Um pouco de Python na biologia molecular , com uso da biblioteca biopython .

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QUEM SOU EU ?
● Higor Vinicius
● Tecnologo em Processamento de Dados – AESPI
● Usuario Linux
● Entusiasta da Linguagem Python
● Integrante do PUG

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O que é Bioinformática ?
O que é Biopython ?
A resposta seria :
+
E python? 0 que vem a ser pyhton?

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Muitas perguntas vem na sua cabeça ao mesmo tempo não é ?

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Bioinformática
A bioinformática é um campo interdisciplinar que desenvolve métodos e
ferramentas de software para a compreensão de dados biológicos.
Fonte : https://en.wikipedia.org/wiki/Bioinformatics

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Biopython
O Biopython é um conjunto de ferramentas livremente disponíveis para
computação biológica escrita em Python por uma equipe internacional de
desenvolvedores.
Fonte :http://biopython.org/wiki/Biopython

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● Python é uma linguagem de programação de alto nível, interpretada, de script,
imperativa, orientada a objetos, funcional, de tipagem dinâmica e forte.
● Foi lançada por Guido van Rossum em 1991.
●
Atualmente possui um modelo de desenvolvimento comunitário, aberto e
gerenciado pela organização sem fins lucrativos a Python Software Foundation.
Fonte : https://pt.wikipedia.org/wiki/Python
Github : https://github.com/python/

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Porque resolvi falar de Biopython?
● Minha namorada ama Biologia
● Eu amo programar em pythhon
Ai veio a ideia...
Por que não juntar as duas coisas ?
Biologia + Python

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O quê será abordado?
● Transcrição - vamos transcrever de DNA para RNA .
● Tradução - vamos traduzir de RNA para Proteína .
● Arquivos FASTA - é um dos padrões de armazenamento de
sequências Biológicas .

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DNA
● DNA é uma abreviatura (em inglês) de ácido
desoxirribonucléico.

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DNA
● DNA é um aglomerado de moléculas que contém material
genético.
● Vários estudos foram e estão sendo feitos utilizando o DNA.
● Um exemplo desses estudos é o Projeto Genoma que
busca mapear o DNA.
Fonte :https://pt.wikipedia.org/wiki/Projeto_Genoma

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RNA
● RNA é a sigla de ácido ribonucléico.
● A composição do RNA é muito semelhante ao do DNA,porém
apresenta algumas diferenças como: o RNA é formado por
uma cadeia simples, e não uma de dupla hélice como o DNA.

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Transcrição
● A transcrição é a síntese de RNA cuja sequência foi definida
pelo molde DNA.
● Segmento de DNA:
ATGCC
● Segmento De RNAm formado na transcrição:
AUCGG
● Com o fim da transcrição, as duas fitas de DNA se unem
● novamente refazendo-se a dupla hélice .

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Transcrição
● Lembrando: transcrição é local!
● Apenas algumas regiões do DNA servem de molde para a síntese de um RNA .
● Apenas uma fita serve de molde para a síntese de RNA.
● A outra fita tem a sequência igual ao RNA com a diferença
● que possui T no lugar de U.
● A fita que serviu de molde para a síntese de RNA é chamada
de fita non sense.
● A outra fita é a fita sense (codante). Essa fita não interfere no
processo, mas ela contém os códons.

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Proteínas
As proteínas são macromoléculas formadas por uma sucessão
de moléculas menores conhecidas como aminoácidos. A
maioria dos seres vivos, incluindo o homem, utiliza somente
cerca de vinte tipos diferentes de aminoácidos para a
construção de suas proteínas.

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E o codigo cadê ?
Afinal de contas e python misturado com
biologina né ?

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TRADUÇÃO

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TRANSCRIÇÃO

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MANIPULANDO ARQUIVOS FASTA

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Que tal uma pequena aplicação para brincar com
biopython ?

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Vamos usar uma microframework
Github : https://github.com/HigorMonteiro/flask_biopython/

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Obrigado!!!
Isso e tudo pessoal (-:
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