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R以外の研究ツール
- 5. コードスニペット
- 6. Sublime Text 2 (ST2) • http://www.sublimetext.com/ • エディタはこれ一択（3も出てる）, V*(*) / E****は使わない • どのOSでも使える、シンタックスがかっこいい、多機能、使いやすい
- 7. 基本的なショートカット • Command（⌘） + F : 検索 • Command（⌘） + S : 保存 • Command（⌘） + Z : 戻る • Command（⌘） + Y : 進む … メモ帳、Office、ブラウザとかと全く同じ
- 8. 高度な機能 # ショートカット • Command（⌘） + / : コメントアウト • Command（⌘） + option + 数字 : Window分割 • Control + Shift +数字: 指定した分割Windowに飛ぶ • Command（⌘）を押しながら色々な箇所を選択 : マルチカーソル • 文字列選択後に、Command（⌘） + D : 一括置換
- 9. 高度な機能 • Command（⌘） + P : ファイル選択 • Command（⌘） + Control + P : コマンドパレット （シンタックス、スニペット、パッケージ…etcを検索） http://qiita.com/mryreplicant/items/97d96fd156cf 30744b8b # Package Control （簡単にパッケージを管理できるようにする機能） https://sublime.wbond.net/installation#st2
- 10. コードスニペット • コードの切れ端 • よく書くプログラミングのパターンをあらかじめ登録しておいて、 すぐ取り出せるようにする ”Snippet: html”を選ぶだけ！ 登録したコードが生成！ コマンドパレット （Command （⌘） + Ctrl + P）を起動
- 11. スニペットの作り方 ツールバーのTools＞New Snippetで出てきた上の記述様式の通りに書いて、 /Users/ユーザー名/Library/Application Support/Sublime Text 2/Packages/User に保存するだけ（拡張子はsublime-snippet） Command （⌘） + Ctrl + Pでhelloとうつ と上のコードが生成さ れる 生成されるコード 生成時に1番目に選 択される箇所 ${1:this}が選択され た後にtabを押すと ジャンプする箇所 hello.sublime-snippet
- 14. Rake.sublime-snippet desc, task, 依存ファイルとかの書き方をすぐ忘れる Rake : 状況に応じて走らせるプログラムを使い分けたい時に使ってる
- 15. RSQLite.sublime-snippet dbDriver, dbConnect, dbGetQuery と書くのをすぐ忘れる RSQLite : Rでsqliteファイルにアクセスする時使ってる
- 16. サーバ上でプログラムを実行する場合 自分はこれでサーバ上でプログラムを書くのを回避してます>< SSHでログイン 自動転送 方法１) サーバ上で編集 -> サーバで実行 V*(*) / E***で プログラムを編集 方法2) ローカルマシン上で編集 -> サーバで実行 ST2で プログラムを編集 > vim plot.R 実行 > R CMD BATCH plot.R 実行 > R CMD BATCH plot.R ssfhs + OSXFUSE (Max OS X) Expandrive, DokanFS(Windows)
- 17. バージョン管理システム
- 19. VCSができる事 • 差分を登録 • これまでの差分を閲覧 : ログ • バックアップ • 分岐 : ブランチ • 統合 : マージ • 過去の状態に戻る : ロールバック • 公開、共同作業 : 共有リポジトリ … 有名どころとして、git, Subversion(SVN), Mercurial, CVS …等がある http://www.slideshare.net/dallarosa/svn-9725505
- 20. 基本操作(git) mkdir work && cd work 作業ディレクトリ （端末） リポジトリ インデックス アッド コミット 仮登録みたいなところ （ステージ） 保存される場所 (差分毎にハッシュ 値がふられる) FileA ×n work http://dotinstall.com/lessons/basic_git チェック アウト リセット FileB FileC FileD # reposをgitに登録する git init # FileA.txtというファイルができたとする echo “This is first commit” > FileA.txt # アッド git add . # コミット git commit –m “First Commit” # 状況確認 git status # これまでのコミットしたものを閲覧 git log # ロールバック git reset –hard 191dsoghohodaohgohdgoa
