1. +
Bioinformática
Montagem de genomas
Gabriel da Rocha Fernandes
Universidade Católica de Brasília
gabrielf@ucb.br - fernandes.gabriel@gmail.com

2. +
Bioinformática
Montagem de genomas
Gabriel da Rocha Fernandes
Universidade Católica de Brasília
gabrielf@ucb.br - fernandes.gabriel@gmail.com

3. +
Genômica
2

4. +
Estratégia de sequenciamento
3

5. +
Estratégia de sequenciamento
4

6. +
Sequenciadores
5

7. +
O que sequenciar?
nQuebrar o DNA original em fragmentos aleatórios e selecionar
os fragmentos de determinado tamanho (Ex: 2Kbp)
6
singlet
gap
DNA original

8. +
A montagem ab initio
nReconstruir a sequência do genoma, dados vários
(potencialmente milhões) fragmentos curtos de sequência (os
reads)
nOs reads têm tamanho entre 35-800 bp
nOs reads podem conter erros de sequenciamento (mismatches
ou indels)
nA orientação (5`3` ou 3`5`) de cada read é desconhecida
7

9. +
Terminologia
nRead: fragmento sequenciado
nContig: Pedaço contíguo de sequência formado a partir da
sobreposição dos reads
nSinglet: read sem sobreposição com nenhum outro
nGap: região do genoma não capturada por nenhum read
nCobertura:Total de bases sequenciadas dividido pelo tamanho
do genoma
8

10. +
Contigs e cobertura
9
nTenho um álbum de figurinhas, com 24 figurinhas em uma
página.

11. +
Contigs e cobertura
10
nCompro 5 pacotes, totalizando 25 figurinhas.

12. +
Contigs e cobertura
11
nContigs e singlets.
Contig 1 Contig 2
Contig 3

13. +
Contigs e cobertura
12
nCompro mais 5 pacotes, totalizando 50 figurinhas.

14. +
Contigs e cobertura
13
nCompro mais 20 pacotes, totalizando 150 figurinhas. E ainda
assim faltou uma.

15. +
Contigs e cobertura
14
nPrimer walking é ligar na Panini e comprar as figurinhas que
faltam.

16. +
Estratégias
15

17. +
Problemas
nSequências repetitivas.
nTamanho dos reads.
nSequencias Alu.
16

18. +
Sequencias repetitivas.
De onde veio o meu read?
17

19. +
Tamanho do read
18

20. +
Montando um “genoma”
19

21. +
Erros das copias
20
a b c
a c
b
a b c d
I II III
I
II
III
a
bc
d
b c
a b dc e f
I II III IV
I III II IV
a d be c f
a
collapsed tandem excision
rearrangement

22. +
Uso dos paired-ends
21
nDecisão sobre
repetições.
nMontagem de
scaffolds.