A organização da ESMoura é composta por um Conselho Geral no topo, seguido por uma Direção liderada por um Diretor. A Direção supervisiona o Conselho Administrativo responsável pela contabilidade e o Conselho Pedagógico. A estrutura também inclui departamentos e um coordenador de turma.

1. ESMoura
Organização

2. Organização da ESMoura
Conselho Geral
|
Diretor

3. Organização da ESMoura
Conselho Geral
|
Direção - Diretor
|
Prof. Rui Oliveira
Prof. Mª João Quintanilha
Prof. Sérgio Aleixo

4. Organização da ESMoura
Conselho Geral
|
Direção - Diretor - Conselho
Administrativo
(contabilidade)
Prof. José Paulo Coelho
Prof. Rui Oliveira
D. Ilda Barão

5. Organização da ESMoura
Conselho Geral
|
Direção - Diretor - Conselho
| Administrativo
Conselho Pedagógico

6. Organização da ESMoura
Diretor
/ |
CDTurma Departamentos