Análise de Metagenomas com MEGAN

•

0 gostou•69 visualizações

O documento descreve a análise de metagenomas utilizando os programas MEGAN e DIAMOND. O MEGAN fornece funcionalidades como classificação taxonômica, análise funcional e comparações visuais entre amostras a partir de dados de sequenciamento. Já o DIAMOND substitui o BLASTX de forma mais rápida na identificação de similaridade entre reads e bancos de dados. A apresentação também explica o protocolo geral de análise metagenômica com esses programas.

Tecnologia

Análise de metagenomas
com MEGAN
IV Curso de Bioinformática FCAV/UNESP
Lucas Amoroso Lopes de Carvalho
Graduado em Ciências Biológicas – UNESP/FCAV
Mestrando – PPG Microbiologia Agropecuária
Lab. Bioinformática (Dep. Tecnologia)

Análise metagenômica
QUEM ESTÁ LÁ?
O QUE ESTÁ FAZENDO?
(OU PODE FAZER - DNA)

O que é o MEGAN?
Daniel H. Huson
Criador do MEGAN
• Um programa de interface gráfica
• Analisa reads curtas e longas alinhadas pelo alinhador DIAMOND
• Um “canivete suíço” das analises metagenômicas.
• Taxonômicas, Funcionais, Gráficas, Agrupamento
Curiosidade
• Primeira publicação de microbioma utilizando NGS (2006)
• Fóssil de mamute
• ~ 300k reads, 95 bp – Algumas semanas no BLASTX
• Protótipo do MEGAN

O que é o DIAMOND?
Double Index AlignMent Of Next-Gen Data
• Um alinhador...
BANCO DE DADOS
EX. NCBI nr PROTEIN DB
SUAS READS
Desafio: Reduzir tempo de processamento!

• Metagenômica - Resistencia antimicrobiana:
• ~ 800mi reads
• Inicialmente: Comparar contra o db NCBI-nr
• BLASTX = 30 anos no servidor
• Benjamin Buchﬁnk desenvolve o algoritmo do DIAMOND para
substituir o BLASTX
• Absurdamente mais rápido
• Diferenças: Indexação dupla e seeds maiores
DIAMOND

Indexação única (BLASTX)
Indexação dupla (DIAMOND)

• Das reads aos resultados com 2 programas!
• Ou quase isso...
QUALIDADE, ADAPTADORES,
JUNÇÃO DE PARES..
VÁRIOS PROGRAMAS
COMPARAR NUCLEOTÍDEOS
CONTRA UM BANCO DE DADOS
DIAMOND
CLASSIFICAÇÃO TAXONOMICA E
FUNCIONAL, ANÁLISES GRÁFICAS,
CLUSTERIZAÇÃO DE AMOSTRAS..
MEGAN6
Protocolo MEGAN

Protocolo metagenomas (WGS) de reads curtas

06/07/2019
Link: https://link.springer.com/protocol/10.1007%2F978-1-4939-9074-0_19

• Rápido
• Visual
• Windows (em partes)
• Completo
• Suporte
• Customização
• Computacionalmente
custoso (> 8gb RAM)
• Sensibilidade
• Sinal filogenético
• Sub-aproveitamento
dos dados

PRÁTICA – PROTOCOLO MEGAN
bit.ly/bioinfo-megan

MEGAN 6
• Após abrir a Interface Gráfica do MEGAN, o primeiro passo consiste em abrir os arquivos .DAA
“meganizados”

MEGAN 6
• Principais componentes da interface gráfica:

MEGAN 6 – QUEM ESTÁ LÁ?
• Classificação taxonômica

• Análise funcional
MEGAN 6 – O QUE (PODE ESTAR) FAZENDO?

MEGAN 6 – Como comparar?
• Sample viewer – define atributos da amostra e
possibilita comparativos VISUAIS.

