Treinamento Portal NCBI

Seção de Acesso a Bases de Dados

SeABD - Localização BCo Piso 4 Sala de Pesquisa em BD Das 8:00 hs as 21:45 hs Atendimento com Bibliotecários Das 8 as 18 hs – SeABD (Piso 4) Das 18 as 22 hs – Referência (Piso 2) Público-alvo Docentes Pós-graduação UFSCar Graduação UFSCar Comunidade Científica Comunidade Universitária Comunidade em geral 5 de Junho de 2009

SeABD - Serviços Treinamento e Capacitação de Usuários Serviços de Comutação de Informação Serviços de Referência e Informação

SeABD - TCU O SeABD oferece treinamentos e capacitações em bases de dados referencias e textuais online: em mídias digitais (dvd, cd-rom e disquete) em portais e bases de dados assinadas pela BCo do Portal CAPES de livre acesso disponíveis na Internet June 5, 2009

SeABD - TCU Informação Científica e Tecnológica Revisão por pares (peer review) Indexação de Periódicos Fator de impacto (ex. SciELO) Ranking + citados (ex. ISI Cited) Ranking + acessados (ex. Google) Qualis da CAPES Curriculo Lattes Autoridade Instituições governamentais Associações, convênios e parcerias institucionais Instituições renomadas Certificação Selos de qualidade Certificados ISO Bom senso na avaliação do site Procedências das informações Atualidade das informações Informações sobre responsáveis pelo conteúdo (Quem somos nós) Contato com responsáveis Currículo dos responsáveis Sites Relacionados Parcerias, Convênios, Associações identificadas June 5, 2009 Critérios de Confiabilidade da Informação Online

Portal NCBI Definição O Portal NCBI é desenvolvido, coordenado e mantido pela National Library of Medicine ( NLM ) e pela National Institutes of Health ( NIH ). Contempla uma série de Bases de Dados referenciais e textuais em vários temas das Ciências da Saúde e Biológicas, assim como textos completos de itens de informação em vários idiomas, com destaque para a língua inglesa June 5, 2009

Portal NCBI Definição Entrez é o sistema de indexação, busca e recuperação de informação baseado em texto usado pelo Portal NCBI, escrito em C++, que integra recursos de diversas fontes de informação em Ciências Biológicas e da Saúde. Veja detalhes sobre o sistema Entrez no NCBI Handbook June 5, 2009

Portal NCBI Recursos e Ferramentas Bases de Dados referenciais e textuais Literatura em Ciências Biológicas e da Saúde Bancos de Dados Genéticos Bases de Dados Moleculares Tesauro em Ciências da Saúde (MeSH) Ferramentas e Recursos em Biologia Genômica Ferramentas de Mineração de Dados (Data Mining) Computational Biology Branch

Portal NCBI Recursos e Ferramentas Bases de Dados – Descrição e Link Clique aqui para obter descrição e link de todas as bases de dados disponíveis no Portal NCBI

Portal NCBI Recursos e Ferramentas Bases de Dados – Descrição e Link Descrição e link de todas as bases de dados disponíveis no Portal NCBI

Portal NCBI Recursos e Ferramentas Bases de Dados referenciais e textuais Literatura em Ciências Biológicas e da Saúde Bancos de Dados Genéticos Bases de Dados Moleculares Ferramentas e Recursos em Biologia Genômica Ferramentas de Mineração de Dados (Data Mining) Computational Biology Branch Tesauro em Ciências da Saúde (MeSH)

Portal NCBI Recursos e Ferramentas Bases de Dados em Literatura PubMed : biomedical literature citations and abstracts PubMed Central : free, full text journal articles Site Search : NCBI web and FTP sites Books : online books Journals : detailed information about the journals indexed in PubMed and other NLM Catalog : catalog of books, journals, and audiovisuals in the NLM collections OMIM : online Mendelian Inheritance in Man OMIA : online Mendelian Inheritance in Animals

Portal NCBI Recursos e Ferramentas Bases de Dados em Literatura Clique aqui para acessar as bases de dados em literatura em Ciências Biológicas e da Saúde

Portal NCBI Recursos e Ferramentas Bases de Dados em Literatura Lista de todas as bases de dados em literatura em Ciências Biológicas e da Saúde

PubMed : biomedical literature citations and abstracts PubMed Central : free, full text journal articles Site Search : NCBI web and FTP sites Books : online books Journals : detailed information about the journals indexed in PubMed and other NLM Catalog : catalog of books, journals, and audiovisuals in the NLM collections OMIM : online Mendelian Inheritance in Man OMIA : online Mendelian Inheritance in Animals Portal NCBI Recursos e Ferramentas Bases de Dados em Literatura

Serviço da NLM que integra diversas bases de dados em Ciências Biológicas e da Saúde. Permite o acesso a mais de 17 milhões de itens indexados pela MEDLINE e de artigos de periódicos, livros, multimeios, entre outros recursos de informação. A base PubMed inclui links para muitos sites que fornecem resumos e/ou textos completos de artigos e outros recursos de informação. Portal NCBI Recursos e Ferramentas Bases de Dados em Literatura - PUBMED

Portal NCBI Recursos e Ferramentas Bases de Dados em Literatura - PUBMED A interface da base PubMed é a mesma do Portal NCBI, com filtro de pesquisa apenas para a PubMed

Portal NCBI Recursos e Ferramentas Bases de Dados em Literatura - PUBMED Links específicos da base PubMed

PubMed Central é um acervo digital de artigos de periódicos de livre acesso em Ciências Biológicas e da Saúde, desenvolvido e gerenciado pelo NCBI. Também faz parte da base PubMed, com o diferencial de que seus recursos de informação estão disponíveis quase sempre em texto completo . Portal NCBI Recursos e Ferramentas Bases de Dados em Literatura – PUBMED Central

Portal NCBI Recursos e Ferramentas Bases de Dados em Literatura – PUBMED Central A interface da base PubMed Central é a mesma do Portal NCBI, com filtro de pesquisa apenas para a PubMed Central

