SlideShare uma empresa Scribd logo

Whole genome taxonomic classi cation for prokaryotic plant pathogens

•
•
Leighton Pritchard
Leighton Pritchard

Presentation given at the 44th NextGenBug meeting, 8th December 2015, University of Edinburgh.

Ciências
1 de 37
Baixar para ler offline
Whole genome taxonomic classification for prokaryotic plant pathogens NextGenBug, University of Edinburgh 8th December 2015 Leighton Pritchard Information and Computational Sciences The James Hutton Institute
Acceptable Use Policy Recording of this talk, taking photos, discussing the content using email, Twitter, blogs, etc. is permitted (and encouraged), providing distraction to others during the presentation is minimised. These slides will be available on SlideShare and the NextGenBug F1000 channel.
Table of Contents Introduction The Insidious Dickeya Menace qPCR Primer Design From Whole Genomes Classification Classification is Critical Whole-Genome Classification Soft-Rot Enterobacteria A Tangled Taxonomy The Cracks Are Showing. . . Conclusion Final Thoughts Without Whom. . . If you’re interested. . . Hidden diversity: pre-publication
Dickeya on crops and ornamentalsa a Czajkowski et al. (2015) Ann. Appl. Biol. doi:10.1111/aab.12166 • Dickeya spp. are virulent enterobacterial soft-rotting pathogens of ornamental and crop plants 1 2 1 Landesanst. f. Pflanzenbau und Pflanzenschutz, Mainz Archive 2 Florida Division of Plant Industry Archive
Dickeya spp. moving across Europeab a Toth et al. (2011) Plant Path. doi:10.1111/j.1365-3059.2011.02427.x b Parkinson et al. (2015) Eur. J. Plant Path. doi:10.1007/s10658-014-0523-5 • D. dianthicola is established across Europe • D. solani is an emerging, encroaching threat
Legislationa a Pritchard et al. (2015) Anal. Methods doi:10.1039/c5ay02550h • European and Mediterranean Plant Protection Organisation (EPPO): member states should regulate D. dianthicola and E. amylovora as quarantine pests (A2 list) • Seed Potatoes (Scotland) Amendment Regulations (2010): zero tolerance policy for all Dickeya spp. on potatoes in Scotland to ensure production of ‘clean’ (disease-free) seed potato production for export • EUPHRESCO consortium: control and epidemiology
Why legislate by taxonomy?a a Pritchard et al. (2015) Anal. Methods doi:10.1039/c5ay02550h • “Easy” to incorporate into legislation: binary classification • Assumption: taxonomy can be determined precisely • Assumption: taxonomy is a proxy for disease risk
Problems with legislating by taxonomya a Pritchard et al. (2015) Anal. Methods doi:10.1039/c5ay02550h • Is bacterial taxonomy correct? • Is a species concept even relevant for bacteria? • Taxonomy is ‘vertical’, but pathogenicity may be ‘laterally’ transferred (plasmid-borne, etc.)3 • Mapping from taxonomy to phenotype is not one-to-one4 • Testing for disease phenotypes not straightforward • Relationship between gene complement and disease not fully understood 3 Toth et al. (2006) Ann. Rev. Phyto. doi:10.1146/annurev.phyto.44.070505.143444 4 Deans et al. (2015) PLoS Biol. doi:10.1371/journal.pbio.1002033
Dickeya qPCR diagnosticsa a Pritchard et al. (2013) Plant Path. doi:10.1111/j.1365-3059.2012.02678.x • To legislate on or quarantine contaminated materials, one has to be able to identify and discriminate the pathogen • qPCR is still cheaper, quicker and easier than bacterial genome sequencing (for now, anyway. . . )5 • No qPCR primers existed to distinguish among Dickeya spp. • Having sequenced 25 Dickeya isolates, we were approached to develop diagnostic primers at the species/isolate level 5 Czajkowski et al. (2015) Ann. Appl. Biol. doi:10.1111/aab.12166
qPCR Primer Designa a Pritchard et al. (2012) PLoS One doi:10.1371/journal.pone.0034498 1. Bulk predict primer sets on all chromosomes (Primer3) 2. Predict cross-amplification in silico (primersearch) 3. Evaluate in vitro against panel of previously “unseen” isolates of known class targets off-targets classification V IV III II I genomes I II III IV V
Table of Contents Introduction The Insidious Dickeya Menace qPCR Primer Design From Whole Genomes Classification Classification is Critical Whole-Genome Classification Soft-Rot Enterobacteria A Tangled Taxonomy The Cracks Are Showing. . . Conclusion Final Thoughts Without Whom. . . If you’re interested. . . Hidden diversity: pre-publication
Classification matters!a a Pritchard et al. (2012) PLoS One doi:10.1111/j.1365-3059.2012.02678.x Primer design process: 1. Design large numbers of primers to training (draft) genomes from the target groups 2. Test cross-hybridisation of primer sets in silico against target and off-target groups 3. Screen primers against broader set of off-target sequences 4. Classify primer sets according to in silico specificity 5. Evaluate specificity against unseen panel of target/off-target organisms
Classification is also a problem!a a Pritchard et al. (2013) Plant Path. doi:10.1111/j.1365-3059.2012.02678.x • qPCR design gave no diagnostic primers for several species. • Misassigned species in GenBank made ‘training’ impossible 6 6 ML tree, recA
Consequences of misclassificationa a Pritchard et al. (2015) Anal. Methods doi:10.1039/c5ay02550h Failed classification has real-world consequences: • False positives (type I errors): clean samples rejected: economic cost farms quarantined/close: economic/social cost • False negatives (type II errors): (irreversible) introduction of infectious material potential for novel host jumps and spread “Gold-standard”, correctly classified training and test sets essential to estimate classifier error rates. MiSI: 18% of NCBI genomes: bacterial species misclassified7 7 Varghese et al. (2015) Nucl. Acids Res. doi:10.1093/nar/gkv657
The cracks are showing. . . Bacterial taxonomy?
DNA-DNA hybridisationa a Morello-Mora and Amann (2001) FEMS Micro. Rev. doi:10.1016/S0168-6445(00)00040-1 • “Gold Standard” for prokaryotic taxonomy, since 1960s. “70% identity ≈ same species.” • Denature DNA from two organisms. • Allow to anneal. Reassociation ≈ similarity, measured as ∆T of denaturation curves. Proxy for sequence similarity - replace with genome analysis8? 8 Chan et al (2012) BMC Microbiol. doi:10.1186/1471-2180-12-302
Average Nucleotide Identity (ANIm)a a Richter and Rossello-Mora (2009) Proc. Natl. Acad. Sci. USA doi:10.1073/pnas.0906412106 1. Align genomes (MUMmer) 2. ANIm: Mean % identity of all matches • DDH:ANIm linear • 70%ID ≈ 95%ANIb
ANIm • Average identity of all ‘homologous’ regions • Approximates a limiting case of MLST/MLSA/multigene comparisons • Straightforward principle • Classification not dependent on dataset composition (unlike tree methods)
Table of Contents Introduction The Insidious Dickeya Menace qPCR Primer Design From Whole Genomes Classification Classification is Critical Whole-Genome Classification Soft-Rot Enterobacteria A Tangled Taxonomy The Cracks Are Showing. . . Conclusion Final Thoughts Without Whom. . . If you’re interested. . . Hidden diversity: pre-publication
Tangled taxonomy of SREa a Pritchard et al. (2015) Anal. Methods doi:10.1039/c5ay02550h Gammaproteobacteria, Enterobacteria taxonomy difficult to resolve, in general9 Species classification mostly polyphasic/phenotypic. • Soft rot enterobacteria (SRE) all originally Erwinia spp. • SRE now three distinct genera (Dickeya, Pectobacterium, Erwinia) • Pectobacterium used to be E. chrysanthemi • Dickeya used to be P. chrysanthemi • Old names hold over in the literature, collections, etc. 9 Williams et al. (2010) J. Bact. doi:10.1128/JB.01480-09
Tangled taxonomy of SREa a Czajkowski et al. (2015) Ann. Appl. Biol. doi:10.1111/aab.12166
D. solani ANIma a van der Wolf et al. (2014) Int. J. Syst. Evol. Micr. doi:10.1099/ijs.0.052944-0 Defining D. solani as a new species, with ANIm:
34 Dickeya spp. ANIma a Pritchard et al. (2015) Anal. Methods doi:10.1039/c5ay02550h • Nine species-level groups (two novel) • Three species misidentified in GenBank Dickeya_solani_GBBC2040 Dickeya_solani_IPO2222 Dickeya_solani_MK10 Dickeya_solani_MK16 Dickeya_solani_AMYI01 Dickeya_solani_AMWE01 Dickeya_dianthicola_NCPPB_3534 Dickeya_dianthicola_GBBC2039 Dickeya_dianthicola_NCPPB_453 Dickeya_dianthicola_IPO980 Dickeya_spp_NCPPB_3274 Dickeya_spp_MK7 Dickeya_dadantii_NCPPB_2976 Dickeya_dadantii_3937_uid52537 Dickeya_dadantii_NCPPB_3537 Dickeya_dadantii_NCPPB_898 Dickeya_zeae_APMV01 Dickeya_zeae_AJVN01 Dickeya_zeae_NCPPB_3531 Dickeya_zeae_CSL_RW192 Dickeya_dadantii_Ech586_uid42519 Dickeya_zeae_APWM01 Dickeya_zeae_MK19 Dickeya_zeae_NCPPB_3532 Dickeya_zeae_NCPPB_2538 Dickeya_spp_NCPPB_569 Dickeya_chrysanthami_NCPPB_402 Dickeya_chrysanthami_NCPPB_516 Dickeya_zeae_Ech1591_uid59297 Dickeya_chrysanthami_NCPPB_3533 Dickeya_aquatica_DW_0440 Dickeya_aquatica_CSL_RW240 Dickeya_dadantii_Ech703_uid59363 Dickeya_paradisiaca_NCPPB_2511 Dickeya_solani_GBBC2040 Dickeya_solani_IPO2222 Dickeya_solani_MK10 Dickeya_solani_MK16 Dickeya_solani_AMYI01 Dickeya_solani_AMWE01 Dickeya_dianthicola_NCPPB_3534 Dickeya_dianthicola_GBBC2039 Dickeya_dianthicola_NCPPB_453 Dickeya_dianthicola_IPO980 Dickeya_spp_NCPPB_3274 Dickeya_spp_MK7 Dickeya_dadantii_NCPPB_2976 Dickeya_dadantii_3937_uid52537 Dickeya_dadantii_NCPPB_3537 Dickeya_dadantii_NCPPB_898 Dickeya_zeae_APMV01 Dickeya_zeae_AJVN01 Dickeya_zeae_NCPPB_3531 Dickeya_zeae_CSL_RW192 Dickeya_dadantii_Ech586_uid42519 Dickeya_zeae_APWM01 Dickeya_zeae_MK19 Dickeya_zeae_NCPPB_3532 Dickeya_zeae_NCPPB_2538 Dickeya_spp_NCPPB_569 Dickeya_chrysanthami_NCPPB_402 Dickeya_chrysanthami_NCPPB_516 Dickeya_zeae_Ech1591_uid59297 Dickeya_chrysanthami_NCPPB_3533 Dickeya_aquatica_DW_0440 Dickeya_aquatica_CSL_RW240 Dickeya_dadantii_Ech703_uid59363 Dickeya_paradisiaca_NCPPB_2511 0.00 0.25 0.50 0.75 1.00 ANIm_percentage_identity
55 Pectobacterium spp. ANIma a Pritchard et al. (2015) Anal. Methods doi:10.1039/c5ay02550h • Ten species-level groups (four novel) • P. carotovorum split: several species • P. wasabiae split: two species P. atrosepticum SCRI1043 P. atrosepticum NCPPB 3404 P. atrosepticum JG10­08 P. atrosepticum 21A P. atrosepticum CFBP 6276 P. atrosepticum NCPPB 549 P. atrosepticum ICMP 1526 P. carotovorum PC1 P. carotovorum UGC32 P. betavasculorum NCPPB 2793 P. betavasculorum NCPPB 2795 P. carotovorum M022 P. wasabiae CFBP 3304 P. wasabiae NCPPB 3701 P. wasabiae NCPPB3702 P. wasabiae CFIA1002 P. wasabiae WPP163 P. wasabiae RNS08.42.1A P. sp. SCC3193 SCC3193 P. carotovorum BC D6 P. carotovorum YC D49 P. carotovorum BC S2 P. carotovorum YC D29 P. carotovorum YC D65 P. carotovorum CFIA1001 P. carotovorum PCC21 P. carotovorum YC D46 P. carotovorum YC T31 P. carotovorum YC D62 P. carotovorum YC T3 P. carotovorum CFIA1009 P. carotovorum YC D52 P. carotovorum YC D21 P. carotovorum YC D64 P. carotovorum YC D60 P. carotovorum CFIA1033 P. carotovorum PBR1692 P. carotovorum LMG 21371 P. carotovorum BD255 P. carotovorum ICMP 19477 P. carotovorum LMG 21372 P. carotovorum KKH3 P. carotovorum NCPPB3841 P. carotovorum NCPPB 3839 P. carotovorum BC S7 P. carotovorum YC T1 P. carotovorum NCPPB 3395 P. carotovorum YC D57 P. carotovorum BC T2 P. carotovorum ICMP 5702 P. carotovorum NCPPB 312 P. carotovorum YC D16 P. carotovorum YC T39 P. carotovorum WPP14 P. carotovorum BC T5 P. atrosepticum SCRI1043 P. atrosepticum NCPPB 3404 P. atrosepticum JG10­08 P. atrosepticum 21A P. atrosepticum CFBP 6276 P. atrosepticum NCPPB 549 P. atrosepticum ICMP 1526 P. carotovorum PC1 P. carotovorum UGC32 P. betavasculorum NCPPB 2793 P. betavasculorum NCPPB 2795 P. carotovorum M022 P. wasabiae CFBP 3304 P. wasabiae NCPPB 3701 P. wasabiae NCPPB3702 P. wasabiae CFIA1002 P. wasabiae WPP163 P. wasabiae RNS08.42.1A P. sp. SCC3193 SCC3193 P. carotovorum BC D6 P. carotovorum YC D49 P. carotovorum BC S2 P. carotovorum YC D29 P. carotovorum YC D65 P. carotovorum CFIA1001 P. carotovorum PCC21 P. carotovorum YC D46 P. carotovorum YC T31 P. carotovorum YC D62 P. carotovorum YC T3 P. carotovorum CFIA1009 P. carotovorum YC D52 P. carotovorum YC D21 P. carotovorum YC D64 P. carotovorum YC D60 P. carotovorum CFIA1033 P. carotovorum PBR1692 P. carotovorum LMG 21371 P. carotovorum BD255 P. carotovorum ICMP 19477 P. carotovorum LMG 21372 P. carotovorum KKH3 P. carotovorum NCPPB3841 P. carotovorum NCPPB 3839 P. carotovorum BC S7 P. carotovorum YC T1 P. carotovorum NCPPB 3395 P. carotovorum YC D57 P. carotovorum BC T2 P. carotovorum ICMP 5702 P. carotovorum NCPPB 312 P. carotovorum YC D16 P. carotovorum YC T39 P. carotovorum WPP14 P. carotovorum BC T5 0.00 0.25 0.50 0.75 1.00 ANIm_percentage_identity
Criticisms of ANIma a Pritchard et al. (2015) Anal. Methods doi:10.1039/c5ay02550h • 95% threshold ‘arbitrary’ • Taxonomic classification, not phylogenetic reconstruction • No functional (or gene-based) interpretation: still need pangenome classification and analysis • Only considers ‘homologous’ regions: • Define ‘homologous’ • misled by HGT/LGT? • misled by distant relationships/low extent of homology? Coverage plots help interpretation: exclude HGT/LGT low homology bias.
55 Pectobacterium spp. ANIma a Pritchard et al. (2015) Anal. Methods doi:10.1039/c5ay02550h • All isolates align over >50% of whole genome P. carotovorum YC T31 P. carotovorum YC D21 P. carotovorum YC T3 P. carotovorum CFIA1009 P. carotovorum YC D64 P. carotovorum YC D52 P. carotovorum YC D62 P. carotovorum YC D60 P. carotovorum YC D49 P. carotovorum BC D6 P. carotovorum YC D65 P. carotovorum YC D46 P. carotovorum BC S2 P. carotovorum YC D29 P. carotovorum PCC21 P. carotovorum CFIA1001 P. carotovorum YC T1 P. carotovorum NCPPB 3395 P. carotovorum UGC32 P. carotovorum KKH3 P. carotovorum BC S7 P. carotovorum ICMP 5702 P. carotovorum NCPPB 312 P. carotovorum BC T2 P. carotovorum YC D16 P. carotovorum YC T39 P. carotovorum YC D57 P. carotovorum WPP14 P. carotovorum BC T5 P. carotovorum CFIA1033 P. carotovorum PC1 P. carotovorum LMG 21371 P. carotovorum BD255 P. carotovorum PBR1692 P. carotovorum ICMP 19477 P. carotovorum LMG 21372 P. wasabiae CFBP 3304 P. wasabiae NCPPB 3701 P. wasabiae NCPPB3702 P. sp. SCC3193 SCC3193 P. wasabiae WPP163 P. wasabiae RNS08.42.1A P. wasabiae CFIA1002 P. atrosepticum CFBP 6276 P. atrosepticum NCPPB 3404 P. atrosepticum NCPPB 549 P. atrosepticum ICMP 1526 P. atrosepticum SCRI1043 P. atrosepticum JG10­08 P. atrosepticum 21A P. carotovorum NCPPB3841 P. carotovorum NCPPB 3839 P. carotovorum M022 P. betavasculorum NCPPB 2793 P. betavasculorum NCPPB 2795 P. carotovorum M022 P. carotovorum YC T1 P. carotovorum KKH3 P. carotovorum UGC32 P. carotovorum CFIA1033 P. carotovorum NCPPB3841 P. carotovorum NCPPB 3839 P. carotovorum BC S7 P. carotovorum ICMP 19477 P. carotovorum BD255 P. carotovorum LMG 21372 P. carotovorum PBR1692 P. carotovorum LMG 21371 P. carotovorum PC1 P. carotovorum ICMP 5702 P. carotovorum NCPPB 312 P. carotovorum YC D57 P. carotovorum BC T2 P. carotovorum YC D16 P. carotovorum WPP14 P. carotovorum BC T5 P. carotovorum YC D62 P. carotovorum YC T31 P. carotovorum YC D52 P. carotovorum YC T3 P. carotovorum YC D64 P. carotovorum YC D21 P. carotovorum YC D60 P. carotovorum YC T39 P. carotovorum CFIA1001 P. carotovorum YC D46 P. carotovorum YC D49 P. carotovorum BC D6 P. carotovorum YC D65 P. carotovorum BC S2 P. carotovorum YC D29 P. carotovorum PCC21 P. carotovorum CFIA1009 P. atrosepticum ICMP 1526 P. atrosepticum CFBP 6276 P. atrosepticum SCRI1043 P. atrosepticum NCPPB 3404 P. atrosepticum NCPPB 549 P. atrosepticum JG10­08 P. atrosepticum 21A P. wasabiae WPP163 P. sp. SCC3193 SCC3193 P. wasabiae RNS08.42.1A P. wasabiae CFIA1002 P. wasabiae CFBP 3304 P. wasabiae NCPPB 3701 P. wasabiae NCPPB3702 P. carotovorum NCPPB 3395 P. betavasculorum NCPPB 2793 P. betavasculorum NCPPB 2795 0.00 0.25 0.50 0.75 1.00 ANIm_alignment_coverage
34 Dickeya spp. ANIma a Pritchard et al. (2015) Anal. Methods doi:10.1039/c5ay02550h • Most isolates align over >50% of whole genome • Community: two outlier species are questionable assignments Dickeya_dadantii_Ech703_uid59363 Dickeya_paradisiaca_NCPPB_2511 Dickeya_aquatica_DW_0440 Dickeya_aquatica_CSL_RW240 Dickeya_solani_MK10 Dickeya_solani_AMYI01 Dickeya_solani_AMWE01 Dickeya_solani_MK16 Dickeya_solani_GBBC2040 Dickeya_solani_IPO2222 Dickeya_dianthicola_NCPPB_453 Dickeya_dianthicola_GBBC2039 Dickeya_dianthicola_IPO980 Dickeya_dianthicola_NCPPB_3534 Dickeya_dadantii_NCPPB_2976 Dickeya_dadantii_3937_uid52537 Dickeya_spp_NCPPB_3274 Dickeya_spp_MK7 Dickeya_dadantii_NCPPB_3537 Dickeya_dadantii_NCPPB_898 Dickeya_zeae_APMV01 Dickeya_zeae_AJVN01 Dickeya_zeae_APWM01 Dickeya_dadantii_Ech586_uid42519 Dickeya_zeae_CSL_RW192 Dickeya_zeae_NCPPB_3532 Dickeya_zeae_NCPPB_2538 Dickeya_zeae_NCPPB_3531 Dickeya_zeae_MK19 Dickeya_spp_NCPPB_569 Dickeya_chrysanthami_NCPPB_402 Dickeya_chrysanthami_NCPPB_516 Dickeya_zeae_Ech1591_uid59297 Dickeya_chrysanthami_NCPPB_3533 Dickeya_dadantii_Ech703_uid59363 Dickeya_paradisiaca_NCPPB_2511 Dickeya_aquatica_DW_0440 Dickeya_aquatica_CSL_RW240 Dickeya_dianthicola_GBBC2039 Dickeya_dianthicola_NCPPB_3534 Dickeya_dianthicola_NCPPB_453 Dickeya_dianthicola_IPO980 Dickeya_solani_GBBC2040 Dickeya_solani_IPO2222 Dickeya_solani_MK10 Dickeya_solani_MK16 Dickeya_solani_AMYI01 Dickeya_solani_AMWE01 Dickeya_dadantii_NCPPB_3537 Dickeya_dadantii_NCPPB_898 Dickeya_spp_NCPPB_3274 Dickeya_spp_MK7 Dickeya_dadantii_NCPPB_2976 Dickeya_dadantii_3937_uid52537 Dickeya_zeae_APMV01 Dickeya_zeae_AJVN01 Dickeya_dadantii_Ech586_uid42519 Dickeya_zeae_APWM01 Dickeya_zeae_MK19 Dickeya_zeae_NCPPB_3532 Dickeya_zeae_NCPPB_2538 Dickeya_zeae_NCPPB_3531 Dickeya_zeae_CSL_RW192 Dickeya_spp_NCPPB_569 Dickeya_zeae_Ech1591_uid59297 Dickeya_chrysanthami_NCPPB_3533 Dickeya_chrysanthami_NCPPB_402 Dickeya_chrysanthami_NCPPB_516 0.00 0.25 0.50 0.75 1.00 ANIm_alignment_coverage
Looking wider • What about species with high levels of recombination? • “Fuzzy species”: key example, Neisseria: “The most challenging test of whether species can be clearly delineated is provided by analysis of large populations of closely-related, highly recombinogenic, bacteria that colonise the same body site”10 10 Hanage et al. (2005) BMC Biol. doi:10.1186/1741-7007-3-6
719 Neisseria spp. ANIm • Absolute separation between N. meningitidis, N. gonorrhoeae, N. lactamica • Minor complex of possible misassign- ments/novel species N. gonorrhoeae MU_NG9 N. gonorrhoeae NYC_2011_05_07 N. gonorrhoeae ALB_2011_04_03 N. gonorrhoeae MU_NG15 N. gonorrhoeae MU_NG14 N. gonorrhoeae MU_NG12 N. gonorrhoeae MU_NG8 N. gonorrhoeae MU_NG19 N. gonorrhoeae MU_NG3 N. gonorrhoeae MU_NG20 N. gonorrhoeae SK23020 N. gonorrhoeae MIA_2011_05­10 N. gonorrhoeae SK32402 N. gonorrhoeae MU_NG25 N. gonorrhoeae MIA_2011_05­15 N. gonorrhoeae MIA_2011_02_02 N. gonorrhoeae MU_NG4 N. gonorrhoeae ALB_2011_03_03 N. gonorrhoeae NYC_2011_05_13 N. gonorrhoeae ATL_2011_01_05 N. gonorrhoeae MU_NG21 N. gonorrhoeae MU_NG18 N. gonorrhoeae GC1­182 N. gonorrhoeae ATL_2011_01_17 N. gonorrhoeae CH811 N. gonorrhoeae SK16942 N. gonorrhoeae 1291 N. gonorrhoeae MU_NG17 N. gonorrhoeae NOR_2011_03­06 N. gonorrhoeae SK14515 N. gonorrhoeae 09_10_003 N. gonorrhoeae ATL_2011_01_03 N. gonorrhoeae MIA_2011_03­09 N. gonorrhoeae MIA_2011_05­16 N. gonorrhoeae SK7461 N. gonorrhoeae SK36809 N. gonorrhoeae SK28355 N. gonorrhoeae SK17973 N. gonorrhoeae ATL_2011_01_08 N. gonorrhoeae MU_NG26 N. gonorrhoeae MU_NG23 N. gonorrhoeae MU_NG1 N. gonorrhoeae GCGS006 N. gonorrhoeae GCGS148 N. gonorrhoeae GCGS080 N. gonorrhoeae GCGS054 N. gonorrhoeae GCGS196 N. gonorrhoeae GCGS140 N. gonorrhoeae GCGS122 N. gonorrhoeae GCGS036 N. gonorrhoeae GCGS222 N. gonorrhoeae GCGS004 N. gonorrhoeae GCGS236 N. gonorrhoeae GCGS234 N. gonorrhoeae GCGS099 N. gonorrhoeae NCCP11945 N. gonorrhoeae GCGS232 N. gonorrhoeae GCGS058 N. gonorrhoeae GCGS094 N. gonorrhoeae GCGS238 N. gonorrhoeae ALB_2011_01­02 N. gonorrhoeae GCGS158 N. gonorrhoeae SK­92­679 N. gonorrhoeae 35/02 N. gonorrhoeae SK12684 N. gonorrhoeae SK29471 N. gonorrhoeae ATL_2011_05­13 N. gonorrhoeae SK16259 N. gonorrhoeae GCGS114 N. gonorrhoeae GCGS066 N. gonorrhoeae GCGS160 N. gonorrhoeae GCGS023 N. gonorrhoeae GCGS028 N. gonorrhoeae GCGS119 N. gonorrhoeae GCGS076 N. gonorrhoeae GCGS030 N. gonorrhoeae GCGS085 N. gonorrhoeae GCGS166 N. gonorrhoeae GCGS157 N. gonorrhoeae GCGS155 N. gonorrhoeae GCGS005 N. gonorrhoeae GCGS235 N. gonorrhoeae GCGS124 N. gonorrhoeae GCGS068 N. gonorrhoeae GCGS241 N. gonorrhoeae GCGS147 N. gonorrhoeae GCGS145 N. gonorrhoeae GCGS048 N. gonorrhoeae GCGS229 N. gonorrhoeae GCGS075 N. gonorrhoeae GCGS117 N. gonorrhoeae GCGS063 N. gonorrhoeae GCGS178 N. gonorrhoeae GCGS179 N. gonorrhoeae GCGS081 N. gonorrhoeae GCGS041 N. gonorrhoeae GCGS043 N. gonorrhoeae GCGS061 N. gonorrhoeae GCGS131 N. gonorrhoeae GCGS089 N. gonorrhoeae GCGS069 N. gonorrhoeae GCGS189 N. gonorrhoeae GCGS057 N. gonorrhoeae GCGS125 N. gonorrhoeae GCGS123 N. gonorrhoeae GCGS001 N. gonorrhoeae GCGS104 N. gonorrhoeae GCGS107 N. gonorrhoeae GCGS027 N. gonorrhoeae GCGS129 N. gonorrhoeae GCGS049 N. gonorrhoeae GCGS233 N. gonorrhoeae GCGS065 N. gonorrhoeae GCGS037 N. gonorrhoeae GCGS185 N. gonorrhoeae GCGS017 N. gonorrhoeae GCGS151 N. gonorrhoeae GCGS159 N. gonorrhoeae GCGS035 N. gonorrhoeae GCGS091 N. gonorrhoeae GCGS059 N. gonorrhoeae GCGS109 N. gonorrhoeae GCGS165 N. gonorrhoeae GCGS139 N. gonorrhoeae GCGS205 N. gonorrhoeae GCGS053 N. gonorrhoeae GCGS195 N. gonorrhoeae GCGS133 N. gonorrhoeae GCGS067 N. gonorrhoeae GCGS055 N. gonorrhoeae GCGS177 N. gonorrhoeae G2891 N. gonorrhoeae ATL_2011_01­25 N. gonorrhoeae MU_NG5 N. gonorrhoeae m07.05 N. gonorrhoeae GCGS046 N. gonorrhoeae GCGS105 N. gonorrhoeae GCGS097 N. gonorrhoeae GCGS047 N. gonorrhoeae GCGS237 N. gonorrhoeae GCGS088 N. gonorrhoeae GCGS137 N. gonorrhoeae GCGS007 N. gonorrhoeae GCGS021 N. gonorrhoeae GCGS101 N. gonorrhoeae GCGS093 N. gonorrhoeae GCGS121 N. gonorrhoeae GCGS135 N. gonorrhoeae GCGS033 N. gonorrhoeae GCGS079 N. gonorrhoeae GCGS115 N. gonorrhoeae GCGS019 N. gonorrhoeae GCGS113 N. gonorrhoeae GCGS103 N. gonorrhoeae GCGS102 N. gonorrhoeae GCGS025 N. gonorrhoeae GCGS231 N. gonorrhoeae GCGS183 N. gonorrhoeae GCGS039 N. gonorrhoeae GCGS143 N. gonorrhoeae GCGS045 N. gonorrhoeae GCGS029 N. gonorrhoeae GCGS077 N. gonorrhoeae GCGS031 N. gonorrhoeae GCGS051 N. gonorrhoeae GCGS181 N. gonorrhoeae GCGS095 N. gonorrhoeae GCGS227 N. gonorrhoeae GCGS127 N. gonorrhoeae GCGS242 N. gonorrhoeae GCGS239 N. gonorrhoeae GCGS187 N. gonorrhoeae GCGS163 N. gonorrhoeae GCGS141 N. gonorrhoeae GCGS087 N. gonorrhoeae GCGS003 N. gonorrhoeae FA19 N. gonorrhoeae GCGS008 N. gonorrhoeae GCGS146 N. gonorrhoeae GCGS186 N. gonorrhoeae GCGS188 N. gonorrhoeae GCGS090 N. gonorrhoeae MS11 N. gonorrhoeae GCGS210 N. gonorrhoeae GCGS212 N. gonorrhoeae GCGS200 N. gonorrhoeae NG05 N. gonorrhoeae n01.08 N. gonorrhoeae GCGS050 N. gonorrhoeae GCGS154 N. gonorrhoeae GCGS072 N. gonorrhoeae F62 N. gonorrhoeae GCGS184 N. gonorrhoeae FA 1090 N. gonorrhoeae FA6140 N. gonorrhoeae FA19 N. gonorrhoeae GCGS162 N. gonorrhoeae GCGS240 N. gonorrhoeae GCGS190 N. gonorrhoeae GCGS170 N. gonorrhoeae GCGS056 N. gonorrhoeae GCGS134 N. gonorrhoeae GCGS078 N. gonorrhoeae GCGS168 N. gonorrhoeae GCGS206 N. gonorrhoeae GCGS116 N. gonorrhoeae GCGS044 N. gonorrhoeae GCGS032 N. gonorrhoeae GCGS022 N. gonorrhoeae GCGS026 N. gonorrhoeae GCGS060 N. gonorrhoeae GCGS180 N. gonorrhoeae GCGS216 N. gonorrhoeae e03.04 N. gonorrhoeae GCGS208 N. gonorrhoeae ATL_2011_05­08 N. gonorrhoeae SK33414 N. gonorrhoeae MIA_2011_03­10 N. gonorrhoeae i19.05 N. gonorrhoeae GCGS150 N. gonorrhoeae GCGS142 N. gonorrhoeae GCGS010 N. gonorrhoeae GCGS144 N. gonorrhoeae SK39420 N. gonorrhoeae FA19 N. gonorrhoeae MU_NG6 N. gonorrhoeae SK­93­1035 N. gonorrhoeae DGI18 N. gonorrhoeae SK22871 N. gonorrhoeae GCGS176 N. gonorrhoeae GCGS018 N. gonorrhoeae GCGS198 N. gonorrhoeae GCGS202 N. gonorrhoeae GCGS228 N. gonorrhoeae GCGS204 N. gonorrhoeae GCGS120 N. gonorrhoeae GCGS138 N. gonorrhoeae GCGS192 N. gonorrhoeae GCGS062 N. gonorrhoeae GCGS083 N. gonorrhoeae GCGS084 N. gonorrhoeae GCGS009 N. gonorrhoeae GCGS106 N. gonorrhoeae GCGS092 N. gonorrhoeae GCGS098 N. gonorrhoeae GCGS218 N. gonorrhoeae GCGS110 N. gonorrhoeae GCGS096 N. gonorrhoeae GCGS118 N. gonorrhoeae GCGS174 N. gonorrhoeae GCGS224 N. gonorrhoeae GCGS136 N. gonorrhoeae GCGS156 N. gonorrhoeae GCGS128 N. gonorrhoeae GCGS226 N. gonorrhoeae GCGS064 N. gonorrhoeae GCGS172 N. gonorrhoeae GCGS012 N. gonorrhoeae GCGS100 N. gonorrhoeae GCGS164 N. gonorrhoeae GCGS040 N. gonorrhoeae GCGS024 N. gonorrhoeae GCGS082 N. gonorrhoeae SK29344 N. gonorrhoeae SK6987 N. gonorrhoeae SK15454 N. gonorrhoeae SK7842 N. gonorrhoeae NG_869 N. gonorrhoeae FA6140 N. gonorrhoeae PID332 N. gonorrhoeae DGI2 N. gonorrhoeae SK8976 N. gonorrhoeae SK708 N. gonorrhoeae GCGS220 N. gonorrhoeae GCGS182 N. gonorrhoeae GCGS214 N. gonorrhoeae GCGS086 N. gonorrhoeae GCGS002 N. gonorrhoeae GCGS020 N. gonorrhoeae GCGS152 N. gonorrhoeae GCGS052 N. gonorrhoeae GCGS132 N. gonorrhoeae GCGS130 N. gonorrhoeae GCGS042 N. gonorrhoeae GCGS194 N. gonorrhoeae GCGS108 N. gonorrhoeae GCGS070 N. gonorrhoeae GCGS038 N. gonorrhoeae GCGS230 N. gonorrhoeae GCGS126 N. gonorrhoeae GCGS175 N. gonorrhoeae GCGS073 N. gonorrhoeae GCGS213 N. gonorrhoeae GCGS171 N. gonorrhoeae GCGS209 N. gonorrhoeae GCGS169 N. gonorrhoeae GCGS203 N. gonorrhoeae GCGS201 N. gonorrhoeae GCGS071 N. gonorrhoeae GCGS173 N. gonorrhoeae GCGS197 N. gonorrhoeae GCGS167 N. gonorrhoeae GCGS219 N. gonorrhoeae GCGS153 N. gonorrhoeae GCGS211 N. gonorrhoeae GCGS221 N. gonorrhoeae GCGS149 N. gonorrhoeae GCGS161 N. gonorrhoeae GCGS199 N. gonorrhoeae GCGS207 N. gonorrhoeae GCGS191 N. gonorrhoeae GCGS217 N. gonorrhoeae GCGS193 N. gonorrhoeae GCGS215 N. gonorrhoeae GCGS223 N. gonorrhoeae GCGS225 N. gonorrhoeae GCGS034 N. gonorrhoeae GCGS074 N. gonorrhoeae 35/02 N. gonorrhoeae GCGS011 N. gonorrhoeae PID24­1 N. gonorrhoeae PID1 N. gonorrhoeae MS11 N. gonorrhoeae SK1902 N. gonorrhoeae ATL_2011_01­21 N. gonorrhoeae PID18 N. meningitidis Z2491 N. meningitidis 65014 N. meningitidis 63006 N. meningitidis 63041 N. meningitidis 64182 N. meningitidis 97027 N. meningitidis 63049 N. meningitidis 65012 N. meningitidis 97018 N. meningitidis 94018 N. meningitidis 96024 N. meningitidis 98005 N. meningitidis 75689 N. meningitidis 97008 N. meningitidis 75643 N. meningitidis 88050 N. meningitidis 97020 N. meningitidis 96023 N. meningitidis WUE 2594 N. meningitidis NM2254 N. meningitidis NM2524 N. meningitidis 2000080 N. meningitidis NM2810 N. meningitidis NM1364 N. meningitidis NM1826 N. meningitidis NM1758 N. meningitidis NM2394 N. meningitidis NM1893 N. meningitidis NM1549 N. meningitidis NM1976 N. meningitidis NM1550 N. meningitidis NM2393 N. meningitidis NM2717 N. meningitidis NM2382 N. meningitidis NM2814 N. meningitidis NM2606 N. meningitidis NM2441 N. meningitidis 2003022 N. meningitidis NM607 N. meningitidis 2004085 N. meningitidis NM1471 N. meningitidis NM2033 N. meningitidis 2003022 N. meningitidis NM2933 N. meningitidis NM2237 N. meningitidis NM2809 N. meningitidis 2002007 N. meningitidis NM1829 N. meningitidis NM2263 N. meningitidis NM1901 N. meningitidis NM1805 N. meningitidis NM1360 N. meningitidis NM1482 N. meningitidis NM1919 N. meningitidis NM2617 N. meningitidis NM2187 N. meningitidis NM1757 N. meningitidis NM2008 N. meningitidis NM1361 N. meningitidis NM2813 N. meningitidis NM1561 N. meningitidis NM1910 N. meningitidis NM606 N. meningitidis 2000063 N. meningitidis NM1891 N. meningitidis NM1931 N. meningitidis NM1937 N. meningitidis NM1938 N. meningitidis NM1359 N. meningitidis NM1264 N. meningitidis NM2239 N. meningitidis NM1362 N. meningitidis NM2812 N. meningitidis NM2431 N. meningitidis NM2935 N. meningitidis NM2439 N. meningitidis NM2232 N. meningitidis NM2193 N. meningitidis NM2332 N. meningitidis NM2228 N. meningitidis NM2264 N. meningitidis NM1895 N. meningitidis NM2718 N. meningitidis NM2188 N. meningitidis NM2181 N. meningitidis NM2369 N. meningitidis NM2389 N. meningitidis NM2811 N. meningitidis NM2432 N. meningitidis NM2335 N. meningitidis NM2244 N. meningitidis NM1928 N. meningitidis NM2808 N. meningitidis NM2381 N. meningitidis NM2700 N. meningitidis NM2932 N. meningitidis NM1483 N. meningitidis NM604 N. meningitidis 510612 N. meningitidis NM1673 N. meningitidis NM2032 N. meningitidis NM1666 N. meningitidis NM1578 N. meningitidis NM1963 N. meningitidis NM1797 N. meningitidis NM1837 N. meningitidis NM3129 N. meningitidis NM2602 N. meningitidis NM2857 N. meningitidis NM2206 N. meningitidis NM1544 N. meningitidis NM1921 N. meningitidis NM1845 N. meningitidis NM2856 N. meningitidis NM1779 N. meningitidis NM2934 N. meningitidis NM1892 N. meningitidis NM1325 N. meningitidis NM1573 N. meningitidis NM3128 N. meningitidis NM2701 N. meningitidis NM2009 N. meningitidis NM1831 N. meningitidis NM1446 N. meningitidis NM2025 N. meningitidis NM1363 N. meningitidis NM1672 N. meningitidis NM2433 