CAPÍTULO 1 UMA VISÃO GLOBAL DA BIOINFORMÁTICA 3
1.1. O que é a bioinformática? 3
1.2. O surgimento da bioinformática 3
1.3. O que preciso saber para ser um bom bioinformata? 5
1.4. Cursos de pós-graduação em bioinformática no Brasil 6
1.5. Conversando sobre bioinformática – BIOCHAT 6
1.6. Referências Bibliográficas e textos complementares 12
1.7. bRAINsTORM 12
CAPÍTULO 2 GENOMA, BIOLOGIA MOLECULAR E COMPUTAÇÃO 13
2.1. Introdução 13
2.2. Sequenciamento do DNA 13
2.3. Genômica 14
2.4. As ômicas: integrando a bioinformação 15
2.5. O PERL e outras linguagens de programação 15
2.6. Referências Bibliográficas e textos complementares 17
2.7. bRAINsTORM 17
CAPÍTULO 3 ALINHAMENTO DE SEQÜÊNCIAS 18
3.1. Introdução 18
3.2. Alinhamento Global 18
3.3. Alinhamento Local 19
3.4. Alinhamentos ótimos e heurísticos 20
3.5. Alinhamentos simples e múltiplos 21
3.6. Matrizes de comparação 22
3.7. Exemplos reais de alinhamentos 23
3.8. Referências Bibliográficas 28
3.9. bRAINsTORM 28
CAPÍTULO 4 MONTANDO UM GENOMA 29
4.1. Sobre genomas eucarióticos e procarióticos 29
4.2. Base-calling 30
4.3. Cross-match 31
4.4. Agrupamento de seqüências 32
4.5. Sobre a cobertura dos genomas 34
4.6. Referências Bibliográficas 35
4.7. bRAINsTORM 35
CAPÍTULO 5 ANÁLISE DE TRANSCRIPTOMAS 36
5.1. As ESTs 36
5.2. Histórico das ESTs 37
5.3. Agrupamento de ESTs 38
5.4. O genoma e o transcriptoma 39
5.5. SAGE – Serial Analysis of Gene Expression 40
5.6. Microarrays 40
5.7. Referências Bibliográficas 41
5.8. bRAINsTORM 41
CAPÍTULO 6 BANCOS DE DADOS EM BIOLOGIA MOLECULAR 42
6.1. Histórico 42
6.2. Bancos primários e secundários 43
6.3. GenBank e GenPept 43
6.4. RefSeq – O banco de dados de seqüências de referência 44
6.5. SWISSPROT – O maior banco de dados secundário de seqüências de proteínas 45
6.6. Gene Ontology – Sistema de classificação de genes de acordo com suas características 46
6.7. Referências Bibliográficas 46
6.8. bRAINsTORM 47
CAPÍTULO 7 ANOTAÇÃO DE GENOMAS 49
7.1. Introdução 49
7.2. Anotação de Nucleotídeos 49
7.3. Anotação de Proteínas 50
7.4. Anotação de Processos 50
7.5. A realização da Anotação Genômica (Sociologia da Anotação) 51
7.6. Referências Bibliográficas 52
7.7. bRAINsTORM 53
CAPÍTULO 8 BIOINFORMÁTICA EVOLUTIVA E GENOMAS COMPLETOS 54
8.1. Homologia, Ortologia e Paralogia 54
8.2. COG 56
8.3. Trabalhando com genomas completos 56
8.4. Referências Bibliográficas 57
8.5. bRAINsTORM 58
CAPÍTULO 9 BIOINFORMÁTICA ESTRUTURAL 59
9.1. Sobre a estrutura das proteínas 59
9.2. Protein Data Bank: o banco de dados de estruturas de proteínas 60
9.3. Modelagem molecular por homologia 61
9.4. Alguns programas de modelagem molecular 63
9.5. Threading 63
9.6. CASP – Critical Assessment of Structure Prediction 63
9.7. Estrutura de um arquivo no formato PDB 64
9.8. Referências Bibliográficas 67
9.9. bRAINsTORM 68
CAPÍTULO 10 CONCLUSÕES E PENSAMENTOS FILOSÓFICOS SOBRE A BIOINFORMÁTICA 69
10.1. Sobre bioinformática, genoma e ciência 69
10.2. Introdução 69
10.3. Genoma e o método científico 70
CDAO presentation.
