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Isozimas (Isoenzimas o Isoformas)

-Versiones físicamente distintas de una cierta enzima
-Catalizan la misma reacción bioquímica
-Estructuralmente similares, genéticamente distintas
-Diferencias sutiles en:      *Actividad catalítica
                              *Propiedades regulatorias
                              *Afinidad por sustrato
-Diferencias las adaptan a tejidos o circunstancias específicas
- "Copia de repuesto" de enzima esencial: sobrevivencia
-Útiles como marcadores moleculares para identificación
 específica y rápida de tejidos y organismos.
Isozimas (Isoenzimas o Isoformas)




-Ejemplos:
       *Lactato deshidrogenasa: Reduce piruvato a lactato
        -Tetrámero con subunidades de 35 kDa.
        -Dos tipos de cadenas polipeptídicas: M y H
        -Forman cinco isozimas:
              M4: Máxima afinidad por piruvato (músculo e hígado)
              M3H1
              M2H2      Afinidades intermedias
              M1H3
              H4: Mínima afinidad por piruvato (corazón)
       -Separables por electroforesis; útiles en diagnóstico.
H4

                                  H3M

                                  H2M2

                                  HM3

                                  M4




Isoenzimas de la Lactato Deshidrogenasa.
(A)El perfil de isozimas de la LDH del corazón de rata cambia en el curso de su
desarrollo. Cuadros rojos: isozima H; óvalos azules: isozima M. Los números negativos
y positivos indican los días antes y después del nacimiento, respectivamente.
(B) El contenido de isozimas de LDH varía según el tejido. [(A) W.-H. Li, Molecular
Evolution (Sinauer, 1997), p. 283; (B) K. Urich, Comparative Animal Biochemistry
(Springer Verlag, 1990), p. 542.]
Isozimas (Isoenzimas o Isoformas)




-Ejemplos:
       *Citocromos P450: Detoxificación de xenobióticos
                          Eliminación de drogas
        -Aprox. 100 isozimas en humanos
        -Superfamilia de hemoenzimas
        -Monooxigenasas de membrana de RER
        -Reaccionan con xenobióticos lipofílicos haciéndolos
         más solubles en agua y ayudando a que el riñón los
         elimine.
Isozimas (Isoenzimas o Isoformas)

-La distribución de las diferentes isozimas refleja al menos
 cuatro factores:

       1) Diferentes patrones metabólicos en diferentes órganos
               Ejem: Lactato deshidrogenasa en músculo e hígado
                      Hexocinasa en diversos tejidos y glucocinasa
                      en hígado
                      Glucocinasa convierte glucosa en exceso en
                      glucógeno; deficiente en diabetes mellitus.

       2) Las diferentes localizaciones y tasas metabólicas de una
         enzima dada dentro de un tipo de célula
               Ejem: Malato deshidrogenasa en citosol y mitocondria
Isozimas (Isoenzimas o Isoformas)


-continuación:



       3) Diferenciación y desarrollo de tejidos adultos a partir de
         sus formas embrionarias o fetales
               Ejem: LDH es diferente en hígado fetal y adulto
                      Algunas de las enzimas de la degradación de
                       de la glucosa en células de cáncer maligno
                       ocurren en sus isoformas fetales.

       4) Regulación fina de tasas metabólicas a través de diferentes
         respuestas a moduladores alostéricos
              Ejem: Síntesis de aminoácidos: Isoleucina, metionina...
Ribozimas
     -RNA catalítico: Concepto revolucionario respecto a la
                      función del RNA.
                      Tom Cech y Sidney Altman (1980-82)

Self-splicing: Autoempalme (autoprocesamiento)

-Intrones se excinden solos, sin mediación por proteínas o snRNAs

-Intrones del grupo I: rRNAs nucleares de protozoarios (Tetrahymena)

-Intrones del grupo II: genes codificantes de proteínas, rRNAs
                    y tRNAs de mitocondrias y cloroplastos
                    de hongos y plantas.
Autoempalme. Un precursor de RNA ribosomal deTetrahymena se autoprocesa
en presencia de un cofactor de guanosina (G, en verde). Se libera un intrón (rojo) de
414 nucleótidos en la primera reacción de autoempalme. Este intrón luego se auto-
procesa de nuevo dos veces para dar un RNA lineal que ha perdido 19 nucleótidos.
Este RNA L19 es catalíticamente activo [T. Cech. RNA as an enzyme.
Copyright ©1986 by Scientific American, Inc. All rights reserved.]
Estructura de un Intrón que se Autoprocesa.
La estructura del intrón de Tetrahymena revela
un complejo patrón de plegamiento de hélices
y asas. Las bases se muestran en verde, A;
amarillo, C; púrpura, G; y naranja, U.
Ejemplos:
                      Ribonucleasa P humana
                      Ribozimas de viroides de plantas

