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Persistencia de Información
  Clínica y Arquitectura de
Sistemas de Historia Clínica
         Electrónica
           Ing. Pablo Pazos
      http://informatica-medica.blogspot.com
                                               1
Agenda
 Información clínica
 Alternativas de persistencia
 Arquitectura de EHR
 Conclusiones




                                 2
Información Clínica
 Altamente jerárquica
 Estructuras complejas y variadas
 Tipos de datos variados
 Existen modelos estándar




                                     3
Modelos




          4
Modelos
   Para EHR
       openEHR IM
       HL7 CDA (solo documental)
       NCIPC DEEDS (emergencia)
   Para comunicación (modelo + formato)
       CEN/ISO 13606 (extractos)
       HL7 CDA
       ASTM CCR (resumen de HC)
       HL7 CCD (CDA para CCR)
       OMG COAS (solo observaciones)
   Conceptuales
       HL7 RIM
                                           5
Persistencia
 Bases de datos
     Relacionales
     Orientadas a objetos
     Orientadas a documentos
     Orientadas a grafos
     Clave/Valor, Entidad/Atributo/Valor




                                            6
Relacionales
 Modelo tabla-columna-registro-relación
 Problemas con información jerárquica
 Problemas con información compleja
     Formas normales
 Bueno para información estructurada
 Esquema rígido
 Necesita conversor OO a relacional
 SQL


                                           7
Orientadas a objetos
 Muchas entidades
     Tan complejas como sea necesario
     Listas, Tablas, Árboles, y otras estructuras
 Trabaja con objetos de forma nativa
     Más flexibilidad estructural
     Objetos almacenados como tales sin
      conversión
 SQL o similar

                                                     8
Orientadas a documentos
 Información jerárquica
     Tan complejas como sea necesario
 Documentos pueden anidarse y
  vincularse
 Flexible
     No sigue un esquema fijo
 JSON/BSON, XQuery/XPath



                                         9
Orientadas a grafos
 Información muy compleja
 Muchas relaciones entre las entidades
 No necesariamente jerárquica
 Ejemplos:
     información molecular
     relaciones entre personas
     representación multidimensional


                                          10
Clave/Valor, E-A-V
 Orientados a columnas
     En lugar de a filas como en relacional
 Información altamente desagregada/plana
 Valor relativamente complejo




                                               11
Información Clínica




                      12
Información Clínica
 Varios tipos de repositorios necesarios
     Operativo
     Series temporales
     Documental
     Vinculado
     Análisis
     Datawarehouse
 Solución one-fits-all imposible!


                                            13
Información Clínica
 Repositorios operativos
     Mantienen registro clínico durante la sesión
       • Interacciones en tiempo real
     Pasos previos a asentar el registro en el EHR
     Dentro de una única aplicación
     Orientado al ingreso de datos
       •   Poco volumen de datos
       •   Relativamente poca variabilidad
       •   Datos estructurados
     DB: Relacional
                                                     14
Información Clínica
   Series temporales
       Mantener registro durante monitoreo
         • Interacciones en tiempo real
       Usuarios = dispositivos
       Orientado al ingreso de datos
         • Mucho volumen de datos
         • Poca variabilidad (ej. signos vitales)
       Poca estructura
         • Datos planos
       DB: Cualquiera con atributos de temporalidad claros


                                                              15
Información Clínica
   Repositorio documental
       Mantener registros episódicos longitudinalmente
         • Interacciones en segundo plano o casi tiempo real
       Documentos autocontenidos
         • No hay cruce de datos con otros documentos
       Alta complejidad interna
         • Muchos datos
         • Muy variados
       Orientado a lectura
         • Se crea una vez, se consulta N veces
       Consideraciones de seguridad, alta disponibilidad
       DB: Documentos
                                                               16
Información Clínica
   Repositorio vinculado
       Registro de salud persistente
         •   Problemas de salud: alergias, crónicos, factores de riesgo
         •   Historial familiar, vacunas, medicamentos actuales
         •   Información derivada del rep. documental
         •   Puede requerir interacciones en tiempo real para lectura
       Complejidad acotada
         • Muchos datos, poca variabilidad
       Orientado a lectura
         • Se crea una vez, se utiliza N veces
         • Pero hay actualizaciones!
       Consideraciones de versionado, alta disponibilidad
       DB: Relacional