The idea of the comparative analysis ontoloty has been presented worldwide, including: NESCent (USA), IGBMC (France), UFRJ (Brazil). Providing a semantic framework for evolutionary analysis in a high-throughtput way after the next and third generation sequencing is the way to approach evolutionary-based studies into genome-wide analysis. The darwinian core of reasoning also allows CDAO to be used with other entities.
Neste trabalho apresento brevemente a gênese do pensamento evolutivo, abordando rapidamente a visão biológica aristotélica, passando na Roma antiga por Galeno e discutindo com mais enfoque a visão difundida na Europa a partir do século XVI. Discuto mais extensamente as contribuições de Buffon, Lamarck e Darwin para a história do pensamento evolutivo, apresentando partes de textos originais destes autores. Embora descreva trabalhos de outros naturalistas da época, certamente a extensão deste trabalho deixa muitos importantes pesquisadores de fora desta análise. Após um breve relato histórico sobre a evolução do pensamento evolutivo, discuto também com brevidade algumas questões epistemológicas relevantes a aspectos sociológicos, históricos e científicos importantes para a aceitação ou não das teorias apresentadas à época que forma originalmente expostas. Argumento basicamente que a teoria da evolução já havia alcançado uma profunda extensão em Lamarck e que possivelmente seu trabalho tenha sido ofuscado pelo enorme trabalho de Buffon, filósofo natural de grande renome em sua época. A importância de Darwin, entretanto, não deve ser diminuída, considerando que ele apresentou avanços significativos na forma como entendemos e observamos o processo evolutivo; principalmente através do conceito iluminador sobre a ancestralidade comum dos organismos.
http://tragodefilosofia.blogspot.com/2009/11/uma-breve-historia-do-pensamento.html
Quando Watson e Crick começaram seus estudos sobre a estrutura do DNA, ambos já haviam lido o clássico livro de Schrodinger entitulado "What's life" ou "O que é a vida". Nesta obra, o físico teórico austíaco Erwin Schrodinger (1887-1961) tentava explicar, utilizando apenas conceitos oriundos da física e da química, como poderia ser transmitida e codificada a hereditariedade nos organismos vivos. A idéia do vitalismo, segundo a qual os organismos biológicos eram compostos de um tipo de força mágica, o élan vital, já vinha há muito perdendo força e o livro de Schrodinger, publicado em 1944, consistia justamente numa tentativa de explicar a hereditariedade sem apelar para nenhum resquício desta magia animadora das forças vivas que era utilizada como modelo explicativo para a vida desde a Grécia antiga.
Em sua obra, Schrodinger argumentava que o gene deveria ser compreendido como uma molécula; uma molécula tal que fosse tão grande e estável como um cristal. Ela, entretanto, não poderia ser exatamente tão bem organizada e rígida como um cristal por um motivo muito simples: ela precisava guardar informação; a informação biológica para a função celular e para a hereditariedade. Um cristal, bem se sabe, consiste num conjunto de moléculas altamente ordenadas e que, por sua ordem tão precisa e repetitiva, não é capaz de guardar formas complexas de informação. Um cristal de sal, por exemplo, não tem nenhuma informação e consiste simplesmente numa organização precisamente montada de átomos de sódio e cloro. É como se o cristal clássico consistisse numa única frase química repetida milhões de vezes, como o Na-Cl. Para formar um livro químico-informacional da vida, precisaríamos ter várias frases contendo diferentes sentidos, fórmulas semânticas complexas a encerrar toda a informação necessária para a vida acontecer e ser passada adiante. O material genético de uma célula precisa ser capaz de "organizar" e manter a vida, além de passar para as próximas gerações a informação sobre a vida que ela coordenou por algum tempo. Desde muito já se sabe que os filhos se parecem com os pais e que de alguma forma essa informação é passada ao longo das gerações quando do processo evolutivo. Só não se sabia como isso acontecia e até antes dos estudos de Mendel, que revelou o gene enquanto partículo, acreditava-se no modelo de herança por mistura, onde características da prole eram simplesmente explicadas através de misturas das características dos pais. Mendel mostrou que existiam características recessivas e dominantes e que, de alguma forma, a herança funcionava em grande medida como partículas hereditárias (genes) e não como misturas completas de características, tendo refutado assim o pensamento da "herança por mistura". Mas ninguém conseguia explicar até o momento como essa característica herdável, genética, era transmitida ao longo das gerações.
