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データジャーナルを知る
2019.3.20 大学図書館研究会基盤整備研究グループ
Webセミナー
東京財団政策研究所 政策データラボ
南山泰之
ORCID ID:0000-0002-7280-3342
目次
1. データジャーナルとは
2. データジャーナル構築の道のり
3. 課題
1.データジャーナルとは
実データの付帯情報を記述する論文
(データ論文)を中心に掲載するジャーナル
出典:地球電磁気・地球惑星圏学会. “地球電磁気学・地球惑星圏科学の現状と将来”. 2013, 136p.
http://www.sgepss.org/sgepss/shorai/SGEPSS_syorai_Jan2013.pdf
データ論文
Ref: JPCOARスキーマガイドライン. 資源タイプ語彙別表
https://github.com/JPCOAR/schema/blob/master/1.0/documents/JPCOARスキーマ項目一覧.xlsx
conference paper 会議発表論文 会議に提出され、参加者に発表された論文で、会議録に掲載される。
data paper データ論文
特定のデータセットやデータセットグループについて記述され、学術雑誌における
査読論文の形式で出版されるもの。データ自体に関する記述、取集状況、データの
特徴に関する情報、データへのアクセスや再利用の可能性に関して主に記述する。
departmental bulletin
paper
紀要論文
大学や研究所等が発行する紀要類に掲載された論文。表紙や目次はOtherとする。国
際的に流通する際は「Journal Article」として出力される。
editorial エディトリアル
学術雑誌の編集長によって記述された、政治的、社会的、文化的、専門的な問題に
関する見解を示したエッセイ。
journal article 学術雑誌論文
特定の主題に関して研究を実施した1人以上の著者によって執筆され、学術雑誌に掲
載された論文。
periodical 逐次刊行物
固有のタイトルを持ち、多様なコンテンツ(論文、エディトリアル、レビュー、コ
ラムなど)から構成される一定の間隔で発行される逐次刊行物。
review article レビュー論文
二次情報であり、他の記事について書かれた論文。オリジナルの研究に関する報告
ではない。
article 記事
上記には含まれない、学術論文以外の記事。国際的に流通する際は「Journal
Article」として出力される。
「データから得られる知見」
の記述は求めない
データ論文の例
http://doi.org/10.20575/00000005
データベースとの連携
~
・データ論文は出版社サイトで公開
・実データはデータベースで公開
(補)連携先の選択
いくつかの出版社では「お勧めリポジトリリスト」を公開
https://www.nature.com/sdata/policies/repositories
登場の背景
• データリポジトリが抱える問題
– 登録されたデータの品質
– メタデータの精粗
– 検索の難度(特に分野外から)
• データ取り扱いの難しさ(による査読の難度
向上)
– 適切な取得、前処理、ドキュメント化・・・
– 分析手法の高度化
実装面から見る
林和弘.なぜ今データジャーナルなのか? : オープンサイエンスの実装に向けて
https://www.jstage.jst.go.jp/static/files/ja/170801seminar1.pdf
データ論文によって
【実現できること】
・品質/検証可能性の保証
→ 研究の透明性Up↑
・データの利用者拡大
1) データの汎用化による異分野
での活用の期待
2) 論文形式での「出版」によって、
既存の流通ルートを活用
・データ作成者、データ取得者に
フォーカスした業績カウント
データジャーナルの広がり
https://www.nature.com/sdata/
https://www.journals.elsevier.com/data-in-brief
https://www.earth-system-science-data.net/
【例:Scientific Data基礎情報】
2014年5月創刊(Nature社)
分野:全分野(生命科学中心)
760本が出版(2019年3月18日現在)
APC:約$1,700(国によって異なる)
既存のカテゴリとの住み分け問題
(質問)
“・・・データジャーナル投稿内容が元の論文と類似してしま
うと二重投稿になるように思えますが、如何でしょうか?”