Bibliografia recomendada:
• Paper PEAR: https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btt593
• Paper DIAMOND: https://www.nature.com/articles/nmeth.3176
• Protocolo MEGAN (2017): http://link.springer.com/10.1007/978-3-319-61510-3_4
• Protocolo MEGAN (2019): https://link.springer.com/protocol/10.1007%2F978-1-4939-
9074-0_19

Mais conteúdo relacionado

Último

EAD Curso - CIÊNCIA DE DADOS NA INDÚSTTRIA

Marcio Venturelli

COI CENTRO DE OPERAÇÕES INDUSTRIAIS NAS USINAS

Marcio Venturelli

A estrutura organizacional é a representação gráfica de uma empresa espelhada em seu organograma. Por outro lado, a estrutura organizacional informal é a rede de relações sociais existentes em uma empresa. Fonte: OLIVEIRA, D. de P. R. de. Estrutura Organizacional: uma abordagem para resultados e competitividade. 2. ed. São Paulo: Atlas, 2011. Considerando a informação apresentada, analise a figura a seguir: Figura 1 - Delinear ou não a estrutura organizacional? Fonte: OLIVEIRA, D. de P. R. de. Estrutura Organizacional: uma abordagem para resultados e competitividade. 2. ed. São Paulo: Atlas, 2011. p. 25. A partir do contexto apresentado, da análise da figura anterior e de seus conhecimentos diante dos estudos realizados na disciplina, sua tarefa é elaborar um texto de, no máximo, 15 linhas contendo os seguintes itens: - Explique, com suas palavras, o que você entende por estrutura organizacional. - Explique sobre o papel da estrutura organizacional. - Finalize o seu texto apresentando a sua opinião sobre a importância de a empresa ter uma estrutura organizacional definida. Bons estudos!

ATIVIDADE 1 - GESTÃO DE PESSOAS E DESENVOLVIMENTO DE EQUIPES - 52_2024.docx

2m Assessoria

As mais recentes entrevistas, citações, livro, artigos e gravações com o Dr. Paulo Pagliusi, sócio da Pagliusi Inteligência em Cibersegurança, Ph.D. in Information Security (RHUL), CISM, C|CISO, membro do Comitê de Segurança da Associação Brasileira de Internet das Coisas (ABINC) e e do Grupo de Interesse em Ciência, Tecnologia, Engenharia, Matemática e Inovação (CTEMI) do Clube Naval. Diretor da associação profissional internacional ISACA Rio de Janeiro e do Instituto de Defesa Cibernética (IDCiber), ex-CIO da Apex-Brasil, Ex-Sócio da KPMG em Technology Risk e ex-Diretor da Deloitte em Cyber Risk Services.

Entrevistas, artigos, livros & citações de Paulo Pagliusi

Paulo Pagliusi, PhD, CISM

Eventos com a participação do Dr. Paulo Pagliusi, sócio da Pagliusi Inteligência em Cibersegurança, Ph.D. in Information Security (RHUL), CISM, C|CISO, membro do Comitê de Segurança da Associação Brasileira de Internet das Coisas (ABINC) e e do Grupo de Interesse em Ciência, Tecnologia, Engenharia, Matemática e Inovação (CTEMI) do Clube Naval. Diretor da associação profissional internacional ISACA Rio de Janeiro e do Instituto de Defesa Cibernética (IDCiber), ex-CIO da Apex-Brasil, Ex-Sócio da KPMG em Technology Risk e ex-Diretor da Deloitte em Cyber Risk Services. Temas: Futuro da Defesa, Metaverso, Emerging Technology Risks, Segurança da Informação, Riscos de TI, Internet das Coisas (IoT), ciberespionagem, NIST Cybersecurity Framework, maturidade em gestão de risco cibernético, COBIT, ITIL, Auditoria de TI, Cloud Computing, Blockchain, Mobilidade, Big Data, Data Analytics, cibersegurança, resiliência, vigilância, Guerra Cibernética e conscientização estratégica em Riscos Tecnológicos.

