Dokumen tersebut membahas tentang taksonomi mikroba, meliputi definisi taksonomi dan peranannya, evolusi dan keragaman mikroba, tingkatan taksonomi, sistem klasifikasi taksonomi yang meliputi klasifikasi alami, taksonomi numerik, dan sistem filogenetik.

1. TAKSONOMITAKSONOMI

2. I. PENDAHULUAN
 Taksonomi adalah ilmu klasifikasi biologis
 Klasifikasi adalah penataan organisme ke dalam kelompok-
kelompok (taksa)
 Nomenklatur adalah pemberian nama untuk kelompok-
kelompok taksonomi
 Identifikasi adalah penentuan isolat tertentu pada takson
tertentu
 Peranan taksonomi mikroba:
 Memungkinkan ilmuwan mengorganisasikan sejumlah
besar pengetahuaannya
 Memungkinkan ilmuwan membuat prediksi dan kerangka
hipotesis tentang organisme
 Menempatkan organisme dalam kelompok-kelompok
bermakna dengan memberi nama secara tepat, jadi akan
mempermudah komunikasi ilmiah.
 Penting untuk identifikasi mikroorganisme secara tepat.

3.  Sistematik adalah kajian ilmiah organisme dengan tujuan
akhir untuk mengkarakterisasi dan menempatkan organisme
dengan cara yang teratur
 Taksonomi mikroba saat ini sedang memasuki perode
perubahan besar yang disebabkan oleh penggunaan teknik
molekuler

4. I. PENDAHULUAN
II. EVOLUSI DAN KERAGAMAN MIKROBA
III. TINGKATAN TAKSONOMI
IV. SISTEM KLASIFIKASI
V. KARAKTERISTIK UTAMA YANG DIGUNAKAN DALAM
TAKSONOMI
VI. FILOGENI MIKROBA
VII. DIVISI UTAMA ORGANISME
VIII. BERGEY’S MANUAL OF SYSTEMATIC BACTERIOLOGY
IX. GARIS BESAR FILOGENI DAN KERAGAMAN PROKARIOT
POKOK BAHASAN
02. PENGGOLONGAN MIKROORGANISME

5. II. EVOLUSI DAN KERAGAMAN MIKROBA
02. PENGGOLONGAN MIKROORGANISME
 Bumi berumur kira-kira 4,6 milyar tahun dan sisa-sisa fosil
sel prokariotik berumur 3,5-3,8 milyar tahun terdapat dalam
stromatolit dan batuan sedimen
 Stromatolit adalah batuan berlapis yang dibentuk dari
penggabungan sedimen mineral menjadi hamparan
mikroba (microbial mats)
 Prokariot pertama mungkin bersifat anaerob.
 Sianobakteri aerobik mungkin muncul 2,5-3,0 milyar
tahun yang lalu.

6.  Hasil penelitan Carl Woese dan kawan-kawan
menyarankan bahwa organisme dibagi dalam tiga
domain:
1. Eukaria-meliputi seluruh organisme eukariotik
2. Bakteria-terdiri dari organisme prokariotik yang mempunyai
rRNA bakterial and lipid membran terutama berupa diasil
gliserol eter
3. Archaea-terdiri dari organisme prokariotik yang mempunyai
rRNA archaeal dan lipid membran terutama berupada
isoprenoid gliseral dieter atau turunan diglesrol tetraeter.

7. The Three-Domain SystemThe Three-Domain System

8.  Sel eukariotik modern yang muncul kurang lebih 1,4
milyar tahun yang lalu berasal dari prokariot
 Hipotesis I: perkembangan kloroplast dan mitokondria
merupakan pelipatan (invaginasi) membran plasma dan
kemudian membentuk ruang- ruang (compartmentalization)
dengan fungsi tertentu

9.  Hipotesis II (hipotesis endosimbiotik) menyarankan sebagai
berikut:
 Proses pertama pembentukan sel eukariot adalah pembentuk
nukleus (mungkin fusi bakteri dan archaea purba)
 Kloroplast dibentuk ketika bakteri fotosintetik yang hidup
bebas bersimbiosis dengan sel eukariotik primitif
(sianobakteria dan proklron disarankan sebagai kandidat
yang paling kuat)
 Mitokondria mungkin terbentuk melalui proses yang sama
(tetua Agrobacterium, Rhizobium, dan riketsia menjadi
kandidatnya)
 Hopotesis endosimbiotik mendapat dukungan kuat dari
penemuan sianobakterium yang berendosimbiotik dengan
protista biflagelata (Cyanophora paradoxa); sianobakterium
berfungsi sebagai chloroplast Cyanophora paradoxa;
endosimbiotik ini dikenal sebagai sianel (cyanelle)

