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Python na Ciência
Raony Guimarães
8º Encontro de Python de Minas Gerais
21/03/2015
$whoami
● Estudante de Doutorado em Bioinformatica
pela UFMG.
● Bacharel em Informática Biomédica pela
USP
● Especialista em análise de exomas
humanos para diagnóstico de doenças
mendelianas.
Para que o python é
utilizado na ciência?
Quais são as necessidades de um
cientista?
● Obter os dados
● Manipular e processar os dados
● Visualizar os resultados
● Comunicar os resultados: produzir figuras
para relatórios, publicações e apresentações
ipython-notebook
O IPython Notebook é um ambiente
computacional interativo baseado em web
onde você pode combinar, execução do
código, texto, matemática, plots e rich media
em um único documento.
Numpy
NumPy é o pacote fundamental para
computação científica utilizando Python.
● Um poderoso objeto de array N-dimensional
● Funções sofisticadas
● Ferramentas para integrar código C/C++ e
Fortran
● Álgebra linear, transformada de Fourier, e
capacidade de gerar números aleatórios
matplotilb
Matplotlib é o pacote de Python mais utilizado
para gráficos 2D. Ele fornece uma maneira
muito rápida de visualizar dados de Python e
figuras de qualidade para publicação em vários
formatos.
Scipy
● SciPy é uma coleção de algoritmos matemáticos e
funções de conveniência construídas sobre a extensão
Numpy de Python.
● Com SciPy, uma sessão interativa de Python torna-se
um ambiente de processamento de dados e sistema de
prototipagem rivalizando com sistemas como MATLAB,
IDL, Octave, R-Lab, e SciLab.
Scikit-Learn
● Ferramentas simples e eficientes para a
mineração e análise de dados
● Acessíveis a todos, e reutilizáveis em vários
contextos
● Construído sobre NumPy, SciPy e matplotlib
● Open source, comercialmente utilizáveis -
licença BSD
Aplicações
● Programação e Ciências da
Computação
● Estatísticas, Aprendizado de
Máquinas e Data Science
● Matemática, Física, Química,
Biologia
● Ciências da Terra e dados
Geo-Espaciais
● A visualização de dados e
plotagem
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  • 1. Python na Ciência Raony Guimarães 8º Encontro de Python de Minas Gerais 21/03/2015
  • 2. $whoami ● Estudante de Doutorado em Bioinformatica pela UFMG. ● Bacharel em Informática Biomédica pela USP ● Especialista em análise de exomas humanos para diagnóstico de doenças mendelianas.
  • 3. Para que o python é utilizado na ciência?
  • 4. Quais são as necessidades de um cientista? ● Obter os dados ● Manipular e processar os dados ● Visualizar os resultados ● Comunicar os resultados: produzir figuras para relatórios, publicações e apresentações
  • 5. ipython-notebook O IPython Notebook é um ambiente computacional interativo baseado em web onde você pode combinar, execução do código, texto, matemática, plots e rich media em um único documento.
  • 6. Numpy NumPy é o pacote fundamental para computação científica utilizando Python. ● Um poderoso objeto de array N-dimensional ● Funções sofisticadas ● Ferramentas para integrar código C/C++ e Fortran ● Álgebra linear, transformada de Fourier, e capacidade de gerar números aleatórios
  • 7. matplotilb Matplotlib é o pacote de Python mais utilizado para gráficos 2D. Ele fornece uma maneira muito rápida de visualizar dados de Python e figuras de qualidade para publicação em vários formatos.
  • 8. Scipy ● SciPy é uma coleção de algoritmos matemáticos e funções de conveniência construídas sobre a extensão Numpy de Python. ● Com SciPy, uma sessão interativa de Python torna-se um ambiente de processamento de dados e sistema de prototipagem rivalizando com sistemas como MATLAB, IDL, Octave, R-Lab, e SciLab.
  • 9.
  • 10. Scikit-Learn ● Ferramentas simples e eficientes para a mineração e análise de dados ● Acessíveis a todos, e reutilizáveis em vários contextos ● Construído sobre NumPy, SciPy e matplotlib ● Open source, comercialmente utilizáveis - licença BSD
  • 11.
  • 12. Aplicações ● Programação e Ciências da Computação ● Estatísticas, Aprendizado de Máquinas e Data Science ● Matemática, Física, Química, Biologia ● Ciências da Terra e dados Geo-Espaciais ● A visualização de dados e plotagem ● Processamento de Sinal e Som ● Processamento da Língua Natural ● Lingüística e Text Mining