3. El 19 de enero de 1858, Juárez estableció su gobierno en Guanajuato, organizó su gabinete y publicó un manifiesto que dio inicio a la Guerra de Reforma. El Gobierno constitucional de la República, cuya marcha fue interrumpida por la defección del que fue depositario del poder supremo, quedó establecido. En la capital, una junta de representantes nombró presidente a Félix Zuloaga el 22 de enero, quien tomó posesión al día siguiente. De esta manera hubo dos gobiernos en el país, uno reaccionario en la capital y otro liberal en el interior. Zuloaga estableció las Cinco Leyes, por las cuales se derogaban las leyes reformistas y se restablecía la organización de la Suprema Corte de Justicia de la época de Santa Anna con el fin de organizar un gobierno conservador.
4. En el primer encuentro en Salamanca, las tropas liberales sufrieron una seria derrota. El 13 de marzo una parte de la guarnición de Guadalajara se pronunció por el Plan de Tacubaya y Juárez fue hecho prisionero en el palacio de gobierno; a punto de ser fusilado le salvó la vida la elocuencia de Guillermo Prieto, que habló a los soldados de la enormidad del atentado que iban a cometer, diciéndoles " los valientes no asesinan ".
5.
6. Ley Lerdo: De 1856, obligaba a las corporaciones civiles y eclesiáticas a vender casas y terrenos y fue creada por Miguel Lerdo de Tejada (hermano de Sebastián Lerdo de Tejada).
7.
8. Ley de la nacionalización de los bienes eclesiásticos: Esta ley complementa la Ley Lerdo de desamortización de los bienes de la iglesia, con un cambio importante: los bienes ya no pasaban a manos de los rentistas (1859).
9. Ley del matrimonio civil: Establece que el matrimonio religioso no tiene validez oficial y establece el matrimonio como un contrato civil con el Estado (1859).
10. Ley orgánica del registro civil: Se declararon los nacimientos y defunciones como un contrato civil con el Estado (1859).
11. Ley de exclaustración de monjas y frailes: Se prohibió la existencia de claustros o conventos, y se decretó la salida de las religiosas y religiosos que ahí vivían.
12.
13. La Ley Juárez desató una serie de opiniones en favor y en contra. Surgidas en un principio, al frente de los sectores afectados: la Iglesia, el ejército y la Suprema Corte de Justicia, ya que esta ley contaba en su esencia con tres puntos de importancia política: la supresión de fueros, la organización de la Suprema Corte y la creación del Tribunal Superior del Distrito Federal. La controversia rebasó los límites de su tiempo, que incluyó desde la fuerte discusión dentro de la otrora clase política y de los periódicos de la época, hasta la generación de opiniones de parte de los estudiosos posteriores; simpatizantes y detractores.
14. La Ley Lerdo tuvo como consecuencia que muchas de las fincas quedaran en manos de extranjeros y dieran origen a los latifundios o grandes extensiones de tierra en años posteriores. La Ley Iglesias desató diversas críticas: entre la prensa liberal fue bien acogida, mientras que los conservadores y el clero la hicieron objeto de censuras y protestas. Con estas leyes se afectaba el poder de la Iglesia católica, que por más de tres siglos había tenido en México participación en asuntos ajenos a la fe cristiana.
15. Ciertamente este proceso tuvo sus altibajos, pareciendo, en momentos, que se retrasaría por varias décadas más, pero, finalmente, por fortuna, logróse su consolidación y aunque los enconos ideológicos permanecieron durante mucho tiempo, no constituyó eso merma para los avances logrados.
16. La guerra de reforma dura tres años, y en 1861 por fin los liberales logran vencer a los conservadores, regresando Juárez a la Ciudad de México en enero de ese año. En donde durante su gobierno adiciona las leyes.
17. Glosario: ley. (Del lat. lex, legis). Regla y norma constante e invariable de las cosas, nacida de la causa primera o de las cualidades y condiciones de las mismas. Reforma. Acción y efecto de reformar o reformarse. Aquello que se propone, proyecta o ejecuta como innovación o mejora en algo. Clero. es el nombre colectivo que engloba de forma general a los que han sido ordenados en el servicio religioso, sacerdotes y diáconos. Eclesiástico. Es lo relativo a la iglesia.