An Introduction

1. BBSS--BBoottaannyy 33rrdd SSeemmeesstteerr ((MM))..
CCllaassss:: IInnttrroodduuccttiioonn TToo CCoommppuutteerr..
SSuummaarriiaa AAhhmmaadd ,, RRoollll NNoo:: 11005577..
SSuubbmmiitttteedd TToo:: SSiirr IInnaamm UUll HHaaqq..
UUnniivveerrssiittyy OOff EEdduuccaattiioonn OOkkaarraa CCaammppuuss..
INIVERSITY OF EDUCATION OK1ARA CAMPUS

2. TTaabbllee OOff CCoonntteenntt::
 IInnttrroodduuccttiioonn
 AApppplliiccaattiioonn pprrooggrraammiicc ssooffttwwaarree
 PPrrooggaammee iinn EEmmBBoossss
 RReeppllaacceemmeenntt OOff CCGGSS pprrooggrraammee
 CCoonncclluussiioonn
 RReeffeerreennccee
INIVERSITY OF EDUCATION OK2ARA CAMPUS

3. INIVERSITY OF EEDDUUCCAATTIIOONN OOKKAARRAA CCAAMMPPUUSS 33

4. INIVERSITY OF EDUCATION OK4ARA CAMPUS

5. PPrrooggrraammee iinn EEMMBBOOSSSS::
PPaarraammeetteerrss iinn EEMMBBOOSSSS IInnppuutt ccaann bbee::
UUnniiffoorrmm SSeeqquueennccee AAddddrreesssseess ((UUSSAAss)) ppaatthh iinn tthhee ffoorrmmaatt ddaattaabbaassee
ddaattaabbaassee::eennttrryy__nnaammee oorr ddaattaabbaassee::aacccceessssiioonn__nnuummbbeerr
((ee..gg.. eemmbbll::xxllrrhhooddoopp oorr eemmbbll::LL0077777700))
 ddaattaabbaassee::wwiillddccaarrdd ((ssww::ooppssdd__aa**))
 ffiilleennaammee
 ffiilleennaammee::eennttrryy
 ffoorrmmaatt::::ffiilleennaammee
 @@lliisstt
INIVERSITY OF EDUCATION OK5ARA CAMPUS

6. RReeppllaacceemmeenntt ooff GGCCGG pprrooggrraammss
 PPrrootteeiinn aannaallyyssiiss
IInn GGCCGG IInn EEMMBBOOSSSS
PPeepppplloott,,
ppeeppttiiddeessttrruuccttuurree++pplloottssttrruuccttuu
rree
GGaarrnniieerr,, ppeeppiinnffoo,, ooccttaannooll,,
ppeeppwwiinnddooww
 PPrriimmeerr sseelleeccttiioonn
IInn GGCCGG IInn EEMMBBOOSSSS
pprriimmee EEpprriimmeerr33 ((==PPrriimmeerr33))
PPrriimmeeppaaiirr,, mmeelltttteemmpp NNoo ggoooodd ssoolluuttiioonn yyeett
INIVERSITY OF EDUCATION OK6ARA CAMPUS

7. CCoonncclluussiioonn::
 EEMMBBOOSSSS ((TThhee EEuurrooppeeaann MMoolleeccuullaarr BBiioollooggyy
OOppeenn SSooffttwwaarree SSuuiittee)) iiss aa ffrreeee OOppeenn SSoouurrccee
ssooffttwwaarree aannaallyyssiiss ppaacckkaaggee tthhaatt pprroovviiddeess aa
ccoommpprreehheennssiivvee sseett ooff sseeqquueennccee aannaallyyssiiss
ppaacckkaaggee ssppeecciiaallllyy ddeevveellooppeedd ffoorr tthhee nneeeeddss ooff
tthhee mmoolleeccuullaarr bbiioollooggyy uusseerr ccoommmmuunniittyy..
 WWiitthhiinn EEMMBBOOSSSS yyoouu wwiillll ffiinndd aarroouunndd 110000
pprrooggrraammmmeess..
INIVERSITY OF EDUCATION OK7ARA CAMPUS

8. RReeffeerreennccee::
hhttttpp////wwwwww..dduummmmiieess..ccoomm//......//hhooww--ttoo--aadddd--
sshhaaddoowwss--oorr--eemmbboossss--yyoouurr--tteexxtt--iinn--ppoo..
hhttttpp////wwwwww..ppoowweerrsshhooww..ccoomm//......//IInnttrroodduuccttiioonn
__ttoo__EEMMBBOOSSSS..ccoomm
hhttttpp////wwwwww..EEBBOOSSSS..wwiikkiippeeddiiaa..ccoomm
INIVERSITY OF EDUCATION OK8ARA CAMPUS