Portal NCBI Recursos e Ferramentas Bases de Dados em Literatura – PUBMED Central Links específicos da base PubMed Central

O Site Search possibilita busca de páginas, arquivos e recursos de FTP (File Transfer Protocol) dentro do Portal NCBI. PubMed Search: pesquisa interna no site do PubMed NCBI BLAST: pesquisa interna no site do BLAST Global Search: pesquisa integrada em todas as bases NCBI SiteMap: mapa do site Portal NCBI Quick Links: links rápidos Search NLM: pesquisa no site da NLM Help: ajuda para uso do portal NCBI Portal NCBI Recursos e Ferramentas Bases de Dados em Literatura – Site Search

Portal NCBI Recursos e Ferramentas Bases de Dados em Literatura – Site Search A interface do Site Search a mesma do Portal NCBI, com filtro de pesquisa apenas para a Site Search

Portal NCBI Recursos e Ferramentas Bases de Dados em Literatura – Site Search Links específicos do Site Search

Em colaboração com autores e editores, o NCBI oferece a base de dados Bookshelf de livros (e-books) e monografias biomédicas online com links para PubMed e outros recursos de informação. Portal NCBI Recursos e Ferramentas Bases de Dados em Literatura - Books

Portal NCBI Recursos e Ferramentas Bases de Dados em Literatura - Books A interface do Bookshelf é a mesma do Portal NCBI, com filtro de pesquisa apenas para o Bookshelf

Portal NCBI Recursos e Ferramentas Bases de Dados em Literatura - Books Links específicos da base de dados Bookshelf

Recursos produzidos pelo NCBI (manuais e livros/e-books) estão disponíveis no BookShelf: NCBI Handbook , Coffee Break Genes and Disease . Portal NCBI Recursos e Ferramentas Bases de Dados em Literatura - Books

Recursos produzidos pelo NCBI (manuais e livros/e-books) estão disponíveis no BookShelf: NCBI Handbook , Coffee Break Genes and Disease. Portal NCBI Recursos e Ferramentas Bases de Dados em Literatura - Books

Portal NCBI Recursos e Ferramentas Bases de Dados em Literatura – NCBI Handbooks O NCBI Handbook é o manual completo para uso do Portal NCBI

Portal NCBI Recursos e Ferramentas Bases de Dados em Literatura – NCBI Handbooks O NCBI Handbook explica detalhadamente estrutura e funcionamento das base de dados do Portal NCBI

Portal NCBI Recursos e Ferramentas Bases de Dados em Literatura – NCBI Handbooks O NCBI Handbook explica detalhadamente os fluxos de dados e processos envolvidos nos recursos do Portal NCBI

Portal NCBI Recursos e Ferramentas Bases de Dados em Literatura – NCBI Handbooks O NCBI Handbook explica detalhadamente os mecanismos de busca e linkagem de dados dos recursos do Portal NCBI

Recursos produzidos pelo NCBI (manuais e livros/e-books) estão disponíveis no BookShelf: NCBI Handbook, Coffee Break Genes and Disease. Portal NCBI Recursos e Ferramentas Bases de Dados em Literatura - Books

Portal NCBI Recursos e Ferramentas Bases de Dados em Literatura – NCBI CoffeeBreak O NCBI CooffeeBreak é uma coleção de relatórios de novas descobertas biológicas , além de incorporar uma série de tutoriais para uso de novas ferramentas de bioinformática

Recursos produzidos pelo NCBI (manuais e livros/e-books) estão disponíveis no BookShelf: NCBI Handbook, Coffee Break Genes and Disease . Portal NCBI Recursos e Ferramentas Bases de Dados em Literatura - Books

Portal NCBI Recursos e Ferramentas Bases de Dados em Literatura – Genes and Deseases O NCBI Genes and Deseases é uma coleção de artigos sobre genética e doenças genéticas , organizados por partes do organismo

Portal NCBI Recursos e Ferramentas Bases de Dados em Literatura – Genes and Deseases O NCBI Genes and Deseases contém o mapa dos cromossomos com descrição e estrutura de cada um deles

Portal NCBI Recursos e Ferramentas Bases de Dados em Literatura - Journals A interface de Journals é a mesma do Portal NCBI, com filtro de pesquisa apenas para a base Journals Coleção de todos os periódicos indexados pelo PubMed com links para os seus registros.

Portal NCBI Recursos e Ferramentas Bases de Dados em Literatura - Journals É possível listar todos os periódicos da base Journal...

Portal NCBI Recursos e Ferramentas Bases de Dados em Literatura – Journals List Listar somente periódicos incluídos na base PubMed em vários formatos (txt, gz, z, zip)

Portal NCBI Recursos e Ferramentas Bases de Dados em Literatura - Journals List Listar somente periódicos em Biologia Molecular em vários formatos (txt, gz, z, zip)

Portal NCBI Recursos e Ferramentas Bases de Dados em Literatura - Journals List Listar todos os periódicos disponíveis no Portal NCBI em vários formatos (txt, gz, z, zip)

Portal NCBI Recursos e Ferramentas Bases de Dados em Literatura - Journals ... ou somente aqueles que estejam disponíveis em texto completo

Portal NCBI Recursos e Ferramentas Bases de Dados em Literatura – Journals Full-text ... Interface para pesquisa de periódicos que estejam disponíveis em texto completo, pagos ou gratuitos, com link externo para a referência e/ou texto completo

Portal NCBI Recursos e Ferramentas Bases de Dados em Literatura – Journals Full-text ... Listagem alfabética de periódicos externos por título

NLM Catalog fornece acesso ao catálogo da National Library of Medicine, ou seja, aos dados referenciais e textuais das coleções de periódicos, livros, arquivos sonoros, imagens e audiovisuais, softwares, recursos eletrônicos e outros materiais. Fornece links para as coleções das bibliotecas disponíveis em LocatorPlus Portal NCBI Recursos e Ferramentas Bases de Dados em Literatura – NLM Catalog

