35th mtg in NIBIOです。今回はRDF関連の話も多いです。

1. 2014/8/28
第35回統合DBミーティング
Integrated MTG in NIBIO
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2. 本日の予定
• Sagace
– Sagaceに追加するDBについて
– 新規ファセット項目に加えるDBについて
– 進捗報告
• 医薬基盤研内のデータのRDF化
– 進捗報告
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3. 新規ファセット項目について
担当割り振り（敬称略）
• 化合物
– 水口，五十嵐，陳
• 漢方薬
– 伊藤，深川
• 薬効・効能
– 森田，水口
• 副作用・有害情報
– 森田，深川
• レギュレーション・ガイドライン
– 五十嵐，陳
• 学会
– 坂手
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4. 新規追加データベースについて
データベース名と判別案
文部科学省特定領域研究ゲノム研究のホームページ 研究成果情報
ファセット項目・分類
指定項目
データベースの種類
文献・用語集・辞書
生物種
特定生物なし
生体の階層
その他
医薬品
その他
分類
B
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5. 医薬基盤研内のデータのRDF化
• 外部のデータベースとの統合を模索
• CAS number
– ToxyGATEs中のCELL data, 希少疾病用医薬
品のRDFに存在
– Drugbankに紐付け，特許番号を取得可能
– 特許番号から特許情報（タイトル，発案者等
を取得可能）
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6. CAS numberによるRDFの統合
• CAS number
– アメリカ化学会が発行するChemical
Abstracts誌で使用されている化学物質を特
定する場合の番号
– 例：アセトアミノフェン：103-90-2
– ⚠1万個まではライセンスが無料
• 参照：http://www.cas.org/legal/infopolicy
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7. 希少疾病用医薬品の場合
@prefix
dbowl:
<h1p://dbpedia.org/ontology/>
.
@prefix
drgb:
<h1p://bio2rdf.org/drugbank_vocabulary/>
.
<h1p://www.nibio.go.jp/orphanDrugTarget#1>
drgb:product
"アルギU配合顆粒"@ja;
dbowl:casNumber
"1119-­‐34-­‐2”;
・・・
orphanDrug
Target#1
drgb:product アルギU配合顆粒
dbowl:casNumber 1119-­‐34-­‐2
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8. ToxyGATEsの場合
<h1p://127.0.0.1:3333/0040011LR>
<h1p://127.0.0.1:3333/compound_name>
"acetaminophen"
;
<h1p://127.0.0.1:3333/cas_number>
"103-­‐90-­‐2"
;
0040011LR
compound_name acetaminophen
103-­‐90-­‐2
cas_number
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9. トリプルストアにデータを保存
• OWLIM
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10. アップロード
• 設定上指定したディレクトリにrdf
データをscp等でアップロード
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11. Repositoryに接続（または作成）
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12. データをアップロード
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13. 共通するCas Numberを出す
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14. 実行結果
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15. 外部データとの連携
• DrugBankとの統合
– SPARQL Endpoint
– http://drugbank.bio2rdf.org/sparql
– DrugBankのRDFには，CAS numberが振ら
れていなかったので調べて一つ一つ振って
いった
• web版のDrugBankにはCAS numberが存在する，
ライセンスの影響か
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16. • 当初トリプルストアに保存したCAS
numberをURLに変更
– 例：1119-34-2 →http://bio2rdf.org/cas:1119-34-2
• CAS numberとdrugbankの番号を
マッピング
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@prefix
b2r:
<h1p://bio2rdf.org/>
.
@prefix
drugbank:
<h1p://bio2rdf.org/drugbank:>
.
<h1p://bio2rdf.org/cas:10238-­‐21-­‐8>
b2r:x-­‐drugbank
drugbank:DB01016.

17. SPARQL クエリ
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18. 実行結果
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19. RDF関連の今後の予定
• 特許のデータとの統合
• 希少疾病用医薬品のRDFにICD10を付
与
• 難病研究資源バンクのデータのRDF化
• SPARQL Endpointの調査
– EBI関連, MGI, Clinical Trials
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20. 今後の予定
• 次回
– 9月19日（金）or 26日（金）or ?
• トーゴーの日
– 10月５日（日）？
• BioHackathon 2014
– 11月９日（日）～14日（金）
• 分子生物学会
– 11月25日（火）～27日（木）
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