CHI: molekulární vizualizace

Molekulární vizualizace a CHI Data simulation: Daniel Sebastiani, Max Planck Institut

Možnosti vizualizace Secret Worlds: The Universe Within http://micro.magnet.fsu.edu Názornost (vizualizace) – mikrosvět, makrosvět, molekuly, mapy, ... Simulace dějů – příliš rychlých, pomalých, nebezpečných, drahých, ...

Možnosti vizualizace Secret Worlds: The Universe Within http://micro.magnet.fsu.edu Názornost (vizualizace) – mikrosvět, makrosvět, molekuly, mapy, ... Simulace dějů – příliš rychlých, pomalých, nebezpečných, drahých, ... Kritické zhodnocení! Jakou barva má kvark?

[object Object],Mario Valle Představy a poznání -> obrazové vyjádření pro číselná data

[object Object],Albert Einstein Představivost

Sen Augusta Kekulé www.fp.tul.cz/molvis

Mario Valle Přímo pozorujeme jen něco

Mario Valle Většina dat je nepřístupná

Funkhouser, H. G. (1936). A note on a tenth century graph. Osiris , 1, 260–262. Vizualizace je tu od nepaměti

Vizualizace je názorná http://moodle.fp.tul.cz/mod/resource/view.php?id=10394 Ale zobrazení může být ošidné

Zobrazení: mezi vědou a uměním Maurits Cornelis Escher (1898-1972) http://www.mcescher.com/

Vizualizace: umění http://www.brazilianartists.net/home/flags/

Vizualizace v chemii 1 http://webelements.com

Vizualizace v chemii 2 http://www.sigmaaldrich.com

Vizualizace v chemii 3 http://webelements.com

Omezení reprezentace Mario Valle

Molekulární vizualizace zobrazení kompletní struktury rozpoznání vzorů snadná kontrola správnosti modelu všechny strukturní informace Interaktivita + porozumění tvarům přímé srovnání s 2D modelem

Pomůcky pro molekulární viz. ,[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],www.fp.tul.cz/molvis

ACD/ChemSketch 11.0 www.acdlabs.com Tools Generate Calculate Templates Template Periodic Table

Aplikace č. 1 ,[object Object],[object Object],www.chemexper.com

Aplikace č. 1 ,[object Object],www.chemexper.com

Co s modelem? ,[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],www.chemexper.com

Jak na to? chemická struktura (model) ,[object Object],[object Object],aplikace ,[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],vizualizace applety wiki blog redakční systém e-learningový systém optimalizace struktury dodatečné výpočty Analýza Výběr – interaktivně, seznamy, dotazovacím jazykem Navigace – myš + pomůcky (osy, boxy…) Zobrazení – podle typu, zjednodušení, přehled kontrola Formáty: MOL , PDB, CIF, CML převod formátů metadata import modelování virtuální světy moleculesinmotion.com

Pozor na špatné modely! http://chemclub.cambridgesoft.com/chemhumor/

Co s modelem – rekapitulace ,[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object]

Pomůcky pro molekulární viz. ,[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],www.fp.tul.cz/molvis

[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],wikipedia Aplikace č. 2 Walnut, Juglans, Dyes http://en.wikipedia.org/wiki/Juglans_nigra#Dyes_and_other_uses Dyes and other uses Black walnut drupes contain juglone (5-hydroxy-1,4-naphthoquinone), plumbagin (yellow quinone pigments), and tannin . [8] The brownish-black dye was used by early settlers to dye hair. [9] Extracts of the outer soft part of the drupe are still used as a natural dye for handicrafts. [10] The tannins present in walnuts act as a mordant aiding the dyeing process; [11] [2] usable as a dark ink or wood stain. [12]

Accelrys DS Visuali z er ,[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],www.chemexper.com

Co s modelem? Tomáš Feltl, gynome.nmnm.cz

Publikační formáty I PDF Adobe Portable Document Format • de facto standard, otevřený formát • prohledávání není úplně snadné, k editaci jsou nutné speciální nástroje – mnohé vyhledavače již umožňují HTML , HTM, (PHP, XML, CML) HyperText Markup Language • standard W3C (otevřený, zdarma) • textový formát • snadná editace v jakémkoli textovém editoru

Publikační formáty II Obrázky, grafy • GIF, JPEG , PNG, TIFF - binární bitmapové soubory • SVG , WMF - vektorov é formát y ZIP, RAR, ARJ, TAR, gzip, CAB komprimované soubory (archivy) • nutno dekomprimovat pomocí spec. programů (WinZip) • nebezpečí virů EXE Executable • samorozbalovací archivy nebo programy • nebezpečí virů

Srovnání grafických formátů

CHI: molekulární vizualizace

Recomendados

Recomendados

Mais conteúdo relacionado

Destaque

Destaque (20)

Semelhante a CHI: molekulární vizualizace

Semelhante a CHI: molekulární vizualizace (10)

Mais de Department of Chemistry FP TUL

Mais de Department of Chemistry FP TUL (20)

CHI: molekulární vizualizace

Notas do Editor