Como Python pode ajudar a
automatizar seu laboratório
Marcel Caraciolo
Julho, 2014
ajudou
O que fazemos ?
Laboratório de análises clínicas que oferece
os mais modernos testes genéticos para
diagnóstico de doenças raras e tumores.
Para isto usamos seu DNA!
Para isto usamos seu DNA!
Para isto usamos seu DNA!
Para isto usamos seu DNA!
Para quem não entendeu lembra
do Angelina Joulie effect ?
Para quem não entendeu lembra
do Angelina Joulie effect ?
Para quem não entendeu lembra
do Angelina Joulie effect ?
Para quem não entendeu lembra
do Angelina Joulie effect ?
NextGen Sequencing
NextGen Sequencing
NextGen Sequencing
Bioinformática
Aplicação de técnicas de informática para análise
de informação da área de estudo de biologia.
http://pt.wikipedia.org/wiki/Bioinform%C3%A1tica
Variant Analysis
Variant Analysis
Variant Analysis
Como Python pode nos ajudar ?
genp pipeline
Como Python pode nos ajudar ?
Como Python pode nos ajudar ?
Orquestrador de pipelines para análise de
variantes em ambientes de sequenciamento
clínico
Como Python pode nos ajudar ?
Como Python pode nos ajudar ?
Desafios
1. Armazenamento de dados (20 a 50 GB por paciente)
2. Alto desempenho (Corrida em menos de 48 hrs)
3. Visualização, interpretação dos dados (Como os especialistas
poderão usar estes dados ?)
Desafios
genp
vallys
genv
mipMutation Identification Pipeline
genome sequencing pipeline
variant analysis pipeline
genome environment builder
Gestão Laboratorial
Sim, usamos Windows.
Sim , somos tristes.
Sim , somos tristes.
LMS
Sistemas de gerenciamento de laboratório para
processos de coleta, atendimento, cadastro,
faturamento, liberação de laudos, etc
http://en.wikipedia.org/wiki/Laboratory_information_management_system
It comes Python and Django!
It comes Python and Django!
1. Django 1.6 com celery; south; e outras apps mágicas.
2. Muito javascript, ajax e html/css
3. Muito SqlServer no início também…
Melhor parte !
I can’t forget Flask!
Sistemas de notificação de amostras,
laudos e internos.
Não há wikipedia para isto.
I can’t forget Flask!
I can’t forget Flask!
1. Flask, Flask-admin, Jinja, flask-sqlalchemy
2. celery
3. MVP com sqlite3
Infra-Estrutura
Servidores, rede, etc.
Servidores de armazenamento, NAS, servidores
para processamento, xenserver, virtualização,
etc.
Já é claro de entender!
xenserver
1. 8 VM’s distribuídas em Darwin e Mendel
2. Logo em breve Fisher!
3. Debians, Windows Servers, Centos, etc.
backup , backup, monitor.
Python nos ajudou a montar as rotinas de backup!!
subprocess I love you!
Para quem não entendeu o que
o subprocess faz ainda….
https://docs.python.org/2/library/subprocess.html
>>> subprocess.check_output(["echo", "Hello World!"])
'Hello World!n'
Desafios
1. Desenvolvimento de um monitor de serviços
2. Melhorias nas políticas de backup e
armazenamento em nuvem privada
3. Monitorar todos os torrents de seriados e filmes.
4. Container para construção de imagens especializadas para as
diversas aplicações do setor de T.I & Bioinformática
Desafios
1. Flask, Python, javascript, shell e python.
Open-Source
biopandas
Ferramentas para análise de dados genômicos com Python e pandas
Para quem não conhece o pandas ?
Para quem não conhece o pandas ?
Como posso começar na área
de bioinformática já ?
Tales of Genome (Udacity)
Curso On-line gratuito sobre Genética (bem completo!)
Rosalind
Desafios de Python na área de bioinformática
rosalind.info/
Broad workshops
Variant analysis; sequencing pipelines, etc.
https://www.broadinstitute.org/partnerships/education/broade/broad-workshops/
Trabalhe conosco!
github.com/genomika/jobs
PS: Sim, usamos php!
https://www.mediawiki.org/wiki/MediaWiki
Como Python pode ajudar a
automatizar seu laboratório
Marcel Caraciolo
Julho, 2014
ajudou
marcel@genomika.com.br

Como Python pode ajudar na automação do seu laboratório