EpiLinux es un proyecto conjunto de la Dirección General de Salud Pública de Galicia y de la Unidad de Bioestadística de la Facultad de Medicina de la Universidad de Santiago de Compostela. Pretende aportar un sistema completo y autónomo, de sencillo manejo y de utilidad para todas aquellas personas, tanto profesionales como estudiantes, que desarrollen sus actividades en los campos de la epidemiología, la bioestadística y los estudios de salud, en general. Para ello, se ha recopilado en una misma distribución y con un entorno homogéneo el software necesario para realizar dichos estudios. Es una distribución completa de Linux, basada en Ubuntu, con entorno de escritorio KDE, en la que se incluyen una amplia recopilación de software.. desde herramientas ofimáticas (OpenOffice), software de Internet (FireFox), ... hasta programas específicos de bioestadística, de análisis de datos y epidemiológicos (PSPP, R, Sc¡Lab, Octave, QGIS, EpiGrass, WinBUGS, OpenStat, ...). Como complemento al software nativo, EpiLinux dispone del emulador WINE que permite ejecutar software diseñado para Windows. Funciona como un cargador para Linux de programas basados en las APis Win16 y Win32. EpiLinux se puede utilizar como un sistema Live y ejecutar directamente desde la unidad de CDROM/DVD evitando, así, la interacción con instalaciones previas de otros sistemas operativos. También se puede instalar en el disco duro del equipo. Web: http://dxsp.sergas.es/ Enlace de descarga directa: http://www.sergas.es/epilinux blog: http://epilinux.blogspot.com/
PONENTE
Miguel Angel Rodriguez Muiños, Dirección Xeral de Saúde Pública. Xunta de Galicia
Técnico Informático especializado en el campo de la Salud. Administración de Redes, Bases de Datos, Protección de Datos, Estudios bioestadísticos, Comunicaciones
http://www.neurowork.net
09 epilinux: un entorno de trabajo para bioestadísticos neurowork - why floss 2009
1. WhyFLOSS Conference 7ª edición
Madrid Mayo 2009
http://www.whyfloss.com/es/conference/madrid09
Organiza
http://www.neurowork.net
2. EpiLinux
Un entorno de trabajo para bioestadísticos
Miguel Ángel Rodríguez Muíños
soporte.epilinux@sergas.es
WhyFLOSS Conference 2009
21 de Mayo de 2009
Madrid
3. Equipo de Trabajo
Xunta de Galicia
Consellería de Sanidade
Dirección Xeral de Saúde Pública
Servicio de Epidemioloxía
Universidad de Santiago de Compostela
Grupo Multidisciplinar de Investigación en
Departamento de Estadística e IO
Estadística, Computación,
Unidad de Bioestadística
Medicina y Biología
4. Conceptos
- Epidemiología
Disciplina científica
Estudia relación causa-efecto entre exposición y enfermedad
Determina políticas de Salud Pública
Medicina Preventiva
- Salud Pública
Conjunto de actuaciones mejora salud de la población
Protección
Promoción
Prevención
- Bioestadística
Aplicación de la estadística a la biomedicina
Estudios de Salud
5. Estudios Bioestadísticos y de Salud
- Necesidad de herramientas informáticas
- Software relativamente escaso, restrictivo y elevado coste de
licencias
- empresa (spss, sas, stata, …)
- particular (pirateo… gratis, ilegal)
- Curva de aprendizaje
- Estamos “viciando” el sistema
- imponemos tendencias
7. Ejemplo: El caso de R
- Proyecto de Software Libre
- Software de referencia en el campo de la bioestadística, sobre
todo en entornos universitarios y de investigación.
- Seria alternativa a los programas comerciales más extendidos
(SPSS 17 soporta parcialmente R)
- Multiplataforma (Windows, Linux, Mac, Solaris, .....)
- Modular y colaborativo (+1785 packages oficiales hoy en CRAN)
- Posibilidad de varios entornos gráficos
Página del Proyecto: http://www.r-project.org/
8. Ejemplo: El caso de PSPP
- Diseñado como una alternativa a SPSS (trabaja de forma nativa
con formatos y rutinas de SPSS)
- Multiplataforma (Windows, Linux, Mac, FreeBSD, .....)