Palestras sobre Cibersegurança em Eventos - Paulo Pagliusi

Paulo Pagliusi, PhD, CISM

Aula 01 - Introducao a Processamento de Frutos e Hortalicas.pdf

InocencioHoracio3

A margem de contribuição é uma medida fundamental para entender a lucratividade de um produto, serviço, departamento ou da empresa como um todo. Ela representa o valor que sobra da receita depois de subtrair os custos e despesas variáveis associados à produção ou venda desse produto ou serviço. Essa quantia é chamada de "margem de contribuição" porque é a parte do dinheiro que efetivamente contribui para cobrir os custos fixos e gerar lucro. Fonte: FRAGALLI, Adriana Casavechia; CASTRO, Silvio Cesar de. Custos da Produção. Maringá - PR.: Unicesumar, 2022. Dado o contexto fornecido sobre os Margem de Contribuição dentro de uma empresa, é possível expandir a análise para que seja apurada de diferentes formas dentro de uma organizacional. Essas apurações podem ser (1) Global da Empresa, (2) Global de uma filial, (3) Divisão de Negócios, (4) Departamental, (5) Total por produto e (6) Unitário. Neste sentido, explique como cada uma dessas apurações consiste no contexto prático de margem de contribuição.

ATIVIDADE 1 - CUSTOS DE PRODUÇÃO - 52_2024.docx

2m Assessoria

Uma região de integração pode ser conceituada como uma área delimitada em um plano cartesiano, na qual uma função é integrada em relação a uma ou mais variáveis. Enquanto muitas vezes pensamos em regiões de integração como sendo retangulares, com limites bem definidos tanto em x quanto em y, é importante destacar que essas regiões podem assumir formas mais complexas. Uma região de integração não-retangular pode ser bem definida em ambas as direções, x e y. Além disso, podem ser do tipo 1 ou do tipo 2. Sabendo disso, faça o que se pede: Uma região de integração pode ser conceituada como uma área delimitada em um plano cartesiano, na qual uma função é integrada em relação a uma ou mais variáveis. Enquanto muitas vezes pensamos em regiões de integração como sendo retangulares, com limites bem definidos tanto em x quanto em y, é importante destacar que essas regiões podem assumir formas mais complexas. Uma região de integração não-retangular pode ser bem definida em ambas as direções, x e y. Além disso, podem ser do tipo 1 ou do tipo 2. Sabendo disso, faça o que se pede: b) Represente no Geogebra a região de integração triangular descrita em a). Não se esqueça de demonstrar todos os cálculos. Desejo a você, um excelente trabalho! Professora Dra. Rebecca Manesco Paixão.

ATIVIDADE 1 - CÁLCULO DIFERENCIAL E INTEGRAL II - 52_2024.docx

2m Assessoria

Destaque

How to Prepare For a Successful Job Search for 2024

Albert Qian

A report by thenetworkone and Kurio. The contributing experts and agencies are (in an alphabetical order): Sylwia Rytel, Social Media Supervisor, 180heartbeats + JUNG v MATT (PL), Sharlene Jenner, Vice President - Director of Engagement Strategy, Abelson Taylor (USA), Alex Casanovas, Digital Director, Atrevia (ES), Dora Beilin, Senior Social Strategist, Barrett Hoffher (USA), Min Seo, Campaign Director, Brand New Agency (KR), Deshé M. Gully, Associate Strategist, Day One Agency (USA), Francesca Trevisan, Strategist, Different (IT), Trevor Crossman, CX and Digital Transformation Director; Olivia Hussey, Strategic Planner; Simi Srinarula, Social Media Manager, The Hallway (AUS), James Hebbert, Managing Director, Hylink (CN / UK), Mundy Álvarez, Planning Director; Pedro Rojas, Social Media Manager; Pancho González, CCO, Inbrax (CH), Oana Oprea, Head of Digital Planning, Jam Session Agency (RO), Amy Bottrill, Social Account Director, Launch (UK), Gaby Arriaga, Founder, Leonardo1452 (MX), Shantesh S Row, Creative Director, Liwa (UAE), Rajesh Mehta, Chief Strategy Officer; Dhruv Gaur, Digital Planning Lead; Leonie Mergulhao, Account Supervisor - Social Media & PR, Medulla (IN), Aurelija Plioplytė, Head of Digital & Social, Not Perfect (LI), Daiana Khaidargaliyeva, Account Manager, Osaka Labs (UK / USA), Stefanie Söhnchen, Vice President Digital, PIABO Communications (DE), Elisabeth Winiartati, Managing Consultant, Head of Global Integrated Communications; Lydia Aprina, Account Manager, Integrated Marketing and Communications; Nita Prabowo, Account Manager, Integrated Marketing and Communications; Okhi, Web Developer, PNTR Group (ID), Kei Obusan, Insights Director; Daffi Ranandi, Insights Manager, Radarr (SG), Gautam Reghunath, Co-founder & CEO, Talented (IN), Donagh Humphreys, Head of Social and Digital Innovation, THINKHOUSE (IRE), Sarah Yim, Strategy Director, Zulu Alpha Kilo (CA).

