[1] A apresentação discute a infraestrutura de software do GridUnesp e as demandas computacionais dos pesquisadores. [2] Diferentes grupos de pesquisa usam softwares e linguagens de programação variados, e parte destes podem ser executados no GridUnesp com adaptações. [3] Desafios incluem permitir que pesquisadores foquem em suas áreas e abstraiam a infraestrutura computacional, diminuir a curva de aprendizagem dos usuários e garantir a disponibilidade adequada dos recursos.

1. Infraestrutura de Software
Prof. Dr. Ney Lemke
lemke@ibb.unesp.br
IBB-Unesp

2. Agenda

Introdução

Pesquisa GridUnesp

Demandas Computacionais

Infra-estrutura de Software do
GridUnesp

Discussão

3. Grid Computing

4. Questionário
Perguntas Ney Lemke André Malvezzi Adriano Gastão Krein João Figueiredo Makoto
Cansian Myoshida
1. Which is your research area? Bioinformatics Condensed Computer Physics Computational Protein
Matter Security Fluid Dynamics Folding
2.1. Operating System: Linux, MacOS Linux,Windows Linux Linux Windows and Linux
Linux
2. Computing Language: C++,Java,Python Fortran Java, C, SQL Fortran 77/90, Fortran 90/95 ,C/ Fortran, C/C+
and PHP C/C++ C++, Python +
2.3. Open Source or Proprietary Codes : Both Own Code Open Source Open Source Own Code Open source
2.4. Necessary libraries: None IMSL libft, JDK and MPI IMSL, MPI
JRE
2.5. Typical use of RAM memory: 2 Gb 1 Gb 1 Gb A lot 15GB - 500TB 1 Mb
2.6. Typical use of disk space: 100 Gb 50 Gb 30 Gb 1 Tb 25 Tb 1 Gb
2.7. CPU bounded?: Yes Yes No Yes Yes
2.8. I/O bounded?: No No No Yes No
2.9. Execution time of the jobs: 4h-24 h days Daemon Months Days Days
2.10. Bag-of-tasks application?: Yes Yes No Yes
3. About your research problem and the
grid:
3.1. Are you looking forward to have your Yes Yes Yes Yes Yes Not yet
jobs running on GridUNESP:
3.2. Do you use a grid application to process Condor No No No No No
your jobs
3.3. Do you know if your application is Yes No No Yes No No
already adapted to run on a grid
infrastructure?
3.4. Do you know any alternative to the Yes No No Yes Yes No
software you are using that is already
adapted to run on grids?

5. Questionário
Andr_ Adriano Gast_o Jo_o
Perguntas Ney Lemke Malvezzi Cansian Krein Figueiredo Myos hida
3.5. Do yo u know a ny expert that is
working on this a dap tation? Yes No No Yes No Yes
3.6. Are yo u re ady to co opera te with an
internatio nal effort to mak e yo ur
application rea dy to run o n OSG? Yes Yes Yes Yes Yes Yes
3.7. Do yo u have a ny students o r po stdocs
that could work on this? Yes No Yes Yes No No
3.8 What do yo u need to co operate on this Computer
(tra vel, bring expert, etc.) Tra vel Talk Expe rt Tra vel Bring Expert Time

6. Infraestrutura de Software
 Instalação baseada no CentOS 5.4
 Pacotes adicionais:
 Development Tools group
 C++, C, Java
 Intel C, C++
 Intel MPI
 Fortran Intel e g77
 Fortran90
 Gromacs

7. Infraestrutura de Software
 Bibliotecas Matemáticas
– GMP
– MKL
– BLAS
– LAPACK
– MSL
 Depuradores
– GDB
– Depuradores Paralelos

8. Software não Livre
 Crystal
 Gaussian
 Amber
 Mathematica
 Mathlab
 CFD
 GID
 ANSYS

9. Análise da Demanda
Novo cadastro de Grupos de Pesquisa e de
Projetos.
Demanda por recursos de Clusters
Documentacao para o usuário

10. Infra-estrtura de software
Uma boa parte das nossas demandas podem ser satisfeitas
com a instalação do CentOS + OSG.
Parte das aplicações foram implementadas pelos usuários e
poderão ser facilmente portadas para o grid com algum
esforço de gridificação.

11. Ambiente de Desenvolvimento
• Parte do desenvolvimento poderá ser feito
• nos clusters.
• Parte do desenvolvimento deverá ser feito
na máquina do usuário.
• Apesar de existirem soluções de interesse
genérico, parte dos problemas deverá ser
resolvido caso a caso.

12. Política Aquisição Software
• Como encaminhar o proceso de aquisição de
software?
• Projeto comum para Fapesp?
• Solicitação à Reitoria

13. Desafios
 Permitir que os usuários se concentrem em
suas áreas de pesquisa e consigam abstrair
a infra-estrutura computacional.
 Diminuir a declividade da curva de
aprendizagem
 Disponibilidade:
MFLOPY != 365*24*3600*MFLOPS