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20170524 srws第三回pubmedを用いた系統的検索その1

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SRWSの第3回の動画です。検索についてとPubMedでの検索式の作成の導入部分を取り扱っています。youtubeに動画講義をアップしています。
https://www.youtube.com/channel/UCWCI72RS1x_ANnyVNn0IfKA

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20170524 srws第三回pubmedを用いた系統的検索その1

  1. 1. SRWS 2.0 系統的レビュー研究計画書作成ワークショップ 第三回 PubMedを使った系統的検索1 尼崎総合医療センター Hospital Care Research Unit 辻本啓 片岡裕貴 京都大学大学院 辻本康 精治寮病院 阪野正大 岡山県精神科医療センター 宋龍平 京都大学大学院医学研究科社会健康医学系専攻医療疫学分野 吉岡貴史 安房地域医療センター 北本晋一 亀田総合病院集中治療科 佐藤明 山本良平 安田英人 近畿中央胸部疾患センター呼吸器内科 香川智子 亀田総合病院麻酔科 重城聡 亀田ファミリークリニック館山 宮本侑達
  2. 2. このコースの目標 • 各参加者が興味を持つ臨床疑問を洗練した 上で、実施に足るレベルの系統的レビュー の研究計画書を完成させる 2
  3. 3. 前回の復習 P、I、C、O、デザインについて定義を決め てもらいました。 →これを表にしたものをStudy Eligibility Sheet と言います 3
  4. 4. 4 第三回 検索式とデータベースについて
  5. 5. SR&MAの全体像 5 構造化された疑問 系統的な検索 ・データベースの選択 ・検索式の作成 ・文献の選択基準 漠然とした疑問 選択文献を対象とした 批判的吟味 ・事前に規定した 評価基準(Risk of bias) 発表 結果の統合とまとめ (=meta-analysis) 事前登録 第一回 第二,三,四回 第五回第六-八回第九回
  6. 6. 今日の目標 • 「系統的検索」とは何か説明できる • 統制語とは何か説明できる • Automatic Term Mappingを用いて統制 語を探すことができる • PubMedでの検索式の草案を作ることが できる • 既知の文献リストを用いて検索式を チェックすることができる • 検索フィルターを使うことができる 6
  7. 7. QUIZ:以下のうち正しい記載はどれでしょうか? ・系統的検索の目指すのは網羅的な検索 ・PubMedとMEDLINEは同じものである ・統制語を用いた検索では、文字列が一致 したもののみを検索する ・系統的検索に用いる検索式に基本的にア ウトカムは入れない 7
  8. 8. 今回のエフォート目安 • 動画 40分 • PubMedでの検索語の検索 60分 • 検索式のチェック 60分 • フォーム入力 30分 8
  9. 9. 検索についてどの程度知っていますか? 9 ???
  10. 10. 普段の検索 週末の天気は? 10
  11. 11. 発見的検索と系統的検索 発見的検索 系統的検索 日常の検索 向く 不向き 目的 適当な情報を一本釣りする 全体像を把握する 問に対する答え 1つあれば十分 他に何があるか、は問題ではない 該当するものすべてが必要 やり方 より答えの出る確率の高い 検索ワードを選ぶ 該当するものの一部だけを見て 選ぶ ? 記録 残らない 必ず残す (検索日、データベース 検索ワード) 11 諏訪敏幸『看護研究者・医療研究者のための系統的文献検索概説』2013
  12. 12. 系統的検索のもっともよい方法? 12
  13. 13. 諏訪敏幸『看護研究者・医療研究者のための系統的文献検索概説』2013 系統的検索のもっともよい方法 13 全部読む
  14. 14. 流石にそれは無理なので 検索システムにお願い! 14 諏訪,山下, 2015 だけ抽出
  15. 15. 検索システムごとの差 命令そのまま • Cochrane Library • PubMed(Advanced) • Ovid Medline • 医中誌 裏でいろいろと気を回してくれる • PubMed • Google Scholar 15
  16. 16. 検索システムごとの差 命令そのまま • Cochrane Library • PubMed(Advanced) • Ovid Medline • 医中誌 裏でいろいろと気を回してくれる • PubMed • Google Scholar 16
