up of genes from pigs, birds, and humans Influenza A H5N1 virus Vaccinating ducks 0.5 µm • EBR - Genética Molecular - FFUP
  • 42. • ss/dsDNA viruses (using an RNA intermediate) classe VII • virus possui a sua própria transcriptase reversa • dsDNA entra no núcleo e forma um epissoma (DNA integrado no cromossoma do hospedeiro) Adapted from D. R. Harper. Molecular Virology, Second Edition. BIOS Scientific Publishers, 1999. • EBR - Genética Molecular - FFUP 111
  • 43. * hepadnavirus - cadeia DNA (-) completa - cadeia de DNA (+) incompleta - DNA polimerase vírica, presente na nucleocápside completa a cadeia de DNA (+) - o RNA molde para a síntese de cadeias de DNA(-) completas ou pré-genoma • replicação na classe VII • EBR - Genética Molecular - FFUP 112
  • 44. • Hepadnavirus (classe VII) * ciclo de infeção 1-4. vírus entra via recetores dos hepatócitos; material genómico entra no núcleo e o DNA é completado 5-6. síntese do pré-genoma e transcritos sub-genómicos que depois são exportados para o citoplasma 7-9. tradução de proteínas de superfície e proteínas a partir de pequenos RNAs; as proteínas da cápside e a polimerase (TR - transcriptase reversa) transcritas a partir do pré- genoma 10-11. empacotamento do pré-genoma com a TR e posterior síntese de DNA 12. infeção inicial e direcionamento do DNA para o núcleo 13-15. reunião da partícula, aquisição da membrana e saída • EBR - Genética Molecular - FFUP mRNAs subgenómicos: alguns genomas virais possuem duas ou mais ORFs que pela RNA polimerase RNA-dependente forma RNAs com a mesma sequência a 3’ e com sequências a 5' diferentes 113
  • 45. • Hepadnavirus (classe VII) • EBR - Genética Molecular - FFUP 114
  • 46. • viruses with ssRNA genomes that use a dsDNA intermediate to replicate (classe VI) Adapted from D. R. Harper. Molecular Virology, Second Edition. BIOS Scientific Publishers, 1999. • EBR - Genética Molecular - FFUP - genoma viral é transcrito reversamente e integrado como um cDNA (+/-) no cromossoma do hospedeiro 115
  • 47. • replicação na classe VI • retrovírus - genoma RNA (+) que serve de molde para síntese de DNA de cadeia dupla pela transcriptase reversa - fazem parte dos retrovírus os agentes causadores do cancro e da SIDA integrates into host chromosome • EBR - Genética Molecular - FFUP 116
  • 48. - síntese de DNA a partir de RNA - atividade RNaseH (degrada o RNA dos híbridos DNA-RNA) - síntese de DNA de cadeia dupla a partir da DNA de cadeia simples - cliva o RNA da extremidade 5’ da sequência U3 • transcriptase reversa • EBR - Genética Molecular - FFUP 117 RNAse polimerase
  • 49. - os genes gag, pol e env fazem parte do genoma destes vírus * gag - codifica para um precursor poliproteico que depois é clivado e forma as proteínas da cápside * pol - codifica para a transcriptase reversa e para a integrase * env - codifica para o percursor das glicoproteínas do envelope • retrovírus * duas regiões não traduzidas, U5 e U3, nas extremidades 5’ e 3’, necessárias à replicação e transcrição * uma sequência diretamente repetida (R) em cada extremidade * uma molécula de tRNA na extremidade 5’ • EBR - Genética Molecular - FFUP 118
  • 50. • síntese de DNA no retrovirus • EBR - Genética Molecular - FFUP 119
  • 51. • síntese de DNA no retrovirus • EBR - Genética Molecular - FFUP 120
  • 52. • características do DNA pró-vírico e das LTR • EBR - Genética Molecular - FFUP 121 DNA pró-vírico
  • 53. p66/51 p32 p55 p11 p17 p24 p6 p7 - tradução de mRNA de retrovírus e processamento das proteínas • retrovírus • EBR - Genética Molecular - FFUP gp160 gp120 gp41 122
  • 54. • SIDA Semen 11,000 Vaginal Fluid 7,000 Blood 18,000 Amniotic Fluid 4,000 Saliva 1 - média de partículas víricas HIV por 1 ml de fluído corporal • EBR - Genética Molecular - FFUP 123 - maior suscetibilidade a infeções por oportunistas - transmissão: * via sexual * transfusões (sangue, fatores da coagulação) * utilização de agulhas comuns no uso de drogas * transmissão materna pela placenta (30% das mães infetadas transmitem o vírus aos descendentes)
