São Joaquim foi fundada em 1896 como uma capela em honra a Sebastião, mas o padroeiro foi depois trocado para São Joaquim. Em 1912, quando foi criado o distrito no município de Bonito, o povoado recebeu o nome de São Joaquim. A economia local é baseada na agricultura, especialmente na produção de maçãs, peras e uvas. Além disso, o turismo é importante devido às baixas temperaturas e possibilidade de neve no inverno.