  17. 17. データベース 医学分野では 17 http://onlinelibrary.wiley.com/cochranelib rary/search?searchRow.searchOptions.sea rchProducts=clinicalTrialsDoi http://login.jamas.or.jp/ http://www.embase.com/login 参考) http://handbook.cochrane.org/chapter_6/6_2_1_3_medline_and_embase.htm
  18. 18. 検索システム 18 http://onlinelibrary.wiley.com/cochranelib rary/search?searchRow.searchOptions.sea rchProducts=clinicalTrialsDoi http://login.jamas.or.jp/ http://www.embase.com/login 参考) http://handbook.cochrane.org/chapter_6/6_2_1_3_medline_and_embase.htm http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/advanced http://ovidsp.tx.ovid.com
  19. 19. 臨床試験登録データベースとは? 出版バイアス=ポジティブな結果が報告されやすい 試験開始前から試験を登録し結果を公開する義務を与える 例)UMIN-CTR ClinicalTrials.gov ICTRP 19 http://handbook.cochrane.org/chapter_6/6_2_3_unpublished_and_ongoing_studies.htm http://www.umin.ac.jp/ctr/index-j.htm https://clinicaltrials.gov/ http://www.who.int/ictrp/en/
  20. 20. 系統的レビューの事前登録データベース 20
  21. 21. 介入のレビューを行う場合、最低限以下を含むこと ・原著の検索 • MEDLINE(講義で取り扱うのはPubMedでの検索) • EMBASE(実施する人は修了後に) • CENTRAL(実施する人は修了後に) ・臨床試験登録の検索 • ICTRP (実施する人は修了後に) ※ClinicalTrials.govを始めとする 全ての試験登録データベースが串刺し検索可能 21 ※他のデータベースを組み合わせるかどうかは、RQの種類による
  22. 22. 網羅的な検索式をつくる 22
  23. 23. 問題提示 ある国の糖尿病の医療費は1兆2088億円 23 インドア派:トジルDr. 自宅で文献検索
  24. 24. 漠然とした疑問 トジルDr.の漠然とした疑問 24 糖尿病の患者さんに対して、胃 の病気ではないのに胃を切除す る手術(減量手術)を行ってい るときいた。そんな蛮行ゆるさ れるのか・・・ かえって死をはやめるのでは? 現存するエビデンスを調べたい。
  25. 25. 先輩の意見 都合の良い文献だけをpick up して紹介して、エビデンスが有 ると主張してもダメです。 やっていることはセールスマン とかわらないですね。 フェアーな臨床的判断をするた めには、現存するすべての関連 する研究をまとめたのちに、判 断する必要が有ります。 また、その判断に至ったまでの 過程を見える化する必要があり ます。 25
  26. 26. 構造化された疑問 P: 糖尿病患者 I: 減量手術 C: 手術しない O: 死亡 26 →このPICOについて簡単な 検索式を用いて調べたい
  27. 27. PICOをそのまま検索式に #1 diabetes #2 gastrectomy #3 death or mortality #1 and #2 and #3 → 0件 2016/4/3 実施
  28. 28. ちなみに A AND B A OR B A NOT B 28 A A A B B B
  29. 29. ちなみに 各種検索ツールで検索しているのは いわゆる 抄録 だけ! (基本的に本文は検索していない) 29 タイトル 著者情報 雑誌情報 アブストラクト 統制語
  30. 30. 検索のポイント0 検索の”網羅性と適合率” 網羅性: 関連のある研究をできるだけ拾う →重要!ここがある程度担保されないとその系統的レビューは 研究とは呼べない 適合率: 関連のない研究をできるだけ拾わない →高ければ高いほど実施可能性が改善する。網羅性を損なわず に向上させるように努力する 30
  31. 31. 検索のポイント1 構造化からの検索式 ※治療・介入に関するreviewの場合 Patients #1 健康状態を示す用語 Intervention #2 介入を表す用語 http://handbook.cochrane.org/chapter_6/6_4_2_structure_of_a_search_strategy.htm ※アウトカムに関連する用語は原則入れない!