Leia mais em http://tragodefilosofia.blogspot.com/2010/07/historia-da-descoberta-da-estrutura-do.html
As proteínas são unidades poliméricas feitas por aminoácidos.
Existem 20 aminoácidos diferentes cujas propriedades químicas de suas cadeias laterais são responsáveis por esta diferença e modificam as interações fisico-químicas das proteínas.
Os aminoácidos podem ser representados por sequências de uma ou três letras.
A estrutura primária de uma proteína é dada pela sequência de aminoácidos que a compõem.
A função bioquímica das proteínas pode ser estudada com detalhe.
O estudo das proteínas passa primeiro pela purificação delas através de técnicas de cromatografia.
CDAO presentation.
The idea of the comparative analysis ontoloty has been presented worldwide, including: NESCent (USA), IGBMC (France), UFRJ (Brazil). Providing a semantic framework for evolutionary analysis in a high-throughtput way after the next and third generation sequencing is the way to approach evolutionary-based studies into genome-wide analysis. The darwinian core of reasoning also allows CDAO to be used with other entities.
Neste trabalho apresento brevemente a gênese do pensamento evolutivo, abordando rapidamente a visão biológica aristotélica, passando na Roma antiga por Galeno e discutindo com mais enfoque a visão difundida na Europa a partir do século XVI. Discuto mais extensamente as contribuições de Buffon, Lamarck e Darwin para a história do pensamento evolutivo, apresentando partes de textos originais destes autores. Embora descreva trabalhos de outros naturalistas da época, certamente a extensão deste trabalho deixa muitos importantes pesquisadores de fora desta análise. Após um breve relato histórico sobre a evolução do pensamento evolutivo, discuto também com brevidade algumas questões epistemológicas relevantes a aspectos sociológicos, históricos e científicos importantes para a aceitação ou não das teorias apresentadas à época que forma originalmente expostas. Argumento basicamente que a teoria da evolução já havia alcançado uma profunda extensão em Lamarck e que possivelmente seu trabalho tenha sido ofuscado pelo enorme trabalho de Buffon, filósofo natural de grande renome em sua época. A importância de Darwin, entretanto, não deve ser diminuída, considerando que ele apresentou avanços significativos na forma como entendemos e observamos o processo evolutivo; principalmente através do conceito iluminador sobre a ancestralidade comum dos organismos.
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Quando Watson e Crick começaram seus estudos sobre a estrutura do DNA, ambos já haviam lido o clássico livro de Schrodinger entitulado "What's life" ou "O que é a vida". Nesta obra, o físico teórico austíaco Erwin Schrodinger (1887-1961) tentava explicar, utilizando apenas conceitos oriundos da física e da química, como poderia ser transmitida e codificada a hereditariedade nos organismos vivos. A idéia do vitalismo, segundo a qual os organismos biológicos eram compostos de um tipo de força mágica, o élan vital, já vinha há muito perdendo força e o livro de Schrodinger, publicado em 1944, consistia justamente numa tentativa de explicar a hereditariedade sem apelar para nenhum resquício desta magia animadora das forças vivas que era utilizada como modelo explicativo para a vida desde a Grécia antiga.
Em sua obra, Schrodinger argumentava que o gene deveria ser compreendido como uma molécula; uma molécula tal que fosse tão grande e estável como um cristal. Ela, entretanto, não poderia ser exatamente tão bem organizada e rígida como um cristal por um motivo muito simples: ela precisava guardar informação; a informação biológica para a função celular e para a hereditariedade. Um cristal, bem se sabe, consiste num conjunto de moléculas altamente ordenadas e que, por sua ordem tão precisa e repetitiva, não é capaz de guardar formas complexas de informação. Um cristal de sal, por exemplo, não tem nenhuma informação e consiste simplesmente numa organização precisamente montada de átomos de sódio e cloro. É como se o cristal clássico consistisse numa única frase química repetida milhões de vezes, como o Na-Cl. Para formar um livro químico-informacional da vida, precisaríamos ter várias frases contendo diferentes sentidos, fórmulas semânticas complexas a encerrar toda a informação necessária para a vida acontecer e ser passada adiante. O material genético de uma célula precisa ser capaz de "organizar" e manter a vida, além de passar para as próximas gerações a informação sobre a vida que ela coordenou por algum tempo. Desde muito já se sabe que os filhos se parecem com os pais e que de alguma forma essa informação é passada ao longo das gerações quando do processo evolutivo. Só não se sabia como isso acontecia e até antes dos estudos de Mendel, que revelou o gene enquanto partículo, acreditava-se no modelo de herança por mistura, onde características da prole eram simplesmente explicadas através de misturas das características dos pais. Mendel mostrou que existiam características recessivas e dominantes e que, de alguma forma, a herança funcionava em grande medida como partículas hereditárias (genes) e não como misturas completas de características, tendo refutado assim o pensamento da "herança por mistura". Mas ninguém conseguia explicar até o momento como essa característica herdável, genética, era transmitida ao longo das gerações.