Social Media Marketing Trends 2024 // The Global Indie Insights

Kurio // The Social Media Age(ncy)

The search marketing landscape is evolving rapidly with new technologies, and professionals, like you, rely on innovative paid search strategies to meet changing demands. It’s important that you’re ready to implement new strategies in 2024. Check this out and learn the top trends in paid search advertising that are expected to gain traction, so you can drive higher ROI more efficiently in 2024. You’ll learn: - The latest trends in AI and automation, and what this means for an evolving paid search ecosystem. - New developments in privacy and data regulation. - Emerging ad formats that are expected to make an impact next year. Watch Sreekant Lanka from iQuanti and Irina Klein from OneMain Financial as they dive into the future of paid search and explore the trends, strategies, and technologies that will shape the search marketing landscape. If you’re looking to assess your paid search strategy and design an industry-aligned plan for 2024, then this webinar is for you.

Trends In Paid Search: Navigating The Digital Landscape In 2024

Search Engine Journal

From their humble beginnings in 1984, TED has grown into the world’s most powerful amplifier for speakers and thought-leaders to share their ideas. They have over 2,400 filmed talks (not including the 30,000+ TEDx videos) freely available online, and have hosted over 17,500 events around the world. With over one billion views in a year, it’s no wonder that so many speakers are looking to TED for ideas on how to share their message more effectively. The article “5 Public-Speaking Tips TED Gives Its Speakers”, by Carmine Gallo for Forbes, gives speakers five practical ways to connect with their audience, and effectively share their ideas on stage. Whether you are gearing up to get on a TED stage yourself, or just want to master the skills that so many of their speakers possess, these tips and quotes from Chris Anderson, the TED Talks Curator, will encourage you to make the most impactful impression on your audience. See the full article and more summaries like this on SpeakerHub here: https://speakerhub.com/blog/5-presentation-tips-ted-gives-its-speakers See the original article on Forbes here: http://www.forbes.com/forbes/welcome/?toURL=http://www.forbes.com/sites/carminegallo/2016/05/06/5-public-speaking-tips-ted-gives-its-speakers/&refURL=&referrer=#5c07a8221d9b

5 Public speaking tips from TED - Visualized summary

SpeakerHub

Everyone is in agreement that ChatGPT (and other generative AI tools) will shape the future of work. Yet there is little consensus on exactly how, when, and to what extent this technology will change our world. Businesses that extract maximum value from ChatGPT will use it as a collaborative tool for everything from brainstorming to technical maintenance. For individuals, now is the time to pinpoint the skills the future professional will need to thrive in the AI age. Check out this presentation to understand what ChatGPT is, how it will shape the future of work, and how you can prepare to take advantage.