N. meningitidis 2007056 N. meningitidis NM3652 N. meningitidis 2004090 N. meningitidis 2001212 N. meningitidis NM3642 N. meningitidis Nm1140 N. meningitidis alpha704 N. meningitidis NM2795 N. meningitidis LNP27256 N. meningitidis N. meningitidis NM586 N. meningitidis M6190 N. meningitidis S0108 N. meningitidis N. meningitidis ES14902 N. meningitidis NM1482 N. meningitidis NM95 N. meningitidis NM133 N. meningitidis NM1482 N. meningitidis M20599 N. meningitidis K1207 N. meningitidis S0108 N. meningitidis NM94 N. meningitidis NM82 N. meningitidis NM3680 N. meningitidis NM3681 N. meningitidis NM3683 N. meningitidis NM3682 N. meningitidis M7124 N. meningitidis 2005040 N. meningitidis M10208 N. meningitidis NM3686 N. meningitidis NM3685 N. meningitidis M7089 N. meningitidis M7124 N. meningitidis NM174 N. meningitidis NM3687 N. meningitidis NM3684 N. meningitidis NM3688 N. meningitidis NM126 N. meningitidis FAM18 N. meningitidis NM762 N. meningitidis L91543 N. meningitidis M12611 N. meningitidis 2001213 N. meningitidis NM43 N. meningitidis M1412 N. meningitidis 2001073 N. meningitidis 2001068 N. meningitidis NM32 N. meningitidis NM23 N. meningitidis NM35 N. meningitidis NM36 N. meningitidis 73704 N. meningitidis 2000175 N. meningitidis 2002004 N. meningitidis 2004264 N. meningitidis 2000081 N. meningitidis 2005079 N. meningitidis 2001072 N. meningitidis NM1495 N. meningitidis NM313 N. meningitidis NM3147 N. meningitidis 70012 N. meningitidis 70030 N. meningitidis 69166 N. meningitidis 61103 N. meningitidis 68094 N. meningitidis 69096 N. meningitidis 63023 N. meningitidis 61106 N. meningitidis 70021 N. meningitidis 69155 N. meningitidis 70082 N. meningitidis 69100 N. meningitidis 96060 N. meningitidis 69176 N. meningitidis NM477 N. meningitidis NM3141 N. meningitidis M13265 N. meningitidis NM3173 N. meningitidis 2002020 N. meningitidis 2002030 N. meningitidis NM1476 N. meningitidis H44/76 N. meningitidis H44/76 N. meningitidis MC58 N. meningitidis LNP21362 N. meningitidis NM418 N. meningitidis M13255 N. meningitidis 9506 N. meningitidis CU385 N. meningitidis 12888 N. meningitidis 4119 N. meningitidis NM422 N. meningitidis 9757 N. meningitidis 320503 N. meningitidis 100514 N. meningitidis 370601 N. meningitidis 100572 N. meningitidis 360624 N. meningitidis 421007 N. meningitidis 440501 N. meningitidis 340552 N. meningitidis 100530 N. meningitidis 321114 N. meningitidis 34173 N. meningitidis 311112 N. meningitidis 053442 N. meningitidis 100601 N. meningitidis Nm11003 N. meningitidis 341215 N. meningitidis 320501 N. meningitidis 220601 N. meningitidis 440902 N. meningitidis 130803 N. meningitidis 131148 N. meningitidis 420718 N. meningitidis 100603 N. meningitidis 330505 N. meningitidis Nm2732 N. meningitidis 81858 N. meningitidis 8013 N. meningitidis Nm10259 N. meningitidis Nm9418 N. meningitidis Nm6938 N. meningitidis 92045 N. meningitidis NM255 N. meningitidis 98002 N. meningitidis 2003051 N. meningitidis 73696 N. meningitidis NM134 N. meningitidis Nm8187 N. meningitidis Nm3127 N. meningitidis 2001001 N. meningitidis 2007461 N. meningitidis 2004032 N. meningitidis 992008 N. meningitidis alpha710 N. meningitidis OX99.30304 N. meningitidis NM151 N. meningitidis NZ­05/33 N. meningitidis DE9686 N. meningitidis DE9622 N. meningitidis DE9938 N. meningitidis M0579 N. meningitidis M01­240149 N. meningitidis M0579 N. meningitidis NM2657 N. meningitidis NM576 N. meningitidis NM2781 N. meningitidis NM140 N. meningitidis NM183 N. meningitidis Neisseria meningitidis CHUV N. meningitidis M13399 N. meningitidis M01­240013 N. meningitidis M04­240196 N. meningitidis 77221 N. meningitidis alpha14 N. meningitidis NM3001 N. meningitidis M01­240355 N. meningitidis 93003 N. meningitidis 93004 N. meningitidis NM3081 N. meningitidis 98008 N. meningitidis 80179 N. meningitidis ATCC 13091 N. meningitidis NM045 N. meningitidis NM2866 N. meningitidis NM003 N. meningitidis NM3139 N. meningitidis NM0552 N. meningitidis NM518 N. meningitidis NM3230 N. meningitidis 96037 N. meningitidis N1568 N. meningitidis 2002038 N. meningitidis 97021 N. meningitidis 2006087 N. meningitidis 97014 N. meningitidis 2008223 N. meningitidis 2005172 N. meningitidis NM220 N. meningitidis NM271 N. meningitidis NM115 N. meningitidis NM3144 N. meningitidis NM27 N. meningitidis NM3131 N. meningitidis NM3158 N. meningitidis NM3222 N. meningitidis NM3164 N. meningitidis Nm6756 N. meningitidis Nm8663 N. meningitidis NM27 N. meningitidis NM90 N. meningitidis NM233 N. meningitidis NS44 N. meningitidis NM80 N. meningitidis NM165 N. meningitidis NM51 N. meningitidis NM3042 N. meningitidis NM3223 N. meningitidis B6116/77 N. meningitidis G2136 N. meningitidis 98080 N. meningitidis 87255 N. meningitidis NMB N. meningitidis 961­5945 N. polysaccharea ATCC 43768 N. polysaccharea NS342 N. lactamica NS19 N. lactamica 020­06 N. lactamica Y92­1009 N. lactamica ATCC 23970 N. lactamica ATCC 23970 N. cinerea ATCC 14685 N. flavescens NRL30031/H210 N. sicca VK64 N. sicca ATCC 29256 N. meningitidis 433_NMEN N. meningitidis 1044_NMEN N. meningitidis 840_NMEN N. meningitidis 776_NMEN N. subflava NJ9703 N. meningitidis 1045_NMEN N. meningitidis 768_NMEN N. mucosa C6A N. lactamica 595_NLAC N. lactamica 583_NLAC N. lactamica 338.rep1_NLAC N. meningitidis 338.rep2_NMEN N. flavescens SK114 N. meningitidis 782_NMEN N. meningitidis 1210_NMEN N. mucosa C102 N. meningitidis 1279_NMEN N. elongata ATCC 29315 N. elongata ATCC 29315 N. sp. oral taxon 014 F0314 N. meningitidis 431_NMEN N. meningitidis 404_NMEN N. lactamica 919_NLAC N. meningitidis 313_NMEN N. meningitidis 379_NMEN N. meningitidis 378_NMEN N. sicca DS1 N. sp. GT4A_CT1 GT4A_CT1 N. macacae ATCC 33926 N. meningitidis 1273_NMEN N. sp. HMSC06F02 HMSC06F02 N. mucosa ATCC 25996 N. meningitidis 480_NMEN N. sicca 4320 N. sp. 83E34 83E34 N. sp. 74A18 74A18 N. wadsworthii 9715 N. sp. KH1503 KH1503 N. shayeganii 871 N. weaveri ATCC 51223 N. weaveri LMG 5135 N. meningitidis 491_NMEN N. sp. oral taxon 020 F0370 N. meningitidis 203_NMEN N. lactamica 914_NLAC N. bacilliformis ATCC BAA­1200 N. gonorrhoeae MU_NG9 N. gonorrhoeae NYC_2011_05_07 N. gonorrhoeae ALB_2011_04_03 N. gonorrhoeae MU_NG15 N. gonorrhoeae MU_NG14 N. gonorrhoeae MU_NG12 N. gonorrhoeae MU_NG8 N. gonorrhoeae MU_NG19 N. gonorrhoeae MU_NG3 N. gonorrhoeae MU_NG20 N. gonorrhoeae SK23020 N. gonorrhoeae MIA_2011_05­10 N. gonorrhoeae SK32402 N. gonorrhoeae MU_NG25 N. gonorrhoeae MIA_2011_05­15 N. gonorrhoeae MIA_2011_02_02 N. gonorrhoeae MU_NG4 N. gonorrhoeae ALB_2011_03_03 N. gonorrhoeae NYC_2011_05_13 N. gonorrhoeae ATL_2011_01_05 N. gonorrhoeae MU_NG21 N. gonorrhoeae MU_NG18 N. gonorrhoeae GC1­182 N. gonorrhoeae ATL_2011_01_17 N. gonorrhoeae CH811 N. gonorrhoeae SK16942 N. gonorrhoeae 1291 N. gonorrhoeae MU_NG17 N. gonorrhoeae NOR_2011_03­06 N. gonorrhoeae SK14515 N. gonorrhoeae 09_10_003 N. gonorrhoeae ATL_2011_01_03 N. gonorrhoeae MIA_2011_03­09 N. gonorrhoeae MIA_2011_05­16 N. gonorrhoeae SK7461 N. gonorrhoeae SK36809 N. gonorrhoeae SK28355 N. gonorrhoeae SK17973 N. gonorrhoeae ATL_2011_01_08 N. gonorrhoeae MU_NG26 N. gonorrhoeae MU_NG23 N. gonorrhoeae MU_NG1 N. gonorrhoeae GCGS006 N. gonorrhoeae GCGS148 N. gonorrhoeae GCGS080 N. gonorrhoeae GCGS054 N. gonorrhoeae GCGS196 N. gonorrhoeae GCGS140 N. gonorrhoeae GCGS122 N. gonorrhoeae GCGS036 N. gonorrhoeae GCGS222 N. gonorrhoeae GCGS004 N. gonorrhoeae GCGS236 N. gonorrhoeae GCGS234 N. gonorrhoeae GCGS099 N. gonorrhoeae NCCP11945 N. gonorrhoeae GCGS232 N. gonorrhoeae GCGS058 N. gonorrhoeae GCGS094 N. gonorrhoeae GCGS238 N. gonorrhoeae ALB_2011_01­02 N. gonorrhoeae GCGS158 N. gonorrhoeae SK­92­679 N. gonorrhoeae 35/02 N. gonorrhoeae SK12684 N. gonorrhoeae SK29471 N. gonorrhoeae ATL_2011_05­13 N. gonorrhoeae SK16259 N. gonorrhoeae GCGS114 N. gonorrhoeae GCGS066 N. gonorrhoeae GCGS160 N. gonorrhoeae GCGS023 N. gonorrhoeae GCGS028 N. gonorrhoeae GCGS119 N. gonorrhoeae GCGS076 N. gonorrhoeae GCGS030 N. gonorrhoeae GCGS085 N. gonorrhoeae GCGS166 N. gonorrhoeae GCGS157 N. gonorrhoeae GCGS155 N. gonorrhoeae GCGS005 N. gonorrhoeae GCGS235 N. gonorrhoeae GCGS124 N. gonorrhoeae GCGS068 N. gonorrhoeae GCGS241 N. gonorrhoeae GCGS147 N. gonorrhoeae GCGS145 N. gonorrhoeae GCGS048 N. gonorrhoeae GCGS229 N. gonorrhoeae GCGS075 N. gonorrhoeae GCGS117 N. gonorrhoeae GCGS063 N. gonorrhoeae GCGS178 N. gonorrhoeae GCGS179 N. gonorrhoeae GCGS081 N. gonorrhoeae GCGS041 N. gonorrhoeae GCGS043 N. gonorrhoeae GCGS061 N. gonorrhoeae GCGS131 N. gonorrhoeae GCGS089 N. gonorrhoeae GCGS069 N. gonorrhoeae GCGS189 N. gonorrhoeae GCGS057 N. gonorrhoeae GCGS125 N. gonorrhoeae GCGS123 N. gonorrhoeae GCGS001 N. gonorrhoeae GCGS104 N. gonorrhoeae GCGS107 N. gonorrhoeae GCGS027 N. gonorrhoeae GCGS129 N. gonorrhoeae GCGS049 N. gonorrhoeae GCGS233 N. gonorrhoeae GCGS065 N. gonorrhoeae GCGS037 N. gonorrhoeae GCGS185 N. gonorrhoeae GCGS017 N. gonorrhoeae GCGS151 N. gonorrhoeae GCGS159 N. gonorrhoeae GCGS035 N. gonorrhoeae GCGS091 N. gonorrhoeae GCGS059 N. gonorrhoeae GCGS109 N. gonorrhoeae GCGS165 N. gonorrhoeae GCGS139 N. gonorrhoeae GCGS205 N. gonorrhoeae GCGS053 N. gonorrhoeae GCGS195 N. gonorrhoeae GCGS133 N. gonorrhoeae GCGS067 N. gonorrhoeae GCGS055 N. gonorrhoeae GCGS177 N. gonorrhoeae G2891 N. gonorrhoeae ATL_2011_01­25 N. gonorrhoeae MU_NG5 N. gonorrhoeae m07.05 N. gonorrhoeae GCGS046 N. gonorrhoeae GCGS105 N. gonorrhoeae GCGS097 N. gonorrhoeae GCGS047 N. gonorrhoeae GCGS237 N. gonorrhoeae GCGS088 N. gonorrhoeae GCGS137 N. gonorrhoeae GCGS007 N. gonorrhoeae GCGS021 N. gonorrhoeae GCGS101 N. gonorrhoeae GCGS093 N. gonorrhoeae GCGS121 N. gonorrhoeae GCGS135 N. gonorrhoeae GCGS033 N. gonorrhoeae GCGS079 N. gonorrhoeae GCGS115 N. gonorrhoeae GCGS019 N. gonorrhoeae GCGS113 N. gonorrhoeae GCGS103 N. gonorrhoeae GCGS102 N. gonorrhoeae GCGS025 N. gonorrhoeae GCGS231 N. gonorrhoeae GCGS183 N. gonorrhoeae GCGS039 N. gonorrhoeae GCGS143 N. gonorrhoeae GCGS045 N. gonorrhoeae GCGS029 N. gonorrhoeae GCGS077 N. gonorrhoeae GCGS031 N. gonorrhoeae GCGS051 N. gonorrhoeae GCGS181 N. gonorrhoeae GCGS095 N. gonorrhoeae GCGS227 N. gonorrhoeae GCGS127 N. gonorrhoeae GCGS242 N. gonorrhoeae GCGS239 N. gonorrhoeae GCGS187 N. gonorrhoeae GCGS163 N. gonorrhoeae GCGS141 N. gonorrhoeae GCGS087 N. gonorrhoeae GCGS003 N. gonorrhoeae FA19 N. gonorrhoeae GCGS008 N. gonorrhoeae GCGS146 N. gonorrhoeae GCGS186 N. gonorrhoeae GCGS188 N. gonorrhoeae GCGS090 N. gonorrhoeae MS11 N. gonorrhoeae GCGS210 N. gonorrhoeae GCGS212 N. gonorrhoeae GCGS200 N. gonorrhoeae NG05 N. gonorrhoeae n01.08 N. gonorrhoeae GCGS050 N. gonorrhoeae GCGS154 N. gonorrhoeae GCGS072 N. gonorrhoeae F62 N. gonorrhoeae GCGS184 N. gonorrhoeae FA 1090 N. gonorrhoeae FA6140 N. gonorrhoeae FA19 N. gonorrhoeae GCGS162 N. gonorrhoeae GCGS240 N. gonorrhoeae GCGS190 N. gonorrhoeae GCGS170 N. gonorrhoeae GCGS056 N. gonorrhoeae GCGS134 N. gonorrhoeae GCGS078 N. gonorrhoeae GCGS168 N. gonorrhoeae GCGS206 N. gonorrhoeae GCGS116 N. gonorrhoeae GCGS044 N. gonorrhoeae GCGS032 N. gonorrhoeae GCGS022 N. gonorrhoeae GCGS026 N. gonorrhoeae GCGS060 N. gonorrhoeae GCGS180 N. gonorrhoeae GCGS216 N. gonorrhoeae e03.04 N. gonorrhoeae GCGS208 N. gonorrhoeae ATL_2011_05­08 N. gonorrhoeae SK33414 N. gonorrhoeae MIA_2011_03­10 N. gonorrhoeae i19.05 N. gonorrhoeae GCGS150 N. gonorrhoeae GCGS142 N. gonorrhoeae GCGS010 N. gonorrhoeae GCGS144 N. gonorrhoeae SK39420 N. gonorrhoeae FA19 N. gonorrhoeae MU_NG6 N. gonorrhoeae SK­93­1035 N. gonorrhoeae DGI18 N. gonorrhoeae SK22871 N. gonorrhoeae GCGS176 N. gonorrhoeae GCGS018 N. gonorrhoeae GCGS198 N. gonorrhoeae GCGS202 N. gonorrhoeae GCGS228 N. gonorrhoeae GCGS204 N. gonorrhoeae GCGS120 N. gonorrhoeae GCGS138 N. gonorrhoeae GCGS192 N. gonorrhoeae GCGS062 N. gonorrhoeae GCGS083 N. gonorrhoeae GCGS084 N. gonorrhoeae GCGS009 N. gonorrhoeae GCGS106 N. gonorrhoeae GCGS092 N. gonorrhoeae GCGS098 N. gonorrhoeae GCGS218 N. gonorrhoeae GCGS110 N. gonorrhoeae GCGS096 N. gonorrhoeae GCGS118 N. gonorrhoeae GCGS174 N. gonorrhoeae GCGS224 N. gonorrhoeae GCGS136 N. gonorrhoeae GCGS156 N. gonorrhoeae GCGS128 N. gonorrhoeae GCGS226 N. gonorrhoeae GCGS064 N. gonorrhoeae GCGS172 N. gonorrhoeae GCGS012 N. gonorrhoeae GCGS100 N. gonorrhoeae GCGS164 N. gonorrhoeae GCGS040 N. gonorrhoeae GCGS024 N. gonorrhoeae GCGS082 N. gonorrhoeae SK29344 N. gonorrhoeae SK6987 N. gonorrhoeae SK15454 N. gonorrhoeae SK7842 N. gonorrhoeae NG_869 N. gonorrhoeae FA6140 N. gonorrhoeae PID332 N. gonorrhoeae DGI2 N. gonorrhoeae SK8976 N. gonorrhoeae SK708 N. gonorrhoeae GCGS220 N. gonorrhoeae GCGS182 N. gonorrhoeae GCGS214 N. gonorrhoeae GCGS086 N. gonorrhoeae GCGS002 N. gonorrhoeae GCGS020 N. gonorrhoeae GCGS152 N. gonorrhoeae GCGS052 N. gonorrhoeae GCGS132 N. gonorrhoeae GCGS130 N. gonorrhoeae GCGS042 N. gonorrhoeae GCGS194 N. gonorrhoeae GCGS108 N. gonorrhoeae GCGS070 N. gonorrhoeae GCGS038 N. gonorrhoeae GCGS230 N. gonorrhoeae GCGS126 N. gonorrhoeae GCGS175 N. gonorrhoeae GCGS073 N. gonorrhoeae GCGS213 N. gonorrhoeae GCGS171 N. gonorrhoeae GCGS209 N. gonorrhoeae GCGS169 N. gonorrhoeae GCGS203 N. gonorrhoeae GCGS201 N. gonorrhoeae GCGS071 N. gonorrhoeae GCGS173 N. gonorrhoeae GCGS197 N. gonorrhoeae GCGS167 N. gonorrhoeae GCGS219 N. gonorrhoeae GCGS153 N. gonorrhoeae GCGS211 N. gonorrhoeae GCGS221 N. gonorrhoeae GCGS149 N. gonorrhoeae GCGS161 N. gonorrhoeae GCGS199 N. gonorrhoeae GCGS207 N. gonorrhoeae GCGS191 N. gonorrhoeae GCGS217 N. gonorrhoeae GCGS193 N. gonorrhoeae GCGS215 N. gonorrhoeae GCGS223 N. gonorrhoeae GCGS225 N. gonorrhoeae GCGS034 N. gonorrhoeae GCGS074 N. gonorrhoeae 35/02 N. gonorrhoeae GCGS011 N. gonorrhoeae PID24­1 N. gonorrhoeae PID1 N. gonorrhoeae MS11 N. gonorrhoeae SK1902 N. gonorrhoeae ATL_2011_01­21 N. gonorrhoeae PID18 N. meningitidis Z2491 N. meningitidis 65014 N. meningitidis 63006 N. meningitidis 63041 N. meningitidis 64182 N. meningitidis 97027 N. meningitidis 63049 N. meningitidis 65012 N. meningitidis 97018 N. meningitidis 94018 N. meningitidis 96024 N. meningitidis 98005 N. meningitidis 75689 N. meningitidis 97008 N. meningitidis 75643 N. meningitidis 88050 N. meningitidis 97020 N. meningitidis 96023 N. meningitidis WUE 2594 N. meningitidis NM2254 N. meningitidis NM2524 N. meningitidis 2000080 N. meningitidis NM2810 N. meningitidis NM1364 N. meningitidis NM1826 N. meningitidis NM1758 N. meningitidis NM2394 N. meningitidis NM1893 N. meningitidis NM1549 N. meningitidis NM1976 N. meningitidis NM1550 N. meningitidis NM2393 N. meningitidis NM2717 N. meningitidis NM2382 N. meningitidis NM2814 N. meningitidis NM2606 N. meningitidis NM2441 N. meningitidis 2003022 N. meningitidis NM607 N. meningitidis 2004085 N. meningitidis NM1471 N. meningitidis NM2033 N. meningitidis 2003022 N. meningitidis NM2933 N. meningitidis NM2237 N. meningitidis NM2809 N. meningitidis 2002007 N. meningitidis NM1829 N. meningitidis NM2263 N. meningitidis NM1901 N. meningitidis NM1805 N. meningitidis NM1360 N. meningitidis NM1482 N. meningitidis NM1919 N. meningitidis NM2617 N. meningitidis NM2187 N. meningitidis NM1757 N. meningitidis NM2008 N. meningitidis NM1361 N. meningitidis NM2813 N. meningitidis NM1561 N. meningitidis NM1910 N. meningitidis NM606 N. meningitidis 2000063 N. meningitidis NM1891 N. meningitidis NM1931 N. meningitidis NM1937 N. meningitidis NM1938 N. meningitidis NM1359 N. meningitidis NM1264 N. meningitidis NM2239 N. meningitidis NM1362 N. meningitidis NM2812 N. meningitidis NM2431 N. meningitidis NM2935 N. meningitidis NM2439 N. meningitidis NM2232 N. meningitidis NM2193 N. meningitidis NM2332 N. meningitidis NM2228 N. meningitidis NM2264 N. meningitidis NM1895 N. meningitidis NM2718 N. meningitidis NM2188 N. meningitidis NM2181 N. meningitidis NM2369 N. meningitidis NM2389 N. meningitidis NM2811 N. meningitidis NM2432 N. meningitidis NM2335 N. meningitidis NM2244 N. meningitidis NM1928 N. meningitidis NM2808 N. meningitidis NM2381 N. meningitidis NM2700 N. meningitidis NM2932 N. meningitidis NM1483 N. meningitidis NM604 N. meningitidis 510612 N. meningitidis NM1673 N. meningitidis NM2032 N. meningitidis NM1666 N. meningitidis NM1578 N. meningitidis NM1963 N. meningitidis NM1797 N. meningitidis NM1837 N. meningitidis NM3129 N. meningitidis NM2602 N. meningitidis NM2857 N. meningitidis NM2206 N. meningitidis NM1544 N. meningitidis NM1921 N. meningitidis NM1845 N. meningitidis NM2856 N. meningitidis NM1779 N. meningitidis NM2934 N. meningitidis NM1892 N. meningitidis NM1325 N. meningitidis NM1573 N. meningitidis NM3128 N. meningitidis NM2701 N. meningitidis NM2009 N. meningitidis NM1831 N. meningitidis NM1446 N. meningitidis NM2025 N. meningitidis NM1363 N. meningitidis NM1672 N. meningitidis NM2433 N. meningitidis 2007056 N. meningitidis NM3652 N. meningitidis 2004090 N. meningitidis 2001212 N. meningitidis NM3642 N. meningitidis Nm1140 N. meningitidis alpha704 N. meningitidis NM2795 N. meningitidis LNP27256 N. meningitidis N. meningitidis NM586 N. meningitidis M6190 N. meningitidis S0108 N. meningitidis N. meningitidis ES14902 N. meningitidis NM1482 N. meningitidis NM95 N. meningitidis NM133 N. meningitidis NM1482 N. meningitidis M20599 N. meningitidis K1207 N. meningitidis S0108 N. meningitidis NM94 N. meningitidis NM82 N. meningitidis NM3680 N. meningitidis NM3681 N. meningitidis NM3683 N. meningitidis NM3682 N. meningitidis M7124 N. meningitidis 2005040 N. meningitidis M10208 N. meningitidis NM3686 N. meningitidis NM3685 N. meningitidis M7089 N. meningitidis M7124 N. meningitidis NM174 N. meningitidis NM3687 N. meningitidis NM3684 N. meningitidis NM3688 N. meningitidis NM126 N. meningitidis FAM18 N. meningitidis NM762 N. meningitidis L91543 N. meningitidis M12611 N. meningitidis 2001213 N. meningitidis NM43 N. meningitidis M1412 N. meningitidis 2001073 N. meningitidis 2001068 N. meningitidis NM32 N. meningitidis NM23 N. meningitidis NM35 N. meningitidis NM36 N. meningitidis 73704 N. meningitidis 2000175 N. meningitidis 2002004 N. meningitidis 2004264 N. meningitidis 2000081 N. meningitidis 2005079 N. meningitidis 2001072 N. meningitidis NM1495 N. meningitidis NM313 N. meningitidis NM3147 N. meningitidis 70012 N. meningitidis 70030 N. meningitidis 69166 N. meningitidis 61103 N. meningitidis 68094 N. meningitidis 69096 N. meningitidis 63023 N. meningitidis 61106 N. meningitidis 70021 N. meningitidis 69155 N. meningitidis 70082 N. meningitidis 69100 N. meningitidis 96060 N. meningitidis 69176 N. meningitidis NM477 N. meningitidis NM3141 N. meningitidis M13265 N. meningitidis NM3173 N. meningitidis 2002020 N. meningitidis 2002030 N. meningitidis NM1476 N. meningitidis H44/76 N. meningitidis H44/76 N. meningitidis MC58 N. meningitidis LNP21362 N. meningitidis NM418 N. meningitidis M13255 N. meningitidis 9506 N. meningitidis CU385 N. meningitidis 12888 N. meningitidis 4119 N. meningitidis NM422 N. meningitidis 9757 N. meningitidis 320503 N. meningitidis 100514 N. meningitidis 370601 N. meningitidis 100572 N. meningitidis 360624 N. meningitidis 421007 N. meningitidis 440501 N. meningitidis 340552 N. meningitidis 100530 N. meningitidis 321114 N. meningitidis 34173 N. meningitidis 311112 N. meningitidis 053442 N. meningitidis 100601 N. meningitidis Nm11003 N. meningitidis 341215 N. meningitidis 320501 N. meningitidis 220601 N. meningitidis 440902 N. meningitidis 130803 N. meningitidis 131148 N. meningitidis 420718 N. meningitidis 100603 N. meningitidis 330505 N. meningitidis Nm2732 N. meningitidis 81858 N. meningitidis 8013 N. meningitidis Nm10259 N. meningitidis Nm9418 N. meningitidis Nm6938 N. meningitidis 92045 N. meningitidis NM255 N. meningitidis 98002 N. meningitidis 2003051 N. meningitidis 73696 N. meningitidis NM134 N. meningitidis Nm8187 N. meningitidis Nm3127 N. meningitidis 2001001 N. meningitidis 2007461 N. meningitidis 2004032 N. meningitidis 992008 N. meningitidis alpha710 N. meningitidis OX99.30304 N. meningitidis NM151 N. meningitidis NZ­05/33 N. meningitidis DE9686 N. meningitidis DE9622 N. meningitidis DE9938 N. meningitidis M0579 N. meningitidis M01­240149 N. meningitidis M0579 N. meningitidis NM2657 N. meningitidis NM576 N. meningitidis NM2781 N. meningitidis NM140 N. meningitidis NM183 N. meningitidis Neisseria meningitidis CHUV N. meningitidis M13399 N. meningitidis M01­240013 N. meningitidis M04­240196 N. meningitidis 77221 N. meningitidis alpha14 N. meningitidis NM3001 N. meningitidis M01­240355 N. meningitidis 93003 N. meningitidis 93004 N. meningitidis NM3081 N. meningitidis 98008 N. meningitidis 80179 N. meningitidis ATCC 13091 N. meningitidis NM045 N. meningitidis NM2866 N. meningitidis NM003 N. meningitidis NM3139 N. meningitidis NM0552 N. meningitidis NM518 N. meningitidis NM3230 N. meningitidis 96037 N. meningitidis N1568 N. meningitidis 2002038 N. meningitidis 97021 N. meningitidis 2006087 N. meningitidis 97014 N. meningitidis 2008223 N. meningitidis 2005172 N. meningitidis NM220 N. meningitidis NM271 N. meningitidis NM115 N. meningitidis NM3144 N. meningitidis NM27 N. meningitidis NM3131 N. meningitidis NM3158 N. meningitidis NM3222 N. meningitidis NM3164 N. meningitidis Nm6756 N. meningitidis Nm8663 N. meningitidis NM27 N. meningitidis NM90 N. meningitidis NM233 N. meningitidis NS44 N. meningitidis NM80 N. meningitidis NM165 N. meningitidis NM51 N. meningitidis NM3042 N. meningitidis NM3223 N. meningitidis B6116/77 N. meningitidis G2136 N. meningitidis 98080 N. meningitidis 87255 N. meningitidis NMB N. meningitidis 961­5945 N. polysaccharea ATCC 43768 N. polysaccharea NS342 N. lactamica NS19 N. lactamica 020­06 N. lactamica Y92­1009 N. lactamica ATCC 23970 N. lactamica ATCC 23970 N. cinerea ATCC 14685 N. flavescens NRL30031/H210 N. sicca VK64 N. sicca ATCC 29256 N. meningitidis 433_NMEN N. meningitidis 1044_NMEN N. meningitidis 840_NMEN N. meningitidis 776_NMEN N. subflava NJ9703 N. meningitidis 1045_NMEN N. meningitidis 768_NMEN N. mucosa C6A N. lactamica 595_NLAC N. lactamica 583_NLAC N. lactamica 338.rep1_NLAC N. meningitidis 338.rep2_NMEN N. flavescens SK114 N. meningitidis 782_NMEN N. meningitidis 1210_NMEN N. mucosa C102 N. meningitidis 1279_NMEN N. elongata ATCC 29315 N. elongata ATCC 29315 N. sp. oral taxon 014 F0314 N. meningitidis 431_NMEN N. meningitidis 404_NMEN N. lactamica 919_NLAC N. meningitidis 313_NMEN N. meningitidis 379_NMEN N. meningitidis 378_NMEN N. sicca DS1 N. sp. GT4A_CT1 GT4A_CT1 N. macacae ATCC 33926 N. meningitidis 1273_NMEN N. sp. HMSC06F02 HMSC06F02 N. mucosa ATCC 25996 N. meningitidis 480_NMEN N. sicca 4320 N. sp. 83E34 83E34 N. sp. 74A18 74A18 N. wadsworthii 9715 N. sp. KH1503 KH1503 N. shayeganii 871 N. weaveri ATCC 51223 N. weaveri LMG 5135 N. meningitidis 491_NMEN N. sp. oral taxon 020 F0370 N. meningitidis 203_NMEN N. lactamica 914_NLAC N. bacilliformis ATCC BAA­1200 0.00 0.25 0.50 0.75 1.00 ANIm_percentage_identity
719 Neisseria spp. ANIm
719 Neisseria spp. ANIm • Almost all Neisseria align to over 50% of genome • Minor complex of possible misassign- ments/novel species N. gonorrhoeae SK708 N. gonorrhoeae MU_NG1 N. gonorrhoeae PID1 N. gonorrhoeae MIA_2011_03­09 N. gonorrhoeae PID18 N. gonorrhoeae DGI2 N. gonorrhoeae SK­93­1035 N. gonorrhoeae MS11 N. gonorrhoeae FA19 N. gonorrhoeae SK­92­679 N. gonorrhoeae PID332 N. gonorrhoeae SK33414 N. gonorrhoeae MS11 N. gonorrhoeae GCGS033 N. gonorrhoeae NCCP11945 N. gonorrhoeae MIA_2011_03­10 N. gonorrhoeae FA19 N. gonorrhoeae GCGS227 N. gonorrhoeae GCGS242 N. gonorrhoeae GCGS061 N. gonorrhoeae GCGS089 N. gonorrhoeae GCGS103 N. gonorrhoeae GCGS095 N. gonorrhoeae GCGS189 N. gonorrhoeae GCGS181 N. gonorrhoeae GCGS131 N. gonorrhoeae GCGS079 N. gonorrhoeae GCGS115 N. gonorrhoeae GCGS239 N. gonorrhoeae GCGS135 N. gonorrhoeae GCGS069 N. gonorrhoeae GCGS113 N. gonorrhoeae GCGS205 N. gonorrhoeae GCGS039 N. gonorrhoeae GCGS195 N. gonorrhoeae GCGS133 N. gonorrhoeae GCGS051 N. gonorrhoeae GCGS067 N. gonorrhoeae GCGS055 N. gonorrhoeae GCGS127 N. gonorrhoeae GCGS019 N. gonorrhoeae GCGS166 N. gonorrhoeae GCGS053 N. gonorrhoeae GCGS141 N. gonorrhoeae GCGS143 N. gonorrhoeae GCGS102 N. gonorrhoeae GCGS183 N. gonorrhoeae GCGS140 N. gonorrhoeae GCGS004 N. gonorrhoeae GCGS194 N. gonorrhoeae GCGS152 N. gonorrhoeae GCGS182 N. gonorrhoeae GCGS214 N. gonorrhoeae GCGS222 N. gonorrhoeae GCGS054 N. gonorrhoeae GCGS034 N. gonorrhoeae GCGS209 N. gonorrhoeae GCGS171 N. gonorrhoeae GCGS164 N. gonorrhoeae GCGS073 N. gonorrhoeae GCGS213 N. gonorrhoeae GCGS169 N. gonorrhoeae n01.08 N. gonorrhoeae GCGS173 N. gonorrhoeae GCGS071 N. gonorrhoeae GCGS080 N. gonorrhoeae GCGS170 N. gonorrhoeae GCGS056 N. gonorrhoeae GCGS036 N. gonorrhoeae GCGS177 N. gonorrhoeae GCGS190 N. gonorrhoeae GCGS052 N. gonorrhoeae GCGS234 N. gonorrhoeae GCGS240 N. gonorrhoeae GCGS236 N. gonorrhoeae FA19 N. gonorrhoeae GCGS203 N. gonorrhoeae GCGS153 N. gonorrhoeae GCGS197 N. gonorrhoeae GCGS200 N. gonorrhoeae GCGS175 N. gonorrhoeae GCGS167 N. gonorrhoeae GCGS201 N. gonorrhoeae GCGS022 N. gonorrhoeae GCGS108 N. gonorrhoeae GCGS122 N. gonorrhoeae GCGS196 N. gonorrhoeae GCGS070 N. gonorrhoeae GCGS238 N. gonorrhoeae ALB_2011_01­02 N. gonorrhoeae MU_NG5 N. gonorrhoeae GCGS078 N. gonorrhoeae GCGS221 N. gonorrhoeae GCGS011 N. gonorrhoeae GCGS206 N. gonorrhoeae GCGS116 N. gonorrhoeae GCGS211 N. gonorrhoeae GCGS217 N. gonorrhoeae GCGS106 N. gonorrhoeae GCGS191 N. gonorrhoeae GCGS100 N. gonorrhoeae GCGS026 N. gonorrhoeae GCGS232 N. gonorrhoeae GCGS023 N. gonorrhoeae GCGS042 N. gonorrhoeae GCGS148 N. gonorrhoeae GCGS006 N. gonorrhoeae GCGS132 N. gonorrhoeae GCGS094 N. gonorrhoeae GCGS130 N. gonorrhoeae GCGS084 N. gonorrhoeae GCGS118 N. gonorrhoeae GCGS198 N. gonorrhoeae GCGS060 N. gonorrhoeae GCGS228 N. gonorrhoeae GCGS202 N. gonorrhoeae GCGS018 N. gonorrhoeae GCGS176 N. gonorrhoeae GCGS038 N. gonorrhoeae GCGS009 N. gonorrhoeae GCGS062 N. gonorrhoeae GCGS010 N. gonorrhoeae GCGS074 N. gonorrhoeae GCGS096 N. gonorrhoeae GCGS174 N. gonorrhoeae GCGS120 N. gonorrhoeae GCGS224 N. gonorrhoeae GCGS204 N. gonorrhoeae GCGS020 N. gonorrhoeae GCGS235 N. gonorrhoeae GCGS137 N. gonorrhoeae GCGS003 N. gonorrhoeae GCGS068 N. gonorrhoeae GCGS007 N. gonorrhoeae GCGS091 N. gonorrhoeae GCGS220 N. gonorrhoeae GCGS104 N. gonorrhoeae GCGS037 N. gonorrhoeae GCGS187 N. gonorrhoeae GCGS017 N. gonorrhoeae GCGS241 N. gonorrhoeae GCGS125 N. gonorrhoeae GCGS107 N. gonorrhoeae GCGS157 N. gonorrhoeae GCGS049 N. gonorrhoeae GCGS027 N. gonorrhoeae GCGS233 N. gonorrhoeae GCGS151 N. gonorrhoeae GCGS059 N. gonorrhoeae GCGS123 N. gonorrhoeae GCGS147 N. gonorrhoeae GCGS076 N. gonorrhoeae GCGS129 N. gonorrhoeae GCGS001 N. gonorrhoeae GCGS057 N. gonorrhoeae GCGS035 N. gonorrhoeae GCGS155 N. gonorrhoeae GCGS030 N. gonorrhoeae GCGS185 N. gonorrhoeae GCGS160 N. gonorrhoeae GCGS165 N. gonorrhoeae GCGS159 N. gonorrhoeae GCGS085 N. gonorrhoeae GCGS087 N. gonorrhoeae GCGS109 N. gonorrhoeae GCGS066 N. gonorrhoeae GCGS031 N. gonorrhoeae GCGS163 N. gonorrhoeae GCGS139 N. gonorrhoeae GCGS029 N. gonorrhoeae GCGS065 N. gonorrhoeae GCGS025 N. gonorrhoeae GCGS045 N. gonorrhoeae GCGS231 N. gonorrhoeae GCGS077 N. gonorrhoeae GCGS075 N. gonorrhoeae GCGS145 N. gonorrhoeae GCGS119 N. gonorrhoeae GCGS237 N. gonorrhoeae GCGS117 N. gonorrhoeae GCGS097 N. gonorrhoeae GCGS005 N. gonorrhoeae GCGS048 N. gonorrhoeae GCGS028 N. gonorrhoeae GCGS124 N. gonorrhoeae GCGS178 N. gonorrhoeae GCGS105 N. gonorrhoeae GCGS101 N. gonorrhoeae GCGS229 N. gonorrhoeae GCGS114 N. gonorrhoeae GCGS046 N. gonorrhoeae GCGS047 N. gonorrhoeae GCGS063 N. gonorrhoeae GCGS088 N. gonorrhoeae GCGS041 N. gonorrhoeae GCGS043 N. gonorrhoeae FA6140 N. gonorrhoeae MU_NG18 N. gonorrhoeae DGI18 N. gonorrhoeae ATL_2011_01_05 N. gonorrhoeae ATL_2011_01_08 N. gonorrhoeae MU_NG26 N. gonorrhoeae ALB_2011_03_03 N. gonorrhoeae ATL_2011_01_03 N. gonorrhoeae MU_NG4 N. gonorrhoeae MU_NG21 N. gonorrhoeae ATL_2011_01_17 N. gonorrhoeae PID24­1 N. gonorrhoeae 1291 N. gonorrhoeae 35/02 N. gonorrhoeae i19.05 N. gonorrhoeae NYC_2011_05_07 N. gonorrhoeae MU_NG15 N. gonorrhoeae MU_NG14 N. gonorrhoeae MU_NG12 N. gonorrhoeae NG_869 N. gonorrhoeae CH811 N. gonorrhoeae e03.04 N. gonorrhoeae MU_NG19 N. gonorrhoeae ATL_2011_01­21 N. gonorrhoeae NOR_2011_03­06 N. gonorrhoeae NYC_2011_05_13 N. gonorrhoeae GC1­182 N. gonorrhoeae MU_NG23 N. gonorrhoeae MU_NG17 N. gonorrhoeae SK15454 N. gonorrhoeae MIA_2011_05­16 N. gonorrhoeae FA 1090 N. gonorrhoeae m07.05 N. gonorrhoeae SK22871 N. gonorrhoeae SK7461 N. gonorrhoeae MU_NG9 N. gonorrhoeae MIA_2011_02_02 N. gonorrhoeae ALB_2011_04_03 N. gonorrhoeae MU_NG6 N. gonorrhoeae SK1902 N. gonorrhoeae MIA_2011_05­10 N. gonorrhoeae GCGS142 N. gonorrhoeae SK29344 N. gonorrhoeae SK28355 N. gonorrhoeae SK17973 N. gonorrhoeae SK6987 N. gonorrhoeae SK16942 N. gonorrhoeae SK7842 N. gonorrhoeae SK12684 N. gonorrhoeae SK29471 N. gonorrhoeae GCGS210 N. gonorrhoeae GCGS212 N. gonorrhoeae GCGS040 N. gonorrhoeae SK39420 N. gonorrhoeae MU_NG8 N. gonorrhoeae MU_NG3 N. gonorrhoeae MU_NG20 N. gonorrhoeae SK8976 