Javi Garcia foi um produto da academia de futebol do Real Madrid, tendo estreado na equipe principal em 2004 em uma vitória por 5-0 contra o Levante UD. Na temporada seguinte, ele representou a equipe B do Real Madrid. Em 2006, Javi Garcia venceu o Campeonato Europeu Sub-19 pela Espanha, o que impressionou a equipe principal do Real Madrid e seu treinador Fabio Capello.