1) O documento fornece instruções passo a passo para predição filogenética usando o programa Mega e sequências proteicas da proteína p53. 2) Os usuários devem baixar o programa Mega, alinhar as sequências usando ClustalW no Mega, e então usar vários métodos como máxima verossimilhança e bootstrap para gerar e analisar árvores filogenéticas. 3) O documento recomenda usar o método de vizinhança mais próxima e máxima verossimilhan

1. MATERIAL CONFECCIONADO PARA AULAS DE ANÁLISE BIOMOLECULAR – CURSO
BIOTECNOLOGIA - UFU
MONITOR: ANNA CLARA RIOS MOÇO
PREDIÇÃO FILOGENÉTICA
TUTORIAL
Para quem quiser baixar o Programa Mega: http://www.megasoftware.net/. Selecionar o
sistema operacional do seu computador, no meu caso é Windows. Preencher os campos
“student” e de universidade. E baixar.
Pode haver variações entre o programa que baixamos e o do computador da UFU, pois ele é
mais atual. Porém, a essência é a mesma: salvar o documento em fasta, inserir no programa
fazendo alinhamento com ClustalW e proceder a análise filogenética.
1 – Digitar a proteína desejada no campo “search”
2 – Selecionar 8 sequências. É importante observar se todas as proteínas são as mesmas. No
exemplo todas são a “cellular tumor antigen p53”. Tentar variar os organismos também, pois
assim a árvore filogenética terá distâncias diferentes e contrastantes, o que facilita a leitura da
predição.
3- Selecionar e clicar em “Retrieve”

2. 4 – Clicar em Download.
5 - No Mega:

3. Após clicar em “ok”, selecionar “protein” na próxima
A seguinte aba irá aparecer:

4. Clicar em Data -> Open -> Retrieve Sequences from fila. Selecionar a sequência fasta que você
baixou no Uniprot.
No meu caso, salvei em downloads:

5. No campo que aparecer, selecione “Alignment” depois “Align by Clustalw”
Clique em “Ok” para selecionar tudo.

6. Aparecerá esta caixa de parâmetros, que não precisa ser alterada, bastando clicar em Ok.
Salvar o arquivo:

7. Após salvar o arquivo, clicar em “Phylogeny” e começar as análises com cada teste. Primeiro
com Maximum Likelihood.
Aparecerá a seguinte caixa. Clique em “Yes”. Se essa caixa não aparecer, apenas selecione o
arquivo que você salvou no passo anterior.

8. Os parâmetros vão aparecer. Estes parâmetros precisam ser alterados apenas no campo “Test
of phylogeny” e “No. Of Bootstrap Replications”. Pois, o Bootstrap é o teste de probabilidade
que vai testar todas as possibilidades e no campo número de replicações são quantas vezes ele
vai testar. Quanto mais melhor. No caso, coloquei 1000.
Aparecerá o campo enquanto está sendo analisado. No meu trabalho, copiei os parâmetros
indicados em vermelho, para mostrar os parâmetros utilizados. Todos os testes só é preciso
mudar estes dois parâmetros.

9. Vai aparecer a árvore.
Esse procedimento deve ser repetido para todos os outros testes.
Para publicação, eu usaria o método NJ pois o UPGMA parte do pressuposto de que uma
mesma taxa de evolução se aplica a todos ramos de uma filogenia, o que pode não ser
verdade. No NJ matriz de distância é ajustada para diferenças nas taxas de evolução de cada
táxon (ramo). O que mostra na diferença entre os dois, mesmo que pequena.
Como modelo de probabilidade, usaria o método de verossimilança, pois aplica o modelo
evolucionário explicito, diferente da parcimônia.