Présentation rapide des fonctions avancées de PubMed (nouvelle interface 2009)

1. Fonctions avancées
Université Pierre-
et-Marie-Curie
Formation_Bu_Medecine
(at)scd.upmc.fr
www.upmc.fr

2. JUBIL, portail des bibliothèques de l’UPMC
2

3. Trouver des revues en ligne : liste AZ
3

4. Accès distant pour accéder de l’extérieur
4

5. PubMed / MedLine : présentation
- MEDLINE (Medical Literature Analysis and
Retrieval System Online)
- Base de données bibliographiques
(= références d’articles ≠ texte des articles) en
sciences biologiques et biomédicales
- Base gérée et mise à jour par la bibliothèque
nationale de médecine des États-Unis (NLM)
5

6. PubMed / MedLine : contenu
- MedLine = le contenu (base de données)
≠ PubMed = le contenant (accès à MedLine +
autres bases)
- 21 millions de références d’articles, tirés de
5 000 revues, depuis les années 1950
- Une centaine de titres français
- Liste des revues :
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/citmatch_help.html#JournalLists
6

7. PubMed via JUBIL
PubMed est accessible gratuitement sur
Internet mais si on passe par JUBIL pour
s’y connecter :
On garde l’interface classique
+ lien vers texte intégral si nos
bibliothèques sont abonnées
7

8. PubMed via JUBIL
8

9. PubMed via JUBIL
Accès distant possible, quand on se connecte
depuis chez soi ou dans son service !
9

10. PubMed via JUBIL
10

11. Interroger PubMed
• Pour avoir des résultats pertinents, rechercher en anglais
• Les articles sont indexés avec un système de mots-clefs
hiérarchisés : le MeSH
• MeSH pour Medical Subject Headings
• Intérêt du MeSH : gère les synonymes (Trisomy 21 = Down
Syndrome = Mongolism)
+ permet de chercher sur le sujet seulement des articles :
exemple de la revue Cell ou du docteur Cell
+ permet de réaliser des recherches fines, en allant du général
au particulier
11

12. Qu’est-ce que le MeSH ?
- Plus de 25 000 termes, hiérarchisés entre eux,
répartis en 16 grandes catégories
- Mise à jour annuelle
- Traduction française
par l’INSERM
12

13. Le MeSH est accessible via PubMed
13

14. Recherche en anglais
Ex. de recherche sur le noyau tegmental
pédonculopontin
En anglais : Pedunculopontine tegmental
nucleus
14

15. On cherche le terme dans le MeSH
15

16. Détail d’un terme MeSH

17. Les qualificatifs du MeSH
Le MeSH comprend 83 qualificatifs
Chaque mot-clef du MeSH ne peut être associé
qu’avec certains qualificatifs
AB Abnormalities EM Embryology PP Physiopathology
AD Administration and Dosage EN Enzymology PO Poisoning
AE Adverse Effects EP Epidemiology PC Prevention and Control
AG Agonists ES Ethics PX Psychology
AA Analogs and Derivatives EH Ethnology RE Radiation Effects
AN Analysis ET Etiology RA Radiography
AH Anatomy and Histology GE Genetics RI Radionuclide Imaging
AI Antagonists and Inhibitors GD Growth and Development RT Radiotherapy
BI Biosynthesis HI History RH Rehabilitation
BS Blood Supply IM Immunology SC Secondary
BL Blood IN Injuries SE Secretion
CF Cerebrospinal Fluid IR Innervation ST Standards
CS Chemical Synthesis IS Instrumentation SN Statistics and Numerical Data
CI Chemically Induced IP Isolation and Purification SD Supply and Distribution
CH Chemistry LJ Legislation and Jurisprudence SU Surgery
CL Classification MA Manpower TU Therapeutic Use
CO Complications ME Metabolism TH Therapy
CN Congenital MT Methods TO Toxicity
CT Contraindications MI Microbiology TM Transmission
CY Cytology MO Mortality TR Transplantation
DF Deficiency NU Nursing TD Trends
DI Diagnosis OG Organization and Administration US Ultrasonography
DU Diagnostic Use PS Parasitology UL Ultrastructure
DH Diet Therapy PY Pathogenicity UR Urine
DE Drug Effects PA Pathology UT Utilization
DT Drug Therapy PK Pharmacokinetics VE Veterinary
EC Economics PD Pharmacology VI Virology
ED Education PH Physiology
17

18. Un même terme peut appartenir à
plusieurs arborescences
18

19. Choix du qualificatif et
construction de la requête
19

20. Termes majeurs / Explosion
20

21. Combinaison avec un autre terme
21

22. 22

23. 23

24. PubMed : stopwords
Mots courants non indexés :
Utilisation optimale documentation 24
médicale

25. Pourquoi utiliser le MeSH ?
• Recherche dans PubMed
– Avec « moelle épinière » : 85 articles seulement
– Avec « moelle spinale » : 1 article seulement
– Avec « spinal cord » (directement) :
plus de 145 000 articles
– Avec « spinal cord [MeSH] » : 73 000 articles
– Avec un qualificatif « "Spinal Cord/surgery"[Mesh] » :
2 600 articles
25