(回答)
“・・・投稿中のジャーナルでのアクセプトが決まったら、あ
なたの原稿の補足データは、その後の出版のために、
Data in Brief誌に直接送られます。データは、別途査読を
受けて出版されることになります。これは、データの利用と
再現性の拡大を目指す倫理的行為と言えるので、二重投
稿には当たりません。”
Editage Insights. “質問: エルゼビア社のジャーナルの”Data in Brief“について”より抜粋
https://www.editage.jp/insights/can-i-submit-the-supplemental-data-of-my-manuscript-
to-the-elsevier-journal-data-in-brief
2.データジャーナル構築の道のり
https://www.nipr.ac.jp/info/notice/20170119.html
➢ 2017年1月創刊
➢ 学術機関による初の
データジャーナル刊行
JARE Data Reports、1968~ NIPR Arctic Data Reports、1996~
極地研のData Reportsの歴史
JARE Data Reports出版状況
(~2017.3)
12 6 2
35
78
63
38 39
50
13
26
0
10
20
30
40
50
60
70
80
90
刊行数
【 J.D.R分野別刊行数】
18
23
36
53 53
46
39
33
23
38
0
10
20
30
40
50
60
刊行数
【 J.D.R出版年別刊行数】
Data Reports巻号一覧
(~2015.6)
タイトル サブタイトル 巻号 備考
JARE DATA REPORTS
Aurora No.1 (Aug. 1968) - No.12 (Nov. 1984)
刊行終了
(Upper Atmosphere
Physicsに継続)
Earth Science No.1 (Mar. 1984) - No.6 (Jul. 2005)
Geochemistry No.1 (Mar. 1976) - No.2 (Aug. 1994)
Glaciology No.1 (Nov. 1972) - No.34 (Nov. 2008)
Ionosphere No.1 (Nov. 1968) - No.78 (Mar. 2010)
Marine Biology No.1 (Mar. 1981) - No.48 (Mar. 2015) 電子化後刊行あり
Meteorology No.1 (Mar. 1971) - No.38 (Mar. 2004)
Oceanography No.1 (Aug. 1982) - No.33 (Mar. 2014) 電子化後刊行あり
Seismology No.1 (Mar. 1969) - No.48 (Feb. 2015) 〃
Terrestrial Biology No.1 (Feb. 1990) - No.9 (Apr. 2015) 〃
Upper Atmosphere Physics No.1 (Mar. 1984) - No.26 (Feb. 2008)
ARCTIC DATA REPORTS No.1 (Dec. 1996) - No.7 (Nov. 2008)
気象、宙空、雪氷分野の刊行がほぼ停止
データベース・データリポジトリ
https://scidbase.nipr.ac.jp/
http://www.iugonet.org/index.jsp
https://ads.nipr.ac.jp/
Data Reportsのリンク環境改善を通じて
リポジトリ上で実現で
きないか?
検討のマイルストーン
43
77
40
177
317
37
77
14
23
14
0 100 200 300 400 500 600
WGによるデータジャーナル構想の検討
投稿規程案・投稿票の策定
プラットフォームの選定
開発環境の構築
ポリシー、査読プロセス案の策定
誌名を「Polar Data Journal」に決定
Editorial Board・Advisory Board編成
Editorial Board、Advisory Boardによる確認
データジャーナル創刊準備
プレスリリース
日数(日)▲ ▲
審査、修正
- データ
- ソフトウェア
- メタデータの
受理・生成
長
期
保
存
用
と
し
て
登
録
、
I
D
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付
与
出版
配信、
検索、
アクセス
論文査読
ピアレビュー、
修正
- データ
- ソフトウェア
- メタデータ 出版
配信、
検索、
アクセス,
データへ
のリンク
読者・
利用者
デ
ー
タ
論
文
を
投
稿
デ
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タ
セ
ッ
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デ
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タ
論
文
デ
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投
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バージョン
管理
Web
サイト
データリポジトリ
データジャーナル
プロセス
の流れ
電子情報の
流れ
研究者が
コントロール
結果の開示凡例
データ出版
参照:
http://doi.org/10.1241/johokanri.60.147
データ出版のワークフローモデル
RDA/WDS Publishing Data Workflows Working Group作成(Figure 2-3)
審査、修正
- データ
- ソフトウェア
- メタデータの
受理・生成
長
期
保
存
用
と
し
て
登
録
、
I
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付
与
出版
配信、
検索、
アクセス
論文査読
ピアレビュー、
修正
- データ
- ソフトウェア
- メタデータ 出版
配信、
検索、
アクセス,
データへ
のリンク
読者・
利用者
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タ
論
文
を
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稿
デ
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タ
セ
ッ
ト
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タ
