A Gerência de Informação e Inovação em Saúde organiza e sistematiza dados e informações para promover a produção de conhecimento e a difusão de informações sobre saúde. Ela está desenvolvendo sistemas de informação e projetos como o SIE, SISRAD, SIARC e SISPEN para gerenciar equipamentos médicos, monitorar vítimas de radiação, catalogar acervos científicos e cadastrar pessoas que recebem pensões.