N. gonorrhoeae F62 N. gonorrhoeae SK32402 N. gonorrhoeae GCGS064 N. gonorrhoeae SK36809 N. gonorrhoeae GCGS184 N. gonorrhoeae GCGS082 N. gonorrhoeae GCGS024 N. gonorrhoeae ATL_2011_05­13 N. gonorrhoeae G2891 N. gonorrhoeae ATL_2011_05­08 N. gonorrhoeae MIA_2011_05­15 N. gonorrhoeae MU_NG25 N. gonorrhoeae GCGS050 N. gonorrhoeae SK23020 N. gonorrhoeae GCGS012 N. gonorrhoeae GCGS215 N. gonorrhoeae GCGS225 N. gonorrhoeae GCGS168 N. gonorrhoeae GCGS199 N. gonorrhoeae GCGS219 N. gonorrhoeae GCGS193 N. gonorrhoeae 09_10_003 N. gonorrhoeae ATL_2011_01­25 N. gonorrhoeae GCGS072 N. gonorrhoeae GCGS162 N. gonorrhoeae FA6140 N. gonorrhoeae 35/02 N. gonorrhoeae GCGS150 N. gonorrhoeae GCGS216 N. gonorrhoeae GCGS186 N. gonorrhoeae GCGS090 N. gonorrhoeae GCGS188 N. gonorrhoeae GCGS008 N. gonorrhoeae SK16259 N. gonorrhoeae SK14515 N. gonorrhoeae NG05 N. gonorrhoeae GCGS180 N. gonorrhoeae GCGS208 N. gonorrhoeae GCGS154 N. gonorrhoeae GCGS146 N. gonorrhoeae GCGS218 N. gonorrhoeae GCGS128 N. gonorrhoeae GCGS226 N. gonorrhoeae GCGS032 N. gonorrhoeae GCGS126 N. gonorrhoeae GCGS092 N. gonorrhoeae GCGS098 N. gonorrhoeae GCGS058 N. gonorrhoeae GCGS002 N. gonorrhoeae GCGS086 N. gonorrhoeae GCGS207 N. gonorrhoeae GCGS161 N. gonorrhoeae GCGS134 N. gonorrhoeae GCGS223 N. gonorrhoeae GCGS149 N. gonorrhoeae GCGS138 N. gonorrhoeae GCGS110 N. gonorrhoeae GCGS083 N. gonorrhoeae GCGS192 N. gonorrhoeae GCGS136 N. gonorrhoeae GCGS156 N. gonorrhoeae GCGS172 N. gonorrhoeae GCGS144 N. gonorrhoeae GCGS230 N. gonorrhoeae GCGS044 N. gonorrhoeae GCGS081 N. gonorrhoeae GCGS179 N. gonorrhoeae GCGS121 N. gonorrhoeae GCGS021 N. gonorrhoeae GCGS158 N. gonorrhoeae GCGS099 N. gonorrhoeae GCGS093 N. polysaccharea ATCC 43768 N. polysaccharea NS342 N. lactamica NS19 N. cinerea ATCC 14685 N. lactamica 020­06 N. lactamica ATCC 23970 N. lactamica ATCC 23970 N. lactamica Y92­1009 N. meningitidis NM233 N. meningitidis Nm11003 N. meningitidis K1207 N. meningitidis S0108 N. meningitidis NM2701 N. meningitidis NM2264 N. meningitidis NM1549 N. meningitidis NM1550 N. meningitidis NM1831 N. meningitidis NM1325 N. meningitidis NM1976 N. meningitidis NM2254 N. meningitidis NM2032 N. meningitidis NM2933 N. meningitidis NM2394 N. meningitidis NM1893 N. meningitidis NM2524 N. meningitidis NM1779 N. meningitidis NM1672 N. meningitidis NM1826 N. meningitidis NM1573 N. meningitidis NM3128 N. meningitidis NM2856 N. meningitidis NM2932 N. meningitidis NM1797 N. meningitidis NM1937 N. meningitidis NM1758 N. meningitidis NM2228 N. meningitidis NM2009 N. meningitidis NM1892 N. meningitidis NM1673 N. meningitidis NM2617 N. meningitidis NM1446 N. meningitidis NM2187 N. meningitidis NM2433 N. meningitidis NM1921 N. meningitidis NM1363 N. meningitidis NM2857 N. meningitidis NM1845 N. meningitidis NM2934 N. meningitidis NM2441 N. meningitidis NM2700 N. meningitidis NM2602 N. meningitidis NM2393 N. meningitidis NM1910 N. meningitidis NM1471 N. meningitidis NM1364 N. meningitidis NM1901 N. meningitidis NM2809 N. meningitidis NM1483 N. meningitidis NM1829 N. meningitidis NM2718 N. meningitidis NM1264 N. meningitidis NM2813 N. meningitidis NM2237 N. meningitidis NM2181 N. meningitidis NM1359 N. meningitidis NM1963 N. meningitidis NM2239 N. meningitidis NM1938 N. meningitidis NM1561 N. meningitidis NM1891 N. meningitidis NM2008 N. meningitidis NM2381 N. meningitidis NM1578 N. meningitidis NM2193 N. meningitidis NM2431 N. meningitidis NM1928 N. meningitidis NM2206 N. meningitidis NM1757 N. meningitidis NM2812 N. meningitidis NM2432 N. meningitidis NM2232 N. meningitidis NM2025 N. meningitidis NM2808 N. meningitidis NM1837 N. meningitidis NM2811 N. meningitidis NM2717 N. meningitidis NM1931 N. meningitidis NM2263 N. meningitidis NM2810 N. meningitidis NM2332 N. meningitidis NM1805 N. meningitidis NM1360 N. meningitidis NM2382 N. meningitidis NM1482 N. meningitidis NM2335 N. meningitidis NM1895 N. meningitidis NM2606 N. meningitidis NM2389 N. meningitidis NM1362 N. meningitidis NM1361 N. meningitidis NM2369 N. meningitidis NM1919 N. meningitidis NM2244 N. meningitidis NM3129 N. meningitidis NM2935 N. meningitidis NM1666 N. meningitidis NM2814 N. meningitidis NM2439 N. meningitidis NM2188 N. meningitidis NM1544 N. meningitidis 2000063 N. meningitidis 2004085 N. meningitidis NM3158 N. meningitidis Nm8663 N. meningitidis NM43 N. meningitidis 2001073 N. meningitidis NM1482 N. meningitidis 420718 N. meningitidis 131148 N. meningitidis 2001213 N. meningitidis NM95 N. meningitidis Nm9418 N. meningitidis Nm10259 N. meningitidis Nm6756 N. meningitidis 340552 N. meningitidis 440902 N. meningitidis M13265 N. meningitidis 360624 N. meningitidis Neisseria meningitidis CHUV N. meningitidis 100603 N. meningitidis 130803 N. meningitidis 330505 N. meningitidis 100514 N. meningitidis NM220 N. meningitidis NS44 N. meningitidis NM3680 N. meningitidis NM36 N. meningitidis NM3684 N. meningitidis Nm1140 N. meningitidis 992008 N. meningitidis NM3685 N. meningitidis NM3688 N. meningitidis 341215 N. meningitidis 100601 N. meningitidis NM3230 N. meningitidis S0108 N. meningitidis 2002004 N. meningitidis M0579 N. meningitidis NM1476 N. meningitidis NM2866 N. meningitidis NM3147 N. meningitidis NM3164 N. meningitidis 73696 N. meningitidis NM82 N. meningitidis 2000081 N. meningitidis M01­240355 N. meningitidis NM045 N. meningitidis NM0552 N. meningitidis 2002020 N. meningitidis 63023 N. meningitidis 2003051 N. meningitidis 96060 N. meningitidis 2007461 N. meningitidis NM271 N. meningitidis 81858 N. meningitidis alpha14 N. meningitidis ATCC 13091 N. meningitidis M04­240196 N. meningitidis H44/76 N. meningitidis NZ­05/33 N. meningitidis NM606 N. meningitidis 97018 N. meningitidis 64182 N. meningitidis 97027 N. meningitidis NM604 N. meningitidis 97008 N. meningitidis 70021 N. meningitidis 61106 N. meningitidis 70082 N. meningitidis 69100 N. meningitidis 2003022 N. meningitidis 75643 N. meningitidis 65012 N. meningitidis 94018 N. meningitidis 73704 N. meningitidis CU385 N. meningitidis NM2795 N. meningitidis M12611 N. meningitidis LNP27256 N. meningitidis DE9622 N. meningitidis NM2781 N. meningitidis 320501 N. meningitidis 100572 N. meningitidis 311112 N. meningitidis NMB N. meningitidis M1412 N. meningitidis NM140 N. meningitidis 80179 N. meningitidis DE9686 N. meningitidis 100530 N. meningitidis 320503 N. meningitidis 321114 N. meningitidis 220601 N. meningitidis 421007 N. meningitidis 370601 N. meningitidis H44/76 N. meningitidis 69155 N. meningitidis NM3223 N. meningitidis 2004032 N. meningitidis DE9938 N. meningitidis Nm3127 N. meningitidis 440501 N. meningitidis 34173 N. meningitidis Nm8187 N. meningitidis Nm2732 N. meningitidis alpha704 N. meningitidis Nm6938 N. meningitidis N. meningitidis NM003 N. meningitidis NM165 N. meningitidis NM51 N. meningitidis N. meningitidis NM133 N. meningitidis NM3141 N. meningitidis 96037 N. meningitidis NM151 N. meningitidis NM3042 N. meningitidis NM3222 N. meningitidis NM90 N. meningitidis NM1482 N. meningitidis NM3139 N. meningitidis 2008223 N. meningitidis NM27 N. meningitidis 2005172 N. meningitidis NM23 N. meningitidis NM94 N. meningitidis 2001068 N. meningitidis 2005079 N. meningitidis 2004264 N. meningitidis NM477 N. meningitidis NM35 N. meningitidis 2001001 N. meningitidis NM518 N. meningitidis B6116/77 N. meningitidis G2136 N. meningitidis M10208 N. meningitidis NM3686 N. meningitidis NM3682 N. meningitidis NM313 N. meningitidis NM115 N. meningitidis NM3173 N. meningitidis NM134 N. meningitidis 98002 N. meningitidis NM27 N. meningitidis NM80 N. meningitidis 2002030 N. meningitidis M01­240149 N. meningitidis LNP21362 N. meningitidis M7124 N. meningitidis FAM18 N. meningitidis NM3683 N. meningitidis 2000175 N. meningitidis 2005040 N. meningitidis NM1495 N. meningitidis NM32 N. meningitidis 2001072 N. meningitidis 75689 N. meningitidis NM607 N. meningitidis NM2033 N. meningitidis 96024 N. meningitidis 2003022 N. meningitidis 2002007 N. meningitidis 98005 N. meningitidis 2000080 N. meningitidis Z2491 N. meningitidis 69176 N. meningitidis NM3131 N. meningitidis NM3144 N. meningitidis 2001212 N. meningitidis 63049 N. meningitidis 61103 N. meningitidis 053442 N. meningitidis NM576 N. meningitidis NM2657 N. meningitidis NM3001 N. meningitidis 4119 N. meningitidis 92045 N. meningitidis L91543 N. meningitidis 93003 N. meningitidis NM183 N. meningitidis N1568 N. meningitidis M6190 N. meningitidis ES14902 N. meningitidis NM174 N. meningitidis 87255 N. meningitidis OX99.30304 N. meningitidis NM586 N. meningitidis 98080 N. meningitidis M7089 N. meningitidis NM255 N. meningitidis 510612 N. meningitidis WUE 2594 N. meningitidis 63006 N. meningitidis 68094 N. meningitidis 63041 N. meningitidis 97020 N. meningitidis NM3642 N. meningitidis 2004090 N. meningitidis 88050 N. meningitidis 96023 N. meningitidis 69166 N. meningitidis 70012 N. meningitidis NM3652 N. meningitidis 2007056 N. meningitidis 65014 N. meningitidis 961­5945 N. meningitidis MC58 N. meningitidis 93004 N. meningitidis 8013 N. meningitidis 12888 N. meningitidis NM3081 N. meningitidis NM418 N. meningitidis NM422 N. meningitidis M0579 N. meningitidis M01­240013 N. meningitidis alpha710 N. meningitidis 9506 N. meningitidis M13399 N. meningitidis NM3681 N. meningitidis NM3687 N. meningitidis 97014 N. meningitidis 69096 N. meningitidis 9757 N. meningitidis 97021 N. meningitidis 2006087 N. meningitidis M20599 N. meningitidis 77221 N. meningitidis M13255 N. meningitidis 98008 N. meningitidis NM762 N. meningitidis M7124 N. meningitidis NM126 N. meningitidis 70030 N. meningitidis 2002038 N. meningitidis 480_NMEN N. sp. HMSC06F02 HMSC06F02 N. sicca 4320 N. sicca DS1 N. mucosa ATCC 25996 N. meningitidis 782_NMEN N. flavescens SK114 N. mucosa C102 N. meningitidis 338.rep2_NMEN N. lactamica 338.rep1_NLAC N. mucosa C6A N. flavescens NRL30031/H210 N. sicca VK64 N. meningitidis 379_NMEN N. meningitidis 378_NMEN N. meningitidis 313_NMEN N. sp. oral taxon 014 F0314 N. subflava NJ9703 N. lactamica 595_NLAC N. lactamica 583_NLAC N. meningitidis 433_NMEN N. meningitidis 1045_NMEN N. meningitidis 1044_NMEN N. meningitidis 840_NMEN N. meningitidis 776_NMEN N. meningitidis 1210_NMEN N. meningitidis 768_NMEN N. sp. GT4A_CT1 GT4A_CT1 N. macacae ATCC 33926 N. sicca ATCC 29256 N. meningitidis 1273_NMEN N. lactamica 919_NLAC N. meningitidis 1279_NMEN N. meningitidis 431_NMEN N. meningitidis 404_NMEN N. elongata ATCC 29315 N. elongata ATCC 29315 N. sp. oral taxon 020 F0370 N. bacilliformis ATCC BAA­1200 N. lactamica 914_NLAC N. meningitidis 203_NMEN N. meningitidis 491_NMEN N. sp. 74A18 74A18 N. weaveri ATCC 51223 N. weaveri LMG 5135 N. sp. KH1503 KH1503 N. sp. 83E34 83E34 N. shayeganii 871 N. wadsworthii 9715 N. cinerea ATCC 14685 N. lactamica ATCC 23970 N. lactamica 020­06 N. lactamica ATCC 23970 N. lactamica Y92­1009 N. polysaccharea NS342 N. polysaccharea ATCC 43768 N. lactamica NS19 N. gonorrhoeae 09_10_003 N. gonorrhoeae SK7461 N. gonorrhoeae SK16259 N. gonorrhoeae SK14515 N. gonorrhoeae PID1 N. gonorrhoeae PID332 N. gonorrhoeae DGI2 N. gonorrhoeae MU_NG9 N. gonorrhoeae MU_NG1 N. gonorrhoeae MIA_2011_03­09 N. gonorrhoeae MIA_2011_02_02 N. gonorrhoeae ALB_2011_04_03 N. gonorrhoeae NYC_2011_05_07 N. gonorrhoeae MU_NG15 N. gonorrhoeae NYC_2011_05_13 N. gonorrhoeae PID18 N. gonorrhoeae GC1­182 N. gonorrhoeae MU_NG14 N. gonorrhoeae MU_NG12 N. gonorrhoeae MU_NG21 N. gonorrhoeae ATL_2011_01_17 N. gonorrhoeae ATL_2011_01_08 N. gonorrhoeae MU_NG26 N. gonorrhoeae 35/02 N. gonorrhoeae MU_NG23 N. gonorrhoeae MU_NG17 N. gonorrhoeae ALB_2011_03_03 N. gonorrhoeae ATL_2011_01_03 N. gonorrhoeae MU_NG4 N. gonorrhoeae MU_NG20 N. gonorrhoeae 1291 N. gonorrhoeae SK­92­679 N. gonorrhoeae MU_NG19 N. gonorrhoeae DGI18 N. gonorrhoeae FA6140 N. gonorrhoeae PID24­1 N. gonorrhoeae SK­93­1035 N. gonorrhoeae MU_NG8 N. gonorrhoeae MU_NG18 N. gonorrhoeae MU_NG3 N. gonorrhoeae ATL_2011_01_05 N. gonorrhoeae MS11 N. gonorrhoeae GCGS033 N. gonorrhoeae GCGS227 N. gonorrhoeae GCGS242 N. gonorrhoeae GCGS061 N. gonorrhoeae GCGS089 N. gonorrhoeae GCGS135 N. gonorrhoeae GCGS069 N. gonorrhoeae GCGS095 N. gonorrhoeae GCGS181 N. gonorrhoeae GCGS189 N. gonorrhoeae GCGS131 N. gonorrhoeae GCGS240 N. gonorrhoeae GCGS036 N. gonorrhoeae GCGS103 N. gonorrhoeae GCGS127 N. gonorrhoeae GCGS113 N. gonorrhoeae GCGS079 N. gonorrhoeae GCGS239 N. gonorrhoeae GCGS115 N. gonorrhoeae GCGS177 N. gonorrhoeae FA19 N. gonorrhoeae GCGS102 N. gonorrhoeae GCGS166 N. gonorrhoeae GCGS053 N. gonorrhoeae GCGS183 N. gonorrhoeae GCGS019 N. gonorrhoeae GCGS066 N. gonorrhoeae GCGS143 N. gonorrhoeae GCGS031 N. gonorrhoeae GCGS163 N. gonorrhoeae GCGS141 N. gonorrhoeae GCGS205 N. gonorrhoeae GCGS039 N. gonorrhoeae GCGS051 N. gonorrhoeae GCGS067 N. gonorrhoeae GCGS133 N. gonorrhoeae GCGS055 N. gonorrhoeae GCGS195 N. gonorrhoeae FA19 N. gonorrhoeae GCGS075 N. gonorrhoeae NCCP11945 N. gonorrhoeae GCGS028 N. gonorrhoeae GCGS124 N. gonorrhoeae GCGS237 N. gonorrhoeae GCGS097 N. gonorrhoeae GCGS005 N. gonorrhoeae GCGS117 N. gonorrhoeae GCGS119 N. gonorrhoeae GCGS241 N. gonorrhoeae GCGS145 N. gonorrhoeae GCGS048 N. gonorrhoeae GCGS087 N. gonorrhoeae GCGS085 N. gonorrhoeae GCGS160 N. gonorrhoeae GCGS165 N. gonorrhoeae GCGS159 N. gonorrhoeae GCGS129 N. gonorrhoeae GCGS001 N. gonorrhoeae GCGS027 N. gonorrhoeae GCGS107 N. gonorrhoeae GCGS157 N. gonorrhoeae GCGS109 N. gonorrhoeae GCGS125 N. gonorrhoeae GCGS049 N. gonorrhoeae GCGS151 N. gonorrhoeae GCGS233 N. gonorrhoeae GCGS035 N. gonorrhoeae GCGS059 N. gonorrhoeae GCGS155 N. gonorrhoeae GCGS076 N. gonorrhoeae GCGS057 N. gonorrhoeae GCGS123 N. gonorrhoeae GCGS147 N. gonorrhoeae GCGS209 N. gonorrhoeae GCGS171 N. gonorrhoeae GCGS164 N. gonorrhoeae GCGS054 N. gonorrhoeae n01.08 N. gonorrhoeae GCGS173 N. gonorrhoeae GCGS071 N. gonorrhoeae GCGS170 N. gonorrhoeae GCGS056 N. gonorrhoeae GCGS222 N. gonorrhoeae GCGS213 N. gonorrhoeae GCGS169 N. gonorrhoeae GCGS200 N. gonorrhoeae GCGS190 N. gonorrhoeae GCGS236 N. gonorrhoeae GCGS052 N. gonorrhoeae GCGS234 N. gonorrhoeae GCGS175 N. gonorrhoeae GCGS197 N. gonorrhoeae GCGS167 N. gonorrhoeae GCGS203 N. gonorrhoeae GCGS153 N. gonorrhoeae GCGS201 N. gonorrhoeae GCGS220 N. gonorrhoeae GCGS007 N. gonorrhoeae GCGS068 N. gonorrhoeae GCGS030 N. gonorrhoeae GCGS185 N. gonorrhoeae GCGS235 N. gonorrhoeae GCGS137 N. gonorrhoeae GCGS020 N. gonorrhoeae GCGS094 N. gonorrhoeae GCGS130 N. gonorrhoeae GCGS023 N. gonorrhoeae GCGS232 N. gonorrhoeae GCGS042 N. gonorrhoeae GCGS132 N. gonorrhoeae GCGS148 N. gonorrhoeae GCGS006 N. gonorrhoeae GCGS091 N. gonorrhoeae GCGS003 N. gonorrhoeae GCGS104 N. gonorrhoeae GCGS122 N. gonorrhoeae GCGS238 N. gonorrhoeae GCGS070 N. gonorrhoeae GCGS108 N. gonorrhoeae GCGS196 N. gonorrhoeae GCGS022 N. gonorrhoeae GCGS034 N. gonorrhoeae GCGS073 N. gonorrhoeae GCGS194 N. gonorrhoeae GCGS152 N. gonorrhoeae GCGS080 N. gonorrhoeae GCGS214 N. gonorrhoeae GCGS182 N. gonorrhoeae GCGS140 N. gonorrhoeae GCGS004 N. gonorrhoeae GCGS037 N. gonorrhoeae GCGS187 N. gonorrhoeae GCGS017 N. gonorrhoeae GCGS025 N. gonorrhoeae GCGS065 N. gonorrhoeae GCGS139 N. gonorrhoeae GCGS029 N. gonorrhoeae GCGS045 N. gonorrhoeae GCGS231 N. gonorrhoeae GCGS077 N. gonorrhoeae GCGS002 N. gonorrhoeae GCGS121 N. gonorrhoeae GCGS058 N. gonorrhoeae GCGS134 N. gonorrhoeae GCGS223 N. gonorrhoeae GCGS149 N. gonorrhoeae GCGS161 N. gonorrhoeae GCGS215 N. gonorrhoeae GCGS012 N. gonorrhoeae GCGS207 N. gonorrhoeae GCGS086 N. gonorrhoeae GCGS081 N. gonorrhoeae GCGS178 N. gonorrhoeae GCGS105 N. gonorrhoeae GCGS101 N. gonorrhoeae GCGS046 N. gonorrhoeae GCGS047 N. gonorrhoeae GCGS099 N. gonorrhoeae GCGS093 N. gonorrhoeae GCGS158 N. gonorrhoeae GCGS229 N. gonorrhoeae GCGS041 N. gonorrhoeae GCGS114 N. gonorrhoeae GCGS179 N. gonorrhoeae GCGS063 N. gonorrhoeae GCGS043 N. gonorrhoeae GCGS088 N. gonorrhoeae GCGS021 N. gonorrhoeae GCGS142 N. gonorrhoeae GCGS092 N. gonorrhoeae GCGS098 N. gonorrhoeae GCGS032 N. gonorrhoeae F62 N. gonorrhoeae GCGS126 N. gonorrhoeae MIA_2011_05­10 N. gonorrhoeae GCGS210 N. gonorrhoeae GCGS040 N. gonorrhoeae GCGS226 N. gonorrhoeae GCGS212 N. gonorrhoeae GCGS128 N. gonorrhoeae ALB_2011_01­02 N. gonorrhoeae GCGS072 N. gonorrhoeae MU_NG5 N. gonorrhoeae GCGS162 N. gonorrhoeae GCGS206 N. gonorrhoeae GCGS116 N. gonorrhoeae GCGS191 N. gonorrhoeae GCGS217 N. gonorrhoeae GCGS100 N. gonorrhoeae GCGS026 N. gonorrhoeae GCGS221 N. gonorrhoeae GCGS106 N. gonorrhoeae GCGS211 N. gonorrhoeae GCGS078 N. gonorrhoeae GCGS011 N. gonorrhoeae 35/02 N. gonorrhoeae FA6140 N. gonorrhoeae GCGS184 N. gonorrhoeae GCGS110 N. gonorrhoeae GCGS082 N. gonorrhoeae G2891 N. gonorrhoeae GCGS050 N. gonorrhoeae GCGS225 N. gonorrhoeae GCGS219 N. gonorrhoeae GCGS199 N. gonorrhoeae GCGS168 N. gonorrhoeae GCGS150 N. gonorrhoeae GCGS193 N. gonorrhoeae ATL_2011_01­25 N. gonorrhoeae SK36809 N. gonorrhoeae SK32402 N. gonorrhoeae GCGS224 N. gonorrhoeae GCGS204 N. gonorrhoeae GCGS174 N. gonorrhoeae GCGS120 N. gonorrhoeae i19.05 N. gonorrhoeae GCGS064 N. gonorrhoeae GCGS138 N. gonorrhoeae GCGS156 N. gonorrhoeae GCGS136 N. gonorrhoeae GCGS192 N. gonorrhoeae GCGS230 N. gonorrhoeae GCGS144 N. gonorrhoeae GCGS172 N. gonorrhoeae GCGS083 N. gonorrhoeae SK39420 N. gonorrhoeae e03.04 N. gonorrhoeae GCGS218 N. gonorrhoeae GCGS024 N. gonorrhoeae GCGS044 N. gonorrhoeae SK23020 N. gonorrhoeae MU_NG25 N. gonorrhoeae ATL_2011_05­08 N. gonorrhoeae MIA_2011_05­15 N. gonorrhoeae SK33414 N. gonorrhoeae GCGS154 N. gonorrhoeae GCGS146 N. gonorrhoeae GCGS096 N. gonorrhoeae GCGS060 N. gonorrhoeae GCGS228 N. gonorrhoeae GCGS202 N. gonorrhoeae GCGS188 N. gonorrhoeae GCGS216 N. gonorrhoeae GCGS176 N. gonorrhoeae GCGS018 N. gonorrhoeae GCGS186 N. gonorrhoeae GCGS090 N. gonorrhoeae GCGS118 N. gonorrhoeae GCGS198 N. gonorrhoeae GCGS008 N. gonorrhoeae GCGS084 N. gonorrhoeae SK22871 N. gonorrhoeae GCGS010 N. gonorrhoeae GCGS074 N. gonorrhoeae GCGS208 N. gonorrhoeae NG05 N. gonorrhoeae GCGS180 N. gonorrhoeae GCGS062 N. gonorrhoeae GCGS009 N. gonorrhoeae GCGS038 N. gonorrhoeae SK7842 N. gonorrhoeae NOR_2011_03­06 N. gonorrhoeae ATL_2011_01­21 N. gonorrhoeae SK29471 N. gonorrhoeae SK29344 N. gonorrhoeae SK6987 N. gonorrhoeae SK8976 N. gonorrhoeae SK12684 N. gonorrhoeae MS11 N. gonorrhoeae FA19 N. gonorrhoeae SK16942 N. gonorrhoeae SK28355 N. gonorrhoeae SK17973 N. gonorrhoeae CH811 N. gonorrhoeae NG_869 N. gonorrhoeae ATL_2011_05­13 N. gonorrhoeae SK708 N. gonorrhoeae MIA_2011_05­16 N. gonorrhoeae SK1902 N. gonorrhoeae MU_NG6 N. gonorrhoeae SK15454 N. gonorrhoeae MIA_2011_03­10 N. gonorrhoeae FA 1090 N. gonorrhoeae m07.05 N. meningitidis 98008 N. meningitidis 93004 N. meningitidis NM3081 N. meningitidis 70012 N. meningitidis 61106 N. meningitidis M12611 N. meningitidis NM576 N. meningitidis CU385 N. meningitidis NM2657 N. meningitidis 96023 N. meningitidis 63049 N. meningitidis 2007056 N. meningitidis 69166 N. meningitidis 61103 N. meningitidis 2001212 N. meningitidis 70030 N. meningitidis WUE 2594 N. meningitidis NM3652 N. meningitidis 65014 N. meningitidis 2004090 N. meningitidis NM3642 N. meningitidis 68094 N. meningitidis 69096 N. meningitidis 63006 N. meningitidis 97020 N. meningitidis 63041 N. meningitidis 88050 N. meningitidis NM126 N. meningitidis 97014 N. meningitidis 12888 N. meningitidis NM418 N. meningitidis 8013 N. meningitidis M13255 N. meningitidis M20599 N. meningitidis 77221 N. meningitidis 9757 N. meningitidis 2002038 N. meningitidis NM255 N. meningitidis NM422 N. meningitidis 92045 N. meningitidis NM586 N. meningitidis M01­240013 N. meningitidis 4119 N. meningitidis NM2244 N. meningitidis NM1919 N. meningitidis NM2935 N. meningitidis NM2369 N. meningitidis NM1362 N. meningitidis NM1361 N. meningitidis NM3129 N. meningitidis NM2335 N. meningitidis NM1895 N. meningitidis NM1482 N. meningitidis NM1891 N. meningitidis NM1561 N. meningitidis NM2382 N. meningitidis NM1666 N. meningitidis NM2814 N. meningitidis NM1931 N. meningitidis NM1360 N. meningitidis NM2813 N. meningitidis NM2181 N. meningitidis NM1359 N. meningitidis NM2008 N. meningitidis NM1938 N. meningitidis NM1963 N. meningitidis NM2808 N. meningitidis NM2237 N. meningitidis NM2381 N. meningitidis NM2431 N. meningitidis NM2232 N. meningitidis NM2025 N. meningitidis NM2812 N. meningitidis NM2193 N. meningitidis NM1928 N. meningitidis NM2206 N. meningitidis NM1757 N. meningitidis NM1264 N. meningitidis NM2239 N. meningitidis NM2432 N. meningitidis NM2718 N. meningitidis NM1578 N. meningitidis NM2811 N. meningitidis NM1544 N. meningitidis NM2439 N. meningitidis NM2188 N. meningitidis NM2606 N. meningitidis NM2389 N. meningitidis NM2932 N. meningitidis NM2433 N. meningitidis NM1921 N. meningitidis NM1837 N. meningitidis NM2717 N. meningitidis NM2700 N. meningitidis NM2441 N. meningitidis NM2810 N. meningitidis NM2263 N. meningitidis NM2332 N. meningitidis NM233 N. meningitidis Nm11003 N. meningitidis K1207 N. meningitidis S0108 N. meningitidis NM80 N. meningitidis alpha704 N. meningitidis alpha14 N. meningitidis NM220 N. meningitidis NS44 N. meningitidis 100514 N. meningitidis NM2933 N. meningitidis NM1779 N. meningitidis NM1910 N. meningitidis NM1364 N. meningitidis NM1901 N. meningitidis NM1471 N. meningitidis NM2524 N. meningitidis NM2394 N. meningitidis NM1672 N. meningitidis NM1826 N. meningitidis NM1573 N. meningitidis NM1893 N. meningitidis NM1325 N. meningitidis NM2701 N. meningitidis NM1976 N. meningitidis NM1550 N. meningitidis NM1758 N. meningitidis NM2009 N. meningitidis NM1892 N. meningitidis NM2602 N. meningitidis NM2857 N. meningitidis NM1363 N. meningitidis NM2393 N. meningitidis NM1845 N. meningitidis NM1446 N. meningitidis NM2264 N. meningitidis NM2187 N. meningitidis NM2617 N. meningitidis NM2856 N. meningitidis NM2228 N. meningitidis NM2934 N. meningitidis NM1805 N. meningitidis NM3128 N. meningitidis NM1937 N. meningitidis NM1797 N. meningitidis NM1549 N. meningitidis NM1673 N. meningitidis NM2032 N. meningitidis NM1831 N. meningitidis NM2254 N. meningitidis Nm1140 N. meningitidis ATCC 13091 N. meningitidis 341215 N. meningitidis S0108 N. meningitidis 34173 N. meningitidis Nm8663 N. meningitidis NM36 N. meningitidis NM3684 N. meningitidis NM3688 N. meningitidis 992008 N. meningitidis NM3685 N. meningitidis 100603 N. meningitidis 130803 N. meningitidis 330505 N. meningitidis NM3680 N. meningitidis 360624 N. meningitidis 131148 N. meningitidis 440902 N. meningitidis 420718 N. meningitidis 340552 N. meningitidis 100601 N. meningitidis Nm10259 N. meningitidis Nm6756 N. meningitidis NM1483 N. meningitidis NM1829 N. meningitidis NM51 N. meningitidis 73704 N. meningitidis NM165 N. meningitidis NM3131 N. meningitidis 2005079 N. meningitidis M10208 N. meningitidis M04­240196 N. meningitidis H44/76 N. meningitidis N. meningitidis B6116/77 N. meningitidis G2136 N. meningitidis NM003 N. meningitidis NM3223 N. meningitidis 2004032 N. meningitidis 220601 N. meningitidis 100530 N. meningitidis Nm6938 N. meningitidis 321114 N. meningitidis 421007 N. meningitidis Z2491 N. meningitidis 440501 N. meningitidis Nm8187 N. meningitidis Nm9418 N. meningitidis 320503 N. meningitidis Nm3127 N. meningitidis NM2809 N. meningitidis 2004085 N. meningitidis 2000063 N. meningitidis 64182 N. meningitidis 69155 N. meningitidis 70021 N. meningitidis 97027 N. meningitidis NM3141 N. meningitidis 96037 N. meningitidis NM151 N. meningitidis NM477 N. meningitidis NM90 N. meningitidis NM3230 N. meningitidis NM95 N. meningitidis NM133 N. meningitidis NM43 N. meningitidis 2001073 N. meningitidis NM3158 N. meningitidis M13265 N. meningitidis Neisseria meningitidis CHUV N. meningitidis Nm2732 N. meningitidis NM23 N. meningitidis NM1482 N. meningitidis NM3139 N. meningitidis 81858 N. meningitidis DE9938 N. meningitidis N. meningitidis 2001213 N. meningitidis NM1482 N. meningitidis 053442 N. meningitidis NM762 N. meningitidis M7124 N. meningitidis MC58 N. meningitidis alpha710 N. meningitidis M0579 N. meningitidis NM183 N. meningitidis 97021 N. meningitidis 2006087 N. meningitidis NM3001 N. meningitidis 961­5945 N. meningitidis N1568 N. meningitidis NM174 N. meningitidis ES14902 N. meningitidis 93003 N. meningitidis 9506 N. meningitidis M13399 N. meningitidis M6190 N. meningitidis M7089 N. meningitidis 98080 N. meningitidis 2004264 N. meningitidis 2001068 N. meningitidis NM518 N. meningitidis 2001001 N. meningitidis NM35 N. meningitidis NM3042 N. meningitidis NM3222 N. meningitidis NM27 N. meningitidis NM94 N. meningitidis 2008223 N. meningitidis 2005172 N. meningitidis NM604 N. meningitidis 97008 N. meningitidis 65012 N. meningitidis 70082 N. meningitidis 69100 N. meningitidis 69176 N. meningitidis 94018 N. meningitidis NM606 N. meningitidis 97018 N. meningitidis DE9686 N. meningitidis DE9622 N. meningitidis H44/76 N. meningitidis 370601 N. meningitidis 100572 N. meningitidis 311112 N. meningitidis 320501 N. meningitidis NM045 N. meningitidis NM2795 N. meningitidis NMB N. meningitidis M1412 N. meningitidis 2000175 N. meningitidis M7124 N. meningitidis FAM18 N. meningitidis NM3683 N. meningitidis NM82 N. meningitidis NM32 N. meningitidis NM2781 N. meningitidis 80179 N. meningitidis LNP27256 N. meningitidis OX99.30304 N. meningitidis NM3681 N. meningitidis NM3687 N. meningitidis L91543 N. meningitidis M01­240149 N. meningitidis M01­240355 N. meningitidis NM140 N. meningitidis 87255 N. meningitidis 2002004 N. meningitidis NM1476 N. meningitidis 2000081 N. meningitidis 2007461 N. meningitidis NM271 N. meningitidis NM3164 N. meningitidis NM2866 N. meningitidis NM3147 N. meningitidis 2003051 N. meningitidis NM3144 N. meningitidis NM115 N. meningitidis 2002020 N. meningitidis LNP21362 N. meningitidis NM313 N. meningitidis 2001072 N. meningitidis 2005040 N. meningitidis NM1495 N. meningitidis NZ­05/33 N. meningitidis NM3686 N. meningitidis NM3682 N. meningitidis NM27 N. meningitidis NM134 N. meningitidis NM3173 N. meningitidis 2002030 N. meningitidis 73696 N. meningitidis M0579 N. meningitidis 96060 N. meningitidis 98002 N. meningitidis NM0552 N. meningitidis 2002007 N. meningitidis 63023 N. meningitidis 2000080 N. meningitidis 510612 N. meningitidis 75689 N. meningitidis NM607 N. meningitidis 96024 N. meningitidis 2003022 N. meningitidis 98005 N. meningitidis NM2033 N. meningitidis 2003022 N. meningitidis 75643 N. mucosa ATCC 25996 N. sicca 4320 N. meningitidis 480_NMEN N. sicca DS1 N. sicca ATCC 29256 N. meningitidis 1273_NMEN N. lactamica 919_NLAC N. meningitidis 378_NMEN N. meningitidis 313_NMEN N. macacae ATCC 33926 N. sp. GT4A_CT1 GT4A_CT1 N. sicca VK64 N. meningitidis 379_NMEN N. sp. HMSC06F02 HMSC06F02 N. flavescens NRL30031/H210 N. sp. oral taxon 014 F0314 N. meningitidis 776_NMEN N. lactamica 595_NLAC N. lactamica 583_NLAC N. meningitidis 1045_NMEN N. meningitidis 840_NMEN N. meningitidis 1044_NMEN N. subflava NJ9703 N. meningitidis 1210_NMEN N. meningitidis 782_NMEN N. mucosa C6A N. meningitidis 433_NMEN N. flavescens SK114 N. mucosa C102 N. meningitidis 338.rep2_NMEN N. lactamica 338.rep1_NLAC N. meningitidis 768_NMEN N. sp. KH1503 KH1503 N. sp. 83E34 83E34 N. shayeganii 871 N. wadsworthii 9715 N. meningitidis 491_NMEN N. weaveri ATCC 51223 N. weaveri LMG 5135 N. meningitidis 1279_NMEN N. meningitidis 431_NMEN N. meningitidis 404_NMEN N. elongata ATCC 29315 N. elongata ATCC 29315 N. sp. 74A18 74A18 N. sp. oral taxon 020 F0370 N. meningitidis 203_NMEN N. lactamica 914_NLAC N. bacilliformis ATCC BAA­1200 0.00 0.25 0.50 0.75 1.00 ANIm_alignment_coverage
719 Neisseria spp. ANIm
Table of Contents Introduction The Insidious Dickeya Menace qPCR Primer Design From Whole Genomes Classification Classification is Critical Whole-Genome Classification Soft-Rot Enterobacteria A Tangled Taxonomy The Cracks Are Showing. . . Conclusion Final Thoughts Without Whom. . . If you’re interested. . . Hidden diversity: pre-publication
Final thoughts • Diagnostics and large-scale analyses require accurate taxonomic classification • Historical collections/public databases have inaccuracies • Bacterial taxonomy can be messy! • Whole-genome classification with ANI works • Retrospective sequencing and classification: clean things up • Misclassification and hidden diversity may be difficult news for metagenomics • Accurate MinION classification in-the-field is possible?
Recent papera a Pritchard et al. (2015) Anal. Methods doi:10.1039/c5ay02550h
pyani softwarea a http://widdowquinn.github.io/pyani • Python ANI module • Active development • Preprint coming soon (with simulated genomes and lots of bacterial taxonomy!)
Acknowledgements James Hutton Institute Emma Campbell Peter Cock Nicola Holden Ashleigh Holmes Sonia Humphris Peter Thorpe Ian Toth NUI Galway Florence Abram Fiona Brennan University of Aberdeen Ken Forbes Norval Strachan Fera Valerie Bertrand John Elphinstone Rachel Glover Neil Parkinson University of M¨unster Martina Bielaszewska Helge Karch SASA Gerry Saddler GitHub Benjamin Leopold Michael Robeson