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Product Design Trends in 2024 | Teenage EngineeringsPixeldarts
The realm of product design is a constantly changing environment where technology and style intersect. Every year introduces fresh challenges and exciting trends that mold the future of this captivating art form. In this piece, we delve into the significant trends set to influence the look and functionality of product design in the year 2024.
How Race, Age and Gender Shape Attitudes Towards Mental HealthThinkNow
Mental health has been in the news quite a bit lately. Dozens of U.S. states are currently suing Meta for contributing to the youth mental health crisis by inserting addictive features into their products, while the U.S. Surgeon General is touring the nation to bring awareness to the growing epidemic of loneliness and isolation. The country has endured periods of low national morale, such as in the 1970s when high inflation and the energy crisis worsened public sentiment following the Vietnam War. The current mood, however, feels different. Gallup recently reported that national mental health is at an all-time low, with few bright spots to lift spirits.
To better understand how Americans are feeling and their attitudes towards mental health in general, ThinkNow conducted a nationally representative quantitative survey of 1,500 respondents and found some interesting differences among ethnic, age and gender groups.
Technology
For example, 52% agree that technology and social media have a negative impact on mental health, but when broken out by race, 61% of Whites felt technology had a negative effect, and only 48% of Hispanics thought it did.
While technology has helped us keep in touch with friends and family in faraway places, it appears to have degraded our ability to connect in person. Staying connected online is a double-edged sword since the same news feed that brings us pictures of the grandkids and fluffy kittens also feeds us news about the wars in Israel and Ukraine, the dysfunction in Washington, the latest mass shooting and the climate crisis.
Hispanics may have a built-in defense against the isolation technology breeds, owing to their large, multigenerational households, strong social support systems, and tendency to use social media to stay connected with relatives abroad.
Age and Gender
When asked how individuals rate their mental health, men rate it higher than women by 11 percentage points, and Baby Boomers rank it highest at 83%, saying it’s good or excellent vs. 57% of Gen Z saying the same.
Gen Z spends the most amount of time on social media, so the notion that social media negatively affects mental health appears to be correlated. Unfortunately, Gen Z is also the generation that’s least comfortable discussing mental health concerns with healthcare professionals. Only 40% of them state they’re comfortable discussing their issues with a professional compared to 60% of Millennials and 65% of Boomers.
Race Affects Attitudes
As seen in previous research conducted by ThinkNow, Asian Americans lag other groups when it comes to awareness of mental health issues. Twenty-four percent of Asian Americans believe that having a mental health issue is a sign of weakness compared to the 16% average for all groups. Asians are also considerably less likely to be aware of mental health services in their communities (42% vs. 55%) and most likely to seek out information on social media (51% vs. 35%).
AI Trends in Creative Operations 2024 by Artwork Flow.pdfmarketingartwork
This article is all about what AI trends will emerge in the field of creative operations in 2024. All the marketers and brand builders should be aware of these trends for their further use and save themselves some time!
A report by thenetworkone and Kurio.