                                                                          17
Información Clínica
 Repositorio para análisis
     Datos para usos específicos
       • Investigación, data mining/knowledge discovery
     Múltiples fuentes de datos
       • Otros repositorios
     Mucha variabilidad, relaciones complejas
     DB: Grafos, Orientadas a Objetos



                                                          18
Información Clínica
 Datawarehouse
     Orientados a análisis de indicadores
       • Evolución histórica
       • Gestión, Definición de políticas, Predicción
     Múltiples fuentes de datos
     Complejidad acotada:
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     DB: Relacional, Grafos (multidimensional)


                                                        19
Información Clínica
 Distintos “clientes” de los repositorios
     Aplicaciones
       • Protocolo interno
     Sistemas
       • Servicios
     Personas
       • Aplicación interna




                                             20
Arquitectura EHR




                   21
Arquitectura EHR
 Interfaz de usuario
     Cómo el usuario interactúa con la aplicación
 Aplicación
     Implementa la operativa de los usuarios
 Repositorio
     Servicios no operativos para:
       • otros sistemas
       • otros usos de la información


                                                     22
Arquitectura EHR




                   23
Arquitectura EHR
 ¿Separación entre UI y App?
     Múltiples dispositivos capaces de ser
      utilizados para ingreso de datos
     Permite reutilizar servicios comunes sin atarse
      a una tecnología particular de
      presentación/interfaz de usuario
     Mantenibilidad
       • Enfoque actual de diseño de aplicaciones sin UI
         embebida en la aplicación
       • Cambios en UI no afectan a la App


                                                           24
Arquitectura EHR
   Aplicaciones de registro clínico
       Servicios para UI
         • Gestión de sesión de usuario: autenticación & autorización
         • Flujo de trabajo, ingreso de información (datos y registros
           individuales)
       Lanzar eventos en otros sistemas (LAB, RAD, FAR)
       Persistencia operativa
       Cliente de Demographic Server: búsqueda
       Cliente de EHR Server: commit
         • Las aplicaciones pueden hacer en nexo entre información
           clínica y demográfica (si está separada físicamente)

                                                                         25
Arquitectura EHR
   EHR Server
       Provee servicios a múltiples aplicaciones de registro
        clínico
         • Genéricos, orientados a registros autocontenidos
       Provee servicios de información clínica a otros
        sistemas
         •   Directamente o a través de middleware
         •   Acceso global a información clínica generada por N
             aplicaciones
       No contiene información demográfica
         • Buena práctica, permite usos secundarios de la información
       Repositorio documental y vinculado
         • Es el EHR del paciente!


                                                                        26
Arquitectura EHR
 Demographic Server
     Servicios sobre personas y roles
       • Identificación
       • Búsqueda
       • Auditoría y calidad de registros (interno)
     Provee servicios a aplicaciones de registro
      clínico y a otros sistemas
     Acceso global a información demográfica
     Repositorio relativamente operativo
       • Muchas lecturas

                                                      27
Conclusiones




               28
Conclusiones
   Información variada, usos variados
   Múltiples componentes con
       necesidades de manejo de información y
        responsabilidades bien definidas (servicios)
   Distintas soluciones de persistencia para cada
    caso, mejor solución global
   Enfoque para proyectos “grandes”
       Separación de componentes
       Estandarización de servicios
       Solución mantenible y escalable
       Calidad
                                                       29
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Persistencia de Información
  Clínica y Arquitectura de
Sistemas de Historia Clínica
         Electrónica
           Ing. Pablo Pazos
      http://informatica-medica.blogspot.com
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Persistencia de información clínica y arquitectura de sistemas de historia clínica electrónica