Recomendados

BM405 Lecture Slides 21/11/2014 University of Strathclyde
BM405 Lecture Slides 21/11/2014 University of StrathclydeBM405 Lecture Slides 21/11/2014 University of Strathclyde
BM405 Lecture Slides 21/11/2014 University of Strathclyde
Leighton Pritchard
 
Pathogen Genome Data
Pathogen Genome DataPathogen Genome Data
Pathogen Genome Data
Leighton Pritchard
 
RDVW Hands-on session: Python
RDVW Hands-on session: PythonRDVW Hands-on session: Python
RDVW Hands-on session: Python
Leighton Pritchard
 
EU PathoNGenTraceConsortium:cgMLST Evolvement and Challenges for Harmonization
EU PathoNGenTraceConsortium:cgMLST Evolvement and Challenges for HarmonizationEU PathoNGenTraceConsortium:cgMLST Evolvement and Challenges for Harmonization
EU PathoNGenTraceConsortium:cgMLST Evolvement and Challenges for Harmonization
European Centre for Disease Prevention and Control (ECDC)
 
In a Different Class?
In a Different Class?In a Different Class?
In a Different Class?
Leighton Pritchard
 
Next Generation Sequencing for Identification and Subtyping of Foodborne Pat...
Next Generation Sequencing for Identification and Subtyping of Foodborne Pat...Next Generation Sequencing for Identification and Subtyping of Foodborne Pat...
Next Generation Sequencing for Identification and Subtyping of Foodborne Pat...
nist-spin
 
EVE161: Microbial Phylogenomics - Class 2 - Evolution of DNA Sequencing
EVE161: Microbial Phylogenomics - Class 2 - Evolution of DNA SequencingEVE161: Microbial Phylogenomics - Class 2 - Evolution of DNA Sequencing
EVE161: Microbial Phylogenomics - Class 2 - Evolution of DNA Sequencing
Jonathan Eisen
 
Introduction to Metagenomics Data Analysis - UEB-VHIR - 2013
Introduction to Metagenomics Data Analysis - UEB-VHIR - 2013Introduction to Metagenomics Data Analysis - UEB-VHIR - 2013
Introduction to Metagenomics Data Analysis - UEB-VHIR - 2013
VHIR Vall d’Hebron Institut de Recerca
 

Recomendados

BM405 Lecture Slides 21/11/2014 University of Strathclyde
BM405 Lecture Slides 21/11/2014 University of StrathclydeBM405 Lecture Slides 21/11/2014 University of Strathclyde
BM405 Lecture Slides 21/11/2014 University of Strathclyde
Leighton Pritchard
 
Pathogen Genome Data
Pathogen Genome DataPathogen Genome Data
Pathogen Genome Data
Leighton Pritchard
 
RDVW Hands-on session: Python
RDVW Hands-on session: PythonRDVW Hands-on session: Python
RDVW Hands-on session: Python
Leighton Pritchard
 
EU PathoNGenTraceConsortium:cgMLST Evolvement and Challenges for Harmonization
EU PathoNGenTraceConsortium:cgMLST Evolvement and Challenges for HarmonizationEU PathoNGenTraceConsortium:cgMLST Evolvement and Challenges for Harmonization
EU PathoNGenTraceConsortium:cgMLST Evolvement and Challenges for Harmonization
European Centre for Disease Prevention and Control (ECDC)
 
In a Different Class?
In a Different Class?In a Different Class?
In a Different Class?
Leighton Pritchard
 
Next Generation Sequencing for Identification and Subtyping of Foodborne Pat...
Next Generation Sequencing for Identification and Subtyping of Foodborne Pat...Next Generation Sequencing for Identification and Subtyping of Foodborne Pat...
Next Generation Sequencing for Identification and Subtyping of Foodborne Pat...
nist-spin
 
EVE161: Microbial Phylogenomics - Class 2 - Evolution of DNA Sequencing
EVE161: Microbial Phylogenomics - Class 2 - Evolution of DNA SequencingEVE161: Microbial Phylogenomics - Class 2 - Evolution of DNA Sequencing
EVE161: Microbial Phylogenomics - Class 2 - Evolution of DNA Sequencing
Jonathan Eisen
 
Introduction to Metagenomics Data Analysis - UEB-VHIR - 2013
Introduction to Metagenomics Data Analysis - UEB-VHIR - 2013Introduction to Metagenomics Data Analysis - UEB-VHIR - 2013
Introduction to Metagenomics Data Analysis - UEB-VHIR - 2013
VHIR Vall d’Hebron Institut de Recerca
 
Next Generation Sequencing Informatics - Challenges and Opportunities
Next Generation Sequencing Informatics - Challenges and OpportunitiesNext Generation Sequencing Informatics - Challenges and Opportunities
Next Generation Sequencing Informatics - Challenges and Opportunities
Chung-Tsai Su
 
Centre of innovation, Agricultural College and Research Institute,Madurai
Centre of innovation, Agricultural College and Research Institute,MaduraiCentre of innovation, Agricultural College and Research Institute,Madurai
Centre of innovation, Agricultural College and Research Institute,Madurai
Senthil Natesan
 
rheumatoid arthritis
rheumatoid arthritisrheumatoid arthritis
rheumatoid arthritis
Ankit Bhardwaj
 
Metagenomics and it’s applications
Metagenomics and it’s applicationsMetagenomics and it’s applications
Metagenomics and it’s applications
Sham Sadiq
 
Use of DNA barcoding and its role in the plant species/varietal Identifica...
Use of DNA barcoding and its role in the plant species/varietal Identifica...Use of DNA barcoding and its role in the plant species/varietal Identifica...
Use of DNA barcoding and its role in the plant species/varietal Identifica...
Senthil Natesan
 
Metagenomic analysis
Metagenomic analysisMetagenomic analysis
Metagenomic analysis
Animesh Kumar
 
Microbial Metagenomics Drives a New Cyberinfrastructure
Microbial Metagenomics Drives a New CyberinfrastructureMicrobial Metagenomics Drives a New Cyberinfrastructure
Microbial Metagenomics Drives a New Cyberinfrastructure
Larry Smarr
 
Big data nebraska
Big data nebraskaBig data nebraska
Big data nebraska
Adina Chuang Howe
 
10.1.1.80.2149
10.1.1.80.214910.1.1.80.2149
10.1.1.80.2149
vantinhkhuc
 
Data analytics challenges in genomics
Data analytics challenges in genomicsData analytics challenges in genomics
Data analytics challenges in genomics
mikaelhuss
 
Bhojeshwari sahu
Bhojeshwari sahuBhojeshwari sahu
Bhojeshwari sahu
Dr. S.S. Shaw
 
Molecular pathology in microbiology and metagenomics
Molecular pathology in microbiology and metagenomicsMolecular pathology in microbiology and metagenomics
Molecular pathology in microbiology and metagenomics
CharithRanatunga
 
Metagenomics sequencing
Metagenomics sequencingMetagenomics sequencing
Metagenomics sequencing
cdgenomics525
 
Bioinformatics workshop presentation
Bioinformatics workshop presentationBioinformatics workshop presentation
Bioinformatics workshop presentation
SKUAST-Kashmir
 
Viral Metagenomics (CABBIO 20150629 Buenos Aires)
Viral Metagenomics (CABBIO 20150629 Buenos Aires)Viral Metagenomics (CABBIO 20150629 Buenos Aires)
Viral Metagenomics (CABBIO 20150629 Buenos Aires)
bedutilh
 
OKC Grand Rounds 2009
OKC Grand Rounds 2009OKC Grand Rounds 2009
OKC Grand Rounds 2009
Sean Davis
 
Poster (Final)
Poster (Final) Poster (Final)
Poster (Final)
Sophie Friedheim
 
Cross-Kingdom Standards in Genomics, Epigenomics and Metagenomics
Cross-Kingdom Standards in Genomics, Epigenomics and Metagenomics Cross-Kingdom Standards in Genomics, Epigenomics and Metagenomics
Cross-Kingdom Standards in Genomics, Epigenomics and Metagenomics
Christopher Mason
 
[2013.12.02] Mads Albertsen: Extracting Genomes from Metagenomes
[2013.12.02] Mads Albertsen: Extracting Genomes from Metagenomes[2013.12.02] Mads Albertsen: Extracting Genomes from Metagenomes
[2013.12.02] Mads Albertsen: Extracting Genomes from Metagenomes
Mads Albertsen
 
[2013.09.27] extracting genomes from metagenomes
[2013.09.27] extracting genomes from metagenomes[2013.09.27] extracting genomes from metagenomes
[2013.09.27] extracting genomes from metagenomes
Mads Albertsen
 
Little Rotters: Adventures With Plant-Pathogenic Bacteria
Little Rotters: Adventures With Plant-Pathogenic BacteriaLittle Rotters: Adventures With Plant-Pathogenic Bacteria
Little Rotters: Adventures With Plant-Pathogenic Bacteria
Leighton Pritchard
 
Rapid generation of E.coli O104:H4 PCR diagnostics
Rapid generation of E.coli O104:H4 PCR diagnosticsRapid generation of E.coli O104:H4 PCR diagnostics
Rapid generation of E.coli O104:H4 PCR diagnostics
Leighton Pritchard
 

Mais conteúdo relacionado

Mais procurados

Use of DNA barcoding and its role in the plant species/varietal Identifica...
Use of DNA barcoding and its role in the plant species/varietal Identifica...Use of DNA barcoding and its role in the plant species/varietal Identifica...
Use of DNA barcoding and its role in the plant species/varietal Identifica...
Senthil Natesan
 
OKC Grand Rounds 2009
OKC Grand Rounds 2009OKC Grand Rounds 2009
OKC Grand Rounds 2009
Sean Davis
 
Cross-Kingdom Standards in Genomics, Epigenomics and Metagenomics
Cross-Kingdom Standards in Genomics, Epigenomics and Metagenomics Cross-Kingdom Standards in Genomics, Epigenomics and Metagenomics
Cross-Kingdom Standards in Genomics, Epigenomics and Metagenomics
Christopher Mason
 
[2013.09.27] extracting genomes from metagenomes
[2013.09.27] extracting genomes from metagenomes[2013.09.27] extracting genomes from metagenomes
[2013.09.27] extracting genomes from metagenomes
Mads Albertsen
 

Mais procurados (20)

Next Generation Sequencing Informatics - Challenges and Opportunities
Next Generation Sequencing Informatics - Challenges and OpportunitiesNext Generation Sequencing Informatics - Challenges and Opportunities
Next Generation Sequencing Informatics - Challenges and Opportunities
 
Centre of innovation, Agricultural College and Research Institute,Madurai
Centre of innovation, Agricultural College and Research Institute,MaduraiCentre of innovation, Agricultural College and Research Institute,Madurai
Centre of innovation, Agricultural College and Research Institute,Madurai
 
rheumatoid arthritis
rheumatoid arthritisrheumatoid arthritis
rheumatoid arthritis
 
Metagenomics and it’s applications
Metagenomics and it’s applicationsMetagenomics and it’s applications
Metagenomics and it’s applications
 
Use of DNA barcoding and its role in the plant species/varietal Identifica...
Use of DNA barcoding and its role in the plant species/varietal Identifica...Use of DNA barcoding and its role in the plant species/varietal Identifica...
Use of DNA barcoding and its role in the plant species/varietal Identifica...
 
Metagenomic analysis
Metagenomic analysisMetagenomic analysis
Metagenomic analysis
 
Microbial Metagenomics Drives a New Cyberinfrastructure
Microbial Metagenomics Drives a New CyberinfrastructureMicrobial Metagenomics Drives a New Cyberinfrastructure
Microbial Metagenomics Drives a New Cyberinfrastructure
 
Big data nebraska
Big data nebraskaBig data nebraska
Big data nebraska
 
10.1.1.80.2149
10.1.1.80.214910.1.1.80.2149
10.1.1.80.2149
 
Data analytics challenges in genomics
Data analytics challenges in genomicsData analytics challenges in genomics
Data analytics challenges in genomics
 
Bhojeshwari sahu
Bhojeshwari sahuBhojeshwari sahu
Bhojeshwari sahu
 
Molecular pathology in microbiology and metagenomics
Molecular pathology in microbiology and metagenomicsMolecular pathology in microbiology and metagenomics
Molecular pathology in microbiology and metagenomics
 
Metagenomics sequencing
Metagenomics sequencingMetagenomics sequencing
Metagenomics sequencing
 
Bioinformatics workshop presentation
Bioinformatics workshop presentationBioinformatics workshop presentation
Bioinformatics workshop presentation
 
Viral Metagenomics (CABBIO 20150629 Buenos Aires)
Viral Metagenomics (CABBIO 20150629 Buenos Aires)Viral Metagenomics (CABBIO 20150629 Buenos Aires)
Viral Metagenomics (CABBIO 20150629 Buenos Aires)
 
OKC Grand Rounds 2009
OKC Grand Rounds 2009OKC Grand Rounds 2009
OKC Grand Rounds 2009
 
Poster (Final)
Poster (Final) Poster (Final)
Poster (Final)
 
Cross-Kingdom Standards in Genomics, Epigenomics and Metagenomics
Cross-Kingdom Standards in Genomics, Epigenomics and Metagenomics Cross-Kingdom Standards in Genomics, Epigenomics and Metagenomics
Cross-Kingdom Standards in Genomics, Epigenomics and Metagenomics
 
[2013.12.02] Mads Albertsen: Extracting Genomes from Metagenomes
[2013.12.02] Mads Albertsen: Extracting Genomes from Metagenomes[2013.12.02] Mads Albertsen: Extracting Genomes from Metagenomes
[2013.12.02] Mads Albertsen: Extracting Genomes from Metagenomes
 
[2013.09.27] extracting genomes from metagenomes
[2013.09.27] extracting genomes from metagenomes[2013.09.27] extracting genomes from metagenomes
[2013.09.27] extracting genomes from metagenomes
 

Destaque

Destaque (15)

Little Rotters: Adventures With Plant-Pathogenic Bacteria
Little Rotters: Adventures With Plant-Pathogenic BacteriaLittle Rotters: Adventures With Plant-Pathogenic Bacteria
Little Rotters: Adventures With Plant-Pathogenic Bacteria
 
Rapid generation of E.coli O104:H4 PCR diagnostics
Rapid generation of E.coli O104:H4 PCR diagnosticsRapid generation of E.coli O104:H4 PCR diagnostics
Rapid generation of E.coli O104:H4 PCR diagnostics
 
Mining Plant Pathogen Genomes for Effectors
Mining Plant Pathogen Genomes for EffectorsMining Plant Pathogen Genomes for Effectors
Mining Plant Pathogen Genomes for Effectors
 
What makes the enterobacterial plant pathogen Pectobacterium atrosepticum dif...
What makes the enterobacterial plant pathogen Pectobacterium atrosepticum dif...What makes the enterobacterial plant pathogen Pectobacterium atrosepticum dif...
What makes the enterobacterial plant pathogen Pectobacterium atrosepticum dif...
 
Sequencing and Beyond?
Sequencing and Beyond?Sequencing and Beyond?
Sequencing and Beyond?
 
