A cegonha negra está em risco de extinção em Portugal devido à destruição de seu habitat natural de bosques, pântanos e ribeiros pela ação humana e poluição por pesticidas. A lontra também está ameaçada pela destruição de zonas úmidas e o lince-ibérico enfrenta riscos pela redução do coelho-bravo e perda de habitat mediterrâneo.