ChatGPT and the Future of Work - Clark Boyd

Clark Boyd

Getting into the tech field. what next

Tessa Mero

Google's Just Not That Into You: Understanding Core Updates & Search Intent

Lily Ray

How to have difficult conversations

Rajiv Jayarajah, MAppComm, ACC

Introduction to Data Science

Christy Abraham Joy

Time Management & Productivity - Best Practices

Vit Horky

The six step guide to practical project management If you think managing projects is too difficult, think again. We’ve stripped back project management processes to the basics – to make it quicker and easier, without sacrificing the vital ingredients for success. “If you’re looking for some real-world guidance, then The Six Step Guide to Practical Project Management will help.” Dr Andrew Makar, Tactical Project Management

The six step guide to practical project management

MindGenius

Beginners Guide to TikTok for Search - Rachel Pearson - We are Tilt __ Bright...

RachelPearson36

During this webinar, Anand Bagmar demonstrates how AI tools such as ChatGPT can be applied to various stages of the software development life cycle (SDLC) using an eCommerce application case study. Find the on-demand recording and more info at https://applitools.info/b59 Key takeaways: • Learn how to use ChatGPT to add AI power to your testing and test automation • Understand the limitations of the technology and where human expertise is crucial • Gain insight into different AI-based tools • Adopt AI-based tools to stay relevant and optimize work for developers and testers * ChatGPT and OpenAI belong to OpenAI, L.L.C.

Unlocking the Power of ChatGPT and AI in Testing - A Real-World Look, present...

Applitools

12 Ways to Increase Your Influence at Work

GetSmarter

ChatGPT webinar slides

Alireza Esmikhani

More than Just Lines on a Map: Best Practices for U.S Bike Routes

Project for Public Spaces & National Center for Biking and Walking

Has your project been caught in a storm of deadlines, clashing requirements, and the need to change course halfway through? If yes, then check out how the administration team navigated through all of this, relocating 160 people from 3 countries and opening 2 offices during the most turbulent time in the last 20 years. Belka Games’ Chief Administrative Officer, Katerina Rudko, will share universal approaches and life hacks that can help your project survive unstable periods when there seem to be too many tasks and a lack of time and people.

Ride the Storm: Navigating Through Unstable Periods / Katerina Rudko (Belka G...

DevGAMM Conference

Barbie - Brand Strategy Presentation

Erica Santiago

According to the latest State of the American Manager report from Gallup, employees who have regular meetings with their managers are almost three times as likely to be engaged as those who don’t. These regular check-ins keep managers and employees in sync and aligned. Want to see better manager/employee relationships in your organisation? Then make an all-in commitment to 1:1 meetings. Not sure how? You’ve come to the right place. In this webinar with Jamie Resker, Founder and Practice Leader for Employee Performance Solutions (EPS), and Teala Wilson, Talent Management Consultant at Saba Software, you’ll get the inside track on how to hold effective 1:1 meetings, including tips for getting managers on board. • Go beyond discussing the status of everyday work to higher level topics, including recognition, performance, development, and career aspirations • Learn how to decide meeting frequency, what to cover, as well as roles and responsibilities of the manager and employee • Understand how managers can build trust and make it comfortable for employees to provide upward feedback • Unite your organisation with a unified approach to 1:1 meetings Join us for this 1-hour webinar to get practical tips for building better manager-employee relationships with intention and purpose. About the Speakers Jamie Resker - Founder and Practice Leader for Employee Performance Solutions (EPS) Jamie Resker, Practice Leader and Founder of Employee Performance Solutions, is a recognized innovator in performance management. She is the originator of the-the Performance Continuum Feedback Method® and Conversations to Optimize Employee Performance training program; tools and training that reshape communications between managers and employees to drive and align performance. Jamie is on the faculty for the Northeast Human Resources Association, is a contributor to Halogen Software's Talent Space Blog, and is an editorial advisory board member for HR Examiner. Teala Wilson - Senior Consultant, Strategic Services, Saba Software Teala is a Talent Management Consultant at Halogen Software, now a part of Saba Software. She has worked with teams on a national and global level supporting human resources in areas such as performance management, recruitment, employee benefit programs, training and talent development, workforce planning and internal communications. Teala also has a personal passion for visual arts and design. Want to learn more? Join us for an upcoming Product Tour! http://bit.ly/2yitfqu