Golden Rules of Bioinformatics
Golden Rules of BioinformaticsGolden Rules of Bioinformatics
Golden Rules of Bioinformatics
 
Highly Discriminatory Diagnostic Primer Design From Whole Genome Data
Highly Discriminatory Diagnostic Primer Design From Whole Genome DataHighly Discriminatory Diagnostic Primer Design From Whole Genome Data
Highly Discriminatory Diagnostic Primer Design From Whole Genome Data
 
Adventures in Bioinformatics (2012)
Adventures in Bioinformatics (2012)Adventures in Bioinformatics (2012)
Adventures in Bioinformatics (2012)
 
Comparative Genomics and Visualisation BS32010
Comparative Genomics and Visualisation BS32010Comparative Genomics and Visualisation BS32010
Comparative Genomics and Visualisation BS32010
 
Microbial Agrogenomics 4/2/2015, UK-MX Workshop
Microbial Agrogenomics 4/2/2015, UK-MX WorkshopMicrobial Agrogenomics 4/2/2015, UK-MX Workshop
Microbial Agrogenomics 4/2/2015, UK-MX Workshop
 
Introduction to Bioinformatics
Introduction to BioinformaticsIntroduction to Bioinformatics
Introduction to Bioinformatics
 
Repeatable plant pathology bioinformatic analysis: Not everything is NGS data
Repeatable plant pathology bioinformatic analysis: Not everything is NGS dataRepeatable plant pathology bioinformatic analysis: Not everything is NGS data
Repeatable plant pathology bioinformatic analysis: Not everything is NGS data
 
Comparative Genomics and Visualisation - Part 2
Comparative Genomics and Visualisation - Part 2Comparative Genomics and Visualisation - Part 2
Comparative Genomics and Visualisation - Part 2
 
Plant Pathogen Genome Data: My Life In Sequences
Plant Pathogen Genome Data: My Life In SequencesPlant Pathogen Genome Data: My Life In Sequences
Plant Pathogen Genome Data: My Life In Sequences
 
Microbial Genomics and Bioinformatics: BM405 (2015)
Microbial Genomics and Bioinformatics: BM405 (2015)Microbial Genomics and Bioinformatics: BM405 (2015)
Microbial Genomics and Bioinformatics: BM405 (2015)
 

Semelhante a Whole genome taxonomic classi cation for prokaryotic plant pathogens

DNA CHIPS AND MICROARRAY.pptx
DNA CHIPS AND MICROARRAY.pptxDNA CHIPS AND MICROARRAY.pptx
DNA CHIPS AND MICROARRAY.pptx
Shabnum
 
Systems Genetics of Cancer - big data and all that
Systems Genetics of Cancer - big data and all thatSystems Genetics of Cancer - big data and all that
Systems Genetics of Cancer - big data and all that
Florian Markowetz
 
Branch: An interactive, web-based tool for building decision tree classifiers
Branch: An interactive, web-based tool for building decision tree classifiersBranch: An interactive, web-based tool for building decision tree classifiers
Branch: An interactive, web-based tool for building decision tree classifiers
Benjamin Good
 
Sophie F. summer Poster Final
Sophie F. summer Poster FinalSophie F. summer Poster Final
Sophie F. summer Poster Final
Sophie Friedheim
 
Quantitative Medicine Feb 2009
Quantitative Medicine Feb 2009Quantitative Medicine Feb 2009
Quantitative Medicine Feb 2009
Ian Foster
 

Semelhante a Whole genome taxonomic classi cation for prokaryotic plant pathogens (20)

Grand round whsiao_may2015
Grand round whsiao_may2015Grand round whsiao_may2015
Grand round whsiao_may2015
 
How Can We Make Genomic Epidemiology a Widespread Reality? - William Hsiao
How Can We Make Genomic Epidemiology a Widespread Reality? - William HsiaoHow Can We Make Genomic Epidemiology a Widespread Reality? - William Hsiao
How Can We Make Genomic Epidemiology a Widespread Reality? - William Hsiao
 
The Genomics Revolution: The Good, The Bad, and The Ugly
The Genomics Revolution: The Good, The Bad, and The UglyThe Genomics Revolution: The Good, The Bad, and The Ugly
The Genomics Revolution: The Good, The Bad, and The Ugly
 
Dna chip
Dna chipDna chip
Dna chip
 
The Genomics Revolution: The Good, The Bad, and The Ugly (UEOP16 Keynote)
The Genomics Revolution: The Good, The Bad, and The Ugly (UEOP16 Keynote)The Genomics Revolution: The Good, The Bad, and The Ugly (UEOP16 Keynote)
The Genomics Revolution: The Good, The Bad, and The Ugly (UEOP16 Keynote)
 
Cdac 2018 antoniotti cancer evolution trait
Cdac 2018 antoniotti cancer evolution traitCdac 2018 antoniotti cancer evolution trait
Cdac 2018 antoniotti cancer evolution trait
 
Bio ontology drtc-seminar_anwesha
Bio ontology drtc-seminar_anweshaBio ontology drtc-seminar_anwesha
Bio ontology drtc-seminar_anwesha
 
DNA CHIPS AND MICROARRAY.pptx
DNA CHIPS AND MICROARRAY.pptxDNA CHIPS AND MICROARRAY.pptx
DNA CHIPS AND MICROARRAY.pptx
 
Systems Genetics of Cancer - big data and all that
Systems Genetics of Cancer - big data and all thatSystems Genetics of Cancer - big data and all that
Systems Genetics of Cancer - big data and all that
 
Branch: An interactive, web-based tool for building decision tree classifiers
Branch: An interactive, web-based tool for building decision tree classifiersBranch: An interactive, web-based tool for building decision tree classifiers
Branch: An interactive, web-based tool for building decision tree classifiers
 
Making Protein Function and Subcellular Localization Predictions: Challenges ...
Making Protein Function and Subcellular Localization Predictions: Challenges ...Making Protein Function and Subcellular Localization Predictions: Challenges ...
Making Protein Function and Subcellular Localization Predictions: Challenges ...
 
Myers CV_2015
Myers CV_2015Myers CV_2015
Myers CV_2015
 
The Genomics Revolution: The Good, The Bad, The Ugly
The Genomics Revolution: The Good, The Bad, The UglyThe Genomics Revolution: The Good, The Bad, The Ugly
The Genomics Revolution: The Good, The Bad, The Ugly
 
2015 06-12-beiko-irida-big data
2015 06-12-beiko-irida-big data2015 06-12-beiko-irida-big data
2015 06-12-beiko-irida-big data
 
Bda2015 tutorial-part2-data&databases
Bda2015 tutorial-part2-data&databasesBda2015 tutorial-part2-data&databases
Bda2015 tutorial-part2-data&databases
 
Sophie F. summer Poster Final
Sophie F. summer Poster FinalSophie F. summer Poster Final
Sophie F. summer Poster Final
 
The Chills and Thrills of Whole Genome Sequencing
The Chills and Thrills of Whole Genome SequencingThe Chills and Thrills of Whole Genome Sequencing
The Chills and Thrills of Whole Genome Sequencing
 
Quantitative Medicine Feb 2009
Quantitative Medicine Feb 2009Quantitative Medicine Feb 2009
Quantitative Medicine Feb 2009
 
AI in translational medicine webinar
AI in translational medicine webinarAI in translational medicine webinar
AI in translational medicine webinar
 
Thesis ppt
Thesis pptThesis ppt
Thesis ppt
 

Último

Pests of mustard_Identification_Management_Dr.UPR.pdf
Pests of mustard_Identification_Management_Dr.UPR.pdfPests of mustard_Identification_Management_Dr.UPR.pdf
Pests of mustard_Identification_Management_Dr.UPR.pdf
PirithiRaju
 
SCIENCE-4-QUARTER4-WEEK-4-PPT-1 (1).pptx
SCIENCE-4-QUARTER4-WEEK-4-PPT-1 (1).pptxSCIENCE-4-QUARTER4-WEEK-4-PPT-1 (1).pptx
SCIENCE-4-QUARTER4-WEEK-4-PPT-1 (1).pptx
RizalinePalanog2
 
Bacterial Identification and Classifications
Bacterial Identification and ClassificationsBacterial Identification and Classifications
Bacterial Identification and Classifications
Areesha Ahmad
 
Labelling Requirements and Label Claims for Dietary Supplements and Recommend...
Labelling Requirements and Label Claims for Dietary Supplements and Recommend...Labelling Requirements and Label Claims for Dietary Supplements and Recommend...
Labelling Requirements and Label Claims for Dietary Supplements and Recommend...
Lokesh Kothari
 
Pests of cotton_Sucking_Pests_Dr.UPR.pdf
Pests of cotton_Sucking_Pests_Dr.UPR.pdfPests of cotton_Sucking_Pests_Dr.UPR.pdf
Pests of cotton_Sucking_Pests_Dr.UPR.pdf
PirithiRaju
 
Discovery of an Accretion Streamer and a Slow Wide-angle Outflow around FUOri...
Discovery of an Accretion Streamer and a Slow Wide-angle Outflow around FUOri...Discovery of an Accretion Streamer and a Slow Wide-angle Outflow around FUOri...
Discovery of an Accretion Streamer and a Slow Wide-angle Outflow around FUOri...
Sérgio Sacani
 
Seismic Method Estimate velocity from seismic data.pptx
Seismic Method Estimate velocity from seismic data.pptxSeismic Method Estimate velocity from seismic data.pptx
Seismic Method Estimate velocity from seismic data.pptx
AlMamun560346
 
Vip profile Call Girls In Lonavala 9748763073 For Genuine Sex Service At Just...
Vip profile Call Girls In Lonavala 9748763073 For Genuine Sex Service At Just...Vip profile Call Girls In Lonavala 9748763073 For Genuine Sex Service At Just...
Vip profile Call Girls In Lonavala 9748763073 For Genuine Sex Service At Just...
Monika Rani
 
Hubble Asteroid Hunter III. Physical properties of newly found asteroids
Hubble Asteroid Hunter III. Physical properties of newly found asteroidsHubble Asteroid Hunter III. Physical properties of newly found asteroids
Hubble Asteroid Hunter III. Physical properties of newly found asteroids
Sérgio Sacani
 

Último (20)

Creating and Analyzing Definitive Screening Designs
Creating and Analyzing Definitive Screening DesignsCreating and Analyzing Definitive Screening Designs
Creating and Analyzing Definitive Screening Designs
 
Forensic Biology & Its biological significance.pdf
Forensic Biology & Its biological significance.pdfForensic Biology & Its biological significance.pdf
Forensic Biology & Its biological significance.pdf
 
Biological Classification BioHack (3).pdf
Biological Classification BioHack (3).pdfBiological Classification BioHack (3).pdf
Biological Classification BioHack (3).pdf
 
Zoology 4th semester series (krishna).pdf
Zoology 4th semester series (krishna).pdfZoology 4th semester series (krishna).pdf
Zoology 4th semester series (krishna).pdf
 
Pests of mustard_Identification_Management_Dr.UPR.pdf
Pests of mustard_Identification_Management_Dr.UPR.pdfPests of mustard_Identification_Management_Dr.UPR.pdf
Pests of mustard_Identification_Management_Dr.UPR.pdf
 
CELL -Structural and Functional unit of life.pdf
CELL -Structural and Functional unit of life.pdfCELL -Structural and Functional unit of life.pdf
CELL -Structural and Functional unit of life.pdf
 
GBSN - Biochemistry (Unit 1)
GBSN - Biochemistry (Unit 1)GBSN - Biochemistry (Unit 1)
GBSN - Biochemistry (Unit 1)
 
GBSN - Microbiology (Unit 1)
GBSN - Microbiology (Unit 1)GBSN - Microbiology (Unit 1)
GBSN - Microbiology (Unit 1)
 
SCIENCE-4-QUARTER4-WEEK-4-PPT-1 (1).pptx
SCIENCE-4-QUARTER4-WEEK-4-PPT-1 (1).pptxSCIENCE-4-QUARTER4-WEEK-4-PPT-1 (1).pptx
SCIENCE-4-QUARTER4-WEEK-4-PPT-1 (1).pptx
 
Bacterial Identification and Classifications
Bacterial Identification and ClassificationsBacterial Identification and Classifications
Bacterial Identification and Classifications
 
Botany 4th semester series (krishna).pdf
Botany 4th semester series (krishna).pdfBotany 4th semester series (krishna).pdf
Botany 4th semester series (krishna).pdf
 
Chemistry 4th semester series (krishna).pdf
Chemistry 4th semester series (krishna).pdfChemistry 4th semester series (krishna).pdf
Chemistry 4th semester series (krishna).pdf
 
Labelling Requirements and Label Claims for Dietary Supplements and Recommend...
Labelling Requirements and Label Claims for Dietary Supplements and Recommend...Labelling Requirements and Label Claims for Dietary Supplements and Recommend...
Labelling Requirements and Label Claims for Dietary Supplements and Recommend...
 
Green chemistry and Sustainable development.pptx
Green chemistry and Sustainable development.pptxGreen chemistry and Sustainable development.pptx
Green chemistry and Sustainable development.pptx
 
SAMASTIPUR CALL GIRL 7857803690 LOW PRICE ESCORT SERVICE
SAMASTIPUR CALL GIRL 7857803690 LOW PRICE ESCORT SERVICESAMASTIPUR CALL GIRL 7857803690 LOW PRICE ESCORT SERVICE
SAMASTIPUR CALL GIRL 7857803690 LOW PRICE ESCORT SERVICE
 
Pests of cotton_Sucking_Pests_Dr.UPR.pdf
Pests of cotton_Sucking_Pests_Dr.UPR.pdfPests of cotton_Sucking_Pests_Dr.UPR.pdf
Pests of cotton_Sucking_Pests_Dr.UPR.pdf
 
Discovery of an Accretion Streamer and a Slow Wide-angle Outflow around FUOri...
Discovery of an Accretion Streamer and a Slow Wide-angle Outflow around FUOri...Discovery of an Accretion Streamer and a Slow Wide-angle Outflow around FUOri...
Discovery of an Accretion Streamer and a Slow Wide-angle Outflow around FUOri...
 
Seismic Method Estimate velocity from seismic data.pptx
Seismic Method Estimate velocity from seismic data.pptxSeismic Method Estimate velocity from seismic data.pptx
Seismic Method Estimate velocity from seismic data.pptx
 
Vip profile Call Girls In Lonavala 9748763073 For Genuine Sex Service At Just...
Vip profile Call Girls In Lonavala 9748763073 For Genuine Sex Service At Just...Vip profile Call Girls In Lonavala 9748763073 For Genuine Sex Service At Just...
Vip profile Call Girls In Lonavala 9748763073 For Genuine Sex Service At Just...
 
Hubble Asteroid Hunter III. Physical properties of newly found asteroids
Hubble Asteroid Hunter III. Physical properties of newly found asteroidsHubble Asteroid Hunter III. Physical properties of newly found asteroids
Hubble Asteroid Hunter III. Physical properties of newly found asteroids
 