  32. 32. 検索のポイント2 統制語(controlled indexing terms)を使う データベース毎に固有のものがある 例:MeSH (MEDLINE), EMTREE (EMBASE) “gastric resection”や”partial gastrectomy”の MeSHは”gastrectomy” 注意点:そのMeSH wordがいつ作られたかもチェック 32
  33. 33. MeSHを知ろう! Medical Subject Headings MEDLINEで検索可能な各論文に人力で付与 されているキーワード 階層性があるので、その上位、下位のどこ まで検索するかを規定することができる ※Cochrane LibraryではMEDLINEのMeSHがそのまま統 制語として流用されている(ややこしい) 33
  34. 34. PubMedのアブストからだと(新しいものにはついていない) 34
  35. 35. こんな感じで 35
  36. 36. 36
  37. 37. 37
  38. 38. 38 類似語 上位概念 下位概念
  39. 39. 検索のポイント3 キーワードも加える MeSHをつけているのは必ずしもその分野の 専門ではない司書さんです。 また、つけるまでに一定のタイムラグがあ ります。 なので、追加で関連しそうなキーワードも ORで検索しておきましょう。 39
  40. 40. 再出:PICOを検索式に #1 AND #2 AND #3 → 0件 2015/4/3 実施 P: 糖尿病患者 #1 diabetes I: 減量手術 #2 gastrectomy C: 手術しない O: 死亡 #3 death or mortality どこがマズイか分かりますか?
  41. 41. PICOを検索式に #1 AND #2 AND #3 → 0件 2015/4/3 実施 P: 糖尿病患者 #1 diabetes I: 減量手術 #2 gastrectomy C: 手術しない O: 死亡 #3 death or mortality ポイント1 構造化からの検索式 アウトカムは検索ワードに入れない!
  42. 42. 再出:PICOを検索式に #1 AND #2 AND #3 → 0件 2015/4/3 実施 P: 糖尿病患者 #1 diabetes I: 減量手術 #2 gastrectomy C: 手術しない O: 死亡 #3 death or mortality ポイント2 統制語 統制語を使っていない!
  43. 43. 再出:PICOを検索式に #1 AND #2 AND #3 → 0件 2015/4/3 実施 P: 糖尿病患者 #1 diabetes I: 減量手術 #2 gastrectomy C: 手術しない O: 死亡 #3 death or mortality ポイント0 網羅性 ポイント 4 キーワードをORで加える
  44. 44. なんとなくわかった 具体的にどうやってPとIの検索語を見つけれ ばいい? 44
  45. 45. ここで、Automatic Term Mappingとは free word(=統制語でない言葉)をそのままPubMed で入れると生じる便利な機能(系統的レビューの 本番の検索では邪魔) 語尾に[tiab]や[mh]などのサーチタグを つけることでoffできる ※また、フレーズ検索は””で囲わないとこ の機能でバラバラにされて検索される 45
  46. 46. Automatic Term Mappingの実際 46
  47. 47. 裏でいろいろ”おせっかい”されている! 47
  48. 48. Automatic Term Mappingを用いて適切なワードを探す 今回は意図的にAutomatic Term Mappingをoffせず 提示されるワードをヒントにしてみよう! 48
  49. 49. Iに関連するワードをそのまま入れる 49
  50. 50. 50
  51. 51. 51
  52. 52. Iについて他の言葉も5-10個くらい思いつく限りみてみる 52
  53. 53. 53
  54. 54. 54
  55. 55. Search detailsで”Automatic Term Mapping”機能が提示したワード集めて、それを 使って今度はMeSHデータベースを見てみる 55
  56. 56. Search detailsで”Automatic Term Mapping”機能が提示したワードを使って今度は MeSHデータベースを見てみる 56
  57. 57. より広い医療における”減量”という概念 57
  58. 58. 手術の要素が入った概念 58
  59. 59. こっちのほうがRQにあいそう 59
  60. 60. 他にも見つかった 60