  • 55. - entrada do HIV na célula hospedeira * CXCr4 é o coreceptor principal das células T * CCr5 é o coreceptor principal macrófagos - a gp120 possui um domínio específico que se liga à molécula CD4 presente nas células suscetíveis - após a ligação a CD4, a gp120 sofre uma alteração conformacional que permite a ligação a um subconjunto específico de recetores de citoquinas na superfície celular, o recetor CCr5 e o recetor CXCr4 • EBR - Genética Molecular - FFUP gp160 gp120 gp41 • células alvo: * linfócitos T-helper * recetores CD4 * macrófagos * células dendríticas
  • 56. • níveis de anticorpos, de células T, concentração de HIV após a infecção e diferentes estágios da doença - stage 1 (asymptomatic infection): * sintomas gripais, mononucleose, linfoadenopatia e meningite - stage 2 (symptomatic infection): * perda de peso, mal-estar, infeções oportunistas, diarreia, suores noturnos, fadiga - stage 3 (AIDS): * início da doença ocorre quando as células T CD4 são <200 / sangue ul) * perda de peso, diarreia por mais de 1 mês e doenças associadas • EBR - Genética Molecular - FFUP 125
  • 57. • doenças associadas à SIDA - patologias associadas:* sarcoma de Kaposi’s * pneumonia (pneumocystis carinii) • EBR - Genética Molecular - FFUP 126 dermatosis vesicles
  • 58. • doenças associadas à SIDA • EBR - Genética Molecular - FFUP 127
  • 59. - fontes de infeção por HIV em homens e mulheres nos EUA • EBR - Genética Molecular - FFUP Pearson Education, 2009 128 Pearson Education, 2011 Pearson Education, 2013
  • 60. 129 • EBR - Genética Molecular - FFUP - diagnóstico e infeção por HIV em homens e mulheres nos EUA, Europa e mundo 2015 EUA Mundo 2015
  • 61. 130 - 2021: 1,5 milhão de novas infeções por HIV e 650.000 mortes relacionadas com a SIDA, o que se traduz em 4.000 novas infeções por HIV todos os dias, 1.800 mortes diárias ou uma morte a cada minuto (UNAIDS) - distribuição de novas infeções por HIV na população global 2021 Estimativa de adultos e crianças que vivem com HIV em 2021 • EBR - Genética Molecular - FFUP
  • 62. • vírus associados ao cancro • EBR - Genética Molecular - FFUP * Herpes simplex virus - HSV-I: febre e vesículas orais - HSV-II: herpes genital Papular cutaneous Kaposi's Sarcoma - HSV-8: * Human papilloma virus - verrugas genitais e cancro genital * Epstein-Barr virus Burkitt’s lymphoma nasopharyngeal carcinoma (Mononucleosis) * Hepatitis B and C virus 131 AIDS GRAFFITI.wmv
  • 64. Classe I (dsDNA) * poxvirus: - replica no citoplasma - codifica a própria RNA polimerase - regiões codificantes nas duas cadeias do genoma - varicela * herpes: - replica círculos rolantes - estado de latência - herpes labial * SV40: - regiões codificantes inicial e tardia - antigénios T pequeno e T grande - T grande sequestra p53 e pode, mesmo na ausência de replicação, provocar tumores * adenovirus: - splicing alternativo - genes sobrepostos - informação duas cadeias de DNA - hepatites, conjuntivites, pneumonia, gastroenterites • EBR - Genética Molecular - FFUP
  • 65. Classe II (ssDNA) * parvovirus - genoma pequeno - replicam-se na presença de células de multiplicação rápida e vírus mais complexos * M13 e ΦX174 - formas replicativas - ΦX174 tem genes sobrepostos Classe III (dsRNA) Rep Cap * reovírus - replicação no citosol - transcriptase e polimerase - genoma segmentado (10) - RNA(+) encapsulado no pré-core e só depois é feito o dsRNA • EBR - Genética Molecular - FFUP
  • 66. Classe IV (+ ssRNA) • EBR - Genética Molecular - FFUP * poliovirus - forma poliproteína que é posteriormente clivada - replica RNA no citoplasma por formas replicativas no citosol - protease e replicase - poliomielite * togavirus - genoma dicistrónico - a 5’codifica replicase - rubéola * coronavirus (SARS) - nested mRNAs - 7 cistrões distintos * SARS-CoV-2 (Covid-19) - nested mRNAs - 10 cistrões
  • 67. Classe V (- ssRNA) • EBR - Genética Molecular - FFUP * VSV - genoma RNA(-) não segmentado - transcriptase vírica e polimerase - proteína N controla a replicação (N alta) e transcrição (N baixa) * influenza A - 8 segmentos - replicação no núcleo e reunião no citoplasma (transcriptase e replicase) - hemaglutinina e neuraminidase definem as espécies - infeções respiratórias * hepadnavirus - cadeia DNA (-) completa e DNA (+) incompleta - DNA polimerase vírica e transcriptase reversa: pré- genoma empacotado é ssRNA(+), depois passa a dsDNA incompleto - hepatites e cancro fígado Classe VII dsDNA incompleto