Whole genome taxonomic classi cation for prokaryotic plant pathogens

  • 1. Whole genome taxonomic classification for prokaryotic plant pathogens NextGenBug, University of Edinburgh 8th December 2015 Leighton Pritchard Information and Computational Sciences The James Hutton Institute
  • 2. Acceptable Use Policy Recording of this talk, taking photos, discussing the content using email, Twitter, blogs, etc. is permitted (and encouraged), providing distraction to others during the presentation is minimised. These slides will be available on SlideShare and the NextGenBug F1000 channel.
  • 3. Table of Contents Introduction The Insidious Dickeya Menace qPCR Primer Design From Whole Genomes Classification Classification is Critical Whole-Genome Classification Soft-Rot Enterobacteria A Tangled Taxonomy The Cracks Are Showing. . . Conclusion Final Thoughts Without Whom. . . If you’re interested. . . Hidden diversity: pre-publication
  • 4. Dickeya on crops and ornamentalsa a Czajkowski et al. (2015) Ann. Appl. Biol. doi:10.1111/aab.12166 • Dickeya spp. are virulent enterobacterial soft-rotting pathogens of ornamental and crop plants 1 2 1 Landesanst. f. Pflanzenbau und Pflanzenschutz, Mainz Archive 2 Florida Division of Plant Industry Archive
  • 5. Dickeya spp. moving across Europeab a Toth et al. (2011) Plant Path. doi:10.1111/j.1365-3059.2011.02427.x b Parkinson et al. (2015) Eur. J. Plant Path. doi:10.1007/s10658-014-0523-5 • D. dianthicola is established across Europe • D. solani is an emerging, encroaching threat
  • 6. Legislationa a Pritchard et al. (2015) Anal. Methods doi:10.1039/c5ay02550h • European and Mediterranean Plant Protection Organisation (EPPO): member states should regulate D. dianthicola and E. amylovora as quarantine pests (A2 list) • Seed Potatoes (Scotland) Amendment Regulations (2010): zero tolerance policy for all Dickeya spp. on potatoes in Scotland to ensure production of ‘clean’ (disease-free) seed potato production for export • EUPHRESCO consortium: control and epidemiology
  • 7. Why legislate by taxonomy?a a Pritchard et al. (2015) Anal. Methods doi:10.1039/c5ay02550h • “Easy” to incorporate into legislation: binary classification • Assumption: taxonomy can be determined precisely • Assumption: taxonomy is a proxy for disease risk
  • 8. Problems with legislating by taxonomya a Pritchard et al. (2015) Anal. Methods doi:10.1039/c5ay02550h • Is bacterial taxonomy correct? • Is a species concept even relevant for bacteria? • Taxonomy is ‘vertical’, but pathogenicity may be ‘laterally’ transferred (plasmid-borne, etc.)3 • Mapping from taxonomy to phenotype is not one-to-one4 • Testing for disease phenotypes not straightforward • Relationship between gene complement and disease not fully understood 3 Toth et al. (2006) Ann. Rev. Phyto. doi:10.1146/annurev.phyto.44.070505.143444 4 Deans et al. (2015) PLoS Biol. doi:10.1371/journal.pbio.1002033
  • 9. Dickeya qPCR diagnosticsa a Pritchard et al. (2013) Plant Path. doi:10.1111/j.1365-3059.2012.02678.x • To legislate on or quarantine contaminated materials, one has to be able to identify and discriminate the pathogen • qPCR is still cheaper, quicker and easier than bacterial genome sequencing (for now, anyway. . . )5 • No qPCR primers existed to distinguish among Dickeya spp. • Having sequenced 25 Dickeya isolates, we were approached to develop diagnostic primers at the species/isolate level 5 Czajkowski et al. (2015) Ann. Appl. Biol. doi:10.1111/aab.12166
  • 10. qPCR Primer Designa a Pritchard et al. (2012) PLoS One doi:10.1371/journal.pone.0034498 1. Bulk predict primer sets on all chromosomes (Primer3) 2. Predict cross-amplification in silico (primersearch) 3. Evaluate in vitro against panel of previously “unseen” isolates of known class targets off-targets classification V IV III II I genomes I II III IV V
  • 11. Table of Contents Introduction The Insidious Dickeya Menace qPCR Primer Design From Whole Genomes Classification Classification is Critical Whole-Genome Classification Soft-Rot Enterobacteria A Tangled Taxonomy The Cracks Are Showing. . . Conclusion Final Thoughts Without Whom. . . If you’re interested. . . Hidden diversity: pre-publication
  • 12. Classification matters!a a Pritchard et al. (2012) PLoS One doi:10.1111/j.1365-3059.2012.02678.x Primer design process: 1. Design large numbers of primers to training (draft) genomes from the target groups 2. Test cross-hybridisation of primer sets in silico against target and off-target groups 3. Screen primers against broader set of off-target sequences 4. Classify primer sets according to in silico specificity 5. Evaluate specificity against unseen panel of target/off-target organisms
  • 13. Classification is also a problem!a a Pritchard et al. (2013) Plant Path. doi:10.1111/j.1365-3059.2012.02678.x • qPCR design gave no diagnostic primers for several species. • Misassigned species in GenBank made ‘training’ impossible 6 6 ML tree, recA
  • 14. Consequences of misclassificationa a Pritchard et al. (2015) Anal. Methods doi:10.1039/c5ay02550h Failed classification has real-world consequences: • False positives (type I errors): clean samples rejected: economic cost farms quarantined/close: economic/social cost • False negatives (type II errors): (irreversible) introduction of infectious material potential for novel host jumps and spread “Gold-standard”, correctly classified training and test sets essential to estimate classifier error rates. MiSI: 18% of NCBI genomes: bacterial species misclassified7 7 Varghese et al. (2015) Nucl. Acids Res. doi:10.1093/nar/gkv657
  • 15. The cracks are showing. . . Bacterial taxonomy?
  • 16. DNA-DNA hybridisationa a Morello-Mora and Amann (2001) FEMS Micro. Rev. doi:10.1016/S0168-6445(00)00040-1 • “Gold Standard” for prokaryotic taxonomy, since 1960s. “70% identity ≈ same species.” • Denature DNA from two organisms. • Allow to anneal. Reassociation ≈ similarity, measured as ∆T of denaturation curves. Proxy for sequence similarity - replace with genome analysis8? 8 Chan et al (2012) BMC Microbiol. doi:10.1186/1471-2180-12-302
  • 17. Average Nucleotide Identity (ANIm)a a Richter and Rossello-Mora (2009) Proc. Natl. Acad. Sci. USA doi:10.1073/pnas.0906412106 1. Align genomes (MUMmer) 2. ANIm: Mean % identity of all matches • DDH:ANIm linear • 70%ID ≈ 95%ANIb
  • 18. ANIm • Average identity of all ‘homologous’ regions • Approximates a limiting case of MLST/MLSA/multigene comparisons • Straightforward principle • Classification not dependent on dataset composition (unlike tree methods)
  • 19. Table of Contents Introduction The Insidious Dickeya Menace qPCR Primer Design From Whole Genomes Classification Classification is Critical Whole-Genome Classification Soft-Rot Enterobacteria A Tangled Taxonomy The Cracks Are Showing. . . Conclusion Final Thoughts Without Whom. . . If you’re interested. . . Hidden diversity: pre-publication
  • 20. Tangled taxonomy of SREa a Pritchard et al. (2015) Anal. Methods doi:10.1039/c5ay02550h Gammaproteobacteria, Enterobacteria taxonomy difficult to resolve, in general9 Species classification mostly polyphasic/phenotypic. • Soft rot enterobacteria (SRE) all originally Erwinia spp. • SRE now three distinct genera (Dickeya, Pectobacterium, Erwinia) • Pectobacterium used to be E. chrysanthemi • Dickeya used to be P. chrysanthemi • Old names hold over in the literature, collections, etc. 9 Williams et al. (2010) J. Bact. doi:10.1128/JB.01480-09
  • 21. Tangled taxonomy of SREa a Czajkowski et al. (2015) Ann. Appl. Biol. doi:10.1111/aab.12166
  • 22. D. solani ANIma a van der Wolf et al. (2014) Int. J. Syst. Evol. Micr. doi:10.1099/ijs.0.052944-0 Defining D. solani as a new species, with ANIm:
  • 23. 34 Dickeya spp. ANIma a Pritchard et al. (2015) Anal. Methods doi:10.1039/c5ay02550h • Nine species-level groups (two novel) • Three species misidentified in GenBank Dickeya_solani_GBBC2040 Dickeya_solani_IPO2222 Dickeya_solani_MK10 Dickeya_solani_MK16 Dickeya_solani_AMYI01 Dickeya_solani_AMWE01 Dickeya_dianthicola_NCPPB_3534 Dickeya_dianthicola_GBBC2039 Dickeya_dianthicola_NCPPB_453 Dickeya_dianthicola_IPO980 Dickeya_spp_NCPPB_3274 Dickeya_spp_MK7 Dickeya_dadantii_NCPPB_2976 Dickeya_dadantii_3937_uid52537 Dickeya_dadantii_NCPPB_3537 Dickeya_dadantii_NCPPB_898 Dickeya_zeae_APMV01 Dickeya_zeae_AJVN01 Dickeya_zeae_NCPPB_3531 Dickeya_zeae_CSL_RW192 Dickeya_dadantii_Ech586_uid42519 Dickeya_zeae_APWM01 Dickeya_zeae_MK19 Dickeya_zeae_NCPPB_3532 Dickeya_zeae_NCPPB_2538 Dickeya_spp_NCPPB_569 Dickeya_chrysanthami_NCPPB_402 Dickeya_chrysanthami_NCPPB_516 Dickeya_zeae_Ech1591_uid59297 Dickeya_chrysanthami_NCPPB_3533 Dickeya_aquatica_DW_0440 Dickeya_aquatica_CSL_RW240 Dickeya_dadantii_Ech703_uid59363 Dickeya_paradisiaca_NCPPB_2511 Dickeya_solani_GBBC2040 Dickeya_solani_IPO2222 Dickeya_solani_MK10 Dickeya_solani_MK16 Dickeya_solani_AMYI01 Dickeya_solani_AMWE01 Dickeya_dianthicola_NCPPB_3534 Dickeya_dianthicola_GBBC2039 Dickeya_dianthicola_NCPPB_453 Dickeya_dianthicola_IPO980 Dickeya_spp_NCPPB_3274 Dickeya_spp_MK7 Dickeya_dadantii_NCPPB_2976 Dickeya_dadantii_3937_uid52537 Dickeya_dadantii_NCPPB_3537 Dickeya_dadantii_NCPPB_898 Dickeya_zeae_APMV01 Dickeya_zeae_AJVN01 Dickeya_zeae_NCPPB_3531 Dickeya_zeae_CSL_RW192 Dickeya_dadantii_Ech586_uid42519 Dickeya_zeae_APWM01 Dickeya_zeae_MK19 Dickeya_zeae_NCPPB_3532 Dickeya_zeae_NCPPB_2538 Dickeya_spp_NCPPB_569 Dickeya_chrysanthami_NCPPB_402 Dickeya_chrysanthami_NCPPB_516 Dickeya_zeae_Ech1591_uid59297 Dickeya_chrysanthami_NCPPB_3533 Dickeya_aquatica_DW_0440 Dickeya_aquatica_CSL_RW240 Dickeya_dadantii_Ech703_uid59363 Dickeya_paradisiaca_NCPPB_2511 0.00 0.25 0.50 0.75 1.00 ANIm_percentage_identity
  • 24. 55 Pectobacterium spp. ANIma a Pritchard et al. (2015) Anal. Methods doi:10.1039/c5ay02550h • Ten species-level groups (four novel) • P. carotovorum split: several species • P. wasabiae split: two species P. atrosepticum SCRI1043 P. atrosepticum NCPPB 3404 P. atrosepticum JG10­08 P. atrosepticum 21A P. atrosepticum CFBP 6276 P. atrosepticum NCPPB 549 P. atrosepticum ICMP 1526 P. carotovorum PC1 P. carotovorum UGC32 P. betavasculorum NCPPB 2793 P. betavasculorum NCPPB 2795 P. carotovorum M022 P. wasabiae CFBP 3304 P. wasabiae NCPPB 3701 P. wasabiae NCPPB3702 P. wasabiae CFIA1002 P. wasabiae WPP163 P. wasabiae RNS08.42.1A P. sp. SCC3193 SCC3193 P. carotovorum BC D6 P. carotovorum YC D49 P. carotovorum BC S2 P. carotovorum YC D29 P. carotovorum YC D65 P. carotovorum CFIA1001 P. carotovorum PCC21 P. carotovorum YC D46 P. carotovorum YC T31 P. carotovorum YC D62 P. carotovorum YC T3 P. carotovorum CFIA1009 P. carotovorum YC D52 P. carotovorum YC D21 P. carotovorum YC D64 P. carotovorum YC D60 P. carotovorum CFIA1033 P. carotovorum PBR1692 P. carotovorum LMG 21371 P. carotovorum BD255 P. carotovorum ICMP 19477 P. carotovorum LMG 21372 P. carotovorum KKH3 P. carotovorum NCPPB3841 P. carotovorum NCPPB 3839 P. carotovorum BC S7 P. carotovorum YC T1 P. carotovorum NCPPB 3395 P. carotovorum YC D57 P. carotovorum BC T2 P. carotovorum ICMP 5702 P. carotovorum NCPPB 312 P. carotovorum YC D16 P. carotovorum YC T39 P. carotovorum WPP14 P. carotovorum BC T5 P. atrosepticum SCRI1043 P. atrosepticum NCPPB 3404 P. atrosepticum JG10­08 P. atrosepticum 21A P. atrosepticum CFBP 6276 P. atrosepticum NCPPB 549 P. atrosepticum ICMP 1526 P. carotovorum PC1 P. carotovorum UGC32 P. betavasculorum NCPPB 2793 P. betavasculorum NCPPB 2795 P. carotovorum M022 P. wasabiae CFBP 3304 P. wasabiae NCPPB 3701 P. wasabiae NCPPB3702 P. wasabiae CFIA1002 P. wasabiae WPP163 P. wasabiae RNS08.42.1A P. sp. SCC3193 SCC3193 P. carotovorum BC D6 P. carotovorum YC D49 P. carotovorum BC S2 P. carotovorum YC D29 P. carotovorum YC D65 P. carotovorum CFIA1001 P. carotovorum PCC21 P. carotovorum YC D46 P. carotovorum YC T31 P. carotovorum YC D62 P. carotovorum YC T3 P. carotovorum CFIA1009 P. carotovorum YC D52 P. carotovorum YC D21 P. carotovorum YC D64 P. carotovorum YC D60 P. carotovorum CFIA1033 P. carotovorum PBR1692 P. carotovorum LMG 21371 P. carotovorum BD255 P. carotovorum ICMP 19477 P. carotovorum LMG 21372 P. carotovorum KKH3 P. carotovorum NCPPB3841 P. carotovorum NCPPB 3839 P. carotovorum BC S7 P. carotovorum YC T1 P. carotovorum NCPPB 3395 P. carotovorum YC D57 P. carotovorum BC T2 P. carotovorum ICMP 5702 P. carotovorum NCPPB 312 P. carotovorum YC D16 P. carotovorum YC T39 P. carotovorum WPP14 P. carotovorum BC T5 0.00 0.25 0.50 0.75 1.00 ANIm_percentage_identity
  • 25. Criticisms of ANIma a Pritchard et al. (2015) Anal. Methods doi:10.1039/c5ay02550h • 95% threshold ‘arbitrary’ • Taxonomic classification, not phylogenetic reconstruction • No functional (or gene-based) interpretation: still need pangenome classification and analysis • Only considers ‘homologous’ regions: • Define ‘homologous’ • misled by HGT/LGT? • misled by distant relationships/low extent of homology? Coverage plots help interpretation: exclude HGT/LGT low homology bias.
  • 26. 55 Pectobacterium spp. ANIma a Pritchard et al. (2015) Anal. Methods doi:10.1039/c5ay02550h • All isolates align over >50% of whole genome P. carotovorum YC T31 P. carotovorum YC D21 P. carotovorum YC T3 P. carotovorum CFIA1009 P. carotovorum YC D64 P. carotovorum YC D52 P. carotovorum YC D62 P. carotovorum YC D60 P. carotovorum YC D49 P. carotovorum BC D6 P. carotovorum YC D65 P. carotovorum YC D46 P. carotovorum BC S2 P. carotovorum YC D29 P. carotovorum PCC21 P. carotovorum CFIA1001 P. carotovorum YC T1 P. carotovorum NCPPB 3395 P. carotovorum UGC32 P. carotovorum KKH3 P. carotovorum BC S7 P. carotovorum ICMP 5702 P. carotovorum NCPPB 312 P. carotovorum BC T2 P. carotovorum YC D16 P. carotovorum YC T39 P. carotovorum YC D57 P. carotovorum WPP14 P. carotovorum BC T5 P. carotovorum CFIA1033 P. carotovorum PC1 P. carotovorum LMG 21371 P. carotovorum BD255 P. carotovorum PBR1692 P. carotovorum ICMP 19477 P. carotovorum LMG 21372 P. wasabiae CFBP 3304 P. wasabiae NCPPB 3701 P. wasabiae NCPPB3702 P. sp. SCC3193 SCC3193 P. wasabiae WPP163 P. wasabiae RNS08.42.1A P. wasabiae CFIA1002 P. atrosepticum CFBP 6276 P. atrosepticum NCPPB 3404 P. atrosepticum NCPPB 549 P. atrosepticum ICMP 1526 P. atrosepticum SCRI1043 P. atrosepticum JG10­08 P. atrosepticum 21A P. carotovorum NCPPB3841 P. carotovorum NCPPB 3839 P. carotovorum M022 P. betavasculorum NCPPB 2793 P. betavasculorum NCPPB 2795 P. carotovorum M022 P. carotovorum YC T1 P. carotovorum KKH3 P. carotovorum UGC32 P. carotovorum CFIA1033 P. carotovorum NCPPB3841 P. carotovorum NCPPB 3839 P. carotovorum BC S7 P. carotovorum ICMP 19477 P. carotovorum BD255 P. carotovorum LMG 21372 P. carotovorum PBR1692 P. carotovorum LMG 21371 P. carotovorum PC1 P. carotovorum ICMP 5702 P. carotovorum NCPPB 312 P. carotovorum YC D57 P. carotovorum BC T2 P. carotovorum YC D16 P. carotovorum WPP14 P. carotovorum BC T5 P. carotovorum YC D62 P. carotovorum YC T31 P. carotovorum YC D52 P. carotovorum YC T3 P. carotovorum YC D64 P. carotovorum YC D21 P. carotovorum YC D60 P. carotovorum YC T39 P. carotovorum CFIA1001 P. carotovorum YC D46 P. carotovorum YC D49 P. carotovorum BC D6 P. carotovorum YC D65 P. carotovorum BC S2 P. carotovorum YC D29 P. carotovorum PCC21 P. carotovorum CFIA1009 P. atrosepticum ICMP 1526 P. atrosepticum CFBP 6276 P. atrosepticum SCRI1043 P. atrosepticum NCPPB 3404 P. atrosepticum NCPPB 549 P. atrosepticum JG10­08 P. atrosepticum 21A P. wasabiae WPP163 P. sp. SCC3193 SCC3193 P. wasabiae RNS08.42.1A P. wasabiae CFIA1002 P. wasabiae CFBP 3304 P. wasabiae NCPPB 3701 P. wasabiae NCPPB3702 P. carotovorum NCPPB 3395 P. betavasculorum NCPPB 2793 P. betavasculorum NCPPB 2795 0.00 0.25 0.50 0.75 1.00 ANIm_alignment_coverage
  • 27. 34 Dickeya spp. ANIma a Pritchard et al. (2015) Anal. Methods doi:10.1039/c5ay02550h • Most isolates align over >50% of whole genome • Community: two outlier species are questionable assignments Dickeya_dadantii_Ech703_uid59363 Dickeya_paradisiaca_NCPPB_2511 Dickeya_aquatica_DW_0440 Dickeya_aquatica_CSL_RW240 Dickeya_solani_MK10 Dickeya_solani_AMYI01 Dickeya_solani_AMWE01 Dickeya_solani_MK16 Dickeya_solani_GBBC2040 Dickeya_solani_IPO2222 Dickeya_dianthicola_NCPPB_453 Dickeya_dianthicola_GBBC2039 Dickeya_dianthicola_IPO980 Dickeya_dianthicola_NCPPB_3534 Dickeya_dadantii_NCPPB_2976 Dickeya_dadantii_3937_uid52537 Dickeya_spp_NCPPB_3274 Dickeya_spp_MK7 Dickeya_dadantii_NCPPB_3537 Dickeya_dadantii_NCPPB_898 Dickeya_zeae_APMV01 Dickeya_zeae_AJVN01 Dickeya_zeae_APWM01 Dickeya_dadantii_Ech586_uid42519 Dickeya_zeae_CSL_RW192 Dickeya_zeae_NCPPB_3532 Dickeya_zeae_NCPPB_2538 Dickeya_zeae_NCPPB_3531 Dickeya_zeae_MK19 Dickeya_spp_NCPPB_569 Dickeya_chrysanthami_NCPPB_402 Dickeya_chrysanthami_NCPPB_516 Dickeya_zeae_Ech1591_uid59297 Dickeya_chrysanthami_NCPPB_3533 Dickeya_dadantii_Ech703_uid59363 Dickeya_paradisiaca_NCPPB_2511 Dickeya_aquatica_DW_0440 Dickeya_aquatica_CSL_RW240 Dickeya_dianthicola_GBBC2039 Dickeya_dianthicola_NCPPB_3534 Dickeya_dianthicola_NCPPB_453 Dickeya_dianthicola_IPO980 Dickeya_solani_GBBC2040 Dickeya_solani_IPO2222 Dickeya_solani_MK10 Dickeya_solani_MK16 Dickeya_solani_AMYI01 Dickeya_solani_AMWE01 Dickeya_dadantii_NCPPB_3537 Dickeya_dadantii_NCPPB_898 Dickeya_spp_NCPPB_3274 Dickeya_spp_MK7 Dickeya_dadantii_NCPPB_2976 Dickeya_dadantii_3937_uid52537 Dickeya_zeae_APMV01 Dickeya_zeae_AJVN01 Dickeya_dadantii_Ech586_uid42519 Dickeya_zeae_APWM01 Dickeya_zeae_MK19 Dickeya_zeae_NCPPB_3532 Dickeya_zeae_NCPPB_2538 Dickeya_zeae_NCPPB_3531 Dickeya_zeae_CSL_RW192 Dickeya_spp_NCPPB_569 Dickeya_zeae_Ech1591_uid59297 Dickeya_chrysanthami_NCPPB_3533 Dickeya_chrysanthami_NCPPB_402 Dickeya_chrysanthami_NCPPB_516 0.00 0.25 0.50 0.75 1.00 ANIm_alignment_coverage
  • 28. Looking wider • What about species with high levels of recombination? • “Fuzzy species”: key example, Neisseria: “The most challenging test of whether species can be clearly delineated is provided by analysis of large populations of closely-related, highly recombinogenic, bacteria that colonise the same body site”10 10 Hanage et al. (2005) BMC Biol. doi:10.1186/1741-7007-3-6
  • 29. 719 Neisseria spp. ANIm • Absolute separation between N. meningitidis, N. gonorrhoeae, N. lactamica • Minor complex of possible misassign- ments/novel species N. gonorrhoeae MU_NG9 N. gonorrhoeae NYC_2011_05_07 N. gonorrhoeae ALB_2011_04_03 N. gonorrhoeae MU_NG15 N. gonorrhoeae MU_NG14 N. gonorrhoeae MU_NG12 N. gonorrhoeae MU_NG8 N. gonorrhoeae MU_NG19 N. gonorrhoeae MU_NG3 N. gonorrhoeae MU_NG20 N. gonorrhoeae SK23020 N. gonorrhoeae MIA_2011_05­10 N. gonorrhoeae SK32402 N. gonorrhoeae MU_NG25 N. gonorrhoeae MIA_2011_05­15 N. gonorrhoeae MIA_2011_02_02 N. gonorrhoeae MU_NG4 N. gonorrhoeae ALB_2011_03_03 N. gonorrhoeae NYC_2011_05_13 N. gonorrhoeae ATL_2011_01_05 N. gonorrhoeae MU_NG21 N. gonorrhoeae MU_NG18 N. gonorrhoeae GC1­182 N. gonorrhoeae ATL_2011_01_17 N. gonorrhoeae CH811 N. gonorrhoeae SK16942 N. gonorrhoeae 1291 N. gonorrhoeae MU_NG17 N. gonorrhoeae NOR_2011_03­06 N. gonorrhoeae SK14515 N. gonorrhoeae 09_10_003 N. gonorrhoeae ATL_2011_01_03 N. gonorrhoeae MIA_2011_03­09 N. gonorrhoeae MIA_2011_05­16 N. gonorrhoeae SK7461 N. gonorrhoeae SK36809 N. gonorrhoeae SK28355 N. gonorrhoeae SK17973 N. gonorrhoeae ATL_2011_01_08 N. gonorrhoeae MU_NG26 N. gonorrhoeae MU_NG23 N. gonorrhoeae MU_NG1 N. gonorrhoeae GCGS006 N. gonorrhoeae GCGS148 N. gonorrhoeae GCGS080 N. gonorrhoeae GCGS054 N. gonorrhoeae GCGS196 N. gonorrhoeae GCGS140 N. gonorrhoeae GCGS122 N. gonorrhoeae GCGS036 N. gonorrhoeae GCGS222 N. gonorrhoeae GCGS004 N. gonorrhoeae GCGS236 N. gonorrhoeae GCGS234 N. gonorrhoeae GCGS099 N. gonorrhoeae NCCP11945 N. gonorrhoeae GCGS232 N. gonorrhoeae GCGS058 N. gonorrhoeae GCGS094 N. gonorrhoeae GCGS238 N. gonorrhoeae ALB_2011_01­02 N. gonorrhoeae GCGS158 N. gonorrhoeae SK­92­679 N. gonorrhoeae 35/02 N. gonorrhoeae SK12684 N. gonorrhoeae SK29471 N. gonorrhoeae ATL_2011_05­13 N. gonorrhoeae SK16259 N. gonorrhoeae GCGS114 N. gonorrhoeae GCGS066 N. gonorrhoeae GCGS160 N. gonorrhoeae GCGS023 N. gonorrhoeae GCGS028 N. gonorrhoeae GCGS119 N. gonorrhoeae GCGS076 N. gonorrhoeae GCGS030 N. gonorrhoeae GCGS085 N. gonorrhoeae GCGS166 N. gonorrhoeae GCGS157 N. gonorrhoeae GCGS155 N. gonorrhoeae GCGS005 N. gonorrhoeae GCGS235 N. gonorrhoeae GCGS124 N. gonorrhoeae GCGS068 N. gonorrhoeae GCGS241 N. gonorrhoeae GCGS147 N. gonorrhoeae GCGS145 N. gonorrhoeae GCGS048 N. gonorrhoeae GCGS229 N. gonorrhoeae GCGS075 N. gonorrhoeae GCGS117 N. gonorrhoeae GCGS063 N. gonorrhoeae GCGS178 N. gonorrhoeae GCGS179 N. gonorrhoeae GCGS081 N. gonorrhoeae GCGS041 N. gonorrhoeae GCGS043 N. gonorrhoeae GCGS061 N. gonorrhoeae GCGS131 N. gonorrhoeae GCGS089 N. gonorrhoeae GCGS069 N. gonorrhoeae GCGS189 N. gonorrhoeae GCGS057 N. gonorrhoeae GCGS125 N. gonorrhoeae GCGS123 N. gonorrhoeae GCGS001 N. gonorrhoeae GCGS104 N. gonorrhoeae GCGS107 N. gonorrhoeae GCGS027 N. gonorrhoeae GCGS129 N. gonorrhoeae GCGS049 N. gonorrhoeae GCGS233 N. gonorrhoeae GCGS065 N. gonorrhoeae GCGS037 N. gonorrhoeae GCGS185 N. gonorrhoeae GCGS017 N. gonorrhoeae GCGS151 N. gonorrhoeae GCGS159 N. gonorrhoeae GCGS035 N. gonorrhoeae GCGS091 N. gonorrhoeae GCGS059 N. gonorrhoeae GCGS109 N. gonorrhoeae GCGS165 N. gonorrhoeae GCGS139 N. gonorrhoeae GCGS205 N. gonorrhoeae GCGS053 N. gonorrhoeae GCGS195 N. gonorrhoeae GCGS133 N. gonorrhoeae GCGS067 N. gonorrhoeae GCGS055 N. gonorrhoeae GCGS177 N. gonorrhoeae G2891 N. gonorrhoeae ATL_2011_01­25 N. gonorrhoeae MU_NG5 N. gonorrhoeae m07.05 N. gonorrhoeae GCGS046 N. gonorrhoeae GCGS105 N. gonorrhoeae GCGS097 N. gonorrhoeae GCGS047 N. gonorrhoeae GCGS237 N. gonorrhoeae GCGS088 N. gonorrhoeae GCGS137 N. gonorrhoeae GCGS007 N. gonorrhoeae GCGS021 N. gonorrhoeae GCGS101 N. gonorrhoeae GCGS093 N. gonorrhoeae GCGS121 N. gonorrhoeae GCGS135 N. gonorrhoeae GCGS033 N. gonorrhoeae GCGS079 N. gonorrhoeae GCGS115 N. gonorrhoeae GCGS019 N. gonorrhoeae GCGS113 N. gonorrhoeae GCGS103 N. gonorrhoeae GCGS102 N. gonorrhoeae GCGS025 N. gonorrhoeae GCGS231 N. gonorrhoeae GCGS183 N. gonorrhoeae GCGS039 N. gonorrhoeae GCGS143 N. gonorrhoeae GCGS045 N. gonorrhoeae GCGS029 N. gonorrhoeae GCGS077 N. gonorrhoeae GCGS031 N. gonorrhoeae GCGS051 N. gonorrhoeae GCGS181 N. gonorrhoeae GCGS095 N. gonorrhoeae GCGS227 N. gonorrhoeae GCGS127 N. gonorrhoeae GCGS242 N. gonorrhoeae GCGS239 N. gonorrhoeae GCGS187 N. gonorrhoeae GCGS163 N. gonorrhoeae GCGS141 N. gonorrhoeae GCGS087 N. gonorrhoeae GCGS003 N. gonorrhoeae FA19 N. gonorrhoeae GCGS008 N. gonorrhoeae GCGS146 N. gonorrhoeae GCGS186 N. gonorrhoeae GCGS188 N. gonorrhoeae GCGS090 N. gonorrhoeae MS11 N. gonorrhoeae GCGS210 N. gonorrhoeae GCGS212 N. gonorrhoeae GCGS200 N. gonorrhoeae NG05 N. gonorrhoeae n01.08 N. gonorrhoeae GCGS050 N. gonorrhoeae GCGS154 N. gonorrhoeae GCGS072 N. gonorrhoeae F62 N. gonorrhoeae GCGS184 N. gonorrhoeae FA 1090 N. gonorrhoeae FA6140 N. gonorrhoeae FA19 N. gonorrhoeae GCGS162 N. gonorrhoeae GCGS240 N. gonorrhoeae GCGS190 N. gonorrhoeae GCGS170 N. gonorrhoeae GCGS056 N. gonorrhoeae GCGS134 N. gonorrhoeae GCGS078 N. gonorrhoeae GCGS168 N. gonorrhoeae GCGS206 N. gonorrhoeae GCGS116 N. gonorrhoeae GCGS044 N. gonorrhoeae GCGS032 N. gonorrhoeae GCGS022 N. gonorrhoeae GCGS026 N. gonorrhoeae GCGS060 N. gonorrhoeae GCGS180 N. gonorrhoeae GCGS216 N. gonorrhoeae e03.04 N. gonorrhoeae GCGS208 N. gonorrhoeae ATL_2011_05­08 N. gonorrhoeae SK33414 N. gonorrhoeae MIA_2011_03­10 N. gonorrhoeae i19.05 N. gonorrhoeae GCGS150 N. gonorrhoeae GCGS142 N. gonorrhoeae GCGS010 N. gonorrhoeae GCGS144 N. gonorrhoeae SK39420 N. gonorrhoeae FA19 N. gonorrhoeae MU_NG6 N. gonorrhoeae SK­93­1035 N. gonorrhoeae DGI18 N. gonorrhoeae SK22871 N. gonorrhoeae GCGS176 N. gonorrhoeae GCGS018 N. gonorrhoeae GCGS198 N. gonorrhoeae GCGS202 N. gonorrhoeae GCGS228 N. gonorrhoeae GCGS204 N. gonorrhoeae GCGS120 N. gonorrhoeae GCGS138 N. gonorrhoeae GCGS192 N. gonorrhoeae GCGS062 N. gonorrhoeae GCGS083 N. gonorrhoeae GCGS084 N. gonorrhoeae GCGS009 N. gonorrhoeae GCGS106 N. gonorrhoeae GCGS092 N. gonorrhoeae GCGS098 N. gonorrhoeae GCGS218 N. gonorrhoeae GCGS110 N. gonorrhoeae GCGS096 N. gonorrhoeae GCGS118 N. gonorrhoeae GCGS174 N. gonorrhoeae GCGS224 N. gonorrhoeae GCGS136 N. gonorrhoeae GCGS156 N. gonorrhoeae GCGS128 N. gonorrhoeae GCGS226 N. gonorrhoeae GCGS064 N. gonorrhoeae GCGS172 N. gonorrhoeae GCGS012 N. gonorrhoeae GCGS100 N. gonorrhoeae GCGS164 N. gonorrhoeae GCGS040 N. gonorrhoeae GCGS024 N. gonorrhoeae GCGS082 N. gonorrhoeae SK29344 N. gonorrhoeae SK6987 N. gonorrhoeae SK15454 N. gonorrhoeae SK7842 N. gonorrhoeae NG_869 N. gonorrhoeae FA6140 N. gonorrhoeae PID332 N. gonorrhoeae DGI2 N. gonorrhoeae SK8976 N. gonorrhoeae SK708 N. gonorrhoeae GCGS220 N. gonorrhoeae GCGS182 N. gonorrhoeae GCGS214 N. gonorrhoeae GCGS086 N. gonorrhoeae GCGS002 N. gonorrhoeae GCGS020 N. gonorrhoeae GCGS152 N. gonorrhoeae GCGS052 N. gonorrhoeae GCGS132 N. gonorrhoeae GCGS130 N. gonorrhoeae GCGS042 N. gonorrhoeae GCGS194 N. gonorrhoeae GCGS108 N. gonorrhoeae GCGS070 N. gonorrhoeae GCGS038 N. gonorrhoeae GCGS230 N. gonorrhoeae GCGS126 N. gonorrhoeae GCGS175 N. gonorrhoeae GCGS073 N. gonorrhoeae GCGS213 N. gonorrhoeae GCGS171 N. gonorrhoeae GCGS209 N. gonorrhoeae GCGS169 N. gonorrhoeae GCGS203 N. gonorrhoeae GCGS201 N. gonorrhoeae GCGS071 N. gonorrhoeae GCGS173 N. gonorrhoeae GCGS197 N. gonorrhoeae GCGS167 N. gonorrhoeae GCGS219 N. gonorrhoeae GCGS153 N. gonorrhoeae GCGS211 N. gonorrhoeae GCGS221 N. gonorrhoeae GCGS149 N. gonorrhoeae GCGS161 N. gonorrhoeae GCGS199 N. gonorrhoeae GCGS207 N. gonorrhoeae GCGS191 N. gonorrhoeae GCGS217 N. gonorrhoeae GCGS193 N. gonorrhoeae GCGS215 N. gonorrhoeae GCGS223 N. gonorrhoeae GCGS225 N. gonorrhoeae GCGS034 N. gonorrhoeae GCGS074 N. gonorrhoeae 35/02 N. gonorrhoeae GCGS011 N. gonorrhoeae PID24­1 N. gonorrhoeae PID1 N. gonorrhoeae MS11 N. gonorrhoeae SK1902 N. gonorrhoeae ATL_2011_01­21 N. gonorrhoeae PID18 N. meningitidis Z2491 N. meningitidis 65014 N. meningitidis 63006 N. meningitidis 63041 N. meningitidis 64182 N. meningitidis 97027 N. meningitidis 63049 N. meningitidis 65012 N. meningitidis 97018 N. meningitidis 94018 N. meningitidis 96024 N. meningitidis 98005 N. meningitidis 75689 N. meningitidis 97008 N. meningitidis 75643 N. meningitidis 88050 N. meningitidis 97020 N. meningitidis 96023 N. meningitidis WUE 2594 N. meningitidis NM2254 N. meningitidis NM2524 N. meningitidis 2000080 N. meningitidis NM2810 N. meningitidis NM1364 N. meningitidis NM1826 N. meningitidis NM1758 N. meningitidis NM2394 N. meningitidis NM1893 N. meningitidis NM1549 N. meningitidis NM1976 N. meningitidis NM1550 N. meningitidis NM2393 N. meningitidis NM2717 N. meningitidis NM2382 N. meningitidis NM2814 N. meningitidis NM2606 N. meningitidis NM2441 N. meningitidis 2003022 N. meningitidis NM607 N. meningitidis 2004085 N. meningitidis NM1471 N. meningitidis NM2033 N. meningitidis 2003022 N. meningitidis NM2933 N. meningitidis NM2237 N. meningitidis NM2809 N. meningitidis 2002007 N. meningitidis NM1829 N. meningitidis NM2263 N. meningitidis NM1901 N. meningitidis NM1805 N. meningitidis NM1360 N. meningitidis NM1482 N. meningitidis NM1919 N. meningitidis NM2617 N. meningitidis NM2187 N. meningitidis NM1757 N. meningitidis NM2008 N. meningitidis NM1361 N. meningitidis NM2813 N. meningitidis NM1561 N. meningitidis NM1910 N. meningitidis NM606 N. meningitidis 2000063 N. meningitidis NM1891 N. meningitidis NM1931 N. meningitidis NM1937 N. meningitidis NM1938 N. meningitidis NM1359 N. meningitidis NM1264 N. meningitidis NM2239 N. meningitidis NM1362 N. meningitidis NM2812 N. meningitidis NM2431 N. meningitidis NM2935 N. meningitidis NM2439 N. meningitidis NM2232 N. meningitidis NM2193 N. meningitidis NM2332 N. meningitidis NM2228 N. meningitidis NM2264 N. meningitidis NM1895 N. meningitidis NM2718 N. meningitidis NM2188 N. meningitidis NM2181 N. meningitidis NM2369 N. meningitidis NM2389 N. meningitidis NM2811 N. meningitidis NM2432 N. meningitidis NM2335 N. meningitidis NM2244 N. meningitidis NM1928 N. meningitidis NM2808 N. meningitidis NM2381 N. meningitidis NM2700 N. meningitidis NM2932 N. meningitidis NM1483 N. meningitidis NM604 N. meningitidis 510612 N. meningitidis NM1673 N. meningitidis NM2032 N. meningitidis NM1666 N. meningitidis NM1578 N. meningitidis NM1963 N. meningitidis NM1797 N. meningitidis NM1837 N. meningitidis NM3129 N. meningitidis NM2602 N. meningitidis NM2857 N. meningitidis NM2206 N. meningitidis NM1544 N. meningitidis NM1921 N. meningitidis NM1845 N. meningitidis NM2856 N. meningitidis NM1779 N. meningitidis NM2934 N. meningitidis NM1892 N. meningitidis NM1325 N. meningitidis NM1573 N. meningitidis NM3128 N. meningitidis NM2701 N. meningitidis NM2009 N. meningitidis NM1831 N. meningitidis NM1446 N. meningitidis NM2025 N. meningitidis NM1363 N. meningitidis NM1672 N. meningitidis NM2433 