  61. 61. 例:Iについてここまでで見つかったMeSHリスト Bariatric surgery[MeSH] Gastrectomy [MeSH] 61
  62. 62. Pについても同様 62
  63. 63. はみ出している場合は”see more” 63
  64. 64. 64
  65. 65. 65
  66. 66. 関係ありそうな下位語もチェック 66
  67. 67. 67
  68. 68. 今回みたいのは2型のみだった場合 Diabetes Mellitus, Type 2[MeSH]を入れ て、Diabetes Mellitusは外す 68
  69. 69. 例:Pについてここまでで見つかったMeSHリスト Diabetes Mellitus, Type 2[MeSH] 69
  70. 70. 見つかった統制語を使ってとりあえずの検索式を作る Pについて #1 Diabetes Mellitus, Type 2[MeSH] Iについて #2 Bariatric surgery[MeSH] #3 gastrectomy [MeSH] Iのまとめ #4 #2 OR #3 PとIをつないだ式 #5 #1 AND #4 ←こちら#5がとりあえずの検索 式 70
  71. 71. PとIでそれぞれ一旦まとめるのが、検索式の整理のポイント 71 Pについて #1 Diabetes Mellitus, Type 2[MeSH] Iについて #2 Bariatric surgery[MeSH] #3 gastrectomy [MeSH] Iのまとめ #4 #2 OR #3 PとIをつないだ式 #5 #1 AND #4 ←こちら#5がとりあえずの検索 式
  72. 72. 統制語がまったくないし、上位概念もイマイチなとき Free wordを入れて検索しましょう! 72
  73. 73. 統制語が付与されにくいものの例 定義困難な問題 (例:健康、程度の問題) 極度に細分化された問題(例:遺伝子発現) 急速に発展している分野(新興疾患) 研究が未成熟な分野(新しい疾患概念) 73 諏訪敏幸『看護研究者・医療研究者のための系統的文献検索概説』2013
  74. 74. 統制語が活用しにくい例 適当なカテゴリーがない上に、上位概念や関連概念で検索するとノイ ズが激しい (例:咳嗽と喀痰のある高齢の外来患者、デュアルタスク) 医学的な主題より単なる状況や条件とみなされる問題を扱いたい (例:高齢者、救急外来で末梢静脈路が必要な成人患者) 74 どうする? 1. その通りに検索しないといけない問題か?PICOを少し組み替え 2. その部分は省略して検索できないか? 3. 上位概念で検索して、P/Iの掛け合わせで数がへらないか見る 4. キーワード検索を軸に検索を組む 諏訪敏幸『看護研究者・医療研究者のための系統的文献検索概説』2013
  75. 75. Free wordを入れる free wordを入れて検索しましょう! 75
  76. 76. free wordのAutomatic Term Mapping(再出)をオフする free word(=統制語でない言葉)をそのままPubMed で入れると生じる (系統的レビューの本番の検索では邪魔) 語尾に[tiab]のサーチタグをつけること でoffできる ※また、フレーズ検索は””で囲う 76
  77. 77. これでいいのか心配 Automatic Term Mappingの”おせっかい検 索”以上の網羅性をもった検索をするためには 2つの違う方向からもチェックする 1. 関連した診療ガイドラインにのっている RCTを使う 2. PやIの似たコクランレビューを用いる 77
  78. 78. その1としては、こちらをやってみましょう! Automatic Term Mapping以上の網羅性を もった検索をするためには 2つの違う方向からもチェックする 1. 関連した診療ガイドラインにのっている RCTを使う 78
  79. 79. ここからついに 79
  80. 80. 80 ここに入力 検索式を作るときは、 Addの方をクリックすること 作業が終わったら、 ここから記録をダウンロード
  81. 81. PMIDを使って検索 81
  82. 82. [pmid]タグで検索 82
  83. 83. 仮に作った検索式 83
  84. 84. 既知の文献と作成した検索式を組み合わせると 84 ※原則では大文字のANDですが、 #を組み合わせるときは小文字でも大丈夫
  85. 85. 検索式から抜けていた! 85
  86. 86. 抜けていた時はその文献をみてみる 86
  87. 87. 抜けていた時はその文献をみてみる 87
  88. 88. 検索したMeSHが付与されてなかった! 88
  89. 89. Free wordを追加したらヒットしました! 89