The contributing experts and agencies are (in an alphabetical order): Sylwia Rytel, Social Media Supervisor, 180heartbeats + JUNG v MATT (PL), Sharlene Jenner, Vice President - Director of Engagement Strategy, Abelson Taylor (USA), Alex Casanovas, Digital Director, Atrevia (ES), Dora Beilin, Senior Social Strategist, Barrett Hoffher (USA), Min Seo, Campaign Director, Brand New Agency (KR), Deshé M. Gully, Associate Strategist, Day One Agency (USA), Francesca Trevisan, Strategist, Different (IT), Trevor Crossman, CX and Digital Transformation Director; Olivia Hussey, Strategic Planner; Simi Srinarula, Social Media Manager, The Hallway (AUS), James Hebbert, Managing Director, Hylink (CN / UK), Mundy Álvarez, Planning Director; Pedro Rojas, Social Media Manager; Pancho González, CCO, Inbrax (CH), Oana Oprea, Head of Digital Planning, Jam Session Agency (RO), Amy Bottrill, Social Account Director, Launch (UK), Gaby Arriaga, Founder, Leonardo1452 (MX), Shantesh S Row, Creative Director, Liwa (UAE), Rajesh Mehta, Chief Strategy Officer; Dhruv Gaur, Digital Planning Lead; Leonie Mergulhao, Account Supervisor - Social Media & PR, Medulla (IN), Aurelija Plioplytė, Head of Digital & Social, Not Perfect (LI), Daiana Khaidargaliyeva, Account Manager, Osaka Labs (UK / USA), Stefanie Söhnchen, Vice President Digital, PIABO Communications (DE), Elisabeth Winiartati, Managing Consultant, Head of Global Integrated Communications; Lydia Aprina, Account Manager, Integrated Marketing and Communications; Nita Prabowo, Account Manager, Integrated Marketing and Communications; Okhi, Web Developer, PNTR Group (ID), Kei Obusan, Insights Director; Daffi Ranandi, Insights Manager, Radarr (SG), Gautam Reghunath, Co-founder & CEO, Talented (IN), Donagh Humphreys, Head of Social and Digital Innovation, THINKHOUSE (IRE), Sarah Yim, Strategy Director, Zulu Alpha Kilo (CA).
Trends In Paid Search: Navigating The Digital Landscape In 2024Search Engine Journal
The search marketing landscape is evolving rapidly with new technologies, and professionals, like you, rely on innovative paid search strategies to meet changing demands.
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Check this out and learn the top trends in paid search advertising that are expected to gain traction, so you can drive higher ROI more efficiently in 2024.
You’ll learn:
- The latest trends in AI and automation, and what this means for an evolving paid search ecosystem.
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Watch Sreekant Lanka from iQuanti and Irina Klein from OneMain Financial as they dive into the future of paid search and explore the trends, strategies, and technologies that will shape the search marketing landscape.
If you’re looking to assess your paid search strategy and design an industry-aligned plan for 2024, then this webinar is for you.
5 Public speaking tips from TED - Visualized summarySpeakerHub
From their humble beginnings in 1984, TED has grown into the world’s most powerful amplifier for speakers and thought-leaders to share their ideas. They have over 2,400 filmed talks (not including the 30,000+ TEDx videos) freely available online, and have hosted over 17,500 events around the world.
With over one billion views in a year, it’s no wonder that so many speakers are looking to TED for ideas on how to share their message more effectively.
The article “5 Public-Speaking Tips TED Gives Its Speakers”, by Carmine Gallo for Forbes, gives speakers five practical ways to connect with their audience, and effectively share their ideas on stage.
Whether you are gearing up to get on a TED stage yourself, or just want to master the skills that so many of their speakers possess, these tips and quotes from Chris Anderson, the TED Talks Curator, will encourage you to make the most impactful impression on your audience.
See the full article and more summaries like this on SpeakerHub here: https://speakerhub.com/blog/5-presentation-tips-ted-gives-its-speakers
See the original article on Forbes here:
http://www.forbes.com/forbes/welcome/?toURL=http://www.forbes.com/sites/carminegallo/2016/05/06/5-public-speaking-tips-ted-gives-its-speakers/&refURL=&referrer=#5c07a8221d9b
ChatGPT and the Future of Work - Clark Boyd Clark Boyd
Everyone is in agreement that ChatGPT (and other generative AI tools) will shape the future of work. Yet there is little consensus on exactly how, when, and to what extent this technology will change our world.
Businesses that extract maximum value from ChatGPT will use it as a collaborative tool for everything from brainstorming to technical maintenance.
For individuals, now is the time to pinpoint the skills the future professional will need to thrive in the AI age.
Check out this presentation to understand what ChatGPT is, how it will shape the future of work, and how you can prepare to take advantage.
