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- 13. Sappiamo che gli AMP interagiscono con particolari domini di membrana ma non è possibile determinare sperimentalmente il meccanismo In ogni organismo sono presenti sequenze peptidiche transmembrana
- 18. GYMGGILFSDIITNSLYA FLLYSCFLSVLISIALSRIA YLDFLVGAISSLVVIGLAFIL FLPNPFNLILSIYLLKSSFAIR VIAPLFYYLIFGLPGVVYRAV LNFVPARITVLLFLSLG IAAMSAVLGVWLEKPNY YWIIVVEFLLIVAIILYGG WMLPLLTPLTAFIPSLILYLNI SILSLYWVIGLLHLDGLA VNTGIAGTFAVVMILLIQVYSL YSIYLAELNSKMAMLLALATK VFLGGVLYALLLIPILLY IGLWVTGLLMAFLTGLLVGIGYLI IIAFTIALFMNFFSYWFS LIQTIAAVLAGAIMVLVNFARWSLW VALILAIILAPIAATLIQLAI LILTGGLVGQLFTLAKGFDLG LTVLFIAIMLLSVVPVHFVS LLALIVAFAVLTAGCLGS PILLITILLGFAMAWAIGA QAVIIAGVLEFMGAYFFG … A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 0 1 1 0 0 0 3 0 3 2 0 1 0 1 2 1 0 2 0 2 1 0 0 1 0 0 0 0 3 5 0 0 0 2 4 0 0 1 1 2 0 0 1 0 0 0 2 0 3 5 0 0 0 2 2 0 0 1 3 1 1 2 0 0 0 0 0 0 3 5 1 0 2 3 3 0 0 1 0 2 1 0 0 0 0 0 2 0 2 3 0 0 2 2 0 0 0 3 4 1 1 1 0 0 0 0 1 0 1 5 0 0 1 2 1 1 0 0 2 3 0 1 0 0 0 1 1 0 1 2 1 1 1 0 1 0 1 1 2 1 0 0 0 0 0 1 2 0 5 3 0 0 0 1 0 0 1 2 3 1 0 1 0 0 0 0 0 0 3 7 0 1 3 1 1 2 1 1 0 1 0 0 1 0 0 0 2 1 2 6 0 0 0 0 2 0 1 1 1 2 0 1 0 0 1 0 2 0 3 3 0 1 0 1 1 2 0 1 4 A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 15 4 6 3 1 0 2 13 1 26 43 2 3 9 14 16 4 4 13 16 23 1 4 1 0 4 1 15 1 24 42 3 7 3 13 8 11 4 7 18 22 0 1 0 1 1 1 25 0 29 23 2 5 4 12 7 7 7 8 17 20 2 2 4 1 3 0 24 4 26 29 4 3 6 12 7 14 6 5 20 11 1 3 0 2 1 1 18 2 40 40 3 1 5 19 9 15 3 16 14 26 1 6 3 0 0 1 21 0 42 28 1 3 8 11 13 13 5 13 17 13 2 3 0 0 1 0 17 0 29 42 1 8 5 20 16 6 2 6 29 20 0 5 2 2 4 1 12 1 30 41 3 7 4 15 18 10 1 8 14 15 1 3 1 1 1 2 13 1 32 32 3 5 10 10 15 11 3 12 19 15 3 7 1 0 2 0 23 0 28 31 1 6 6 28 15 6 5 6 16 23 0 4 3 0 0 1 14 2 35 38 0 2 7 14 11 11 2 8 23 18 3 4 3 0 1 3 17 0 16 35 1 9 6 22 6 11 3 7 15 9 7 8 9 1 5 12 14 3 16 20 11 4 10 10 8 8 1 5 13
- 19. mean(A) median(A) trimmean iqr(A) mad(A) range(A) std(A) A 9.946969 9.895833 9.850927 3.109966 1.895804 15.386686 2.459542 R 0.994661 0.990099 0.772769 0.956998 0.594214 4.838710 0.794100 N 1.426511 1.136364 1.334014 1.526390 0.784821 4.787234 0.981287 D 0.684437 0.529101 0.515462 1.063830 0.525710 5.172414 0.679448 C 0.232200 0.000000 0.127124 0.520159 0.307689 1.895735 0.369977 Q 0.732651 0.531915 0.544379 0.571629 0.511893 3.141361 0.662653 E 0.943068 0.938967 0.703481 0.652138 0.611739 6.896552 0.881986 G 8.324893 8.241758 8.243749 3.367347 1.938552 12.629773 2.418436 H 0.548854 0.518135 0.380092 0.979197 0.438348 3.428571 0.604753 I 13.926745 14.070352 13.913042 3.832976 2.225817 14.260175 2.768701 L 19.148035 19.021739 19.118976 4.230597 2.447674 15.633075 3.041508
- 20. conteggio aminoacidi A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 187 15 42 17 8 17 9 183 10 315 364 23 47 64 163 128 99 41 98 187 conteggio dimeri LI 56 LL 55 IL 50 LA 43 IG 40 GL 39 II 38 AI 35 IA 34 FL 32 VL 31 conteggio trimeri IGL 13 LIL 12 LLL 10 LLA 9 VIG 9 FLL 8 GLA 8 IAG 8