10. III. TINGKATAN TAKSONOMI
02. PENGGOLONGAN MIKROORGANISME
 Tingkatan taksonomi (dari bawah ke atas) adalah:
 spesies,
 genus,
 famili,
 ordo,
 klas,
 kerajaan (kingdom);
 Namun, ahli mikrobiologi seringkali menggunakan nama seksi
(suatu pengelompokan yang kurang formal) yang bersifat
deskriptif untuk kelompok-kelompok organisme tertentu,
seperti metanogen, purple bacteria, bakteri asam laktat, dan
lain-lain.

11.  Galur adalah populasi organisme yang dapat dibedakan dari
sekurang-kurang beberapa pupulasi lain dalam suatu
kategori taksonomik, galur dianggap berasal dari organisme
tunggal atau isolat kultur tunggal.
 Biovar – berbeda secara biokimiawi atau fisiologis
 Morfovar – berbeda secara morfologi
 Serovar – berbeda sifat antigenik
 Galur tipe (Type strain) adalah galur suatu spesies yang
dikaji pertama kali (yang paling rinci dikarakterisasi), galur
ini tidak harus anggota yang paling mewakili.
 Genus adalah kelompok spesies (satu atau lebih) yang telah
ditentukan dengan sangat baik yang secara jelas terpisah
(berbeda) dari genera lain

12.  Dalam sistem nomenklatur binomial yang diajukan oleh
Carl von Linne (Carolus Linnaeus), huruf pertama nama
genus ditulis dengan huruf besar dan epitet spesifik
ditulis dengan huruf kecil pada huruf pertamanya (e.g.,
Escherichia coli); dalam artikel ilmiah, huruf pertama
genus dapat disingkat setelah ditulis lengkap pada
penulisan sebelumnya, contoh, E. coli

13. IV. SISTEM KLASIFIKASI
02. PENGGOLONGAN MIKROORGANISME
 Klasifikasi Alami (Natural classification) –
 penataan organisme ke dalam kelompok-kelompok yang
anggota-anggotanya mempnyai banyak kesamaan sifat dan
mencerminkan sebanyak mungkin sifat biologis organisme.

14.  Taksomi Numerik (Numerical taxonomy)
 Informasi sifat suatu organisme dikonversikan ke bentuk
yang sesuai untuk analisis numerk dan dibandingkan
menggunakan komputer.
 Ada atau tidaknya sekuran-kurangnya 50 (sebaiknya
beberapa ratus) karakater dibandingkan; karakter tersebut
di antaranya karakter morfologi, biokimiawi, dan fisiologi)
 Koefisien asosiasi ditentukan di antara karakter-karakter
yang dimiliki oleh dua organisme

15.  Koefisien kesesuaian sederhana (Simple matching
coefficient) – proporsi yang sesuai (match) baik untuk
karakter yang ada maupun tidak ada
 Koefisien Jaccard (Jaccard coefficient) – mengabaikan
karakter-karakter yang tidak ada pada kedua organisme
 Nilai-nilai tersebut diatur untuk membentuk matriks
kesamaan (similarity matrix); organisme dengan kesamaan
tinggi dikelompokkan bersama dalam fenon (phenons)
 Perbedaan (significance) fenon tidak selalu jelas terlihat
tetapi fenon dengan kesamaan 80% seringkali dianggap
satu spesies (bakteri)

16.  Sistem (Phenetic systems) adalah mengelompokkan
organisme didasarkan atas kesamaan secara keseluruhan
 Seringkali berupa suatu sistem alami yang didasarkan atas
kesamaan karakter
 Tidak tergantung pada analisis filogenetik
 Menggunakan “unweighted traits”
 Sistem terbaik jika membandingkan sebanyak mungkin sifat
(attributes)

17.  Sistem filogenetik (filetik) {Phylogenetic (phyletic)
-pengelompokan organisme didasarkan pada hubungan
evolusioner
1. Untuk prokariot adalah sulit untuk mengetahui hubungan
evolusi karena kekurangan catatan fosil yang baik
2. Pembandingan langsung materi genetik dan produk gen
seperti rRNA dan protein dapat digunakan untuk mengatasi
kesulitan tersebut di atas