RNA Catalítico.
(A)Patrón de apareamiento de bases de una ribozima “cabeza de martillo” y su
sustrato.
(B) Conformación plegada del complejo. La ribozima rompe el enlace en el sitio
de escisión (cleavage site). Los esqueletos de los ácidos nucleicos se muestran
en rojo y azul.
Una Ribozima. Esta simple molécula de RNA cataliza la ruptura de un segundo RNA en un sitio
específico. Esta ribozima forma parte de genomas de RNA más grandes llamados viroides, que
infectan plantas. La ruptura, que ocurre en un sitio distante en el mismo RNA que contiene a la
ribozima, es un paso en la replicación del genoma del viroide. La reacción requiere de un átomo
de Mg posicionado en el sitio activo. (T.R. Cech and O.C. Uhlenbeck, Nature 372:3940, 1994.)
Algunas Reacciones Bioquímicas Catalizadas por Ribozimas

     ACTIVIDAD                       RIBOZIMAS

Formación del enlace peptídico      RNA ribosómico
en la síntesis de proteínas
Ruptura y ligación de RNA           RNAs autoprocesantes;
                                    también RNA seleccionado in vitro
Ruptura de DNA                      RNAs autoprocesantes
Procesamiento de RNA                RNAs autoprocesantes, tal vez
                                    RNAs del spliceosoma
Polimerización de RNA               RNA seleccionado in vitro
Fosforilación de RNA y DNA          RNA seleccionado in vitro
Aminoacilación de RNA               RNA seleccionado in vitro
Alquilación de RNA                  RNA seleccionado in vitro
Formación de enlaces amida          RNA seleccionado in vitro
Ruptura de enlaces amida            RNA seleccionado in vitro
Formación de enlaces glucosídicos   RNA seleccionado in vitro
Metalación de porfirinas            RNA seleccionado in vitro
Ribozimas “cabeza de martillo” genéticamente diseñadas. Estas ribozimas forman parte
de algunos viroides. Actúan en trans y rompen moléculas de RNA blanco específicas, cuya
secuencia de reconocimiento contiene un triplete central GUC (caja azul) o una variante cercana.
El reconocimiento se lleva a cabo mediante dos secuencias que flanquean el componente catalí-
tico y que permiten el apareamiento de bases a la secuencia blanco. Para diseñar una ribozima
artificial que rompa una secuencia de mRNA predeterminada, solo es necesario escoger un GUC
adecuado (o una variante) en el blanco y luego diseñar la ribozima para que contenga el compo-
nente catalítico usual flanqueado por las secuencias (YYYYY . . . ) complementarias a las
secuencias que flanquean el triplete elegido en la secuencia blanco (XXXXX . . .). Debido a la
labilidad relativa del RNA, los experimentos de terapia génica que usen ribozimas para inhibir
la expresión génica pueden involucrar la síntesis y transferencia de genes (de DNA) que
codifiquen la ribozima deseada.
Ribozimas como
      agentes terapéuticos
      (Terapia génica a
      nivel de mRNA)


Algunas ribozimas también pueden reparar mutaciones en el mRNA. Algunos intrones del Grupo I son
ribozimas que catalizan la ruptura del RNA y su subsecuente empalme. Podrían ser usados como agentes
terapéuticos capaces de reparar ciertas mutaciones a nivel de mRNA (Cech, 1995). En este ejemplo, el gen A
tiene una mutación sin sentido o de sentido equivocado y se transcribe para dar un RNA mutante. La ribozima
terapéutica se diseña de modo que sus secuencias flanqueantes de reconocimiento sean complementarias
al extremo 3' de la secuencia de mRNA silvestre del gen A, el cual incluye el punto de la mutación. La ribozima
es diseñada para romper el mRNA mutante río arriba del sitio de la mutación. La ligación subsecuente del
extremo 5’ del mRNA mutante a la secuencia del extremo 3’ aportada por la ribozima puede resultar en la
reparación de la mutación a nivel del mRNA.
GRACIAS!!