- Junto con R y Octave, software de referencia
- Potencia (admite mil millones de variables y mil millones de casos)
- Todavía está “verde” en cuanto a la funcionalidades, pero se
pueden realizar estudios estadísticos descriptivos, Regresión lineal y
no paramétrica, …
Página del Proyecto: http://www.gnu.org/software/pspp/
Referencia en Wikipedia: http://en.wikipedia.org/wiki/PSPP
9. PSPP (II)
- PSPPIRE: Entorno Gráfico de Usuario (GUI)
- Es necesario instalar PSPPIRE manualmente:
- Instalación previa (como superusuario) de las dependencias (paquetes
adicionales necesarios):
- $sudo apt-get install autoconf automake1.9 gnulib gettext gettext-base texinfo smake build-
essential pkg-config subversion subversion-helper-scripts subversion-tools libgsl0 libgsl0-dbg
libgsl0-dev libperl5.8 perl perl-base perl-modules libncurses5 libncurses5-dbg libncurses5-dev
libreadline5 libreadline5-dbg libreadline5-dev libplot2c2 libplot-dev libplotutils libgtk2.0-dev libgtk
+2.0-directfb-dev libglade2-dev cvs libcvsservice0 gcvs
- Descarga del programa (desde cvs):
- $ cvs -z3 -d:pserver:anonymous@cvs.savannah.gnu.org:/sources/pspp co pspp
$ cvs -z3 -d:pserver:anonymous@cvs.savannah.gnu.org:/sources/gnulib co gnulib
- Instalación del programa:
- $cd pspp
$make -f Smake
$./configure
$make
$sudo make install
10.
11. Otros Ejemplos:
- EpiGrass: Problemas con las librerías matlibplot, gdal y MySQldb
- Quantum GIS: Instalación de GRASS
- Octave: Diversos entornos gráficos. Cuál elegir y porqué?
12. Qué es EpiLinux?
EpiLinux pretende aportar un sistema completo y autónomo, de sencillo
manejo y de utilidad para todas aquellas personas, tanto profesionales como
estudiantes, que desarrollen sus actividades en los campos de la
epidemiología, la bioestadística y los estudios de salud, en general.
Para ello, se ha recopilado en una misma distribución y con un entorno
homogéneo el software necesario para realizar estudios completos de salud,
bioestadísticos y/o epidemiológicos eliminando, además, la necesidad de
localizar e instalar cada uno de estos paquetes.
13.
14. Características Técnicas
- Distribución completa de Linux.
- Basado en Ubuntu GNU/Linux
- Entorno de escritorio KDE 3
- Software Genérico:
• Herramientas ofimáticas (OpenOffice)
• Software de Internet (Firefox, ….)
• Software específico
• R (http://www.r-project.org/) con el GUI Rkward
(http://rkward.sourceforge.net/)
• PSPP con GUI PSPPIRE
• Octave
• Quantum GIS
• Epigrass
• Emulador WINE (http://www.winehq.org/)
• OpenBUGS / WinBUGS
• OpenStat4
• Actualización Automática
15. Porqué así?
- Primera “versión”:
- Ligera y pensada para ejecutar en equipos antiguos
- Pros:
- Funcionamiento en equipos viejos
- Facilidad de descarga (tiempo)
- Contras:
- No ofrecía un sistema completo
- Entorno gráfico “pobre”
- Conflictos dependecias
16. Cómo Funciona?
- Live DVD
- Posibilidad de instalarlo en disco
- Máquina virtual para VirtualBox
23. Y ahora qué? (futuro)
- Ampliar el software a incluir
Epidat 4 (nueva versión, pendiente de finalización)
Nueva versión de EpiInfo para Linux
NetEpi
Incluir paquetes de R
Epicalc
Epitools
…
Estudiar inclusión de software de producción propia del Grupo de
Investigación
Considerar la actualización de versión de KDE 3 a KDE 4 o la
migración a otro GUI
24. Conclusión:
EpiLinux ofrece la posibilidad de disponer, en un entorno
homogéneo y de libre distribución, de las herramientas
necesarias para la realización de estudios de salud,
epidemiológicos y/o bioestadísticos, sin necesidad de
enfrentarse con las rutinas de instalación y actualización.