  • 1. http://openehr.org.es Persistencia de Información Clínica y Arquitectura de Sistemas de Historia Clínica Electrónica Ing. Pablo Pazos http://informatica-medica.blogspot.com 1
  • 2. Agenda  Información clínica  Alternativas de persistencia  Arquitectura de EHR  Conclusiones 2
  • 3. Información Clínica  Altamente jerárquica  Estructuras complejas y variadas  Tipos de datos variados  Existen modelos estándar 3
  • 5. Modelos  Para EHR  openEHR IM  HL7 CDA (solo documental)  NCIPC DEEDS (emergencia)  Para comunicación (modelo + formato)  CEN/ISO 13606 (extractos)  HL7 CDA  ASTM CCR (resumen de HC)  HL7 CCD (CDA para CCR)  OMG COAS (solo observaciones)  Conceptuales  HL7 RIM 5
  • 6. Persistencia  Bases de datos  Relacionales  Orientadas a objetos  Orientadas a documentos  Orientadas a grafos  Clave/Valor, Entidad/Atributo/Valor 6
  • 7. Relacionales  Modelo tabla-columna-registro-relación  Problemas con información jerárquica  Problemas con información compleja  Formas normales  Bueno para información estructurada  Esquema rígido  Necesita conversor OO a relacional  SQL 7
  • 8. Orientadas a objetos  Muchas entidades  Tan complejas como sea necesario  Listas, Tablas, Árboles, y otras estructuras  Trabaja con objetos de forma nativa  Más flexibilidad estructural  Objetos almacenados como tales sin conversión  SQL o similar 8
  • 9. Orientadas a documentos  Información jerárquica  Tan complejas como sea necesario  Documentos pueden anidarse y vincularse  Flexible  No sigue un esquema fijo  JSON/BSON, XQuery/XPath 9
  • 10. Orientadas a grafos  Información muy compleja  Muchas relaciones entre las entidades  No necesariamente jerárquica  Ejemplos:  información molecular  relaciones entre personas  representación multidimensional 10
  • 11. Clave/Valor, E-A-V  Orientados a columnas  En lugar de a filas como en relacional  Información altamente desagregada/plana  Valor relativamente complejo 11
  • 13. Información Clínica  Varios tipos de repositorios necesarios  Operativo  Series temporales  Documental  Vinculado  Análisis  Datawarehouse  Solución one-fits-all imposible! 13
  • 14. Información Clínica  Repositorios operativos  Mantienen registro clínico durante la sesión • Interacciones en tiempo real  Pasos previos a asentar el registro en el EHR  Dentro de una única aplicación  Orientado al ingreso de datos • Poco volumen de datos • Relativamente poca variabilidad • Datos estructurados  DB: Relacional 14
  • 15. Información Clínica  Series temporales  Mantener registro durante monitoreo • Interacciones en tiempo real  Usuarios = dispositivos  Orientado al ingreso de datos • Mucho volumen de datos • Poca variabilidad (ej. signos vitales)  Poca estructura • Datos planos  DB: Cualquiera con atributos de temporalidad claros 15
  • 16. Información Clínica  Repositorio documental  Mantener registros episódicos longitudinalmente • Interacciones en segundo plano o casi tiempo real  Documentos autocontenidos • No hay cruce de datos con otros documentos  Alta complejidad interna • Muchos datos • Muy variados  Orientado a lectura • Se crea una vez, se consulta N veces  Consideraciones de seguridad, alta disponibilidad  DB: Documentos 16
  • 17. Información Clínica  Repositorio vinculado  Registro de salud persistente • Problemas de salud: alergias, crónicos, factores de riesgo • Historial familiar, vacunas, medicamentos actuales • Información derivada del rep. documental • Puede requerir interacciones en tiempo real para lectura  Complejidad acotada • Muchos datos, poca variabilidad  Orientado a lectura • Se crea una vez, se utiliza N veces • Pero hay actualizaciones!  Consideraciones de versionado, alta disponibilidad  DB: Relacional 17
  • 18. Información Clínica  Repositorio para análisis  Datos para usos específicos • Investigación, data mining/knowledge discovery  Múltiples fuentes de datos • Otros repositorios  Mucha variabilidad, relaciones complejas  DB: Grafos, Orientadas a Objetos 18
  • 19. Información Clínica  Datawarehouse  Orientados a análisis de indicadores • Evolución histórica • Gestión, Definición de políticas, Predicción  Múltiples fuentes de datos  Complejidad acotada: • Entidades y dimensiones prediseñados  DB: Relacional, Grafos (multidimensional) 19
  • 20. Información Clínica  Distintos “clientes” de los repositorios  Aplicaciones • Protocolo interno  Sistemas • Servicios  Personas • Aplicación interna 20
  • 22. Arquitectura EHR  Interfaz de usuario  Cómo el usuario interactúa con la aplicación  Aplicación  Implementa la operativa de los usuarios  Repositorio  Servicios no operativos para: • otros sistemas • otros usos de la información 22
  • 24. Arquitectura EHR  ¿Separación entre UI y App?  Múltiples dispositivos capaces de ser utilizados para ingreso de datos  Permite reutilizar servicios comunes sin atarse a una tecnología particular de presentación/interfaz de usuario  Mantenibilidad • Enfoque actual de diseño de aplicaciones sin UI embebida en la aplicación • Cambios en UI no afectan a la App 24
  • 25. Arquitectura EHR  Aplicaciones de registro clínico  Servicios para UI • Gestión de sesión de usuario: autenticación & autorización • Flujo de trabajo, ingreso de información (datos y registros individuales)  Lanzar eventos en otros sistemas (LAB, RAD, FAR)  Persistencia operativa  Cliente de Demographic Server: búsqueda  Cliente de EHR Server: commit • Las aplicaciones pueden hacer en nexo entre información clínica y demográfica (si está separada físicamente) 25
  • 26. Arquitectura EHR  EHR Server  Provee servicios a múltiples aplicaciones de registro clínico • Genéricos, orientados a registros autocontenidos  Provee servicios de información clínica a otros sistemas • Directamente o a través de middleware • Acceso global a información clínica generada por N aplicaciones  No contiene información demográfica • Buena práctica, permite usos secundarios de la información  Repositorio documental y vinculado • Es el EHR del paciente! 26
  • 27. Arquitectura EHR  Demographic Server  Servicios sobre personas y roles • Identificación • Búsqueda • Auditoría y calidad de registros (interno)  Provee servicios a aplicaciones de registro clínico y a otros sistemas  Acceso global a información demográfica  Repositorio relativamente operativo • Muchas lecturas 27
  • 29. Conclusiones  Información variada, usos variados  Múltiples componentes con  necesidades de manejo de información y responsabilidades bien definidas (servicios)  Distintas soluciones de persistencia para cada caso, mejor solución global  Enfoque para proyectos “grandes”  Separación de componentes  Estandarización de servicios  Solución mantenible y escalable  Calidad 29
  • 30. http://openehr.org.es Persistencia de Información Clínica y Arquitectura de Sistemas de Historia Clínica Electrónica Ing. Pablo Pazos http://informatica-medica.blogspot.com 30

