Linux é um sistema operacional alternativo ao Windows desenvolvido por Linus Torvalds na década de 1990. Possui vantagens como ser gratuito, requerer hardware modesto e ser estável, o que o torna adequado para aplicações de bioinformática que manipulam grandes volumes de dados. Sua utilização é comum em centros de bioinformática devido à sua capacidade de lidar com ferramentas para análise de sequências biológicas.