Portal NCBI Recursos e Ferramentas Bases de Dados em Literatura – NLM Catalog A interface de NLM Catalog é a mesma do Portal NCBI, com filtro de pesquisa apenas para a base NLM Catalog

Portal NCBI Recursos e Ferramentas Bases de Dados em Literatura – NLM Catalog Links específicos para o NLM Catalog

Portal NCBI Recursos e Ferramentas Bases de Dados em Literatura – NLM Catalog Links para Recursos relacionados ao NLM Catalog

Portal NCBI Recursos e Ferramentas Bases de Dados em Literatura – NLM Catalog O LocatorPlus é o sistema de armazenamento, busca e recuperação de informação específico para as coleções da NLM

PubMed : biomedical literature citations and abstracts PubMed Central : free, full text journal articles Site Search : NCBI web and FTP sites Books : online books Journals : detailed information about the journals indexed in PubMed and other NLM Catalog : catalog of books, journals, and audiovisuals in the NLM collections OMIM : Online Mendelian Inheritance in Man OMIA : online Mendelian Inheritance in Animals Portal NCBI Recursos e Ferramentas Bases de Dados em Literatura

A base de dados OMIM (Online Mendelian Inheritance in Man) é um catálogo de genes humanos e desordens genéticas, escrito e editado por Dr. Victor A. McKusick e seus colegas da Johns Hopkins e desenvolvido na Web pelo NCBI. Portal NCBI Recursos e Ferramentas Bases de Dados em Literatura - OMIM

Portal NCBI Recursos e Ferramentas Bases de Dados em Literatura - OMIM A interface de OMIM é a mesma do Portal NCBI, com filtro de pesquisa apenas para a base OMIM

Portal NCBI Recursos e Ferramentas Bases de Dados em Literatura - OMIM Links específicos da base OMIM

Portal NCBI Recursos e Ferramentas Bases de Dados em Literatura - OMIM O MapViewer é um recurso do Portal NCBI que possibilita visualizar os genes humanos disponíveis na base OMIM

A OMIA (Online Mendelian Inheritance in Animals) é um catálogo de genes, desordens hereditárias e tratamentos em espécies de animais, exceto humanos e ratos, da autoria do Professor Frank Nicholas da Universidade de Sydney, Australia. Portal NCBI Recursos e Ferramentas Bases de Dados em Literatura - OMIA

Portal NCBI Recursos e Ferramentas Bases de Dados em Literatura - OMIA A interface de OMIA é a mesma do Portal NCBI, com filtro de pesquisa apenas para a base OMIA

Bases de Dados referenciais e textuais Literatura em Ciências Biológicas e da Saúde Bancos de Dados Genéticos Bases de Dados Moleculares Tesauro em Ciências da Saúde (MeSH) Ferramentas e Recursos em Biologia Genômica Ferramentas de Mineração de Dados (Data Mining) Computational Biology Branch Portal NCBI Recursos e Ferramentas

Portal NCBI Recursos e Ferramentas Bancos de Dados Genéticos A interface do Genbank é a mesma do Portal NCBI, com filtro de pesquisa apenas para recursos do Genbank

Portal NCBI Recursos e Ferramentas Bancos de Dados Genéticos Links específicos para recursos do Genbank

Portal NCBI Recursos e Ferramentas Bancos de Dados Genéticos e Moleculares - Lista

Portal NCBI Recursos e Ferramentas Bases de Dados Moleculares A interface de Databases é a mesma do Portal NCBI, com filtro de pesquisa apenas para recursos das Databases

O Medical Subject Headings (MeSH) é um vocabulário controlado ou tesauro da NLM usado para indexar e recuperar artigos da PubMed . É um conjunto de termos descritores (palavras-chave) organizados de forma hierárquica, com relações associativas e de pertinência/equivalência. É uma terminologia poli-hierárquica que oferece um caminho consistente para recuperação da informação pois pode contextualizar um mesmo termo descritor sob diferentes categorias de assuntos Portal NCBI Recursos e Ferramentas MeSH

Portal NCBI Recursos e Ferramentas MeSH A interface de MeSH é a mesma do Portal NCBI, com filtro de pesquisa apenas para a base MeSH

Portal NCBI Recursos e Ferramentas MeSH Clique aqui para navegar no Portal do MeSH

Portal NCBI Recursos e Ferramentas Portal MeSH Portal do MeSH

Portal NCBI Recursos e Ferramentas Portal MeSH MeSH Browser versão 2008

Portal NCBI Recursos e Ferramentas Portal MeSH Pesquisa básica no MeSH Browser

Portal NCBI Recursos e Ferramentas Portal MeSH Selecionar o tipo de registro que deseja pesquisar

Portal NCBI Recursos e Ferramentas Portal MeSH Pesquisar somente em campos de substâncias químicas

Portal NCBI Recursos e Ferramentas Portal MeSH Navegar por categoria (ordem hierárquica) no MeSH Browser

Portal NCBI Recursos e Ferramentas Portal MeSH Árvore hierárquica de categorias MeSH 2008

Portal NCBI Recursos e Ferramentas Portal MeSH 2º nível da categoria “F” (Psychiatry ...)

Portal NCBI Recursos e Ferramentas Portal MeSH Termos subordinados à categoria F3 (Psychiatry... > Mental Disorders)

Portal NCBI Recursos e Ferramentas Portal MeSH Clique sobre o link do termo descritor para ver os detalhes

Portal NCBI Recursos e Ferramentas Portal MeSH Detalhes do termo descritor “Adjustment Disorders”

Portal NCBI Recursos e Ferramentas Portal MeSH Código de classificação hierárquico do termo

Portal NCBI Recursos e Ferramentas Portal MeSH Definição do termo

Portal NCBI Recursos e Ferramentas Portal MeSH Termos sinônimos (proibidos, não pertinentes)

Portal NCBI Recursos e Ferramentas Portal MeSH Qualificadores (aspectos) possíveis para o termo descritor

Portal NCBI Recursos e Ferramentas Portal MeSH Outros detalhes (internos) sobre o termo descritor

Portal NCBI Recursos e Ferramentas Biologia Genômica O NCBI disponibiliza uma série de recursos e ferramentas em biologia genômica, incluindo páginas de organismos específicos que incluem links para muitos sites e bases de dados relevantes para várias espécies.