Notas do Editor

  1. http :// www.openehr.org / releases /1.0.2/ roadmap.html http :// www.cdc.gov / ncipc / pub -res/ deedspage.htm http :// www.omg.org / spec /COAS/ http :// www.astm.org / Standards /E2369. htm http :// www.interopsante.org / offres / file_inline_src /412/412_P_15660_82. pdf http :// reportingwiki.rsna.org / images /b/b1/ RSNA_Reporting_Forum_Behlen.pdf
  2. http :// en.wikipedia.org / wiki / Entity%E2%80%93attribute%E2%80%93value_model
  3. http :// www.postgresql.org / http :// www.sqlite.org / http://db.apache.org/derby/ http://www.firebirdsql.org/ http://hsqldb.org/
  4. http://www.persvr.org/ http :// www.cubrid.org /
  5. http://exist-db.org/ https :// github.com / BaseXdb / basex http :// couchdb.apache.org / http :// www.mongodb.org /
  6. http ://neo4j. org / http :// www.kobrix.com / hgdb.jsp http :// infogrid.org / trac / http :// www.orientdb.org / index.htm
  7. http :// wiki.basho.com / http://incubator.apache.org/cassandra/ http://memcached.org/ http://code.google.com/p/redis/ http :// ycmi.med.yale.edu / TrialDB / http :// senselab.med.yale.edu / http :// boilerbay.com / infinitydb /
  8. seguridad: firma y encriptacion
  9. http :// en.wikipedia.org / wiki / Data_mining
  10. No menciono aplicaciones de análisis o DW
  11. Concepto de HCE virtual