- 21. L’analisi attualmente condotta su Pyrococcus furiosus e su eritrociti umani sarà completata sugli organismi suindicati L’analisi su tutti gli ennameri presenti in tutti i peptidi antimicrobici presenti nel database metterà le premesse per una estesa analisi computazionale degli AMP L’analisi statistica della composizione aa dei proteomi transmembrana ha mostrato differenze statisticamente significative. Sarà ricercata la correlazione tra la tossicità esibita da alcuni peptidi e la differenza tra TPM di batteri e quelli di eritrocita Dei nuovi descrittori molecolari, basati sulla distanza di Mahalanobis tra i diversi TPM, saranno impiegati nella nuova generazioni di modelli QSAR di attività antimicrobica.
Notas do Editor
- L’obiettivo principale di questo lavoro di dottorato è la progettazione di nuovi farmaci (peptidi o peptidomimetici) con attività antimicrobica e/o antifungina.
- L’obiettivo principale di questo lavoro di dottorato è la progettazione di nuovi farmaci (peptidi o peptidomimetici) con attività antimicrobica e/o antifungina.
- Studiando i peptidi ad azione antimicrobica ci si è imbattuti nell’evidenza che molte delle banche date che raccolgono sequenze attive non forniscono sufficienti informazioni sui metodi sperimentali che hanno portato ad isolare e a caratterizzare le sequenze stesse. I database oggi disponibili non consentono di effettuare ricerche molto dettagliate, ad esempio, sulla base della MIC propria di ogni sequenza, o relative all’azione su uno specifico agente patogeno. Nella seguente tabella sono riportate le maggiori banche dati di peptidi antimicrobici oggi disponibili nel Web, alcune di queste sono consultabili gratuitamente.
- Da un punto di vista computazionale risulterebbe estremamente complesso simulare modelli di membrane a causa dell’eterogeneità dei lipidi che le costituiscono. Si è pensato per questo di intraprendere lo studio delle proteine di membrana….
- VANTAGGI Da un punto di vista computazionale risulterebbe estremamente complesso simulare modelli di membrane a causa dell’eterogeneità dei lipidi che le costituiscono. Si è pensato per questo di intraprendere lo studio delle proteine di membrana….
- Per poter isolare le sequenze proteiche transmembrana relative ai seguenti organismi batterici e archeobatterici abbiamo dovuto disporre dell’intero proteoma degli stessi. Per proteoma si intende la totalità delle proteine espresse e modificate dopo l’espressione da un genoma durante l’arco dell’intera vita di una cellula o di un tessuto. Nella serie d’eventi regolatori che da un gene portano ad una proteina attiva, il proteoma rappresenta il prodotto finale del genoma. I dati ottenuti dall'analisi del proteoma, in particolare i dati di spettrometria di massa, sono inseriti in banche dati che in alcuni casi , come quello dell’ HAMAP , sono pubbliche.