Good Stuff Happens in 1:1 Meetings: Why you need them and how to do them well

Saba Software

This video by Simplilearn will explain to you Introduction to C Programming Language. Introduction to C Programming Language Tutorial For Beginners will explain to you the C language's history, C's importance, its features, real-world applications, and some of its advantages and disadvantages. 00:00 Introduction to C 1:42-History of C language Dennis Ritchie, a computer scientist, could identify the gaps and tap out the best features from both B and BCPL languages to invent a new hybrid. Hence, C was born in 1972 at Bell Laboratories. A remarkably simple and highly readable programming language resulted in groundbreaking advancements in the IT industry. 2:48-Importance and unraveling the powerful capabilities of C, The widespread use of C started to take over the IT industry. Unraveling the potential of C, the designers began to discover new possibilities that led them to focus on the big picture. 3:56-C's cutting-edge features The designers at Bell Laboratories ensured that their programming language solved the issues with B and BCPL and the ones they had foreseen. 6:35-The popular real-world applications of C -UNIX operating system -google file system -Mozilla -Graphical user interface 8:30-The advantages and disadvantages of C 10:34-The popular IT companies and their domains that employ C · MasterCard · IBM · Flipkart · Dell · Twitter · GitHub and twitch 11:09-First c program. 🔥 Explore our FREE courses with completion certificates: https://www.simplilearn.com/skillup-f... ✅Subscribe to our Channel to learn more about the top Technologies: https://bit.ly/2VT4WtH ⏩ Check out the C++ Programming training videos: https://www.youtube.com/playlist?list... #IntroductiontoCProgrammingLanguage #CLanguage #CProgramming #CProgram #CProgrammingLanguage #LearnCProgramming #HowToCodeInCForBeginners #CTutorialForBeginners #LearnCProgramming #Simplilearn Dennis Ritchie, a computer scientist, was able to identify the gaps and tap out the best features from both B and BCPL languages to invent a new hybrid. Hence, C was born in 1972 at Bell Laboratories. A remarkably simple and highly readable programming language resulted in groundbreaking advancements in the IT industry. ✅What is C++ Programming? C++ is an enhanced and extended version of C programming language, developed by Bjarne Stroustrup in 1979 as part of his Ph.D. project. Bjarne developed what he called ‘C with Classes’ (later renamed C++) because he felt limited by the existing programming languages that were not ideal for large scale projects. He used C to build what he wanted because C was already a general-purpose language that was efficient and fast in its operations. ✅C++ Career Prospects: With just C++ programming expertise, you will have excellent job opportunities, salaries, and career prospects. However, for a career based on programming languages such as Java and Python (which are in more demand than C++) or for careers based on front-end, back-end, and full-stack

Introduction to C Programming Language

Simplilearn

Destaque (20)

How to Prepare For a Successful Job Search for 2024

Social Media Marketing Trends 2024 // The Global Indie Insights

Trends In Paid Search: Navigating The Digital Landscape In 2024

5 Public speaking tips from TED - Visualized summary

ChatGPT and the Future of Work - Clark Boyd

Getting into the tech field. what next

Google's Just Not That Into You: Understanding Core Updates & Search Intent

How to have difficult conversations

Introduction to Data Science

Time Management & Productivity - Best Practices

The six step guide to practical project management

Beginners Guide to TikTok for Search - Rachel Pearson - We are Tilt __ Bright...

Unlocking the Power of ChatGPT and AI in Testing - A Real-World Look, present...

12 Ways to Increase Your Influence at Work

ChatGPT webinar slides

More than Just Lines on a Map: Best Practices for U.S Bike Routes

Ride the Storm: Navigating Through Unstable Periods / Katerina Rudko (Belka G...