N. meningitidis 2007056 N. meningitidis NM3652 N. meningitidis 2004090 N. meningitidis 2001212 N. meningitidis NM3642 N. meningitidis Nm1140 N. meningitidis alpha704 N. meningitidis NM2795 N. meningitidis LNP27256 N. meningitidis N. meningitidis NM586 N. meningitidis M6190 N. meningitidis S0108 N. meningitidis N. meningitidis ES14902 N. meningitidis NM1482 N. meningitidis NM95 N. meningitidis NM133 N. meningitidis NM1482 N. meningitidis M20599 N. meningitidis K1207 N. meningitidis S0108 N. meningitidis NM94 N. meningitidis NM82 N. meningitidis NM3680 N. meningitidis NM3681 N. meningitidis NM3683 N. meningitidis NM3682 N. meningitidis M7124 N. meningitidis 2005040 N. meningitidis M10208 N. meningitidis NM3686 N. meningitidis NM3685 N. meningitidis M7089 N. meningitidis M7124 N. meningitidis NM174 N. meningitidis NM3687 N. meningitidis NM3684 N. meningitidis NM3688 N. meningitidis NM126 N. meningitidis FAM18 N. meningitidis NM762 N. meningitidis L91543 N. meningitidis M12611 N. meningitidis 2001213 N. meningitidis NM43 N. meningitidis M1412 N. meningitidis 2001073 N. meningitidis 2001068 N. meningitidis NM32 N. meningitidis NM23 N. meningitidis NM35 N. meningitidis NM36 N. meningitidis 73704 N. meningitidis 2000175 N. meningitidis 2002004 N. meningitidis 2004264 N. meningitidis 2000081 N. meningitidis 2005079 N. meningitidis 2001072 N. meningitidis NM1495 N. meningitidis NM313 N. meningitidis NM3147 N. meningitidis 70012 N. meningitidis 70030 N. meningitidis 69166 N. meningitidis 61103 N. meningitidis 68094 N. meningitidis 69096 N. meningitidis 63023 N. meningitidis 61106 N. meningitidis 70021 N. meningitidis 69155 N. meningitidis 70082 N. meningitidis 69100 N. meningitidis 96060 N. meningitidis 69176 N. meningitidis NM477 N. meningitidis NM3141 N. meningitidis M13265 N. meningitidis NM3173 N. meningitidis 2002020 N. meningitidis 2002030 N. meningitidis NM1476 N. meningitidis H44/76 N. meningitidis H44/76 N. meningitidis MC58 N. meningitidis LNP21362 N. meningitidis NM418 N. meningitidis M13255 N. meningitidis 9506 N. meningitidis CU385 N. meningitidis 12888 N. meningitidis 4119 N. meningitidis NM422 N. meningitidis 9757 N. meningitidis 320503 N. meningitidis 100514 N. meningitidis 370601 N. meningitidis 100572 N. meningitidis 360624 N. meningitidis 421007 N. meningitidis 440501 N. meningitidis 340552 N. meningitidis 100530 N. meningitidis 321114 N. meningitidis 34173 N. meningitidis 311112 N. meningitidis 053442 N. meningitidis 100601 N. meningitidis Nm11003 N. meningitidis 341215 N. meningitidis 320501 N. meningitidis 220601 N. meningitidis 440902 N. meningitidis 130803 N. meningitidis 131148 N. meningitidis 420718 N. meningitidis 100603 N. meningitidis 330505 N. meningitidis Nm2732 N. meningitidis 81858 N. meningitidis 8013 N. meningitidis Nm10259 N. meningitidis Nm9418 N. meningitidis Nm6938 N. meningitidis 92045 N. meningitidis NM255 N. meningitidis 98002 N. meningitidis 2003051 N. meningitidis 73696 N. meningitidis NM134 N. meningitidis Nm8187 N. meningitidis Nm3127 N. meningitidis 2001001 N. meningitidis 2007461 N. meningitidis 2004032 N. meningitidis 992008 N. meningitidis alpha710 N. meningitidis OX99.30304 N. meningitidis NM151 N. meningitidis NZ­05/33 N. meningitidis DE9686 N. meningitidis DE9622 N. meningitidis DE9938 N. meningitidis M0579 N. meningitidis M01­240149 N. meningitidis M0579 N. meningitidis NM2657 N. meningitidis NM576 N. meningitidis NM2781 N. meningitidis NM140 N. meningitidis NM183 N. meningitidis Neisseria meningitidis CHUV N. meningitidis M13399 N. meningitidis M01­240013 N. meningitidis M04­240196 N. meningitidis 77221 N. meningitidis alpha14 N. meningitidis NM3001 N. meningitidis M01­240355 N. meningitidis 93003 N. meningitidis 93004 N. meningitidis NM3081 N. meningitidis 98008 N. meningitidis 80179 N. meningitidis ATCC 13091 N. meningitidis NM045 N. meningitidis NM2866 N. meningitidis NM003 N. meningitidis NM3139 N. meningitidis NM0552 N. meningitidis NM518 N. meningitidis NM3230 N. meningitidis 96037 N. meningitidis N1568 N. meningitidis 2002038 N. meningitidis 97021 N. meningitidis 2006087 N. meningitidis 97014 N. meningitidis 2008223 N. meningitidis 2005172 N. meningitidis NM220 N. meningitidis NM271 N. meningitidis NM115 N. meningitidis NM3144 N. meningitidis NM27 N. meningitidis NM3131 N. meningitidis NM3158 N. meningitidis NM3222 N. meningitidis NM3164 N. meningitidis Nm6756 N. meningitidis Nm8663 N. meningitidis NM27 N. meningitidis NM90 N. meningitidis NM233 N. meningitidis NS44 N. meningitidis NM80 N. meningitidis NM165 N. meningitidis NM51 N. meningitidis NM3042 N. meningitidis NM3223 N. meningitidis B6116/77 N. meningitidis G2136 N. meningitidis 98080 N. meningitidis 87255 N. meningitidis NMB N. meningitidis 961­5945 N. polysaccharea ATCC 43768 N. polysaccharea NS342 N. lactamica NS19 N. lactamica 020­06 N. lactamica Y92­1009 N. lactamica ATCC 23970 N. lactamica ATCC 23970 N. cinerea ATCC 14685 N. flavescens NRL30031/H210 N. sicca VK64 N. sicca ATCC 29256 N. meningitidis 433_NMEN N. meningitidis 1044_NMEN N. meningitidis 840_NMEN N. meningitidis 776_NMEN N. subflava NJ9703 N. meningitidis 1045_NMEN N. meningitidis 768_NMEN N. mucosa C6A N. lactamica 595_NLAC N. lactamica 583_NLAC N. lactamica 338.rep1_NLAC N. meningitidis 338.rep2_NMEN N. flavescens SK114 N. meningitidis 782_NMEN N. meningitidis 1210_NMEN N. mucosa C102 N. meningitidis 1279_NMEN N. elongata ATCC 29315 N. elongata ATCC 29315 N. sp. oral taxon 014 F0314 N. meningitidis 431_NMEN N. meningitidis 404_NMEN N. lactamica 919_NLAC N. meningitidis 313_NMEN N. meningitidis 379_NMEN N. meningitidis 378_NMEN N. sicca DS1 N. sp. GT4A_CT1 GT4A_CT1 N. macacae ATCC 33926 N. meningitidis 1273_NMEN N. sp. HMSC06F02 HMSC06F02 N. mucosa ATCC 25996 N. meningitidis 480_NMEN N. sicca 4320 N. sp. 83E34 83E34 N. sp. 74A18 74A18 N. wadsworthii 9715 N. sp. KH1503 KH1503 N. shayeganii 871 N. weaveri ATCC 51223 N. weaveri LMG 5135 N. meningitidis 491_NMEN N. sp. oral taxon 020 F0370 N. meningitidis 203_NMEN N. lactamica 914_NLAC N. bacilliformis ATCC BAA­1200 N. gonorrhoeae MU_NG9 N. gonorrhoeae NYC_2011_05_07 N. gonorrhoeae ALB_2011_04_03 N. gonorrhoeae MU_NG15 N. gonorrhoeae MU_NG14 N. gonorrhoeae MU_NG12 N. gonorrhoeae MU_NG8 N. gonorrhoeae MU_NG19 N. gonorrhoeae MU_NG3 N. gonorrhoeae MU_NG20 N. gonorrhoeae SK23020 N. gonorrhoeae MIA_2011_05­10 N. gonorrhoeae SK32402 N. gonorrhoeae MU_NG25 N. gonorrhoeae MIA_2011_05­15 N. gonorrhoeae MIA_2011_02_02 N. gonorrhoeae MU_NG4 N. gonorrhoeae ALB_2011_03_03 N. gonorrhoeae NYC_2011_05_13 N. gonorrhoeae ATL_2011_01_05 N. gonorrhoeae MU_NG21 N. gonorrhoeae MU_NG18 N. gonorrhoeae GC1­182 N. gonorrhoeae ATL_2011_01_17 N. gonorrhoeae CH811 N. gonorrhoeae SK16942 N. gonorrhoeae 1291 N. gonorrhoeae MU_NG17 N. gonorrhoeae NOR_2011_03­06 N. gonorrhoeae SK14515 N. gonorrhoeae 09_10_003 N. gonorrhoeae ATL_2011_01_03 N. gonorrhoeae MIA_2011_03­09 N. gonorrhoeae MIA_2011_05­16 N. gonorrhoeae SK7461 N. gonorrhoeae SK36809 N. gonorrhoeae SK28355 N. gonorrhoeae SK17973 N. gonorrhoeae ATL_2011_01_08 N. gonorrhoeae MU_NG26 N. gonorrhoeae MU_NG23 N. gonorrhoeae MU_NG1 N. gonorrhoeae GCGS006 N. gonorrhoeae GCGS148 N. gonorrhoeae GCGS080 N. gonorrhoeae GCGS054 N. gonorrhoeae GCGS196 N. gonorrhoeae GCGS140 N. gonorrhoeae GCGS122 N. gonorrhoeae GCGS036 N. gonorrhoeae GCGS222 N. gonorrhoeae GCGS004 N. gonorrhoeae GCGS236 N. gonorrhoeae GCGS234 N. gonorrhoeae GCGS099 N. gonorrhoeae NCCP11945 N. gonorrhoeae GCGS232 N. gonorrhoeae GCGS058 N. gonorrhoeae GCGS094 N. gonorrhoeae GCGS238 N. gonorrhoeae ALB_2011_01­02 N. gonorrhoeae GCGS158 N. gonorrhoeae SK­92­679 N. gonorrhoeae 35/02 N. gonorrhoeae SK12684 N. gonorrhoeae SK29471 N. gonorrhoeae ATL_2011_05­13 N. gonorrhoeae SK16259 N. gonorrhoeae GCGS114 N. gonorrhoeae GCGS066 N. gonorrhoeae GCGS160 N. gonorrhoeae GCGS023 N. gonorrhoeae GCGS028 N. gonorrhoeae GCGS119 N. gonorrhoeae GCGS076 N. gonorrhoeae GCGS030 N. gonorrhoeae GCGS085 N. gonorrhoeae GCGS166 N. gonorrhoeae GCGS157 N. gonorrhoeae GCGS155 N. gonorrhoeae GCGS005 N. gonorrhoeae GCGS235 N. gonorrhoeae GCGS124 N. gonorrhoeae GCGS068 N. gonorrhoeae GCGS241 N. gonorrhoeae GCGS147 N. gonorrhoeae GCGS145 N. gonorrhoeae GCGS048 N. gonorrhoeae GCGS229 N. gonorrhoeae GCGS075 N. gonorrhoeae GCGS117 N. gonorrhoeae GCGS063 N. gonorrhoeae GCGS178 N. gonorrhoeae GCGS179 N. gonorrhoeae GCGS081 N. gonorrhoeae GCGS041 N. gonorrhoeae GCGS043 N. gonorrhoeae GCGS061 N. gonorrhoeae GCGS131 N. gonorrhoeae GCGS089 N. gonorrhoeae GCGS069 N. gonorrhoeae GCGS189 N. gonorrhoeae GCGS057 N. gonorrhoeae GCGS125 N. gonorrhoeae GCGS123 N. gonorrhoeae GCGS001 N. gonorrhoeae GCGS104 N. gonorrhoeae GCGS107 N. gonorrhoeae GCGS027 N. gonorrhoeae GCGS129 N. gonorrhoeae GCGS049 N. gonorrhoeae GCGS233 N. gonorrhoeae GCGS065 N. gonorrhoeae GCGS037 N. gonorrhoeae GCGS185 N. gonorrhoeae GCGS017 N. gonorrhoeae GCGS151 N. gonorrhoeae GCGS159 N. gonorrhoeae GCGS035 N. gonorrhoeae GCGS091 N. gonorrhoeae GCGS059 N. gonorrhoeae GCGS109 N. gonorrhoeae GCGS165 N. gonorrhoeae GCGS139 N. gonorrhoeae GCGS205 N. gonorrhoeae GCGS053 N. gonorrhoeae GCGS195 N. gonorrhoeae GCGS133 N. gonorrhoeae GCGS067 N. gonorrhoeae GCGS055 N. gonorrhoeae GCGS177 N. gonorrhoeae G2891 N. gonorrhoeae ATL_2011_01­25 N. gonorrhoeae MU_NG5 N. gonorrhoeae m07.05 N. gonorrhoeae GCGS046 N. gonorrhoeae GCGS105 N. gonorrhoeae GCGS097 N. gonorrhoeae GCGS047 N. gonorrhoeae GCGS237 N. gonorrhoeae GCGS088 N. gonorrhoeae GCGS137 N. gonorrhoeae GCGS007 N. gonorrhoeae GCGS021 N. gonorrhoeae GCGS101 N. gonorrhoeae GCGS093 N. gonorrhoeae GCGS121 N. gonorrhoeae GCGS135 N. gonorrhoeae GCGS033 N. gonorrhoeae GCGS079 N. gonorrhoeae GCGS115 N. gonorrhoeae GCGS019 N. gonorrhoeae GCGS113 N. gonorrhoeae GCGS103 N. gonorrhoeae GCGS102 N. gonorrhoeae GCGS025 N. gonorrhoeae GCGS231 N. gonorrhoeae GCGS183 N. gonorrhoeae GCGS039 N. gonorrhoeae GCGS143 N. gonorrhoeae GCGS045 N. gonorrhoeae GCGS029 N. gonorrhoeae GCGS077 N. gonorrhoeae GCGS031 N. gonorrhoeae GCGS051 N. gonorrhoeae GCGS181 N. gonorrhoeae GCGS095 N. gonorrhoeae GCGS227 N. gonorrhoeae GCGS127 N. gonorrhoeae GCGS242 N. gonorrhoeae GCGS239 N. gonorrhoeae GCGS187 N. gonorrhoeae GCGS163 N. gonorrhoeae GCGS141 N. gonorrhoeae GCGS087 N. gonorrhoeae GCGS003 N. gonorrhoeae FA19 N. gonorrhoeae GCGS008 N. gonorrhoeae GCGS146 N. gonorrhoeae GCGS186 N. gonorrhoeae GCGS188 N. gonorrhoeae GCGS090 N. gonorrhoeae MS11 N. gonorrhoeae GCGS210 N. gonorrhoeae GCGS212 N. gonorrhoeae GCGS200 N. gonorrhoeae NG05 N. gonorrhoeae n01.08 N. gonorrhoeae GCGS050 N. gonorrhoeae GCGS154 N. gonorrhoeae GCGS072 N. gonorrhoeae F62 N. gonorrhoeae GCGS184 N. gonorrhoeae FA 1090 N. gonorrhoeae FA6140 N. gonorrhoeae FA19 N. gonorrhoeae GCGS162 N. gonorrhoeae GCGS240 N. gonorrhoeae GCGS190 N. gonorrhoeae GCGS170 N. gonorrhoeae GCGS056 N. gonorrhoeae GCGS134 N. gonorrhoeae GCGS078 N. gonorrhoeae GCGS168 N. gonorrhoeae GCGS206 N. gonorrhoeae GCGS116 N. gonorrhoeae GCGS044 N. gonorrhoeae GCGS032 N. gonorrhoeae GCGS022 N. gonorrhoeae GCGS026 N. gonorrhoeae GCGS060 N. gonorrhoeae GCGS180 N. gonorrhoeae GCGS216 N. gonorrhoeae e03.04 N. gonorrhoeae GCGS208 N. gonorrhoeae ATL_2011_05­08 N. gonorrhoeae SK33414 N. gonorrhoeae MIA_2011_03­10 N. gonorrhoeae i19.05 N. gonorrhoeae GCGS150 N. gonorrhoeae GCGS142 N. gonorrhoeae GCGS010 N. gonorrhoeae GCGS144 N. gonorrhoeae SK39420 N. gonorrhoeae FA19 N. gonorrhoeae MU_NG6 N. gonorrhoeae SK­93­1035 N. gonorrhoeae DGI18 N. gonorrhoeae SK22871 N. gonorrhoeae GCGS176 N. gonorrhoeae GCGS018 N. gonorrhoeae GCGS198 N. gonorrhoeae GCGS202 N. gonorrhoeae GCGS228 N. gonorrhoeae GCGS204 N. gonorrhoeae GCGS120 N. gonorrhoeae GCGS138 N. gonorrhoeae GCGS192 N. gonorrhoeae GCGS062 N. gonorrhoeae GCGS083 N. gonorrhoeae GCGS084 N. gonorrhoeae GCGS009 N. gonorrhoeae GCGS106 N. gonorrhoeae GCGS092 N. gonorrhoeae GCGS098 N. gonorrhoeae GCGS218 N. gonorrhoeae GCGS110 N. gonorrhoeae GCGS096 N. gonorrhoeae GCGS118 N. gonorrhoeae GCGS174 N. gonorrhoeae GCGS224 N. gonorrhoeae GCGS136 N. gonorrhoeae GCGS156 N. gonorrhoeae GCGS128 N. gonorrhoeae GCGS226 N. gonorrhoeae GCGS064 N. gonorrhoeae GCGS172 N. gonorrhoeae GCGS012 N. gonorrhoeae GCGS100 N. gonorrhoeae GCGS164 N. gonorrhoeae GCGS040 N. gonorrhoeae GCGS024 N. gonorrhoeae GCGS082 N. gonorrhoeae SK29344 N. gonorrhoeae SK6987 N. gonorrhoeae SK15454 N. gonorrhoeae SK7842 N. gonorrhoeae NG_869 N. gonorrhoeae FA6140 N. gonorrhoeae PID332 N. gonorrhoeae DGI2 N. gonorrhoeae SK8976 N. gonorrhoeae SK708 N. gonorrhoeae GCGS220 N. gonorrhoeae GCGS182 N. gonorrhoeae GCGS214 N. gonorrhoeae GCGS086 N. gonorrhoeae GCGS002 N. gonorrhoeae GCGS020 N. gonorrhoeae GCGS152 N. gonorrhoeae GCGS052 N. gonorrhoeae GCGS132 N. gonorrhoeae GCGS130 N. gonorrhoeae GCGS042 N. gonorrhoeae GCGS194 N. gonorrhoeae GCGS108 N. gonorrhoeae GCGS070 N. gonorrhoeae GCGS038 N. gonorrhoeae GCGS230 N. gonorrhoeae GCGS126 N. gonorrhoeae GCGS175 N. gonorrhoeae GCGS073 N. gonorrhoeae GCGS213 N. gonorrhoeae GCGS171 N. gonorrhoeae GCGS209 N. gonorrhoeae GCGS169 N. gonorrhoeae GCGS203 N. gonorrhoeae GCGS201 N. gonorrhoeae GCGS071 N. gonorrhoeae GCGS173 N. gonorrhoeae GCGS197 N. gonorrhoeae GCGS167 N. gonorrhoeae GCGS219 N. gonorrhoeae GCGS153 N. gonorrhoeae GCGS211 N. gonorrhoeae GCGS221 N. gonorrhoeae GCGS149 N. gonorrhoeae GCGS161 N. gonorrhoeae GCGS199 N. gonorrhoeae GCGS207 N. gonorrhoeae GCGS191 N. gonorrhoeae GCGS217 N. gonorrhoeae GCGS193 N. gonorrhoeae GCGS215 N. gonorrhoeae GCGS223 N. gonorrhoeae GCGS225 N. gonorrhoeae GCGS034 N. gonorrhoeae GCGS074 N. gonorrhoeae 35/02 N. gonorrhoeae GCGS011 N. gonorrhoeae PID24­1 N. gonorrhoeae PID1 N. gonorrhoeae MS11 N. gonorrhoeae SK1902 N. gonorrhoeae ATL_2011_01­21 N. gonorrhoeae PID18 N. meningitidis Z2491 N. meningitidis 65014 N. meningitidis 63006 N. meningitidis 63041 N. meningitidis 64182 N. meningitidis 97027 N. meningitidis 63049 N. meningitidis 65012 N. meningitidis 97018 N. meningitidis 94018 N. meningitidis 96024 N. meningitidis 98005 N. meningitidis 75689 N. meningitidis 97008 N. meningitidis 75643 N. meningitidis 88050 N. meningitidis 97020 N. meningitidis 96023 N. meningitidis WUE 2594 N. meningitidis NM2254 N. meningitidis NM2524 N. meningitidis 2000080 N. meningitidis NM2810 N. meningitidis NM1364 N. meningitidis NM1826 N. meningitidis NM1758 N. meningitidis NM2394 N. meningitidis NM1893 N. meningitidis NM1549 N. meningitidis NM1976 N. meningitidis NM1550 N. meningitidis NM2393 N. meningitidis NM2717 N. meningitidis NM2382 N. meningitidis NM2814 N. meningitidis NM2606 N. meningitidis NM2441 N. meningitidis 2003022 N. meningitidis NM607 N. meningitidis 2004085 N. meningitidis NM1471 N. meningitidis NM2033 N. meningitidis 2003022 N. meningitidis NM2933 N. meningitidis NM2237 N. meningitidis NM2809 N. meningitidis 2002007 N. meningitidis NM1829 N. meningitidis NM2263 N. meningitidis NM1901 N. meningitidis NM1805 N. meningitidis NM1360 N. meningitidis NM1482 N. meningitidis NM1919 N. meningitidis NM2617 N. meningitidis NM2187 N. meningitidis NM1757 N. meningitidis NM2008 N. meningitidis NM1361 N. meningitidis NM2813 N. meningitidis NM1561 N. meningitidis NM1910 N. meningitidis NM606 N. meningitidis 2000063 N. meningitidis NM1891 N. meningitidis NM1931 N. meningitidis NM1937 N. meningitidis NM1938 N. meningitidis NM1359 N. meningitidis NM1264 N. meningitidis NM2239 N. meningitidis NM1362 N. meningitidis NM2812 N. meningitidis NM2431 N. meningitidis NM2935 N. meningitidis NM2439 N. meningitidis NM2232 N. meningitidis NM2193 N. meningitidis NM2332 N. meningitidis NM2228 N. meningitidis NM2264 N. meningitidis NM1895 N. meningitidis NM2718 N. meningitidis NM2188 N. meningitidis NM2181 N. meningitidis NM2369 N. meningitidis NM2389 N. meningitidis NM2811 N. meningitidis NM2432 N. meningitidis NM2335 N. meningitidis NM2244 N. meningitidis NM1928 N. meningitidis NM2808 N. meningitidis NM2381 N. meningitidis NM2700 N. meningitidis NM2932 N. meningitidis NM1483 N. meningitidis NM604 N. meningitidis 510612 N. meningitidis NM1673 N. meningitidis NM2032 N. meningitidis NM1666 N. meningitidis NM1578 N. meningitidis NM1963 N. meningitidis NM1797 N. meningitidis NM1837 N. meningitidis NM3129 N. meningitidis NM2602 N. meningitidis NM2857 N. meningitidis NM2206 N. meningitidis NM1544 N. meningitidis NM1921 N. meningitidis NM1845 N. meningitidis NM2856 N. meningitidis NM1779 N. meningitidis NM2934 N. meningitidis NM1892 N. meningitidis NM1325 N. meningitidis NM1573 N. meningitidis NM3128 N. meningitidis NM2701 N. meningitidis NM2009 N. meningitidis NM1831 N. meningitidis NM1446 N. meningitidis NM2025 N. meningitidis NM1363 N. meningitidis NM1672 N. meningitidis NM2433 N. meningitidis 2007056 N. meningitidis NM3652 N. meningitidis 2004090 N. meningitidis 2001212 N. meningitidis NM3642 N. meningitidis Nm1140 N. meningitidis alpha704 N. meningitidis NM2795 N. meningitidis LNP27256 N. meningitidis N. meningitidis NM586 N. meningitidis M6190 N. meningitidis S0108 N. meningitidis N. meningitidis ES14902 N. meningitidis NM1482 N. meningitidis NM95 N. meningitidis NM133 N. meningitidis NM1482 N. meningitidis M20599 N. meningitidis K1207 N. meningitidis S0108 N. meningitidis NM94 N. meningitidis NM82 N. meningitidis NM3680 N. meningitidis NM3681 N. meningitidis NM3683 N. meningitidis NM3682 N. meningitidis M7124 N. meningitidis 2005040 N. meningitidis M10208 N. meningitidis NM3686 N. meningitidis NM3685 N. meningitidis M7089 N. meningitidis M7124 N. meningitidis NM174 N. meningitidis NM3687 N. meningitidis NM3684 N. meningitidis NM3688 N. meningitidis NM126 N. meningitidis FAM18 N. meningitidis NM762 N. meningitidis L91543 N. meningitidis M12611 N. meningitidis 2001213 N. meningitidis NM43 N. meningitidis M1412 N. meningitidis 2001073 N. meningitidis 2001068 N. meningitidis NM32 N. meningitidis NM23 N. meningitidis NM35 N. meningitidis NM36 N. meningitidis 73704 N. meningitidis 2000175 N. meningitidis 2002004 N. meningitidis 2004264 N. meningitidis 2000081 N. meningitidis 2005079 N. meningitidis 2001072 N. meningitidis NM1495 N. meningitidis NM313 N. meningitidis NM3147 N. meningitidis 70012 N. meningitidis 70030 N. meningitidis 69166 N. meningitidis 61103 N. meningitidis 68094 N. meningitidis 69096 N. meningitidis 63023 N. meningitidis 61106 N. meningitidis 70021 N. meningitidis 69155 N. meningitidis 70082 N. meningitidis 69100 N. meningitidis 96060 N. meningitidis 69176 N. meningitidis NM477 N. meningitidis NM3141 N. meningitidis M13265 N. meningitidis NM3173 N. meningitidis 2002020 N. meningitidis 2002030 N. meningitidis NM1476 N. meningitidis H44/76 N. meningitidis H44/76 N. meningitidis MC58 N. meningitidis LNP21362 N. meningitidis NM418 N. meningitidis M13255 N. meningitidis 9506 N. meningitidis CU385 N. meningitidis 12888 N. meningitidis 4119 N. meningitidis NM422 N. meningitidis 9757 N. meningitidis 320503 N. meningitidis 100514 N. meningitidis 370601 N. meningitidis 100572 N. meningitidis 360624 N. meningitidis 421007 N. meningitidis 440501 N. meningitidis 340552 N. meningitidis 100530 N. meningitidis 321114 N. meningitidis 34173 N. meningitidis 311112 N. meningitidis 053442 N. meningitidis 100601 N. meningitidis Nm11003 N. meningitidis 341215 N. meningitidis 320501 N. meningitidis 220601 N. meningitidis 440902 N. meningitidis 130803 N. meningitidis 131148 N. meningitidis 420718 N. meningitidis 100603 N. meningitidis 330505 N. meningitidis Nm2732 N. meningitidis 81858 N. meningitidis 8013 N. meningitidis Nm10259 N. meningitidis Nm9418 N. meningitidis Nm6938 N. meningitidis 92045 N. meningitidis NM255 N. meningitidis 98002 N. meningitidis 2003051 N. meningitidis 73696 N. meningitidis NM134 N. meningitidis Nm8187 N. meningitidis Nm3127 N. meningitidis 2001001 N. meningitidis 2007461 N. meningitidis 2004032 N. meningitidis 992008 N. meningitidis alpha710 N. meningitidis OX99.30304 N. meningitidis NM151 N. meningitidis NZ­05/33 N. meningitidis DE9686 N. meningitidis DE9622 N. meningitidis DE9938 N. meningitidis M0579 N. meningitidis M01­240149 N. meningitidis M0579 N. meningitidis NM2657 N. meningitidis NM576 N. meningitidis NM2781 N. meningitidis NM140 N. meningitidis NM183 N. meningitidis Neisseria meningitidis CHUV N. meningitidis M13399 N. meningitidis M01­240013 N. meningitidis M04­240196 N. meningitidis 77221 N. meningitidis alpha14 N. meningitidis NM3001 N. meningitidis M01­240355 N. meningitidis 93003 N. meningitidis 93004 N. meningitidis NM3081 N. meningitidis 98008 N. meningitidis 80179 N. meningitidis ATCC 13091 N. meningitidis NM045 N. meningitidis NM2866 N. meningitidis NM003 N. meningitidis NM3139 N. meningitidis NM0552 N. meningitidis NM518 N. meningitidis NM3230 N. meningitidis 96037 N. meningitidis N1568 N. meningitidis 2002038 N. meningitidis 97021 N. meningitidis 2006087 N. meningitidis 97014 N. meningitidis 2008223 N. meningitidis 2005172 N. meningitidis NM220 N. meningitidis NM271 N. meningitidis NM115 N. meningitidis NM3144 N. meningitidis NM27 N. meningitidis NM3131 N. meningitidis NM3158 N. meningitidis NM3222 N. meningitidis NM3164 N. meningitidis Nm6756 N. meningitidis Nm8663 N. meningitidis NM27 N. meningitidis NM90 N. meningitidis NM233 N. meningitidis NS44 N. meningitidis NM80 N. meningitidis NM165 N. meningitidis NM51 N. meningitidis NM3042 N. meningitidis NM3223 N. meningitidis B6116/77 N. meningitidis G2136 N. meningitidis 98080 N. meningitidis 87255 N. meningitidis NMB N. meningitidis 961­5945 N. polysaccharea ATCC 43768 N. polysaccharea NS342 N. lactamica NS19 N. lactamica 020­06 N. lactamica Y92­1009 N. lactamica ATCC 23970 N. lactamica ATCC 23970 N. cinerea ATCC 14685 N. flavescens NRL30031/H210 N. sicca VK64 N. sicca ATCC 29256 N. meningitidis 433_NMEN N. meningitidis 1044_NMEN N. meningitidis 840_NMEN N. meningitidis 776_NMEN N. subflava NJ9703 N. meningitidis 1045_NMEN N. meningitidis 768_NMEN N. mucosa C6A N. lactamica 595_NLAC N. lactamica 583_NLAC N. lactamica 338.rep1_NLAC N. meningitidis 338.rep2_NMEN N. flavescens SK114 N. meningitidis 782_NMEN N. meningitidis 1210_NMEN N. mucosa C102 N. meningitidis 1279_NMEN N. elongata ATCC 29315 N. elongata ATCC 29315 N. sp. oral taxon 014 F0314 N. meningitidis 431_NMEN N. meningitidis 404_NMEN N. lactamica 919_NLAC N. meningitidis 313_NMEN N. meningitidis 379_NMEN N. meningitidis 378_NMEN N. sicca DS1 N. sp. GT4A_CT1 GT4A_CT1 N. macacae ATCC 33926 N. meningitidis 1273_NMEN N. sp. HMSC06F02 HMSC06F02 N. mucosa ATCC 25996 N. meningitidis 480_NMEN N. sicca 4320 N. sp. 83E34 83E34 N. sp. 74A18 74A18 N. wadsworthii 9715 N. sp. KH1503 KH1503 N. shayeganii 871 N. weaveri ATCC 51223 N. weaveri LMG 5135 N. meningitidis 491_NMEN N. sp. oral taxon 020 F0370 N. meningitidis 203_NMEN N. lactamica 914_NLAC N. bacilliformis ATCC BAA­1200 0.00 0.25 0.50 0.75 1.00 ANIm_percentage_identity
  • 31. 719 Neisseria spp. ANIm • Almost all Neisseria align to over 50% of genome • Minor complex of possible misassign- ments/novel species N. gonorrhoeae SK708 N. gonorrhoeae MU_NG1 N. gonorrhoeae PID1 N. gonorrhoeae MIA_2011_03­09 N. gonorrhoeae PID18 N. gonorrhoeae DGI2 N. gonorrhoeae SK­93­1035 N. gonorrhoeae MS11 N. gonorrhoeae FA19 N. gonorrhoeae SK­92­679 N. gonorrhoeae PID332 N. gonorrhoeae SK33414 N. gonorrhoeae MS11 N. gonorrhoeae GCGS033 N. gonorrhoeae NCCP11945 N. gonorrhoeae MIA_2011_03­10 N. gonorrhoeae FA19 N. gonorrhoeae GCGS227 N. gonorrhoeae GCGS242 N. gonorrhoeae GCGS061 N. gonorrhoeae GCGS089 N. gonorrhoeae GCGS103 N. gonorrhoeae GCGS095 N. gonorrhoeae GCGS189 N. gonorrhoeae GCGS181 N. gonorrhoeae GCGS131 N. gonorrhoeae GCGS079 N. gonorrhoeae GCGS115 N. gonorrhoeae GCGS239 N. gonorrhoeae GCGS135 N. gonorrhoeae GCGS069 N. gonorrhoeae GCGS113 N. gonorrhoeae GCGS205 N. gonorrhoeae GCGS039 N. gonorrhoeae GCGS195 N. gonorrhoeae GCGS133 N. gonorrhoeae GCGS051 N. gonorrhoeae GCGS067 N. gonorrhoeae GCGS055 N. gonorrhoeae GCGS127 N. gonorrhoeae GCGS019 N. gonorrhoeae GCGS166 N. gonorrhoeae GCGS053 N. gonorrhoeae GCGS141 N. gonorrhoeae GCGS143 N. gonorrhoeae GCGS102 N. gonorrhoeae GCGS183 N. gonorrhoeae GCGS140 N. gonorrhoeae GCGS004 N. gonorrhoeae GCGS194 N. gonorrhoeae GCGS152 N. gonorrhoeae GCGS182 N. gonorrhoeae GCGS214 N. gonorrhoeae GCGS222 N. gonorrhoeae GCGS054 N. gonorrhoeae GCGS034 N. gonorrhoeae GCGS209 N. gonorrhoeae GCGS171 N. gonorrhoeae GCGS164 N. gonorrhoeae GCGS073 N. gonorrhoeae GCGS213 N. gonorrhoeae GCGS169 N. gonorrhoeae n01.08 N. gonorrhoeae GCGS173 N. gonorrhoeae GCGS071 N. gonorrhoeae GCGS080 N. gonorrhoeae GCGS170 N. gonorrhoeae GCGS056 N. gonorrhoeae GCGS036 N. gonorrhoeae GCGS177 N. gonorrhoeae GCGS190 N. gonorrhoeae GCGS052 N. gonorrhoeae GCGS234 N. gonorrhoeae GCGS240 N. gonorrhoeae GCGS236 N. gonorrhoeae FA19 N. gonorrhoeae GCGS203 N. gonorrhoeae GCGS153 N. gonorrhoeae GCGS197 N. gonorrhoeae GCGS200 N. gonorrhoeae GCGS175 N. gonorrhoeae GCGS167 N. gonorrhoeae GCGS201 N. gonorrhoeae GCGS022 N. gonorrhoeae GCGS108 N. gonorrhoeae GCGS122 N. gonorrhoeae GCGS196 N. gonorrhoeae GCGS070 N. gonorrhoeae GCGS238 N. gonorrhoeae ALB_2011_01­02 N. gonorrhoeae MU_NG5 N. gonorrhoeae GCGS078 N. gonorrhoeae GCGS221 N. gonorrhoeae GCGS011 N. gonorrhoeae GCGS206 N. gonorrhoeae GCGS116 N. gonorrhoeae GCGS211 N. gonorrhoeae GCGS217 N. gonorrhoeae GCGS106 N. gonorrhoeae GCGS191 N. gonorrhoeae GCGS100 N. gonorrhoeae GCGS026 N. gonorrhoeae GCGS232 N. gonorrhoeae GCGS023 N. gonorrhoeae GCGS042 N. gonorrhoeae GCGS148 N. gonorrhoeae GCGS006 N. gonorrhoeae GCGS132 N. gonorrhoeae GCGS094 N. gonorrhoeae GCGS130 N. gonorrhoeae GCGS084 N. gonorrhoeae GCGS118 N. gonorrhoeae GCGS198 N. gonorrhoeae GCGS060 N. gonorrhoeae GCGS228 N. gonorrhoeae GCGS202 N. gonorrhoeae GCGS018 N. gonorrhoeae GCGS176 N. gonorrhoeae GCGS038 N. gonorrhoeae GCGS009 N. gonorrhoeae GCGS062 N. gonorrhoeae GCGS010 N. gonorrhoeae GCGS074 N. gonorrhoeae GCGS096 N. gonorrhoeae GCGS174 N. gonorrhoeae GCGS120 N. gonorrhoeae GCGS224 N. gonorrhoeae GCGS204 N. gonorrhoeae GCGS020 N. gonorrhoeae GCGS235 N. gonorrhoeae GCGS137 N. gonorrhoeae GCGS003 N. gonorrhoeae GCGS068 N. gonorrhoeae GCGS007 N. gonorrhoeae GCGS091 N. gonorrhoeae GCGS220 N. gonorrhoeae GCGS104 N. gonorrhoeae GCGS037 N. gonorrhoeae GCGS187 N. gonorrhoeae GCGS017 N. gonorrhoeae GCGS241 N. gonorrhoeae GCGS125 N. gonorrhoeae GCGS107 N. gonorrhoeae GCGS157 N. gonorrhoeae GCGS049 N. gonorrhoeae GCGS027 N. gonorrhoeae GCGS233 N. gonorrhoeae GCGS151 N. gonorrhoeae GCGS059 N. gonorrhoeae GCGS123 N. gonorrhoeae GCGS147 N. gonorrhoeae GCGS076 N. gonorrhoeae GCGS129 N. gonorrhoeae GCGS001 N. gonorrhoeae GCGS057 N. gonorrhoeae GCGS035 N. gonorrhoeae GCGS155 N. gonorrhoeae GCGS030 N. gonorrhoeae GCGS185 N. gonorrhoeae GCGS160 N. gonorrhoeae GCGS165 N. gonorrhoeae GCGS159 N. gonorrhoeae GCGS085 N. gonorrhoeae GCGS087 N. gonorrhoeae GCGS109 N. gonorrhoeae GCGS066 N. gonorrhoeae GCGS031 N. gonorrhoeae GCGS163 N. gonorrhoeae GCGS139 N. gonorrhoeae GCGS029 N. gonorrhoeae GCGS065 N. gonorrhoeae GCGS025 N. gonorrhoeae GCGS045 N. gonorrhoeae GCGS231 N. gonorrhoeae GCGS077 N. gonorrhoeae GCGS075 N. gonorrhoeae GCGS145 N. gonorrhoeae GCGS119 N. gonorrhoeae GCGS237 N. gonorrhoeae GCGS117 N. gonorrhoeae GCGS097 N. gonorrhoeae GCGS005 N. gonorrhoeae GCGS048 N. gonorrhoeae GCGS028 N. gonorrhoeae GCGS124 N. gonorrhoeae GCGS178 N. gonorrhoeae GCGS105 N. gonorrhoeae GCGS101 N. gonorrhoeae GCGS229 N. gonorrhoeae GCGS114 N. gonorrhoeae GCGS046 N. gonorrhoeae GCGS047 N. gonorrhoeae GCGS063 N. gonorrhoeae GCGS088 N. gonorrhoeae GCGS041 N. gonorrhoeae GCGS043 N. gonorrhoeae FA6140 N. gonorrhoeae MU_NG18 N. gonorrhoeae DGI18 N. gonorrhoeae ATL_2011_01_05 N. gonorrhoeae ATL_2011_01_08 N. gonorrhoeae MU_NG26 N. gonorrhoeae ALB_2011_03_03 N. gonorrhoeae ATL_2011_01_03 N. gonorrhoeae MU_NG4 N. gonorrhoeae MU_NG21 N. gonorrhoeae ATL_2011_01_17 N. gonorrhoeae PID24­1 N. gonorrhoeae 1291 N. gonorrhoeae 35/02 N. gonorrhoeae i19.05 N. gonorrhoeae NYC_2011_05_07 N. gonorrhoeae MU_NG15 N. gonorrhoeae MU_NG14 N. gonorrhoeae MU_NG12 N. gonorrhoeae NG_869 N. gonorrhoeae CH811 N. gonorrhoeae e03.04 N. gonorrhoeae MU_NG19 N. gonorrhoeae ATL_2011_01­21 N. gonorrhoeae NOR_2011_03­06 N. gonorrhoeae NYC_2011_05_13 N. gonorrhoeae GC1­182 N. gonorrhoeae MU_NG23 N. gonorrhoeae MU_NG17 N. gonorrhoeae SK15454 N. gonorrhoeae MIA_2011_05­16 N. gonorrhoeae FA 1090 N. gonorrhoeae m07.05 N. gonorrhoeae SK22871 N. gonorrhoeae SK7461 N. gonorrhoeae MU_NG9 N. gonorrhoeae MIA_2011_02_02 N. gonorrhoeae ALB_2011_04_03 N. gonorrhoeae MU_NG6 N. gonorrhoeae SK1902 N. gonorrhoeae MIA_2011_05­10 N. gonorrhoeae GCGS142 N. gonorrhoeae SK29344 N. gonorrhoeae SK28355 N. gonorrhoeae SK17973 N. gonorrhoeae SK6987 N. gonorrhoeae SK16942 N. gonorrhoeae SK7842 N. gonorrhoeae SK12684 N. gonorrhoeae SK29471 N. gonorrhoeae GCGS210 N. gonorrhoeae GCGS212 N. gonorrhoeae GCGS040 N. gonorrhoeae SK39420 N. gonorrhoeae MU_NG8 N. gonorrhoeae MU_NG3 N. gonorrhoeae MU_NG20 N. gonorrhoeae SK8976 N. gonorrhoeae