Portal NCBI Recursos e Ferramentas Biologia Genômica A interface de Genome Biology é a mesma do Portal NCBI, com filtro de pesquisa apenas para recursos do Genome Biology

Portal NCBI Recursos e Ferramentas Biologia Genômica Links específicos do Genome Biology

Portal NCBI Recursos e Ferramentas Biologia Genômica Recursos específicos do Genome Biology

Portal NCBI Recursos e Ferramentas Biologia Genômica Uma série de bases de dados específicas em Biologia Genômica

Portal NCBI Recursos e Ferramentas Biologia Genômica Recursos sobre Vírus e Viroses

Portal NCBI Recursos e Ferramentas Biologia Genômica Recurso MapViewer

Portal NCBI Recursos e Ferramentas Biologia Genômica - MapViewer O MapViewer é um recurso do Portal NCBI que possibilita visualizar mapeamento genético e sequenciamento de dados de organismos vivos

Portal NCBI Recursos e Ferramentas Data Mining A interface de Tools for Data Mining é a mesma do Portal NCBI, com filtro de pesquisa apenas para Data Mining

Portal NCBI Recursos e Ferramentas Data Mining Links específicos para Tools for Data Mining

Portal NCBI Recursos e Ferramentas Data Mining Descrição de todos os recursos de Data Mining

Portal NCBI Recursos e Ferramentas Data Mining São encontrados 4 grupos de ferramentas para Mineração de Dados (Data Mining) no Portal NCBI: para Análise de Seqüências de Nucleotídeos para Análise de Seqüências de Proteínas para Análise de Estruturas para Análise Genômica para Análise de Expressão Genética

Portal NCBI Recursos e Ferramentas Data Mining – Análise Seqüências Nucleotídeos BLAST Electronic PCR Entrez Gene Model Maker ORF Finder Organism Especific Resources SAGEMap Spidey Splign VecScreen Viral Genotyping Tool

Portal NCBI Recursos e Ferramentas Data Mining – Análise Seqüências Nucleotídeos Basic Local Alignment Search Tool ( BLAST ) Ferramenta para comparação de seqüências de genes e de proteínas com outras bases de dados públicas, incluindo diversos tipos, tais como PSI-BLAST, PHI-BLAST e seqüências BLAST 2. Os BLASTs especializados também estão disponíveis para humanos, micróbios, malária e outros genomas, bem como para vetores de contaminação, imunoglobulinas e tentativas de consenso para seqüências humanas.

Portal NCBI Recursos e Ferramentas Data Mining – Análise Seqüências Nucleotídeos Recursos do BLAST

Portal NCBI Recursos e Ferramentas Data Mining – Análise Seqüências Nucleotídeos Electronic PCR Ferramenta que permite pesquisar seqüências de DNA em Sequence Tagged Sites (STSs), os quais vêm sendo usados como marcadores em vários tipos de mapas genômicos. Compara a sequência pesquisada cruzando dados em NCBI's UniSTS, uma visão integrada e consistente de STSs que reúne uma coleção de fontes.

Portal NCBI Recursos e Ferramentas Data Mining – Análise Seqüências Nucleotídeos Entrez Gene O “Entrez Gene” é um successor do “LocusLink”. Cada registro do Entrez Gene encapsula uma vasta coleção de informações sobre um dado gene e organismo. Quando possível, a informação inclui resultados de análises que têm sido feitas na seqüência de dados. A quantidade e tipo de informação presentes no registro depende do que está disponível para o gene e para o organismo em particular e pode incluir: um sumário gráfico do contexto genômico, estrutura intron/exon e flanking genes , link para uma visão gráfica da sequência mRNA, a qual apresenta recursos biológicos tais como CDS, SNPs, etc., links para ontologia genética e informação fenotípica, links para correspondência entre dados de seqüência de proteínas e dominós conservados, links para recursos relacionados, tais como bases de dados de mutações genéticas.

Portal NCBI Recursos e Ferramentas Data Mining – Análise Seqüências Nucleotídeos Entrez Gene A interface de Entrez Gene é a mesma do Portal NCBI, com filtro de pesquisa apenas para a base Gene

Portal NCBI Recursos e Ferramentas Data Mining – Análise Seqüências Nucleotídeos Entrez Gene Exemplo do Entrez Gene

Portal NCBI Recursos e Ferramentas Data Mining – Análise Seqüências Nucleotídeos Entrez Gene Resultado da pesquisa no Entrez Gene apresenta informações sobre todos os genes que têm relação com distrofia muscular humana

Portal NCBI Recursos e Ferramentas Data Mining – Análise Seqüências Nucleotídeos Entrez Gene Outras opções de exibição de resultado da pesquisa no Entrez Gene

Portal NCBI Recursos e Ferramentas Data Mining – Análise Seqüências Nucleotídeos Entrez Gene Resultado da pesquisa no Entrez Gene apresenta informações somente sobre genes correntes(?) que têm relação com distrofia muscular humana

Portal NCBI Recursos e Ferramentas Data Mining – Análise Seqüências Nucleotídeos Entrez Gene Resultado da pesquisa no Entrez Gene apresenta informações somente sobre genes que tenham seqüências de cromossomos anotadas total ou parcialmente e que têm relação com distrofia muscular humana

Portal NCBI Recursos e Ferramentas Data Mining – Análise Seqüências Nucleotídeos Entrez Gene Resultado da pesquisa no Entrez Gene apresenta informações somente sobre genes associados a relatórios genéticos em dbSNP(VAR) e que têm relação com distrofia muscular humana

Portal NCBI Recursos e Ferramentas Data Mining – Análise Seqüências Nucleotídeos Entrez Gene Registro de um gene no Entrez Gene

Portal NCBI Recursos e Ferramentas Data Mining – Análise Seqüências Nucleotídeos Entrez Gene Registro de um gene no Entrez Gene (cont.)