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Enzimas 4

  • 1. Isozimas (Isoenzimas o Isoformas) -Versiones físicamente distintas de una cierta enzima -Catalizan la misma reacción bioquímica -Estructuralmente similares, genéticamente distintas -Diferencias sutiles en: *Actividad catalítica *Propiedades regulatorias *Afinidad por sustrato -Diferencias las adaptan a tejidos o circunstancias específicas - "Copia de repuesto" de enzima esencial: sobrevivencia -Útiles como marcadores moleculares para identificación específica y rápida de tejidos y organismos.
  • 2. Isozimas (Isoenzimas o Isoformas) -Ejemplos: *Lactato deshidrogenasa: Reduce piruvato a lactato -Tetrámero con subunidades de 35 kDa. -Dos tipos de cadenas polipeptídicas: M y H -Forman cinco isozimas: M4: Máxima afinidad por piruvato (músculo e hígado) M3H1 M2H2 Afinidades intermedias M1H3 H4: Mínima afinidad por piruvato (corazón) -Separables por electroforesis; útiles en diagnóstico.
  • 3. H4 H3M H2M2 HM3 M4 Isoenzimas de la Lactato Deshidrogenasa. (A)El perfil de isozimas de la LDH del corazón de rata cambia en el curso de su desarrollo. Cuadros rojos: isozima H; óvalos azules: isozima M. Los números negativos y positivos indican los días antes y después del nacimiento, respectivamente. (B) El contenido de isozimas de LDH varía según el tejido. [(A) W.-H. Li, Molecular Evolution (Sinauer, 1997), p. 283; (B) K. Urich, Comparative Animal Biochemistry (Springer Verlag, 1990), p. 542.]
  • 4. Isozimas (Isoenzimas o Isoformas) -Ejemplos: *Citocromos P450: Detoxificación de xenobióticos Eliminación de drogas -Aprox. 100 isozimas en humanos -Superfamilia de hemoenzimas -Monooxigenasas de membrana de RER -Reaccionan con xenobióticos lipofílicos haciéndolos más solubles en agua y ayudando a que el riñón los elimine.
  • 5. Isozimas (Isoenzimas o Isoformas) -La distribución de las diferentes isozimas refleja al menos cuatro factores: 1) Diferentes patrones metabólicos en diferentes órganos Ejem: Lactato deshidrogenasa en músculo e hígado Hexocinasa en diversos tejidos y glucocinasa en hígado Glucocinasa convierte glucosa en exceso en glucógeno; deficiente en diabetes mellitus. 2) Las diferentes localizaciones y tasas metabólicas de una enzima dada dentro de un tipo de célula Ejem: Malato deshidrogenasa en citosol y mitocondria
  • 6. Isozimas (Isoenzimas o Isoformas) -continuación: 3) Diferenciación y desarrollo de tejidos adultos a partir de sus formas embrionarias o fetales Ejem: LDH es diferente en hígado fetal y adulto Algunas de las enzimas de la degradación de de la glucosa en células de cáncer maligno ocurren en sus isoformas fetales. 4) Regulación fina de tasas metabólicas a través de diferentes respuestas a moduladores alostéricos Ejem: Síntesis de aminoácidos: Isoleucina, metionina...
  • 7. Ribozimas -RNA catalítico: Concepto revolucionario respecto a la función del RNA. Tom Cech y Sidney Altman (1980-82) Self-splicing: Autoempalme (autoprocesamiento) -Intrones se excinden solos, sin mediación por proteínas o snRNAs -Intrones del grupo I: rRNAs nucleares de protozoarios (Tetrahymena) -Intrones del grupo II: genes codificantes de proteínas, rRNAs y tRNAs de mitocondrias y cloroplastos de hongos y plantas.
  • 8. Autoempalme. Un precursor de RNA ribosomal deTetrahymena se autoprocesa en presencia de un cofactor de guanosina (G, en verde). Se libera un intrón (rojo) de 414 nucleótidos en la primera reacción de autoempalme. Este intrón luego se auto- procesa de nuevo dos veces para dar un RNA lineal que ha perdido 19 nucleótidos. Este RNA L19 es catalíticamente activo [T. Cech. RNA as an enzyme. Copyright ©1986 by Scientific American, Inc. All rights reserved.]