Barbie - Brand Strategy Presentation

Good Stuff Happens in 1:1 Meetings: Why you need them and how to do them well

Introduction to C Programming Language

Análise de Metagenomas com MEGAN

1. Análise de metagenomas com MEGAN IV Curso de Bioinformática FCAV/UNESP Lucas Amoroso Lopes de Carvalho Graduado em Ciências Biológicas – UNESP/FCAV Mestrando – PPG Microbiologia Agropecuária Lab. Bioinformática (Dep. Tecnologia)

2. Análise metagenômica

3. Análise metagenômica QUEM ESTÁ LÁ? O QUE ESTÁ FAZENDO? (OU PODE FAZER - DNA)

4. Análise metagenômica COMO COMPARAR?

5. Análise metagenômica

6. Análise metagenômica

7. O que é o MEGAN? Daniel H. Huson Criador do MEGAN • Um programa de interface gráfica • Analisa reads curtas e longas alinhadas pelo alinhador DIAMOND • Um “canivete suíço” das analises metagenômicas. • Taxonômicas, Funcionais, Gráficas, Agrupamento Curiosidade • Primeira publicação de microbioma utilizando NGS (2006) • Fóssil de mamute • ~ 300k reads, 95 bp – Algumas semanas no BLASTX • Protótipo do MEGAN

8. O que é o DIAMOND? Double Index AlignMent Of Next-Gen Data • Um alinhador... BANCO DE DADOS EX. NCBI nr PROTEIN DB SUAS READS Desafio: Reduzir tempo de processamento!

9. • Metagenômica - Resistencia antimicrobiana: • ~ 800mi reads • Inicialmente: Comparar contra o db NCBI-nr • BLASTX = 30 anos no servidor • Benjamin Buchﬁnk desenvolve o algoritmo do DIAMOND para substituir o BLASTX • Absurdamente mais rápido • Diferenças: Indexação dupla e seeds maiores DIAMOND

10. Indexação única (BLASTX) Indexação dupla (DIAMOND)

11.

12. • Das reads aos resultados com 2 programas! • Ou quase isso... QUALIDADE, ADAPTADORES, JUNÇÃO DE PARES.. VÁRIOS PROGRAMAS COMPARAR NUCLEOTÍDEOS CONTRA UM BANCO DE DADOS DIAMOND CLASSIFICAÇÃO TAXONOMICA E FUNCIONAL, ANÁLISES GRÁFICAS, CLUSTERIZAÇÃO DE AMOSTRAS.. MEGAN6 Protocolo MEGAN

13. Protocolo metagenomas (WGS) de reads curtas

14. 06/07/2019 Link: https://link.springer.com/protocol/10.1007%2F978-1-4939-9074-0_19

15. • Rápido • Visual • Windows (em partes) • Completo • Suporte • Customização • Computacionalmente custoso (> 8gb RAM) • Sensibilidade • Sinal filogenético • Sub-aproveitamento dos dados

16.

17. PRÁTICA – PROTOCOLO MEGAN bit.ly/bioinfo-megan

18. MEGAN 6 • Após abrir a Interface Gráfica do MEGAN, o primeiro passo consiste em abrir os arquivos .DAA “meganizados”

19. MEGAN 6 • Configurações de entrada:

20. MEGAN 6 • Principais componentes da interface gráfica:

21. MEGAN 6 – QUEM ESTÁ LÁ? • Classificação taxonômica

22. • Análise funcional MEGAN 6 – O QUE (PODE ESTAR) FAZENDO?

23. MEGAN 6 – Como comparar? • Sample viewer – define atributos da amostra e possibilita comparativos VISUAIS.

24. Bibliografia recomendada: • Paper PEAR: https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btt593 • Paper DIAMOND: https://www.nature.com/articles/nmeth.3176 • Protocolo MEGAN (2017): http://link.springer.com/10.1007/978-3-319-61510-3_4 • Protocolo MEGAN (2019): https://link.springer.com/protocol/10.1007%2F978-1-4939- 9074-0_19

Análise de Metagenomas com MEGAN

Recomendados

Recomendados

Mais conteúdo relacionado

Último

Último (8)

Destaque

Destaque (20)

Análise de Metagenomas com MEGAN