A brief introduction to DataScience with explaining of the concepts, algorithms, machine learning, supervised and unsupervised learning, clustering, statistics, data preprocessing, real-world applications etc.
It's part of a Data Science Corner Campaign where I will be discussing the fundamentals of DataScience, AIML, Statistics etc.
Time Management & Productivity - Best PracticesVit Horky
Here's my presentation on by proven best practices how to manage your work time effectively and how to improve your productivity. It includes practical tips and how to use tools such as Slack, Google Apps, Hubspot, Google Calendar, Gmail and others.
The six step guide to practical project managementMindGenius
The six step guide to practical project management
If you think managing projects is too difficult, think again.
We’ve stripped back project management processes to the
basics – to make it quicker and easier, without sacrificing
the vital ingredients for success.
“If you’re looking for some real-world guidance, then The Six Step Guide to Practical Project Management will help.”
Dr Andrew Makar, Tactical Project Management
Beginners Guide to TikTok for Search - Rachel Pearson - We are Tilt __ Bright...
Fprosdocimi07 curso_bioinfo
1. CURSO ON LINE
INTRODUÇÃO À
BIOINFORMÁTICA
Prof. Dr. Francisco Prosdocimi
2007
2. ÍNDICE
Pág.
CAPÍTULO 1 UMA VISÃO GLOBAL DA BIOINFORMÁTICA 3
1.1. O que é a bioinformática? 3
1.2. O surgimento da bioinformática 3
1.3. O que preciso saber para ser um bom bioinformata? 5
1.4. Cursos de pós-graduação em bioinformática no Brasil 6
1.5. Conversando sobre bioinformática – BIOCHAT 6
1.6. Referências Bibliográficas e textos complementares 12
1.7. bRAINsTORM 12
CAPÍTULO 2 GENOMA, BIOLOGIA MOLECULAR E COMPUTAÇÃO 13
2.1. Introdução 13
2.2. Sequenciamento do DNA 13
2.3. Genômica 14
2.4. As ômicas: integrando a bioinformação 15
2.5. O PERL e outras linguagens de programação 15
2.6. Referências Bibliográficas e textos complementares 17
2.7. bRAINsTORM 17
CAPÍTULO 3 ALINHAMENTO DE SEQÜÊNCIAS 18
3.1. Introdução 18
3.2. Alinhamento Global 18
3.3. Alinhamento Local 19
3.4. Alinhamentos ótimos e heurísticos 20
3.5. Alinhamentos simples e múltiplos 21
3.6. Matrizes de comparação 22
3.7. Exemplos reais de alinhamentos 23
3.8. Referências Bibliográficas 28
3.9. bRAINsTORM 28
CAPÍTULO 4 MONTANDO UM GENOMA 29
4.1. Sobre genomas eucarióticos e procarióticos 29
4.2. Base-calling 30
4.3. Cross-match 31
4.4. Agrupamento de seqüências 32
4.5. Sobre a cobertura dos genomas 34
4.6. Referências Bibliográficas 35
4.7. bRAINsTORM 35
CAPÍTULO 5 ANÁLISE DE TRANSCRIPTOMAS 36
5.1. As ESTs 36
5.2. Histórico das ESTs 37
5.3. Agrupamento de ESTs 38
5.4. O genoma e o transcriptoma 39
5.5. SAGE – Serial Analysis of Gene Expression 40
5.6. Microarrays 40
5.7. Referências Bibliográficas 41
5.8. bRAINsTORM 41
CAPÍTULO 6 BANCOS DE DADOS EM BIOLOGIA MOLECULAR 42
6.1. Histórico 42
6.2. Bancos primários e secundários 43
6.3. GenBank e GenPept 43
6.4. RefSeq – O banco de dados de seqüências de referência 44
6.5. SWISSPROT – O maior banco de dados secundário de seqüências de proteínas 45
6.6. Gene Ontology – Sistema de classificação de genes de acordo com suas características 46
6.7. Referências Bibliográficas 46
6.8. bRAINsTORM 47
CAPÍTULO 7 ANOTAÇÃO DE GENOMAS 49
7.1. Introdução 49
7.2. Anotação de Nucleotídeos 49
7.3. Anotação de Proteínas 50
7.4. Anotação de Processos 50
7.5. A realização da Anotação Genômica (Sociologia da Anotação) 51
7.6. Referências Bibliográficas 52
7.7. bRAINsTORM 53
CAPÍTULO 8 BIOINFORMÁTICA EVOLUTIVA E GENOMAS COMPLETOS 54