Portal NCBI Recursos e Ferramentas Data Mining – Análise Seqüências Nucleotídeos Model Maker Possibilita visualizar a evidência (mRNAs, ESTs, and gene predictions) que foi alinhada para a sequência genômica montada para construir um modelo genético e editar o modelo para selecionar ou remover exons putativos (supostos verdadeiros). É possível ver as seqüências de mRNA sequence e ORFs potenciais do modelo editado e salvar a sequência de dados mRNA para uso em outros programas. O Model Maker está acessível em mapas sequenciais que foram analisados pelo NCBI e disponibilizados no Map Viewer.

Portal NCBI Recursos e Ferramentas Data Mining – Análise Seqüências Nucleotídeos ORF Finder Identifica todas as possíveis ORFs em seqüências de DNA pela localização de padrões e paradas alternativa e start codons. As seqüências de aminoácidos deduzidas podem ser usadas cruzando o BLAST com o GenBank. O buscador ORF tbm está enpacotado is also packaged in the sequence submission software Sequin .

Portal NCBI Recursos e Ferramentas Data Mining – Análise Seqüências Nucleotídeos Organism Especific Resources – Genome Biology Ferramentas e recursos em biologia genômica, incluindo páginas para organismos específicos que incluem links para sites e bases de dados relevantes para diversas espécies.

Portal NCBI Recursos e Ferramentas Data Mining – Análise Seqüências Nucleotídeos SAGEMap fornece ferramentas de teste estatístico projetadas especificamente para análise diferencial de tipo de dados SAGE (Serial Analysis of Gene Expression), ou seja, Análise Serial de Expressão Genética. Os dados incluem bibliotecas SAGE geradas por etiquetas individuais, assim como aquelas geradas pelo Cancer Genome Anatomy Project (CGAP), que está sendo submetido ao Gene Expression Omnibus (GEO). Os arquivos de expressão genética que comparam as expressões em diferents bibliotecas SAGE estão disponíveis no Entrez GEO Profiles. É possível consultar uma sequencia no SAGEMap para determinar quais etiquetas SAGE estão na sequencia, mapear o registro associado SAGEtag e visualizar a expressão daquelas etiquetas em diferentes bibliotecas CGAP SAGE.

Portal NCBI Recursos e Ferramentas Data Mining – Análise Seqüências Nucleotídeos Spidey alinha um ou mais sequencias de mRNA’s em uma seqüência genômica simples. O Spidey tentará deterinar as estruturas exon/intron, retornando um ou mais modelos de estrutura genômica, incluindo o alinhamento genomic/mRNA para cada exon.

Portal NCBI Recursos e Ferramentas Data Mining – Análise Seqüências Nucleotídeos Splign um utilitário para computer alinhamentos cDNA-to-Genomic baseados na variação do algoritmo de Needleman-Wunsch combinado com Blast para detecção de compartimentos e melhoria de performance.

Portal NCBI Recursos e Ferramentas Data Mining – Análise Seqüências Nucleotídeos VecScreen Uma ferramenta para identificar segmentos de seqüências de ácidos nucléicos que podem ser de um vetor, linker ou adaptado para uma análise de sequência ou submissão.VecScreen foi desenvolvido para combater o problema de contaminação de/por vetores em bases de dados públicas de seqüências

Portal NCBI Recursos e Ferramentas Data Mining – Análise Seqüências Nucleotídeos Viral Genotyping Tool um programa web que identifica o genótipo ou subtipo de recombinações ou não de seqüências de nucleotídeos virais. Trabalha com BLAST para comparar uma seqüência consultada em um conjunto de seqüências com genótipos conhecidos. Os resultados são apresentados de forma gráfica com genótipos codificados por cores, de modo que os genótipos de parte de uma consulta podem ser fácil e rapidamente identificados.

Portal NCBI Recursos e Ferramentas Data Mining – Análise Seqüências Proteínas BLAST BLink CDSearch CDART Open Mass Spectrometry Search Algorithm (OMSSA) TaxPlot

Portal NCBI Recursos e Ferramentas Data Mining – Análise Seqüências Proteínas Basic Local Alignment Search Tool ( BLAST ) Ferramenta para comparação de seqüências de genes e de proteínas com outras bases de dados públicas, incluindo diversos tipos, tais como PSI-BLAST, PHI-BLAST e seqüências BLAST 2. Os BLASTs especializados também estão disponíveis para humanos, micróbios, malária e outros genomas, bem como para vetores de contaminação, imunoglobulinas e tentativas de consenso para seqüências humanas.

Portal NCBI Recursos e Ferramentas Data Mining – Análise Seqüências Proteínas BLink ("BLAST Link") Exibe resultados de pesquisas no BLAST que tenham sido realizzadas para cada sequência de proteína nos dados do Entrez Proteins

Portal NCBI Recursos e Ferramentas Data Mining – Análise Seqüências Proteínas CD Search Bases de Dados de Dominio Conservado (Conserved Domain Database) com posições específicas reversas de BLAST ( Basic Local Alignment Search Tool)

Portal NCBI Recursos e Ferramentas Data Mining – Análise Seqüências Proteínas CDART Quando é dada uma sequência de proteína, o CDART apresenta os domínios funcionais que desenha a proteína e lista proteínas com arquiteturas de domínio similar.

Portal NCBI Recursos e Ferramentas Data Mining – Análise Seqüências Proteínas Open Mass Spectrometry Search Algorithm (OMSSA) O buscador OMSSA é um serviço que permite a pesquisadores da área de proteômica submeterem a massa espectral de peptídeos e de proteínas para identificação. OMSSA compara a massa espectral de íons teóricos gerados de dados de bibliotecas e ranqueia os resultados usando uma pontuação derivada de testes de hipótese clássicos.

Portal NCBI Recursos e Ferramentas Data Mining – Análise Seqüências Proteínas TaxPlot Uma ferramenta que oferece 3 vias de comparação de genomas em bases de sequências de proteínas. Para usar TaxPlot, seleciona-se um genoma de referência para se comparar com outros 2 genomas. Resultados BLAST pré-computados são usados para plotar pontos para cada proteína predita no genoma referenciado, baseado no melhor alinhamento com proteínas em cada um dos 2 genomas comparados.