F62 N. gonorrhoeae SK32402 N. gonorrhoeae GCGS064 N. gonorrhoeae SK36809 N. gonorrhoeae GCGS184 N. gonorrhoeae GCGS082 N. gonorrhoeae GCGS024 N. gonorrhoeae ATL_2011_05­13 N. gonorrhoeae G2891 N. gonorrhoeae ATL_2011_05­08 N. gonorrhoeae MIA_2011_05­15 N. gonorrhoeae MU_NG25 N. gonorrhoeae GCGS050 N. gonorrhoeae SK23020 N. gonorrhoeae GCGS012 N. gonorrhoeae GCGS215 N. gonorrhoeae GCGS225 N. gonorrhoeae GCGS168 N. gonorrhoeae GCGS199 N. gonorrhoeae GCGS219 N. gonorrhoeae GCGS193 N. gonorrhoeae 09_10_003 N. gonorrhoeae ATL_2011_01­25 N. gonorrhoeae GCGS072 N. gonorrhoeae GCGS162 N. gonorrhoeae FA6140 N. gonorrhoeae 35/02 N. gonorrhoeae GCGS150 N. gonorrhoeae GCGS216 N. gonorrhoeae GCGS186 N. gonorrhoeae GCGS090 N. gonorrhoeae GCGS188 N. gonorrhoeae GCGS008 N. gonorrhoeae SK16259 N. gonorrhoeae SK14515 N. gonorrhoeae NG05 N. gonorrhoeae GCGS180 N. gonorrhoeae GCGS208 N. gonorrhoeae GCGS154 N. gonorrhoeae GCGS146 N. gonorrhoeae GCGS218 N. gonorrhoeae GCGS128 N. gonorrhoeae GCGS226 N. gonorrhoeae GCGS032 N. gonorrhoeae GCGS126 N. gonorrhoeae GCGS092 N. gonorrhoeae GCGS098 N. gonorrhoeae GCGS058 N. gonorrhoeae GCGS002 N. gonorrhoeae GCGS086 N. gonorrhoeae GCGS207 N. gonorrhoeae GCGS161 N. gonorrhoeae GCGS134 N. gonorrhoeae GCGS223 N. gonorrhoeae GCGS149 N. gonorrhoeae GCGS138 N. gonorrhoeae GCGS110 N. gonorrhoeae GCGS083 N. gonorrhoeae GCGS192 N. gonorrhoeae GCGS136 N. gonorrhoeae GCGS156 N. gonorrhoeae GCGS172 N. gonorrhoeae GCGS144 N. gonorrhoeae GCGS230 N. gonorrhoeae GCGS044 N. gonorrhoeae GCGS081 N. gonorrhoeae GCGS179 N. gonorrhoeae GCGS121 N. gonorrhoeae GCGS021 N. gonorrhoeae GCGS158 N. gonorrhoeae GCGS099 N. gonorrhoeae GCGS093 N. polysaccharea ATCC 43768 N. polysaccharea NS342 N. lactamica NS19 N. cinerea ATCC 14685 N. lactamica 020­06 N. lactamica ATCC 23970 N. lactamica ATCC 23970 N. lactamica Y92­1009 N. meningitidis NM233 N. meningitidis Nm11003 N. meningitidis K1207 N. meningitidis S0108 N. meningitidis NM2701 N. meningitidis NM2264 N. meningitidis NM1549 N. meningitidis NM1550 N. meningitidis NM1831 N. meningitidis NM1325 N. meningitidis NM1976 N. meningitidis NM2254 N. meningitidis NM2032 N. meningitidis NM2933 N. meningitidis NM2394 N. meningitidis NM1893 N. meningitidis NM2524 N. meningitidis NM1779 N. meningitidis NM1672 N. meningitidis NM1826 N. meningitidis NM1573 N. meningitidis NM3128 N. meningitidis NM2856 N. meningitidis NM2932 N. meningitidis NM1797 N. meningitidis NM1937 N. meningitidis NM1758 N. meningitidis NM2228 N. meningitidis NM2009 N. meningitidis NM1892 N. meningitidis NM1673 N. meningitidis NM2617 N. meningitidis NM1446 N. meningitidis NM2187 N. meningitidis NM2433 N. meningitidis NM1921 N. meningitidis NM1363 N. meningitidis NM2857 N. meningitidis NM1845 N. meningitidis NM2934 N. meningitidis NM2441 N. meningitidis NM2700 N. meningitidis NM2602 N. meningitidis NM2393 N. meningitidis NM1910 N. meningitidis NM1471 N. meningitidis NM1364 N. meningitidis NM1901 N. meningitidis NM2809 N. meningitidis NM1483 N. meningitidis NM1829 N. meningitidis NM2718 N. meningitidis NM1264 N. meningitidis NM2813 N. meningitidis NM2237 N. meningitidis NM2181 N. meningitidis NM1359 N. meningitidis NM1963 N. meningitidis NM2239 N. meningitidis NM1938 N. meningitidis NM1561 N. meningitidis NM1891 N. meningitidis NM2008 N. meningitidis NM2381 N. meningitidis NM1578 N. meningitidis NM2193 N. meningitidis NM2431 N. meningitidis NM1928 N. meningitidis NM2206 N. meningitidis NM1757 N. meningitidis NM2812 N. meningitidis NM2432 N. meningitidis NM2232 N. meningitidis NM2025 N. meningitidis NM2808 N. meningitidis NM1837 N. meningitidis NM2811 N. meningitidis NM2717 N. meningitidis NM1931 N. meningitidis NM2263 N. meningitidis NM2810 N. meningitidis NM2332 N. meningitidis NM1805 N. meningitidis NM1360 N. meningitidis NM2382 N. meningitidis NM1482 N. meningitidis NM2335 N. meningitidis NM1895 N. meningitidis NM2606 N. meningitidis NM2389 N. meningitidis NM1362 N. meningitidis NM1361 N. meningitidis NM2369 N. meningitidis NM1919 N. meningitidis NM2244 N. meningitidis NM3129 N. meningitidis NM2935 N. meningitidis NM1666 N. meningitidis NM2814 N. meningitidis NM2439 N. meningitidis NM2188 N. meningitidis NM1544 N. meningitidis 2000063 N. meningitidis 2004085 N. meningitidis NM3158 N. meningitidis Nm8663 N. meningitidis NM43 N. meningitidis 2001073 N. meningitidis NM1482 N. meningitidis 420718 N. meningitidis 131148 N. meningitidis 2001213 N. meningitidis NM95 N. meningitidis Nm9418 N. meningitidis Nm10259 N. meningitidis Nm6756 N. meningitidis 340552 N. meningitidis 440902 N. meningitidis M13265 N. meningitidis 360624 N. meningitidis Neisseria meningitidis CHUV N. meningitidis 100603 N. meningitidis 130803 N. meningitidis 330505 N. meningitidis 100514 N. meningitidis NM220 N. meningitidis NS44 N. meningitidis NM3680 N. meningitidis NM36 N. meningitidis NM3684 N. meningitidis Nm1140 N. meningitidis 992008 N. meningitidis NM3685 N. meningitidis NM3688 N. meningitidis 341215 N. meningitidis 100601 N. meningitidis NM3230 N. meningitidis S0108 N. meningitidis 2002004 N. meningitidis M0579 N. meningitidis NM1476 N. meningitidis NM2866 N. meningitidis NM3147 N. meningitidis NM3164 N. meningitidis 73696 N. meningitidis NM82 N. meningitidis 2000081 N. meningitidis M01­240355 N. meningitidis NM045 N. meningitidis NM0552 N. meningitidis 2002020 N. meningitidis 63023 N. meningitidis 2003051 N. meningitidis 96060 N. meningitidis 2007461 N. meningitidis NM271 N. meningitidis 81858 N. meningitidis alpha14 N. meningitidis ATCC 13091 N. meningitidis M04­240196 N. meningitidis H44/76 N. meningitidis NZ­05/33 N. meningitidis NM606 N. meningitidis 97018 N. meningitidis 64182 N. meningitidis 97027 N. meningitidis NM604 N. meningitidis 97008 N. meningitidis 70021 N. meningitidis 61106 N. meningitidis 70082 N. meningitidis 69100 N. meningitidis 2003022 N. meningitidis 75643 N. meningitidis 65012 N. meningitidis 94018 N. meningitidis 73704 N. meningitidis CU385 N. meningitidis NM2795 N. meningitidis M12611 N. meningitidis LNP27256 N. meningitidis DE9622 N. meningitidis NM2781 N. meningitidis 320501 N. meningitidis 100572 N. meningitidis 311112 N. meningitidis NMB N. meningitidis M1412 N. meningitidis NM140 N. meningitidis 80179 N. meningitidis DE9686 N. meningitidis 100530 N. meningitidis 320503 N. meningitidis 321114 N. meningitidis 220601 N. meningitidis 421007 N. meningitidis 370601 N. meningitidis H44/76 N. meningitidis 69155 N. meningitidis NM3223 N. meningitidis 2004032 N. meningitidis DE9938 N. meningitidis Nm3127 N. meningitidis 440501 N. meningitidis 34173 N. meningitidis Nm8187 N. meningitidis Nm2732 N. meningitidis alpha704 N. meningitidis Nm6938 N. meningitidis N. meningitidis NM003 N. meningitidis NM165 N. meningitidis NM51 N. meningitidis N. meningitidis NM133 N. meningitidis NM3141 N. meningitidis 96037 N. meningitidis NM151 N. meningitidis NM3042 N. meningitidis NM3222 N. meningitidis NM90 N. meningitidis NM1482 N. meningitidis NM3139 N. meningitidis 2008223 N. meningitidis NM27 N. meningitidis 2005172 N. meningitidis NM23 N. meningitidis NM94 N. meningitidis 2001068 N. meningitidis 2005079 N. meningitidis 2004264 N. meningitidis NM477 N. meningitidis NM35 N. meningitidis 2001001 N. meningitidis NM518 N. meningitidis B6116/77 N. meningitidis G2136 N. meningitidis M10208 N. meningitidis NM3686 N. meningitidis NM3682 N. meningitidis NM313 N. meningitidis NM115 N. meningitidis NM3173 N. meningitidis NM134 N. meningitidis 98002 N. meningitidis NM27 N. meningitidis NM80 N. meningitidis 2002030 N. meningitidis M01­240149 N. meningitidis LNP21362 N. meningitidis M7124 N. meningitidis FAM18 N. meningitidis NM3683 N. meningitidis 2000175 N. meningitidis 2005040 N. meningitidis NM1495 N. meningitidis NM32 N. meningitidis 2001072 N. meningitidis 75689 N. meningitidis NM607 N. meningitidis NM2033 N. meningitidis 96024 N. meningitidis 2003022 N. meningitidis 2002007 N. meningitidis 98005 N. meningitidis 2000080 N. meningitidis Z2491 N. meningitidis 69176 N. meningitidis NM3131 N. meningitidis NM3144 N. meningitidis 2001212 N. meningitidis 63049 N. meningitidis 61103 N. meningitidis 053442 N. meningitidis NM576 N. meningitidis NM2657 N. meningitidis NM3001 N. meningitidis 4119 N. meningitidis 92045 N. meningitidis L91543 N. meningitidis 93003 N. meningitidis NM183 N. meningitidis N1568 N. meningitidis M6190 N. meningitidis ES14902 N. meningitidis NM174 N. meningitidis 87255 N. meningitidis OX99.30304 N. meningitidis NM586 N. meningitidis 98080 N. meningitidis M7089 N. meningitidis NM255 N. meningitidis 510612 N. meningitidis WUE 2594 N. meningitidis 63006 N. meningitidis 68094 N. meningitidis 63041 N. meningitidis 97020 N. meningitidis NM3642 N. meningitidis 2004090 N. meningitidis 88050 N. meningitidis 96023 N. meningitidis 69166 N. meningitidis 70012 N. meningitidis NM3652 N. meningitidis 2007056 N. meningitidis 65014 N. meningitidis 961­5945 N. meningitidis MC58 N. meningitidis 93004 N. meningitidis 8013 N. meningitidis 12888 N. meningitidis NM3081 N. meningitidis NM418 N. meningitidis NM422 N. meningitidis M0579 N. meningitidis M01­240013 N. meningitidis alpha710 N. meningitidis 9506 N. meningitidis M13399 N. meningitidis NM3681 N. meningitidis NM3687 N. meningitidis 97014 N. meningitidis 69096 N. meningitidis 9757 N. meningitidis 97021 N. meningitidis 2006087 N. meningitidis M20599 N. meningitidis 77221 N. meningitidis M13255 N. meningitidis 98008 N. meningitidis NM762 N. meningitidis M7124 N. meningitidis NM126 N. meningitidis 70030 N. meningitidis 2002038 N. meningitidis 480_NMEN N. sp. HMSC06F02 HMSC06F02 N. sicca 4320 N. sicca DS1 N. mucosa ATCC 25996 N. meningitidis 782_NMEN N. flavescens SK114 N. mucosa C102 N. meningitidis 338.rep2_NMEN N. lactamica 338.rep1_NLAC N. mucosa C6A N. flavescens NRL30031/H210 N. sicca VK64 N. meningitidis 379_NMEN N. meningitidis 378_NMEN N. meningitidis 313_NMEN N. sp. oral taxon 014 F0314 N. subflava NJ9703 N. lactamica 595_NLAC N. lactamica 583_NLAC N. meningitidis 433_NMEN N. meningitidis 1045_NMEN N. meningitidis 1044_NMEN N. meningitidis 840_NMEN N. meningitidis 776_NMEN N. meningitidis 1210_NMEN N. meningitidis 768_NMEN N. sp. GT4A_CT1 GT4A_CT1 N. macacae ATCC 33926 N. sicca ATCC 29256 N. meningitidis 1273_NMEN N. lactamica 919_NLAC N. meningitidis 1279_NMEN N. meningitidis 431_NMEN N. meningitidis 404_NMEN N. elongata ATCC 29315 N. elongata ATCC 29315 N. sp. oral taxon 020 F0370 N. bacilliformis ATCC BAA­1200 N. lactamica 914_NLAC N. meningitidis 203_NMEN N. meningitidis 491_NMEN N. sp. 74A18 74A18 N. weaveri ATCC 51223 N. weaveri LMG 5135 N. sp. KH1503 KH1503 N. sp. 83E34 83E34 N. shayeganii 871 N. wadsworthii 9715 N. cinerea ATCC 14685 N. lactamica ATCC 23970 N. lactamica 020­06 N. lactamica ATCC 23970 N. lactamica Y92­1009 N. polysaccharea NS342 N. polysaccharea ATCC 43768 N. lactamica NS19 N. gonorrhoeae 09_10_003 N. gonorrhoeae SK7461 N. gonorrhoeae SK16259 N. gonorrhoeae SK14515 N. gonorrhoeae PID1 N. gonorrhoeae PID332 N. gonorrhoeae DGI2 N. gonorrhoeae MU_NG9 N. gonorrhoeae MU_NG1 N. gonorrhoeae MIA_2011_03­09 N. gonorrhoeae MIA_2011_02_02 N. gonorrhoeae ALB_2011_04_03 N. gonorrhoeae NYC_2011_05_07 N. gonorrhoeae MU_NG15 N. gonorrhoeae NYC_2011_05_13 N. gonorrhoeae PID18 N. gonorrhoeae GC1­182 N. gonorrhoeae MU_NG14 N. gonorrhoeae MU_NG12 N. gonorrhoeae MU_NG21 N. gonorrhoeae ATL_2011_01_17 N. gonorrhoeae ATL_2011_01_08 N. gonorrhoeae MU_NG26 N. gonorrhoeae 35/02 N. gonorrhoeae MU_NG23 N. gonorrhoeae MU_NG17 N. gonorrhoeae ALB_2011_03_03 N. gonorrhoeae ATL_2011_01_03 N. gonorrhoeae MU_NG4 N. gonorrhoeae MU_NG20 N. gonorrhoeae 1291 N. gonorrhoeae SK­92­679 N. gonorrhoeae MU_NG19 N. gonorrhoeae DGI18 N. gonorrhoeae FA6140 N. gonorrhoeae PID24­1 N. gonorrhoeae SK­93­1035 N. gonorrhoeae MU_NG8 N. gonorrhoeae MU_NG18 N. gonorrhoeae MU_NG3 N. gonorrhoeae ATL_2011_01_05 N. gonorrhoeae MS11 N. gonorrhoeae GCGS033 N. gonorrhoeae GCGS227 N. gonorrhoeae GCGS242 N. gonorrhoeae GCGS061 N. gonorrhoeae GCGS089 N. gonorrhoeae GCGS135 N. gonorrhoeae GCGS069 N. gonorrhoeae GCGS095 N. gonorrhoeae GCGS181 N. gonorrhoeae GCGS189 N. gonorrhoeae GCGS131 N. gonorrhoeae GCGS240 N. gonorrhoeae GCGS036 N. gonorrhoeae GCGS103 N. gonorrhoeae GCGS127 N. gonorrhoeae GCGS113 N. gonorrhoeae GCGS079 N. gonorrhoeae GCGS239 N. gonorrhoeae GCGS115 N. gonorrhoeae GCGS177 N. gonorrhoeae FA19 N. gonorrhoeae GCGS102 N. gonorrhoeae GCGS166 N. gonorrhoeae GCGS053 N. gonorrhoeae GCGS183 N. gonorrhoeae GCGS019 N. gonorrhoeae GCGS066 N. gonorrhoeae GCGS143 N. gonorrhoeae GCGS031 N. gonorrhoeae GCGS163 N. gonorrhoeae GCGS141 N. gonorrhoeae GCGS205 N. gonorrhoeae GCGS039 N. gonorrhoeae GCGS051 N. gonorrhoeae GCGS067 N. gonorrhoeae GCGS133 N. gonorrhoeae GCGS055 N. gonorrhoeae GCGS195 N. gonorrhoeae FA19 N. gonorrhoeae GCGS075 N. gonorrhoeae NCCP11945 N. gonorrhoeae GCGS028 N. gonorrhoeae GCGS124 N. gonorrhoeae GCGS237 N. gonorrhoeae GCGS097 N. gonorrhoeae GCGS005 N. gonorrhoeae GCGS117 N. gonorrhoeae GCGS119 N. gonorrhoeae GCGS241 N. gonorrhoeae GCGS145 N. gonorrhoeae GCGS048 N. gonorrhoeae GCGS087 N. gonorrhoeae GCGS085 N. gonorrhoeae GCGS160 N. gonorrhoeae GCGS165 N. gonorrhoeae GCGS159 N. gonorrhoeae GCGS129 N. gonorrhoeae GCGS001 N. gonorrhoeae GCGS027 N. gonorrhoeae GCGS107 N. gonorrhoeae GCGS157 N. gonorrhoeae GCGS109 N. gonorrhoeae GCGS125 N. gonorrhoeae GCGS049 N. gonorrhoeae GCGS151 N. gonorrhoeae GCGS233 N. gonorrhoeae GCGS035 N. gonorrhoeae GCGS059 N. gonorrhoeae GCGS155 N. gonorrhoeae GCGS076 N. gonorrhoeae GCGS057 N. gonorrhoeae GCGS123 N. gonorrhoeae GCGS147 N. gonorrhoeae GCGS209 N. gonorrhoeae GCGS171 N. gonorrhoeae GCGS164 N. gonorrhoeae GCGS054 N. gonorrhoeae n01.08 N. gonorrhoeae GCGS173 N. gonorrhoeae GCGS071 N. gonorrhoeae GCGS170 N. gonorrhoeae GCGS056 N. gonorrhoeae GCGS222 N. gonorrhoeae GCGS213 N. gonorrhoeae GCGS169 N. gonorrhoeae GCGS200 N. gonorrhoeae GCGS190 N. gonorrhoeae GCGS236 N. gonorrhoeae GCGS052 N. gonorrhoeae GCGS234 N. gonorrhoeae GCGS175 N. gonorrhoeae GCGS197 N. gonorrhoeae GCGS167 N. gonorrhoeae GCGS203 N. gonorrhoeae GCGS153 N. gonorrhoeae GCGS201 N. gonorrhoeae GCGS220 N. gonorrhoeae GCGS007 N. gonorrhoeae GCGS068 N. gonorrhoeae GCGS030 N. gonorrhoeae GCGS185 N. gonorrhoeae GCGS235 N. gonorrhoeae GCGS137 N. gonorrhoeae GCGS020 N. gonorrhoeae GCGS094 N. gonorrhoeae GCGS130 N. gonorrhoeae GCGS023 N. gonorrhoeae GCGS232 N. gonorrhoeae GCGS042 N. gonorrhoeae GCGS132 N. gonorrhoeae GCGS148 N. gonorrhoeae GCGS006 N. gonorrhoeae GCGS091 N. gonorrhoeae GCGS003 N. gonorrhoeae GCGS104 N. gonorrhoeae GCGS122 N. gonorrhoeae GCGS238 N. gonorrhoeae GCGS070 N. gonorrhoeae GCGS108 N. gonorrhoeae GCGS196 N. gonorrhoeae GCGS022 N. gonorrhoeae GCGS034 N. gonorrhoeae GCGS073 N. gonorrhoeae GCGS194 N. gonorrhoeae GCGS152 N. gonorrhoeae GCGS080 N. gonorrhoeae GCGS214 N. gonorrhoeae GCGS182 N. gonorrhoeae GCGS140 N. gonorrhoeae GCGS004 N. gonorrhoeae GCGS037 N. gonorrhoeae GCGS187 N. gonorrhoeae GCGS017 N. gonorrhoeae GCGS025 N. gonorrhoeae GCGS065 N. gonorrhoeae GCGS139 N. gonorrhoeae GCGS029 N. gonorrhoeae GCGS045 N. gonorrhoeae GCGS231 N. gonorrhoeae GCGS077 N. gonorrhoeae GCGS002 N. gonorrhoeae GCGS121 N. gonorrhoeae GCGS058 N. gonorrhoeae GCGS134 N. gonorrhoeae GCGS223 N. gonorrhoeae GCGS149 N. gonorrhoeae GCGS161 N. gonorrhoeae GCGS215 N. gonorrhoeae GCGS012 N. gonorrhoeae GCGS207 N. gonorrhoeae GCGS086 N. gonorrhoeae GCGS081 N. gonorrhoeae GCGS178 N. gonorrhoeae GCGS105 N. gonorrhoeae GCGS101 N. gonorrhoeae GCGS046 N. gonorrhoeae GCGS047 N. gonorrhoeae GCGS099 N. gonorrhoeae GCGS093 N. gonorrhoeae GCGS158 N. gonorrhoeae GCGS229 N. gonorrhoeae GCGS041 N. gonorrhoeae GCGS114 N. gonorrhoeae GCGS179 N. gonorrhoeae GCGS063 N. gonorrhoeae GCGS043 N. gonorrhoeae GCGS088 N. gonorrhoeae GCGS021 N. gonorrhoeae GCGS142 N. gonorrhoeae GCGS092 N. gonorrhoeae GCGS098 N. gonorrhoeae GCGS032 N. gonorrhoeae F62 N. gonorrhoeae GCGS126 N. gonorrhoeae MIA_2011_05­10 N. gonorrhoeae GCGS210 N. gonorrhoeae GCGS040 N. gonorrhoeae GCGS226 N. gonorrhoeae GCGS212 N. gonorrhoeae GCGS128 N. gonorrhoeae ALB_2011_01­02 N. gonorrhoeae GCGS072 N. gonorrhoeae MU_NG5 N. gonorrhoeae GCGS162 N. gonorrhoeae GCGS206 N. gonorrhoeae GCGS116 N. gonorrhoeae GCGS191 N. gonorrhoeae GCGS217 N. gonorrhoeae GCGS100 N. gonorrhoeae GCGS026 N. gonorrhoeae GCGS221 N. gonorrhoeae GCGS106 N. gonorrhoeae GCGS211 N. gonorrhoeae GCGS078 N. gonorrhoeae GCGS011 N. gonorrhoeae 35/02 N. gonorrhoeae FA6140 N. gonorrhoeae GCGS184 N. gonorrhoeae GCGS110 N. gonorrhoeae GCGS082 N. gonorrhoeae G2891 N. gonorrhoeae GCGS050 N. gonorrhoeae GCGS225 N. gonorrhoeae GCGS219 N. gonorrhoeae GCGS199 N. gonorrhoeae GCGS168 N. gonorrhoeae GCGS150 N. gonorrhoeae GCGS193 N. gonorrhoeae ATL_2011_01­25 N. gonorrhoeae SK36809 N. gonorrhoeae SK32402 N. gonorrhoeae GCGS224 N. gonorrhoeae GCGS204 N. gonorrhoeae GCGS174 N. gonorrhoeae GCGS120 N. gonorrhoeae i19.05 N. gonorrhoeae GCGS064 N. gonorrhoeae GCGS138 N. gonorrhoeae GCGS156 N. gonorrhoeae GCGS136 N. gonorrhoeae GCGS192 N. gonorrhoeae GCGS230 N. gonorrhoeae GCGS144 N. gonorrhoeae GCGS172 N. gonorrhoeae GCGS083 N. gonorrhoeae SK39420 N. gonorrhoeae e03.04 N. gonorrhoeae GCGS218 N. gonorrhoeae GCGS024 N. gonorrhoeae GCGS044 N. gonorrhoeae SK23020 N. gonorrhoeae MU_NG25 N. gonorrhoeae ATL_2011_05­08 N. gonorrhoeae MIA_2011_05­15 N. gonorrhoeae SK33414 N. gonorrhoeae GCGS154 N. gonorrhoeae GCGS146 N. gonorrhoeae GCGS096 N. gonorrhoeae GCGS060 N. gonorrhoeae GCGS228 N. gonorrhoeae GCGS202 N. gonorrhoeae GCGS188 N. gonorrhoeae GCGS216 N. gonorrhoeae GCGS176 N. gonorrhoeae GCGS018 N. gonorrhoeae GCGS186 N. gonorrhoeae GCGS090 N. gonorrhoeae GCGS118 N. gonorrhoeae GCGS198 N. gonorrhoeae GCGS008 N. gonorrhoeae GCGS084 N. gonorrhoeae SK22871 N. gonorrhoeae GCGS010 N. gonorrhoeae GCGS074 N. gonorrhoeae GCGS208 N. gonorrhoeae NG05 N. gonorrhoeae GCGS180 N. gonorrhoeae GCGS062 N. gonorrhoeae GCGS009 N. gonorrhoeae GCGS038 N. gonorrhoeae SK7842 N. gonorrhoeae NOR_2011_03­06 N. gonorrhoeae ATL_2011_01­21 N. gonorrhoeae SK29471 N. gonorrhoeae SK29344 N. gonorrhoeae SK6987 N. gonorrhoeae SK8976 N. gonorrhoeae SK12684 N. gonorrhoeae MS11 N. gonorrhoeae FA19 N. gonorrhoeae SK16942 N. gonorrhoeae SK28355 N. gonorrhoeae SK17973 N. gonorrhoeae CH811 N. gonorrhoeae NG_869 N. gonorrhoeae ATL_2011_05­13 N. gonorrhoeae SK708 N. gonorrhoeae MIA_2011_05­16 N. gonorrhoeae SK1902 N. gonorrhoeae MU_NG6 N. gonorrhoeae SK15454 N. gonorrhoeae MIA_2011_03­10 N. gonorrhoeae FA 1090 N. gonorrhoeae m07.05 N. meningitidis 98008 N. meningitidis 93004 N. meningitidis NM3081 N. meningitidis 70012 N. meningitidis 61106 N. meningitidis M12611 N. meningitidis NM576 N. meningitidis CU385 N. meningitidis NM2657 N. meningitidis 96023 N. meningitidis 63049 N. meningitidis 2007056 N. meningitidis 69166 N. meningitidis 61103 N. meningitidis 2001212 N. meningitidis 70030 N. meningitidis WUE 2594 N. meningitidis NM3652 N. meningitidis 65014 N. meningitidis 2004090 N. meningitidis NM3642 N. meningitidis 68094 N. meningitidis 69096 N. meningitidis 63006 N. meningitidis 97020 N. meningitidis 63041 N. meningitidis 88050 N. meningitidis NM126 N. meningitidis 97014 N. meningitidis 12888 N. meningitidis NM418 N. meningitidis 8013 N. meningitidis M13255 N. meningitidis M20599 N. meningitidis 77221 N. meningitidis 9757 N. meningitidis 2002038 N. meningitidis NM255 N. meningitidis NM422 N. meningitidis 92045 N. meningitidis NM586 N. meningitidis M01­240013 N. meningitidis 4119 N. meningitidis NM2244 N. meningitidis NM1919 N. meningitidis NM2935 N. meningitidis NM2369 N. meningitidis NM1362 N. meningitidis NM1361 N. meningitidis NM3129 N. meningitidis NM2335 N. meningitidis NM1895 N. meningitidis NM1482 N. meningitidis NM1891 N. meningitidis NM1561 N. meningitidis NM2382 N. meningitidis NM1666 N. meningitidis NM2814 N. meningitidis NM1931 N. meningitidis NM1360 N. meningitidis NM2813 N. meningitidis NM2181 N. meningitidis NM1359 N. meningitidis NM2008 N. meningitidis NM1938 N. meningitidis NM1963 N. meningitidis NM2808 N. meningitidis NM2237 N. meningitidis NM2381 N. meningitidis NM2431 N. meningitidis NM2232 N. meningitidis NM2025 N. meningitidis NM2812 N. meningitidis NM2193 N. meningitidis NM1928 N. meningitidis NM2206 N. meningitidis NM1757 N. meningitidis NM1264 N. meningitidis NM2239 N. meningitidis NM2432 N. meningitidis NM2718 N. meningitidis NM1578 N. meningitidis NM2811 N. meningitidis NM1544 N. meningitidis NM2439 N. meningitidis NM2188 N. meningitidis NM2606 N. meningitidis NM2389 N. meningitidis NM2932 N. meningitidis NM2433 N. meningitidis NM1921 N. meningitidis NM1837 N. meningitidis NM2717 N. meningitidis NM2700 N. meningitidis NM2441 N. meningitidis NM2810 N. meningitidis NM2263 N. meningitidis NM2332 N. meningitidis NM233 N. meningitidis Nm11003 N. meningitidis K1207 N. meningitidis S0108 N. meningitidis NM80 N. meningitidis alpha704 N. meningitidis alpha14 N. meningitidis NM220 N. meningitidis NS44 N. meningitidis 100514 N. meningitidis NM2933 N. meningitidis NM1779 N. meningitidis NM1910 N. meningitidis NM1364 N. meningitidis NM1901 N. meningitidis NM1471 N. meningitidis NM2524 N. meningitidis NM2394 N. meningitidis NM1672 N. meningitidis NM1826 N. meningitidis NM1573 N. meningitidis NM1893 N. meningitidis NM1325 N. meningitidis NM2701 N. meningitidis NM1976 N. meningitidis NM1550 N. meningitidis NM1758 N. meningitidis NM2009 N. meningitidis NM1892 N. meningitidis NM2602 N. meningitidis NM2857 N. meningitidis NM1363 N. meningitidis NM2393 N. meningitidis NM1845 N. meningitidis NM1446 N. meningitidis NM2264 N. meningitidis NM2187 N. meningitidis NM2617 N. meningitidis NM2856 N. meningitidis NM2228 N. meningitidis NM2934 N. meningitidis NM1805 N. meningitidis NM3128 N. meningitidis NM1937 N. meningitidis NM1797 N. meningitidis NM1549 N. meningitidis NM1673 N. meningitidis NM2032 N. meningitidis NM1831 N. meningitidis NM2254 N. meningitidis Nm1140 N. meningitidis ATCC 13091 N. meningitidis 341215 N. meningitidis S0108 N. meningitidis 34173 N. meningitidis Nm8663 N. meningitidis NM36 N. meningitidis NM3684 N. meningitidis NM3688 N. meningitidis 992008 N. meningitidis NM3685 N. meningitidis 100603 N. meningitidis 130803 N. meningitidis 330505 N. meningitidis NM3680 N. meningitidis 360624 N. meningitidis 131148 N. meningitidis 440902 N. meningitidis 420718 N. meningitidis 340552 N. meningitidis 100601 N. meningitidis Nm10259 N. meningitidis Nm6756 N. meningitidis NM1483 N. meningitidis NM1829 N. meningitidis NM51 N. meningitidis 73704 N. meningitidis NM165 N. meningitidis NM3131 N. meningitidis 2005079 N. meningitidis M10208 N. meningitidis M04­240196 N. meningitidis H44/76 N. meningitidis N. meningitidis B6116/77 N. meningitidis G2136 N. meningitidis NM003 N. meningitidis NM3223 N. meningitidis 2004032 N. meningitidis 220601 N. meningitidis 100530 N. meningitidis Nm6938 N. meningitidis 321114 N. meningitidis 421007 N. meningitidis Z2491 N. meningitidis 440501 N. meningitidis Nm8187 N. meningitidis Nm9418 N. meningitidis 320503 N. meningitidis Nm3127 N. meningitidis NM2809 N. meningitidis 2004085 N. meningitidis 2000063 N. meningitidis 64182 N. meningitidis 69155 N. meningitidis 70021 N. meningitidis 97027 N. meningitidis NM3141 N. meningitidis 96037 N. meningitidis NM151 N. meningitidis NM477 N. meningitidis NM90 N. meningitidis NM3230 N. meningitidis NM95 N. meningitidis NM133 N. meningitidis NM43 N. meningitidis 2001073 N. meningitidis NM3158 N. meningitidis M13265 N. meningitidis Neisseria meningitidis CHUV N. meningitidis Nm2732 N. meningitidis NM23 N. meningitidis NM1482 N. meningitidis NM3139 N. meningitidis 81858 N. meningitidis DE9938 N. meningitidis N. meningitidis 2001213 N. meningitidis NM1482 N. meningitidis 053442 N. meningitidis NM762 N. meningitidis M7124 N. meningitidis MC58 N. meningitidis alpha710 N. meningitidis M0579 N. meningitidis NM183 N. meningitidis 97021 N. meningitidis 2006087 N. meningitidis NM3001 N. meningitidis 961­5945 N. meningitidis N1568 N. meningitidis NM174 N. meningitidis ES14902 N. meningitidis 93003 N. meningitidis 9506 N. meningitidis M13399 N. meningitidis M6190 N. meningitidis M7089 N. meningitidis 98080 N. meningitidis 2004264 N. meningitidis 2001068 N. meningitidis NM518 N. meningitidis 2001001 N. meningitidis NM35 N. meningitidis NM3042 N. meningitidis NM3222 N. meningitidis NM27 N. meningitidis NM94 N. meningitidis 2008223 N. meningitidis 2005172 N. meningitidis NM604 N. meningitidis 97008 N. meningitidis 65012 N. meningitidis 70082 N. meningitidis 69100 N. meningitidis 69176 N. meningitidis 94018 N. meningitidis NM606 N. meningitidis 97018 N. meningitidis DE9686 N. meningitidis DE9622 N. meningitidis H44/76 N. meningitidis 370601 N. meningitidis 100572 N. meningitidis 311112 N. meningitidis 320501 N. meningitidis NM045 N. meningitidis NM2795 N. meningitidis NMB N. meningitidis M1412 N. meningitidis 2000175 N. meningitidis M7124 N. meningitidis FAM18 N. meningitidis NM3683 N. meningitidis NM82 N. meningitidis NM32 N. meningitidis NM2781 N. meningitidis 80179 N. meningitidis LNP27256 N. meningitidis OX99.30304 N. meningitidis NM3681 N. meningitidis NM3687 N. meningitidis L91543 N. meningitidis M01­240149 N. meningitidis M01­240355 N. meningitidis NM140 N. meningitidis 87255 N. meningitidis 2002004 N. meningitidis NM1476 N. meningitidis 2000081 N. meningitidis 2007461 N. meningitidis NM271 N. meningitidis NM3164 N. meningitidis NM2866 N. meningitidis NM3147 N. meningitidis 2003051 N. meningitidis NM3144 N. meningitidis NM115 N. meningitidis 2002020 N. meningitidis LNP21362 N. meningitidis NM313 N. meningitidis 2001072 N. meningitidis 2005040 N. meningitidis NM1495 N. meningitidis NZ­05/33 N. meningitidis NM3686 N. meningitidis NM3682 N. meningitidis NM27 N. meningitidis NM134 N. meningitidis NM3173 N. meningitidis 2002030 N. meningitidis 73696 N. meningitidis M0579 N. meningitidis 96060 N. meningitidis 98002 N. meningitidis NM0552 N. meningitidis 2002007 N. meningitidis 63023 N. meningitidis 2000080 N. meningitidis 510612 N. meningitidis 75689 N. meningitidis NM607 N. meningitidis 96024 N. meningitidis 2003022 N. meningitidis 98005 N. meningitidis NM2033 N. meningitidis 2003022 N. meningitidis 75643 N. mucosa ATCC 25996 N. sicca 4320 N. meningitidis 480_NMEN N. sicca DS1 N. sicca ATCC 29256 N. meningitidis 1273_NMEN N. lactamica 919_NLAC N. meningitidis 378_NMEN N. meningitidis 313_NMEN N. macacae ATCC 33926 N. sp. GT4A_CT1 GT4A_CT1 N. sicca VK64 N. meningitidis 379_NMEN N. sp. HMSC06F02 HMSC06F02 N. flavescens NRL30031/H210 N. sp. oral taxon 014 F0314 N. meningitidis 776_NMEN N. lactamica 595_NLAC N. lactamica 583_NLAC N. meningitidis 1045_NMEN N. meningitidis 840_NMEN N. meningitidis 1044_NMEN N. subflava NJ9703 N. meningitidis 1210_NMEN N. meningitidis 782_NMEN N. mucosa C6A N. meningitidis 433_NMEN N. flavescens SK114 N. mucosa C102 N. meningitidis 338.rep2_NMEN N. lactamica 338.rep1_NLAC N. meningitidis 768_NMEN N. sp. KH1503 KH1503 N. sp. 83E34 83E34 N. shayeganii 871 N. wadsworthii 9715 N. meningitidis 491_NMEN N. weaveri ATCC 51223 N. weaveri LMG 5135 N. meningitidis 1279_NMEN N. meningitidis 431_NMEN N. meningitidis 404_NMEN N. elongata ATCC 29315 N. elongata ATCC 29315 N. sp. 74A18 74A18 N. sp. oral taxon 020 F0370 N. meningitidis 203_NMEN N. lactamica 914_NLAC N. bacilliformis ATCC BAA­1200 0.00 0.25 0.50 0.75 1.00 ANIm_alignment_coverage
  • 33. Table of Contents Introduction The Insidious Dickeya Menace qPCR Primer Design From Whole Genomes Classification Classification is Critical Whole-Genome Classification Soft-Rot Enterobacteria A Tangled Taxonomy The Cracks Are Showing. . . Conclusion Final Thoughts Without Whom. . . If you’re interested. . . Hidden diversity: pre-publication
  • 34. Final thoughts • Diagnostics and large-scale analyses require accurate taxonomic classification • Historical collections/public databases have inaccuracies • Bacterial taxonomy can be messy! • Whole-genome classification with ANI works • Retrospective sequencing and classification: clean things up • Misclassification and hidden diversity may be difficult news for metagenomics • Accurate MinION classification in-the-field is possible?
  • 35. Recent papera a Pritchard et al. (2015) Anal. Methods doi:10.1039/c5ay02550h
  • 36. pyani softwarea a http://widdowquinn.github.io/pyani • Python ANI module • Active development • Preprint coming soon (with simulated genomes and lots of bacterial taxonomy!)
  • 37. Acknowledgements James Hutton Institute Emma Campbell Peter Cock Nicola Holden Ashleigh Holmes Sonia Humphris Peter Thorpe Ian Toth NUI Galway Florence Abram Fiona Brennan University of Aberdeen Ken Forbes Norval Strachan Fera Valerie Bertrand John Elphinstone Rachel Glover Neil Parkinson University of M¨unster Martina Bielaszewska Helge Karch SASA Gerry Saddler GitHub Benjamin Leopold Michael Robeson