8.1. Homologia, Ortologia e Paralogia 54
8.2. COG 56
8.3. Trabalhando com genomas completos 56
8.4. Referências Bibliográficas 57
8.5. bRAINsTORM 58
CAPÍTULO 9 BIOINFORMÁTICA ESTRUTURAL 59
9.1. Sobre a estrutura das proteínas 59
9.2. Protein Data Bank: o banco de dados de estruturas de proteínas 60
9.3. Modelagem molecular por homologia 61
9.4. Alguns programas de modelagem molecular 63
9.5. Threading 63
9.6. CASP – Critical Assessment of Structure Prediction 63
9.7. Estrutura de um arquivo no formato PDB 64
9.8. Referências Bibliográficas 67
9.9. bRAINsTORM 68
CAPÍTULO 10 CONCLUSÕES E PENSAMENTOS FILOSÓFICOS SOBRE A BIOINFORMÁTICA 69
10.1. Sobre bioinformática, genoma e ciência 69
10.2. Introdução 69
10.3. Genoma e o método científico 70
10.4. Um conceito de bioinformática 71
10.5. Princípios paradigmáticos em bioinformática 72
10.6. Conclusão 74
10.7. bRAINsTORM 74
3. PREFÁCIO
Quando em 2002 realizei, concomitantemente ao meu mestrado em genética pela
UFMG, o excelente curso de especialização em Bioinformática do LNCC, ministrado por
muitos dos maiores especialistas em genômica e bioinformática de nosso país, tive o
privilégio de ser um dos organizadores (e o primeiro autor) de um trabalho entitulado
“Bioinformática: manual do usuário” em que todos os cerca de 20 alunos do curso
se organizaram com o objetivo de gerar uma publicação básica sobre a área de
pesquisa à qual nos estamos aprofundando e formando. Esta publicação foi finalmente
publicada na revista Biotecnologia Ciência e Desenvolvimento alguns meses depois.
Tendo mantido meu contato com a editora da revista Biotecnologia, enquanto
terminava meus estudos de doutoramento em bioinformática, recebi um convite para
elaborar um curso on line a ser ministrado através do portal biotecnologia da
Internet (http://www.biotecnologia.com.br). Este documento que agora vos apresento
gratuitamente pela Internet (http://biotec.icb.ufmg.br/chicopros/Prosdocimi07_Curso
Bioinfo.pdf) consiste exatamente neste curso, produzido em 2006 e ministrado em
2007 para uma turma de 40 alunos. Ainda que navegando por problemas técnicos,
acredito que o curso foi bastante proveitoso e produtivo, sendo que a grande maioria
dos alunos saiu do mesmo tendo adquirido conteúdo e aprendido a compreender muito
sobre a lógica e o pensamento em bioinformática.
Hoje, passados quase 4 anos que ministrei este curso pela Internet, vejo este
documento arquivado entre meus arquivos do período jurássico e tenho pena de deixar
este conhecimento perdido nos meandros digitais do meu disco rígido. Assim, contatei
recentemente a editora da revista que lendo o contrato que fizemos à época e dizendo
serem meus os direitos autorais desta apostila ou “esboço de livro”, informou-me que
tenho o direito de publicar o presente documento na Internet para que se torne
acessível a qualquer indivíduo interessado em aprender a arte e a ciência da
bioinformática. Recomendou-me ainda que eu atualizasse as informações aqui
presentes e publicasse um livro de verdade, a ser vendido nas livrarias. Tenho sim
planos de fazê-lo, mas sei que precisaria reestruturar boa parte do que está aqui
contido e, por falta de tempo para tanto, decido publicar esta versão gratuitamente
pela Internet. Assim, caso haja interesse de leitores, estudantes ou editores, estarei
disposto a atualizar estas informações e produzir uma segunda edição mais completa e
atualizada sobre presentes assuntos.
Brasília, numa quarta-feira de cinzas.
17/02/2010
Chico Prosdocimi
http://biotec.icb.ufmg.br/chicopros
http://chicopros.blogspot.com