  90. 90. 検索語はなんとなくわかった 十分なフリーワードやMeSHはどれくらい? 90
  91. 91. 確かめ方 作った(P or I)ドメイン と差分検索でその新たに 足したいワードがどれだけ”効く”か見る 91
  92. 92. どれだけ”効く”か見る 例: Pのブロックを作っている #1 xxx[mh] 777件 #2 yyy[tiab] 444件 #3 #1 OR #2 1111件 ここで新たにzzz[tiab]を加えよう!と思った 92
  93. 93. どれだけ”効く”か見る 例: Pのブロックを作っている #1 xxx[mh] 777件 #2 yyy[tiab] 444件 #3 #1 OR #2 1111件 #4 zzz[tiab] 555件 #5 #2 OR #4 888件 #6 #1 OR #5 1135件 増えた! 93
  94. 94. どれだけ”効く”か見る 例: Pのブロックを作っている #1 xxx[mh] 777件 #2 yyy[tiab] 444件 #3 #1 OR #2 1111件 #4 zzz[tiab] 555件 #5 #2 OR #4 888件 #6 #1 OR #5 1135件 増えた! これを最終版Pブロックとする前に新たに増やし たワードによる”差分”を見て確認する #7 #4 NOT #3 24件 94
  95. 95. どれだけ”効く”か見る 例: Pのブロックを作っている #1 xxx[mh] 777件 #2 yyy[tiab] 444件 #3 #1 OR #2 1111件 #4 zzz[tiab] 555件 #5 #2 OR #4 888件 #6 #1 OR #5 1135件 #7 #4 NOT #3 24件←この24件のtitleをざっとみる 95
  96. 96. どれだけ”効く”か見る 例: Pのブロックを作っている #1 xxx[mh] 777件 #2 yyy[tiab] 444件 #3 #1 OR #2 1111件 #4 zzz[tiab] 555件 #5 #2 OR #4 888件 #6 #1 OR #5 1135件 #7 #4 NOT #3 24件 すべて全く関係無いスペルがよく似た言葉の病気の論文だった >>このワードzzzは不要で、#3までで十分と判断 96
  97. 97. 試しに研究デザインフィルターを使ってみましょう 検索数 97 →CochraneからRCTに絞り込む検索式が提供されている (欠点などの詳細はhandbook6.4.11 Search filters を参照)
  98. 98. フィルターを使おう 使ってよいFilter(研究デザインを限定する検 索式)を上手く使う 98
  99. 99. 番号は適宜ずらしてつなげる #12 みなさんの草案の式 #13 #11 AND #12 99
  100. 100. 今日の目標 • 「系統的検索」とは何か説明できる • 統制語とは何か説明できる • Automatic Term Mappingを用いて統制 語を探すことができる • PubMedでの検索式の草案を作ることが できる • 既知の文献リストを用いて検索式を チェックすることができる • 検索フィルターを使うことができる 100
  101. 101. QUIZ:以下のうち正しい記載はどれでしょうか? ・系統的検索の目指すのは網羅的な検索 ・PubMedとMEDLINEは同じものである ・統制語を用いた検索では、文字列が一致 したもののみを検索する ・系統的検索に用いる検索式に基本的にア ウトカムは入れない 101
  102. 102. Answer:以下のうち正しい記載はどれでしょうか? ○系統的検索の目指すのは網羅的な検索 X PubMedとMEDLINEは同じものである 前者が検索インターフェイス、後者がデータベース X 統制語を用いた検索では、文字列が一致 したもののみを検索する フリーワード検索のこと ○系統的検索に用いる検索式に基本的にア ウトカムは入れない 102
  103. 103. 次回までの課題 • RQを1つに絞る(ない人に譲ってもOK) • 自分のリサーチクエッション(RQ)にもとづき PubMedの検索式の草案を作る ※プロトコルができた人から、もっと詳しくやり ますので、なんとなくで作ってみてください ※絶対に検索結果からの該当論文探しをしない! 103
  104. 104. 課題提出前 チェックリスト  PubMedで検索  統制語(MeSH)を見つける(ないことも)  必要ならフリーワードを入れる  PとIについてそれぞれ統制語とフリーワー ド両方いれる(あれば)  アウトカムは検索式に入れない  統制語は語尾が[MeSH]となっている  フリーワードは語尾に必ず[tiab]  2語以上のフリーワードは必ず””でくくる 104