Portal NCBI Recursos e Ferramentas Data Mining – Análise Estruturas Cn3D - Cn3D é uma aplicação de ajuda para seu browser que permite visualizar estruturas 3D do serviço de recuperação do NCBI's Entrez. Cn3D roda em Windows, Macintosh e Unix. VAST Search - O VAST é serviço que pesquisa similaridade entre estruturas NCBI. Compara coordenadas 3D de uma determinada estrutura de proteína com aquelas em bases de dados MMDB/PDB. CD Search - Bases de Dados de Dominio Conservado (Conserved Domain Database) com posições específicas reversas de BLAST (Basic Local Alignment Search Tool).

Portal NCBI Recursos e Ferramentas Data Mining – Análise Genômica Entrez Genomes Contém genomas de mais de 1000 organismos. Os genomas representam sequências completas de organismos e aquelas cujas sequências estão sendo desenvolvidas. Contém representações dos 3 princípais domínios da vida: bactérias, archaea e eukaryota , além de vírus, fages, viróides, plasmídeos, e organelas. Entrez Genomes possibilita visões gráficas de genomas e comossomos completos e explorar regiões de interesse com alto nível de detalhamento.

Portal NCBI Recursos e Ferramentas Data Mining – Análise Genômica COGs - Clusters of Orthologous Groups Um sistema natural de famílias genéticas com genomas completos. Os Clusters of Orthologous Groups (COGs) são delineados por comparação de sequências de proteínas codificadas em 43 genomas completos, representando as 30 maiores linhagens filogenéticas.

Portal NCBI Recursos e Ferramentas Data Mining – Análise Genômica O MapViewer é um recurso do Portal NCBI que possibilita visualizar mapeamento genético e sequenciamento de dados de organismos vivos

Portal NCBI Recursos e Ferramentas Data Mining – Análise Genômica SKY/M-FISH & CGH Database As bases de dados NCBI SKY/M-FISH e CGH são repositórios de dados públicos submetidos ao Spectral Karyotyping (SKY), Multiplex Fluorescence In Situ Hybridization (M-FISH) e ao Comparative Genomic Hybridization (CGH), que são técnicas de citogenética molecular fluorescente. SKY e M-FISH permitem visualização simultânea de cada cromossomo humano em diferentes cores, facilitando a identificação de aberrações cromossômicas CGH pode ser usado para gerar mapas de DNA alterados em tumores. É um projeto colaborativo com o National Cancer Institute. ( data submission instructions ... )

Portal NCBI Recursos e Ferramentas Data Mining – Análise Expressão Genética GEO Gene Expression Omnibus (GEO) Contém uma série de ferramentas que auxiliam na visualização e exploração de dados GEO. Os conjuntos de dados podem ser visualizados de forma hierárquica, com relações entre exemplos e genes. Os genes relacionados podem ser identificados com base em sequências de similaridade, perfil de similaridade ou homologia. Indicadores qualidade de conjuntos de dados são fornecidos em forma de gráficos e por “ flagging outliers ”. Também são fornecidos links para outras sequências NCBI, além de mapas e outros recursos de bases de dados e publicações relacionadas.

Portal NCBI Recursos e Ferramentas Data Mining – Análise Expressão Genética SAGEMap fornece ferramentas de teste estatístico projetadas especificamente para análise diferencial de tipo de dados SAGE (Serial Analysis of Gene Expression), ou seja, Análise Serial de Expressão Genética. Os dados incluem bibliotecas SAGE geradas por etiquetas individuais, assim como aquelas geradas pelo Cancer Genome Anatomy Project (CGAP), que está sendo submetido ao Gene Expression Omnibus (GEO). Os arquivos de expressão genética que comparam as expressões em diferents bibliotecas SAGE estão disponíveis no Entrez GEO Profiles. É possível consultar uma sequencia no SAGEMap para determinar quais etiquetas SAGE estão na sequencia, mapear o registro associado SAGEtag e visualizar a expressão daquelas etiquetas em diferentes bibliotecas CGAP SAGE.

Portal NCBI Recursos e Ferramentas Data Mining – Análise Expressão Genética UniGene DDD Digital Differential Display – uma ferramenta online para comparar perfis de expressão genética entre bibliotecas de cDNA’s selecionados. Usando testes estatísticos, é possível observar níveis de expressão genética com diferenças significativas são identifiadas e apresentadas ao usuário.

Portal NCBI Recursos e Ferramentas Computational Biology Branch O Computational Biology Branch é um grupo de pesquisa em Biologia Computacional, cujos projetos servem de base ao desenvolvimento do Portal NCBI. Inclui perfil e contato dos pesquisadores participantes do grupo.

Portal NCBI Recursos e Ferramentas Submissão de Manuscritos

Portal NCBI Recursos e Ferramentas FTP NCBI Todos os arquivos disponíveis no Portal NCBI para download, organizados em pastas.

Portal NCBI Recursos e Ferramentas Entrez Programming Utilities O sistema Entrez fornece uma série de utilitários avançados para processamento automático de grandes quantidades de dados provenientes do Portal NCBI

Portal NCBI Recursos e Ferramentas Bases de Dados – Pesquisa Básica Pesquisa básica na interface principal em todas as bases de dados disponíveis no Portal NCBI

Portal NCBI Recursos e Ferramentas Bases de Dados – Pesquisa Básica Ou pesquisa básica na interface across-databases em todas as bases de dados disponíveis no Portal NCBI

Portal NCBI Recursos e Ferramentas Bases de Dados – Pesquisa Básica Resultado da pesquisa básica em todas as bases de dados do Portal NCBI

Portal NCBI Recursos e Ferramentas Bases de Dados – Pesquisa Básica Selecionar apenas uma base de dados específica na pesquisa básica na interface principal