論
文
デ
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稿
バージョン
管理
Web
サイト
データリポジトリ
データジャーナル
プロセス
の流れ
電子情報の
流れ
研究者が
コントロール
結果の開示凡例
データ出版
①投稿・査読
データも含めた投稿・査読の管理
②バージョン管理
データリポジトリ側との同期
メタデータ連携
③出版
流通プラットフォームとしての機能
DOI付与
リンク機能の充実
① ②
③
ジャーナル側に必要なシステム
プラットフォーム選定
J-STAGE JAIRO Cloud 出版社
投稿・査読 △ × ○
バージョン管理 × △ → ○ ○
出版 ○ ○ ○
ブランド ○ ○ △
・求める要件に単独で合致したシステムはない
・複数のシステムを組み合わせて対応
& システムを拡張して対応
編集・査読システムを
別途導入
機能拡張で対応
実装
https://pdr.repo.nii.ac.jp/?page_id=58
審査、修正
- データ
- ソフトウェア
- メタデータの
受理・生成
長
期
保
存
用
と
し
て
登
録
、
I
D
の
付
与
出版
配信、
検索、
アクセス
論文査読
ピアレビュー、
修正
- データ
- ソフトウェア
- メタデータ 出版
配信、
検索、
アクセス,
データへ
のリンク
読者・
利用者
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タ
論
文
を
投
稿
デ
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セ
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デ
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タ
論
文
デ
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を
投
稿
バージョン
管理
Web
サイト
データリポジトリ
データジャーナル
プロセス
の流れ
電子情報の
流れ
研究者が
コントロール
結果の開示凡例
データ出版
(補)データリポジトリ側に必要な
機能
① ②
①長期保存
ストレージ
バージョン管理
②実データ出版
分野別データリポジトリとの連携
投稿ガイドライン
項目 項目(日本語) 説明(抜粋)
Title タイトル データセットのタイトルを記述する
Authors 著者情報 データの取得者、作成者を記述する
Affiliations 所属 著者情報に記述された者の所属を記述する
Abstract 抄録 取得及び作成したデータセットの概要、及びその再利用の可能性を記述する
Background and Summary 背景と概要
作成するデータの元となった研究の背景及び、その構成の説明。データを作成する動機と目的、その
データの持つ価値等も含まれる
Location (or Observation) 空間情報 データを取得した、もしくは観測した位置を記述する
Methods データ収集方法 データの取得もしくは観測の方法等、データを作成する際に行った処理プロセスを詳細に記述する
Data Records データの保存 対象となるデータの保存方法(データファイルとその形式や構造)を記述する
Technical Validation 技術的検証
データセットの技術的な品質をサポートするために行った方法を記述する。①データの収集手順もしくは
品質評価方法について、あるいは②データの持つ統計的な誤差について記述されることが望ましい
Usage Notes (optional) 注意事項 データ利用上の注意事項を記述する
Acknowledgements 謝辞 著者以外の貢献者のほか、データを収集したプロジェクトや資金提供元を含めることができる
Author Contributions 著者貢献
それぞれの著者の貢献を著者毎に分けて簡潔に説明する必要がある。合わせて、貢献度を記述する必
要がある
Competing Interests 利害関係 資金提供元の指定するデータマネジメントプランを記述することができる
Figures (optional) 図 公開するデータの主なデータを、クイックルックの形で最大4枚程度含めることができる
Tables 表
表は、公開するデータの主なデータを含めることができる。ただし、サマリーの形で整理されたものに限
る
References 参照 本文中で引用した著作物の書誌情報を記述する
Data Citations データ引用 対象であるデータの引用情報を記述する
Polar Data Journal. Submission Guidelineを翻訳、抜粋
https://pdr.repo.nii.ac.jp/?page_id=63
ポリシーの設計
• Publishing policy
– Costs
– Author’s copyright
– Author’s copy of the
manuscript
– DOI service policy
– Preservation policy
– Withdrawal / Retraction
– Statistical report
• Publication Ethics
– Authorship
– Fabrication, Falsification, or
Plagiarism
– Duplicate publication
• Data Policy
– Introduction
– Definition of terms
– Dataset disclosure policy
• Data/Dataset Publication
Standards
• Exceptions to the Data/Dataset
Publication Standards
• Metadata
– At initial submission
– Data use agreement
– Conditions of use
• Acceptable use
• Prohibition of redistribution
– Disclaimers
ライセンス情報
◆ データのライセンス
• 6.1. Acceptable use
Users must use the dataset appropriately in accordance with the
conditions listed in the metadata. Authors can make data available under a
Creative Commons license: Creative Commons Attribution 4.0
International License / CC0.