  • 9. Estructura de un Intrón que se Autoprocesa. La estructura del intrón de Tetrahymena revela un complejo patrón de plegamiento de hélices y asas. Las bases se muestran en verde, A; amarillo, C; púrpura, G; y naranja, U.
  • 10. Ejemplos: Ribonucleasa P humana Ribozimas de viroides de plantas RNA Catalítico. (A)Patrón de apareamiento de bases de una ribozima “cabeza de martillo” y su sustrato. (B) Conformación plegada del complejo. La ribozima rompe el enlace en el sitio de escisión (cleavage site). Los esqueletos de los ácidos nucleicos se muestran en rojo y azul.
  • 11. Una Ribozima. Esta simple molécula de RNA cataliza la ruptura de un segundo RNA en un sitio específico. Esta ribozima forma parte de genomas de RNA más grandes llamados viroides, que infectan plantas. La ruptura, que ocurre en un sitio distante en el mismo RNA que contiene a la ribozima, es un paso en la replicación del genoma del viroide. La reacción requiere de un átomo de Mg posicionado en el sitio activo. (T.R. Cech and O.C. Uhlenbeck, Nature 372:3940, 1994.)
  • 12. Algunas Reacciones Bioquímicas Catalizadas por Ribozimas ACTIVIDAD RIBOZIMAS Formación del enlace peptídico RNA ribosómico en la síntesis de proteínas Ruptura y ligación de RNA RNAs autoprocesantes; también RNA seleccionado in vitro Ruptura de DNA RNAs autoprocesantes Procesamiento de RNA RNAs autoprocesantes, tal vez RNAs del spliceosoma Polimerización de RNA RNA seleccionado in vitro Fosforilación de RNA y DNA RNA seleccionado in vitro Aminoacilación de RNA RNA seleccionado in vitro Alquilación de RNA RNA seleccionado in vitro Formación de enlaces amida RNA seleccionado in vitro Ruptura de enlaces amida RNA seleccionado in vitro Formación de enlaces glucosídicos RNA seleccionado in vitro Metalación de porfirinas RNA seleccionado in vitro
  • 13. Ribozimas “cabeza de martillo” genéticamente diseñadas. Estas ribozimas forman parte de algunos viroides. Actúan en trans y rompen moléculas de RNA blanco específicas, cuya secuencia de reconocimiento contiene un triplete central GUC (caja azul) o una variante cercana. El reconocimiento se lleva a cabo mediante dos secuencias que flanquean el componente catalí- tico y que permiten el apareamiento de bases a la secuencia blanco. Para diseñar una ribozima artificial que rompa una secuencia de mRNA predeterminada, solo es necesario escoger un GUC adecuado (o una variante) en el blanco y luego diseñar la ribozima para que contenga el compo- nente catalítico usual flanqueado por las secuencias (YYYYY . . . ) complementarias a las secuencias que flanquean el triplete elegido en la secuencia blanco (XXXXX . . .). Debido a la labilidad relativa del RNA, los experimentos de terapia génica que usen ribozimas para inhibir la expresión génica pueden involucrar la síntesis y transferencia de genes (de DNA) que codifiquen la ribozima deseada.
  • 14. Ribozimas como agentes terapéuticos (Terapia génica a nivel de mRNA) Algunas ribozimas también pueden reparar mutaciones en el mRNA. Algunos intrones del Grupo I son ribozimas que catalizan la ruptura del RNA y su subsecuente empalme. Podrían ser usados como agentes terapéuticos capaces de reparar ciertas mutaciones a nivel de mRNA (Cech, 1995). En este ejemplo, el gen A tiene una mutación sin sentido o de sentido equivocado y se transcribe para dar un RNA mutante. La ribozima terapéutica se diseña de modo que sus secuencias flanqueantes de reconocimiento sean complementarias al extremo 3' de la secuencia de mRNA silvestre del gen A, el cual incluye el punto de la mutación. La ribozima es diseñada para romper el mRNA mutante río arriba del sitio de la mutación. La ligación subsecuente del extremo 5’ del mRNA mutante a la secuencia del extremo 3’ aportada por la ribozima puede resultar en la reparación de la mutación a nivel del mRNA.