O documento discute o software Cytoscape, que é usado para visualização e análise de redes biológicas. Ele permite visualizar redes de interação molecular e vias metabólicas, integrando essas redes com dados de expressão gênica e outras informações. O Cytoscape tem ferramentas integradas e plugins para diferentes análises, e permite acessar bancos de dados públicos, exportar imagens e salvar sessões.

1. Uso do
para Visualização
e Análise de Redes
Leandro de A. Lima
Doutorando Bioinfo-USP
Lab. de Bioinformática e
Bioestatística
(Hospital A.C. Camargo)

2. O que é o Cytoscape
Cytoscape é um software de bioinformática de código
aberto para visualização de redes de interação
molecular e vias metabólicas, além de integrar essas
redes com anotações, perfis de expressão gênica e
outros tipos de dados.
> Das pesquisa biológicas para um uso geral
> Ferramentas por padrão e por plugins
(qualquer pessoa pode fazer e disponibilizar)

3. Instituições mantenedoras

4. Diretores

5. Motivos para usar (I)
Suporta vários formatos
Acesso bancos de
dados públicos da web
Salva sua sessão
Interoperabilidade

6. Motivos para usar (II)
VizMapper™
Exporta imagens em
vários formatos

7. Motivos para usar (III)
Vários layouts Busca fácil (* | ?)
Filtros nos atributos
de nós e arestas

8. Motivos para usar (IV)
Encontra clusters
Fácil controle e
instalação de plugins

9. Algumas estatísticas
- 1ª versão pública: julho de 2002 (v. 0.8)
- Centenas de citações
- 40.000+ usuários ~> 350.000+ downloads de plugins
- Mais de 100 plugins
- Versão em novembro de 2011: v. 2.8.2

10. Desenvolvimento de plugins
- Fácil desenvolvimento (tutorial / modelos / wiki)
http://wiki.cytoscape.org/cytoscape_developer_tutorial
http://wiki.cytoscape.org/

11. Cytoscape Web - API para web
- Visualização de redes na web (Flash + JavaScript)
http://cytoscapeweb.cytoscape.org/
> Redes carregadas
via código
HTML/JavaScript em
formato json ou xml
> Possibilidade de
relacionar estilos
a atributos

12. Alguns plugins
- FunNetViz
- APID2NET: conexão com bancos de dados públicos
(interatomas/Gene Ontology)
- NetworkAnalyzer
- Venn

13. Algumas funções (demonstração)
- Mudar cor de vários nós
- Importar atributos de várias tabelas
- Tentar criar uma rede e importar atributos do APID p/ pegar
GOs
- Filtros (nós/arestas)
- Integrar funções de diferentes plugins