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통계유전학워크샵

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클라우드 교육사례

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통계유전학워크샵

  1. 1. 클라우드 교육 사례 Changbum Hong GenomeCloud, KT
  2. 2. 클라우드를 이용한 교육 실적 • 농진청 (2014) 1. Galaxy 기반 DNA/RNA-Seq 교육 2. De-novo 교육 • EBI –Workshop (2014) 1. ChIP-seq, Epigenome 분석 • 통계 유전학 워크샵 (2013-2014) 1. 리눅스 교육 • 동계 유전체학회 (2015) 1. Somatic Mutation 교육 2. R 기반의 Visualization 교육 • KOBIC 차세대 생명정보학 교육 (2015) 1. DNA/RNA-Seq교육 2. R 기반의 유전체 분석 교육 2015/4/8 2
  3. 3. 클라우드 장점 • 교육자 관점 1. 한번 설정한 서버 환경을 언제나 활용 가능 (1년 후에도 다시 동일한 교육환경을 바로 만들 수 있음) 2. S/W 설치시 교육생 환경에 따른 디버깅 필요 없음 3. 교육생 모두 100% 동일한 실습 환경 제공 가능 4. 데이터전달을 위한 USB나 버추얼 환경(이미지) 필요 없음 • 교육생 관점 1. 복잡한 S/W 설치 및 설정 과정 없이 바로 실습 가능 2. 예제 데이터를 다운로드 필요없이 바로 실습 가능 3. 교육기간내에 언제 어디서든지 실습 가능 4. 교육후에도 얼마간 교육생들에게 실습 공간 제공 2015/4/8 3
  4. 4. 교육사례: Galaxy 교육 • 교육내용 1. Galaxy를 이용한 NGS 데이터 분석 (DNA/RNA) • 제공내용 1. Galaxy가 설치된 클러스터 컴퓨터 2. 8core 16GB x 30대 3. KT에서 미리 제공되는 Galaxy 이미지를 활용 4. 교육생에게 발급할 Galaxy 계정 생성 5. 교육당일 galaxy 접속 주소와 계정을 할당 6. 웹을 이용하여 galaxy 접속 2015/4/8 4
  5. 5. 교육사례: De-novo 교육 • 교육내용 1. De-novo 에셈블리 교육 • 제공내용 1. 16 core 128 GB의 대용량 메모리 서버 1대 2. 16 core 32 GB 29대 3. 교육자가 교육 1주전 직접 서버 환경 설정 (S/W 설치 등) 4. 환경설정된 서버 1대를 이미지화 (1일) 5. 29대의 서버를 이미지를 이용하여 설정 (1일) 6. SSH를 통해 터미널 접속 2015/4/8 5
  6. 6. 교육사례: EBI Workshop • 교육내용 1. ChIP-Seq, Epigenome 데이터 분석 • 제공내용 1. EBI에서 요구하는 S/W 설치 (약1주) 2. 설치가 완료된 서버에 대해서 이미지 작업 수행 (1일) 3. 동시에 30대의 서버를 동일한 환경으로 생성 (1일) 4. 8core 16GB x 30대 5. 서버 1대에 교육생 2명씩 할당하여 사용 6. 교육생은 원격접속 S/W를 이용하여 IGV 등 그래픽 환경 사용 2015/4/8 6
  7. 7. 교육사례: R 교육 • 교육내용 1. R을 이용한 NGS 데이터 분석 • 제공내용 1. R 패키지 설치 (약1주) 2. 설치가 완료된 서버에 대해서 이미지 작업 수행 (1일) 3. 동시에 30대의 서버를 동일한 환경으로 생성 (1일) 4. 8core 16GB x 30대 5. 서버 1대에 교육생 2명씩 할당하여 사용 6. 교육생은 R Studio Server를 이용하여 웹을 통해 R 코드 작성 및 그래프 확인 2015/4/8 7
  8. 8. 교육을 위한 서버 체크 리스트 • 교육생당 서버 자원 (cpu, disk) 1. 교육에 필요한 분석 시간 고려하여 cpu, memory 결정 2. 분석 데이터(예제 데이터 + 교육생 생성 데이터)의 크기에 따라 공유 디스크 (TB급) or 로컬 디스크 (80GB) 결정 • S/W 1. Ubuntu 12.04 기반에서 S/W 설치 • 접속방법 1. SSH, 원격데스크탑, 웹 2015/4/8 8
  9. 9. 클라우드를 활용한 실습 요청서 2015/4/8 9 OS Ubuntu 12.04 64bit (리눅스) 서버사양 [ ] 4/8 [ ] 8/16 [ ] 8/60 [ ] 16/124 서버당 실습생 __명/1대 서버 대수 총 __ 대 예제 데이터 디스크 용량 __GB 사용자 디스크 용량 __GB 접속 방법 [ ] SSH [ ] FTP [ ] WEB [ ] R-Studio Server [ ] Remote Desktop 설치 S/W 목록
  10. 10. 클라우드를 이용한 교육 프로세스 • 이미지 생성을 위한 서버 제공 1. Ubuntu 12.04 기반 2. S/W 및 라이브러리 설치 (path 지정) 3. 예제 데이터 저장 • 이미지 생성 (1일) • 서버당 가능한 실습 인원 파악 (1인당 8/16) 1. 1인당 8core 16GB 1대씩 제공 2. 또는 16core 32 GB를 통해 서버당 2명씩 접속 • 이미지를 통해 다수의 동일한 환경의 서버 생성 (1일) • 교육에 활용할 접속 주소, 아이디/암호 리스트 전달 2015/4/8 10
  11. 11. 2015/4/8 11 S/W 템플릿이  될  마스터  서버  제공 S/W,  예제  데이터  저장  (80  GB내) S/W S/W와  예제  데이터가  설정된  서버  제공   예제  데이터  디스크  (80  GB)   추가  디스크  (사용자  데이터  GB  x  서버당  교육생수)   Sample  DATA Sample  DATA User  DATA S/W Sample  DATA User  DATA S/W Sample  DATA User  DATA
  12. 12. 2015/4/8 12 S/W 템플릿이  될  마스터  서버  및  별도의  공유  디스크  제공 S/W,  예제  데이터  저장 S/W S/W와  예제  데이터가  설정된  서버  제공   예제  데이터  디스크  (80  GB)   추가  디스크  (사용자  데이터  GB  x  서버당  교육생수)   Sample  DATA User  DATA S/W User  DATA S/W User  DATA Sample  DATA 읽기만  가능
  13. 13. KT 지원 • S/W 설치 지원 • 마스터 서버에 설정이 완료되면 원하는 대수 만큼 서버 생성 지원 • 사용자 계정 생성 지원 • 접속 환경 지원 : ssh (기본), ftp, web(r-studio server, ipython notebook) 2015/4/8 13

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