  105. 105. 参考資料1 京都大学医学図書館 基礎から学ぶPubMedの使い方 http://www.lib.med.kyoto-u.ac.jp/pdf/pubmed_howto.pdf PubMed Tutorial https://www.nlm.nih.gov/bsd/disted/pubmedtutorial/cover.html Cochrane handbook for Systematic Reviews of Interventions [internet] available from http://community.cochrane.org/handbook Handbook for DTA Reviews [internet] available from http://srdta.cochrane.org/handbook-dta-reviews 105
  106. 106. 参考資料2 『看護研究者・医療研究者のための系統的文献検索 概説』諏訪敏幸 近畿病院図書室協議会 2013 「診断精度系統的レビューのための系統的検索」諏 訪敏幸、山下ユミ 2016.9.26 https://www.slideshare.net/srws/3-66366580 http://www.jamas.or.jp/web_help5/ruledetail.h tml 厚生労働省 平成24年度国民医療費の現状
  107. 107. さらにPubmedを知りたい方は 日本医学図書館協会 図解 PubMedの使い方 http://iss.ndl.go.jp/books/R100000002- I025001084-00 東大図書館PubMedの使い方 http://www.lib.m.u- tokyo.ac.jp/manual/pubmedmanual.pdf 山梨大学付属図書館 PubMedとOvid MEDLINEの比較一覧 http://www.lib.yamanashi.ac.jp/db/ovid_ma/ovid %20medline%20vs%20pubmed%20for%20Yaman ashi%20Univ_200712.pdf 107
  108. 108. (参考)キーワード検索と統制語検索 108 著者の書きたい概念 この論文から言えることはひとつの臓器 だけ診ていても患者さんは治らないとい うことだ。 検索者の調べたい概念 全身を診ていると、時間ばか りかかる。患者さんの利益に なるのだろうか? “総合診療”と タイトルにつけよう “総合診療”で 調べよう ネコ https://pixabay.com/ja/考える-喫茶店-コーヒー-猫-漫画-1217109/
  109. 109. キーワード検索 109 “総合診療”と タイトルにつけよう “総合診療”で 調べよう ここが一致したら 検索ヒット
  110. 110. キーワード検索 110 “全身診察”と タイトルにつけよう “費用対効果”で 調べよう 検索ヒットせず (いいか悪いかは別にして) 検索者の調べたい概念 全身を診ていると、時間ばか りかかる。患者さんの利益に なるのだろうか? 著者の書きたい概念 この論文から言えることはひとつの臓器 だけ診ていても患者さんは治らないとい うことだ。
  111. 111. 統制語の場合、その主題を検索対象とする (詩を極端な例に) 111 朝食 彼はコーヒーをいれた カップ 彼は灰をおとした 灰皿の中に 何も言わずに 私を見ないで 彼は立ち上がった 彼はか ぶった 頭の上に帽子を 彼は 身にまとった レインコートを 雨が降っていたから そして彼 は家を出た 雨の中を 一言も 言わずに 私を見ないで そし て私は 片手で頭をかかえた そして泣いた。 ジャック・プレヴェール 朝食 (日本語訳) http://furansu-go.com/dejeuner-du-matin/ これは、 時代背景を 考えると戦争 の統制語を 付与しよう 書籍の主題付けのプロ:司書さん
  112. 112. FAQ Q. 検索結果の数はどれくらいを目安にすれ ば? A. 「チームでスクリーニングできる限界の 数」です。アブストラクトの段階で200件/2-3 時間程度を目安に考えてもらえればいいと思い ます。レビューチームの人数と1週間に取れる 研究時間なども重要な要素です。プロトコルを 完成させて実施に移る際に、絞れるかも含めて 再修正を行います。今回は、統制語+フリー ワードの検索式ができあがること、を目標に やってみてください。 112
  113. 113. 具体的な数の目安(数字はエキスパートオピニオンです) • 実際の臨床ですぐ使う:100以下 • 医師が研究のために調べる:1000くらい • 系統的レビュー・ガイドラインとして :2-3000あるいはそれ以上10000くらいまで? 113

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