Portal NCBI Recursos e Ferramentas Bases de Dados – Pesquisa Básica Clique sobre o link da base para selecionar os resultado da base de dados que deseja

Portal NCBI Recursos e Ferramentas Bases de Dados – Pesquisa Básica Página de resultados da pesquisa usando “medical informatics” na base PubMed

Portal NCBI Recursos e Ferramentas Bases de Dados – Resultados da Pesquisa Total de itens encontrados sobre “medical informatics” na base PubMed (162.562)

Portal NCBI Recursos e Ferramentas Bases de Dados – Resultados da Pesquisa Quantidade de itens exibidos por página

Portal NCBI Recursos e Ferramentas Bases de Dados – Resultados da Pesquisa Página n de m, ou seja, p. 1 de um total de 8.129 páginas, com 20 itens cada

Portal NCBI Recursos e Ferramentas Bases de Dados – Resultados da Pesquisa Link para a página seguinte

Portal NCBI Recursos e Ferramentas Bases de Dados – Resultados da Pesquisa Referência do item encontrado (autor, título, imprenta, PMID etc.)

Portal NCBI Recursos e Ferramentas Bases de Dados – Resultados da Pesquisa A ordenação padrão é cronológica descrescente, ou seja, os itens + novos primeiro

Portal NCBI Recursos e Ferramentas Bases de Dados – Resultados da Pesquisa Clique na caixa de check para selecionar o item para armazenar mais tarde

Portal NCBI Recursos e Ferramentas Bases de Dados – Resultados da Pesquisa Este ícone sem traços indica que o texto completo não está disponível

Portal NCBI Recursos e Ferramentas Bases de Dados – Resultados da Pesquisa Este ícone com traços indica que o texto completo está disponível

Portal NCBI Recursos e Ferramentas Bases de Dados – Resultados da Pesquisa O fato de o texto completo estar disponível online não significa que ele seja “acesso aberto” (gratuito)

Portal NCBI Recursos e Ferramentas Bases de Dados – Resultados da Pesquisa Este ícone com traços indica que o texto completo está disponível no PubMed Central, ou seja, texto completo e gratuito

Portal NCBI Recursos e Ferramentas Bases de Dados – Resultados da Pesquisa Clique em “Related Articles” para ver artigos relacionados ao item, ou seja, indexados com um ou mais termos descritores semelhantes

Portal NCBI Recursos e Ferramentas Bases de Dados – Resultados da Pesquisa Clique na guia “Review” para ver somente artigos de revisão (13.024)

Portal NCBI Recursos e Ferramentas Bases de Dados – Display Resultados da Pesquisa Opções para alterar a forma de exibição (display) dos resultados

Portal NCBI Recursos e Ferramentas Bases de Dados – Display Resultados da Pesquisa Opções para alterar o formato de referência dos registros

Portal NCBI Recursos e Ferramentas Bases de Dados – Display Resultados da Pesquisa Opções para alterar a quantidade de registros exibidos por página

Portal NCBI Recursos e Ferramentas Bases de Dados – Display Resultados da Pesquisa Opções para alterar a forma de ordenação dos registros exibidos

Portal NCBI Recursos e Ferramentas Bases de Dados – Display Resultados da Pesquisa Opções para enviar os resultados para locais e em formatos diferentes

Portal NCBI Recursos e Ferramentas Bases de Dados – Limites Guia de Limites de Pesquisa

Portal NCBI Recursos e Ferramentas Bases de Dados – Limites Limites : para refinar a pesquisa ou elaborar pesquisa avançada

Portal NCBI Recursos e Ferramentas Bases de Dados – Limites Limites : pesquisar por autores específicos

Portal NCBI Recursos e Ferramentas Bases de Dados – Limites Limites : pesquisar por periódicos específicos

Portal NCBI Recursos e Ferramentas Bases de Dados – Limites Limites : pesquisar por: - textos completos ou - textos completos gratuitos ou - resumos (somente referências)

Portal NCBI Recursos e Ferramentas Bases de Dados – Limites Limites : pesquisar por aspectos específicos (humanos ou animais; machos ou fêmeas)

Portal NCBI Recursos e Ferramentas Bases de Dados – Limites Limites : pesquisar por idiomas específicos

Portal NCBI Recursos e Ferramentas Bases de Dados – Limites Limites : pesquisar por grupos de periódicos por tema ou tópicos específicos

Portal NCBI Recursos e Ferramentas Bases de Dados – Limites Limites : pesquisar por tipo de publicação

Portal NCBI Recursos e Ferramentas Bases de Dados – Limites Limites : pesquisar por idade do grupo da amostra para pesquisas com seres humanos e/ou animais

Portal NCBI Recursos e Ferramentas Bases de Dados – Limites Limites : definir o campo onde a estratégia de busca deve ser aplicada

Portal NCBI Recursos e Ferramentas Bases de Dados – Limites Limites : limpar todos os limites definidos

Portal NCBI Recursos e Ferramentas Bases de Dados – Limites Limites : após definir todos os limites, clique em “Go” para que a estratégia de busca seja elaborada pelo sistema Entrez

Portal NCBI Recursos e Ferramentas Bases de Dados – Limites Limites : Resultado da pesquisa com aplicação de limites

Portal NCBI Recursos e Ferramentas Bases de Dados – Limites Limites : descrição dos limites definidos para a pesquisa

Portal NCBI Recursos e Ferramentas Bases de Dados – Limites Preview/index : use para visualizar as suas buscas + recentes e para refinar as estratégias de busca já utilizadas

Portal NCBI Recursos e Ferramentas Bases de Dados – Limites Preview/index : exemplo do uso do AND para adicionar à estratégia somente obras de “Prazeres” como 1º autor

Portal NCBI Recursos e Ferramentas Bases de Dados – Limites Preview/index : index do termo “Prazeres” como 1º autor

Portal NCBI Recursos e Ferramentas Bases de Dados – Limites Preview/index : preview do uso do AND para adicionar à estratégia somente obras de “Prazeres” como 1º autor