◆ 論文のライセンス
• Author’s copyright
Polar Data Journal does not require transmission of the author’s copyright
to us. Your manuscript will be published under the Creative Commons
Licenses, Creative Commons Attribution 4.0 International License (CC-BY),
or Creative Commons Attribution-Noncommercial No Derivatives 4.0
International License (CC-BY-NC-ND).
査読レポートの公開
➢ 査読レポート
- 投稿日
- 査読期間
- 各Editorからのコメント
- 各Reviewerからのコメント
- 著者からの回答
を各投稿ごとにまとめ、レ
ポートとして出版
~~~~
✓ 許諾が得られた場合、
reviewerの名前を公開
✓ 元データのハッシュ値と
URLも記載
Board Member選定
Editorial Board
→ ドメイン研究者中心
Advisory Board
→ データサイエンス寄り研究者
(情報学者含む)に協力依頼
https://pdr.repo.nii.ac.jp/?page_id=54
https://pdr.repo.nii.ac.jp/?page_id=55
3.課題
• データの「査読」
• 推奨するデータリポジトリの要件
• その他
データの「査読」
• Data Quality
– フォーマット、データ値の一貫性、精度、粒度、論理値、独立性など
• Metadata Quality
– データ自体に関する記述
• データのフォーマット、物理量、来歴、プロセスの文書化、データ間の関連性
など
– メタデータの再利用性
• 発見可能性の確保、スキーマ・統制語彙の活用、有効なリンク、標準化など
• General
– データを活用するコミュニティの存在
– データソースの信頼性
– 知的財産権
– 有効なURI Ref: “Citation and Peer Review of Data: Moving
Towards Formal Data Publication”
https://doi.org/10.2218/ijdc.v6i2.205
推奨するデータリポジトリの要件
例1:PLOSによるCriteria for Recommended Data Repositories
1) データセットの公開
2) 永続識別子の付与
3) オープンライセンスの付与
4) データセットの無料提供
5) データマネジメントプランの採用
6) データセットの受け入れと利用方法の実証
7) FAIRsharingレジストリへの登録
https://blogs.plos.org/everyone/2018/03/01/criteria-for-
recommended-data-repositories/
1.ミッション/視野
2.ライセンス
3.アクセスの継続性
4.機密保持/倫理
5.組織的な基盤
6.専門家によるガイダンス
7.データの完全性・信頼性
8.評価
9.保管手続きの文書化
10.保存計画
11.データの品質
12.ワークフロー
13.データの発見と識別
14.データの再利用
15.技術的な基盤
16.セキュリティ
例2:CoreTrustSealによる16の基準
http://current.ndl.go.jp/e1888
その他
1. 「出版」したデータの追加・修正
– データ論文の記述とのずれが生じるため、現状では認め
られない
➢差分データをどう取り扱うか
• Short paper、Letter、Errata…
• 「異分野の人が使う際、どの程度までは許容されるのか」を考慮
に
2. 大容量データの複製・保存
– データの真正性担保 vs ストレージの限界
– ハッシュ値のみを保存?担保期間を設定?
• 技術の進展を前提にすれば、現在のハッシュ値による検証が完
全とは言えない

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