26. Chercher à partir du français
Étape 1 : trouver le mot-clef de départ en français
• On détermine un mot-clef intéressant en
français
• On cherche l’équivalent de ce mot-clef dans le
MeSH français
• Le site du CISMeF propose la traduction
française du vocabulaire MeSH
26

27. Équivalent du mot-clef dans le MeSH
français : http://pts.chu-rouen.fr
27

28. Exemple : moelle épinière
28

29. Place du terme dans l’arborescence MeSH
29

30. Étape 2 : choix des qualificatifs
30

31. Étape 3 : on lance la recherche depuis CISMeF
31

32. Intérêt du CISMeF : les articles récents
• Ex. de recherche sur le noyau tegmental pédonculopontin
• Terme Mesh : Pedunculopontine tegmental nucleus
• Formule de recherche standard :
• "pedunculopontine tegmental nucleus"[MH]
• CISMeF : ("pedunculopontine tegmental nucleus"[MH] OR
((("nucleus tegmentalis pedunculopontinus"[TIAB] OR "nucleus,
pedunculopontine tegmental"[TIAB] OR "peduncular pontine
nucleus"[TIAB] OR "tegmental nucleus,
pedunculopontine"[TIAB] OR "pedunculopontine tegmental
nucleus"[TIAB] OR "pedunculopontine nucleus"[TIAB])) NOT
(MEDLINE[SB] OR oldmedline[sb])) OR
(("pedonculopontin"[TIAB] AND "tegmental"[TIAB] AND
"noyau"[TIAB]) NOT (MEDLINE[SB] OR oldmedline[sb])))
32

33. Sans CISMeF
33

34. Avec CISMeF
34

35. Recherches très spécifiques avec
des termes absents du MeSH
• Ex. : dose intégrale en radiothérapie :
« integral dose »
• "integral dose" [TIAB] : 312 résultats
• "integral dose" [TIAB] AND radiosurgery
[MH] : 23 résultats
35

36. PubMed : Mapping
Termes recherchés directement, sans
guillemets et sans passer par le MeSH
= PubMed vérifie, dans l’ordre
– dans le MeSH
– dans les revues
– dans les expressions (Phrase List)
– dans les auteurs
Correspondance automatique des termes
(ATM = Automatic Term Mapping)
36

37. Liste de résultats dans PubMed
37

38. Consulter les articles trouvés
• Sur papier dans les bibliothèques (JUBIL)
• En ligne, sur les postes des bibliothèques
• Et maintenant de chez vous, via l’accès
distant
38

39. Lien direct vers le PDF ?
• Quand on est sur un ordinateur de l’université
• OU connecté en accès distant via JUBIL
• ET SI l’université est abonnée aux revues en
ligne où est paru l’article recherché
• Alors icône pour accès direct au PDF
39

40. Exemple d’article accessible
40

41. Changer d’affichage
• Par défaut : Summary
= auteurs + titre +
PMID + niveau
d’indexation
• Abstract : résumé +
lien vers PDF
• MEDLINE : export
vers bibliographie
(EndNote, Zotero…)
41

42. Affichage Abstract : liens vers PDF
42

43. Les limites…
43

44. Limiter le nombre de résultats (par langue, type de
document, population…)
44

45. Recherche avancée
45

46. Search Builder
• On choisit le champ de recherche à gauche
• L’index s’affiche avec le nombre de références
correspondantes
• On sélectionne les termes et on clique sur « add
to search box » avec un booléen pour envoyer
vers la fenêtre de recherche
46

47. Chercher un auteur
• Rentrer son nom et l’initiale de son prénom
• PubMed comprend qu’on cherche une personne
47

48. « Single Citation Matcher »
• Recherche par auteur / revue / date
• Pour retrouver une référence d’article précise

49. « Single Citation Matcher »
• Recherche par auteur / revue / date
• Pour retrouver une référence d’article précise
Utilisation optimale documentation
49 49
médicale

50. Alertes et historiques
• Fil RSS sur une recherche
• Historique automatique, conservé 8 heures,
accessible via la recherche avancée
50

51. Création de compte gratuit : My NCBI
Intérêts :
– Sauvegarder ses résultats
– Sauvegarder ses recherches habituelles
– Créer des alertes (RSS ou courriel)
– Appliquer des filtres automatiques sur les
résultats
51

52. Création de compte gratuit : My NCBI
52

53. Création de compte gratuit : My NCBI
53

54. Création de filtres pour les recherches
54

55. On choisit PubMed dans la liste…
55

56. On cherche le filtre JUBIL
56

57. Les résultats sont triés
57

58. Les résultats sont triés
• JUBIL : articles parus dans des revues
accessibles en ligne via JUBIL (7 000 revues)
• ifrhplib : articles parus dans des revues
accessibles via l’APHP (300 revues)
• ifrbinslib: articles parus dans des articles
accessibles sur biblioInserm
58

59. Liens vers les PDF
Ne fonctionnera que si vous êtes sur un ordinateur de l’université
ou de l’APHP (de l’extérieur repasser par l’accès distant JUBIL)
59

60. FIN
Merci de votre attention