Portal NCBI Recursos e Ferramentas Bases de Dados – Limites Preview/index : index do uso do AND para adicionar à estratégia somente obras de “Prazeres”

Portal NCBI Recursos e Ferramentas Bases de Dados – Histórico de Pesquisas History : apresenta o histórico de todas as pesquisas realizadas no portal nesta conexão. Para usuários cadastrados e logados, é possível salvar o histórico da pesquisa

Portal NCBI Recursos e Ferramentas Bases de Dados – Histórico de Pesquisas Clipboard : apresenta os resultados da pesquisa selecionados pelo usuário e enviados para o clipboard para uso posterior

Portal NCBI Recursos e Ferramentas Bases de Dados – Histórico de Pesquisas 5 de Junho de 2009 Eliane Colepícolo (SeABD/BCo/UFSCar) Details : apresenta os detalhes das pesquisas realizadas, ou seja, a estratégia de busca completa que pode ser alterada, aplicada ou salva para uso posterior

Portal NCBI Recursos e Ferramentas Bases de Dados – Histórico de Pesquisas Details : a opção Search refaz a pesquisa

Portal NCBI Recursos e Ferramentas Bases de Dados – Histórico de Pesquisas Details : a opção URL apresenta a URL da pesquisa para armazenar em Favoritos para uso posterior

Portal NCBI Pesquisa Avançada (Beta) Advanced Search : funciona somente dentro de uma base de dados específica

Portal NCBI Pesquisa Avançada (Beta) Página Principal Advanced Search : página principal da pesquisa avançada

Portal NCBI Pesquisa Avançada (Beta) Pubmed Search History Pubmed Search History : rever pesquisas elaboradas nas últimas 8 h

Portal NCBI Pesquisa Avançada (Beta) Pubmed Search History Pubmed Search History : lista das pesquisas elaboradas nas últimas 8 h. Basta clicar em #n para rever os resultados.

Portal NCBI Pesquisa Avançada (Beta) Especificando campos Advanced Search : especificar autor, periódico, data de publicação e outros

Portal NCBI Pesquisa Avançada (Beta) Especificando campos Advanced Search : especificar uso de AND ou OR para pesquisar por mais de 1 campo

Portal NCBI Pesquisa Avançada (Beta) Especificando campos Advanced Search : especificar autor ou por qualquer outro campo

Portal NCBI Pesquisa Avançada (Beta) Usando Índices Advanced Search : procurar no índice do autor ou de qualquer outro campo

Portal NCBI Pesquisa Avançada (Beta) Usando Índices Advanced Search : índice de autor usando a palavra “smith” (141.219 ocorrências)

Portal NCBI Pesquisa Avançada (Beta) Usando Índices Advanced Search : após utilizar o índice, é possível ocultá-lo

Portal NCBI Pesquisa Avançada (Beta) Adicionando campos à pesquisa Advanced Search : a pesquisa por journal e publication date aparece como padrão, mas pode ser modificada para quaisquer outros campos

Portal NCBI Pesquisa Avançada (Beta) Adicionando campos à pesquisa Advanced Search : também é possível adicionar mais campos à pesquisa

Portal NCBI Pesquisa Avançada (Beta) Adicionando campos à pesquisa Advanced Search : exemplo de uma pesquisa usando 4 campos conectados por AND

Portal NCBI Pesquisa Avançada (Beta) Usando Limites Advanced Search : pode-se limitar a pesquisa por categorias específicas

Portal NCBI Pesquisa Avançada (Beta) Usando Limites Advanced Search : limitar por: - textos completos - textos completos gratuitos ou - resumos

Portal NCBI Pesquisa Avançada (Beta) Usando Limites Advanced Search : limitar por pesquisa em: - Seres humanos - animais

Portal NCBI Pesquisa Avançada (Beta) Usando Limites Advanced Search : limitar por tipo de artigo

Portal NCBI Pesquisa Avançada (Beta) Usando Limites Advanced Search : limitar por grupos de periódicos ou temas específicos

Portal NCBI Pesquisa Avançada (Beta) Usando Limites Advanced Search : limitar por gêneros

Portal NCBI Pesquisa Avançada (Beta) Usando Limites Advanced Search : limitar por idiomas

Portal NCBI Pesquisa Avançada (Beta) Usando Limites Advanced Search : limitar por faixas etárias das amostras

Portal NCBI Pesquisa Avançada (Beta) Especificando campos com outros operadores booleanos Advanced Search : é possível acrescentar mais campos à pesquisa usando operadores booleanos diferentes do usado em “ Search by Author, Journal, Publication Date, and more ”

Portal NCBI Pesquisa Avançada (Beta) Especificando campos com outros operadores booleanos Advanced Search : um exemplo acrescentando “ blood ” à pesquisa no campo “MeSH termos” usando o operador booleano OR

Portal NCBI Pesquisa Avançada (Beta) Especificando campos com outros operadores booleanos Advanced Search : expressão montada pela pesquisa avançada, que pode ser alterada pelo usuário, com conhecimento avançado Expressão completa da estratégia de pesquisa: (((smith[Author]) AND ("review"[Journal])) AND ("english"[Language])) AND (((medical education) OR (blood[MeSH Terms]))

Portal NCBI Pesquisa Avançada (Beta) Especificando campos com outros operadores booleanos Advanced Search : foi tirada a parte da expressão “ AND ("review"[Journal])) ” para que houvessem resultados Expressão alterada pelo usuário: (((smith[Author]) AND ("english"[Language])) AND (((medical education) OR (blood[MeSH Terms]))

Portal NCBI Pesquisa Avançada (Beta) Especificando campos com outros operadores booleanos Advanced Search : resultados da pesquisa avançada

Agradecemos a sua atenção! Universidade Federal de São Carlos - UFSCar Biblioteca Comunitária – BCo Departamento de Referência - DR Seção de Acesso a Bases de Dados – SeABD Comutação Bibliográfica – COMUT http://www.bco.ufscar.br [email_address] - (16) 3351-8424 Equipe SeABD Apresentação disponível em http://www.slideshare.net/seabd

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