- 21. GitHub • gitを用いてソースコードをWebに公開するための共有Web サービス • gitコマンドを知らなくても大丈夫（クライアントソフトがあるから） • その他にもGist（1テキストファイルのみの公開）、 Pages（webページの公開）など様々な機能を持つ http://www.atmarkit.co.jp/fjava/column/andoh/andoh60. html アッド & コミット web https://github.com/kokitsuyuzaki
- 23. BioconductorにおけるVCS metaSeq work 1. パッケージをCore Teamに送り、受理される 2. SubversionのユーザーIDとパスワードが送られてくる 3. パッケージに何か変更・修正があるたび、SVNで向こうのリポジトリにコミットする 4. 木全体のバージョンが上がる (誰かが何か変更するたび全体の数字が上がる) release metaSeq metaSeq devel metaSeq metaSeq 82010 82011 release devel どっちかに コミット
- 24. mkdir work && cd work # release版と同期 # First CommitだけCore Teamがやってくれているので、チェックアウトする svn co https://hedgehog.fhcrc.org/bioconductor/branches/RELEASE_2_13/madman/Rpacks/met aSeq/ # devel版と同期する場合 svn co https://hedgehog.fhcrc.org/bioconductor/trunk/madman/Rpacks/metaSeq/ # 作業ディレクトリに修正版パッケージをコピー cp –rf ../metaSeq . # アッド svn add * # コミット svn commit –m “Added parallel function” # 状況確認 svn status BioconductorにおけるVCS http://master.bioconductor.org/de velopers/how-to/source-control/
- 25. x.y.zルール http://master.bioconductor.org/developers/how-to/version-numbering/ ・パッケージのバージョン番号には以下のようなものがある(x.y.z) 1.2.3, 0.0.1, 0.4.5, 0.2.3 ・ xが0である限り、公開はされない ・但し0.99.zにすると次のリリースで1.0.0として公開される （99ルール） ・yはdevelだと奇数、releaseだと偶数にしなくてはならない （偶数-奇数ルール） ・BioCのバージョンアップ毎、yの数字は増やされる (バンプアップ) Bioconductorのバージョンに加え、個々のパッケージのバージョンもある (例: Bioconductor 2.14で登録されたmeshr-1.0.3)
- 26. x.y.zルール Q1: 最初にパッケージを作った時、バージョンは何番？ Q2: 0.99.0をCore Teamに送ったところ、一部を修正しろと言われました。 次のバージョンは何番？ Q3: 0.99.4にして、BioC2.13で公開していいと言われました。 公開時のバージョンはrelease, develで各々何番？ Q4: 次のBioC2.14ではこのパッケージのバージョンは、release, develで各々何番? A1: 0.99.0 (99ルール、きたるreleaseで1.0.0として公開してほしいから) A2: 0.99.1（まだOKをもらってないから、自分から1.0.0にはできない） A3: 1.0.0 (release), 1.1.0 (devel) (偶数-奇数ルール) A4: 1.2.0 (release), 1.3.0 (devel) (バンプアップ + 偶数-奇数ルール)
- 27. x.y.zルール Q5: Vignette(ドキュメント)に一部間違いが書かれていました。 修正したバージョンはどこに何番としてコミットすべき？ Q6: Vignette修正後にパッケージに追加機能を付けたくなってきました。 機能追加Verのパッケージは、どこに何番としてコミットすべき？ Q7: 今1.0.1(release), 1.1.2(devel)ですが、BioC2.14だとrelease, develで各々何番? Q8: コミット先を間違えて1.1.1 (release), 1.1.1(devel)として公開されてしまいました。 各々何番として再度コミットすべき？ A5: release, devel両方に、1.0.1 (release), 1.1.1 (devel) （バグは直ちに修正） A6: develのみに、1.1.2 (devel) （バグ以外は全てdevelのみに反映→次回のreleaseで公開） A7: 1.2.0 (release), 1.3.0 (devel) (バンプアップ時はyの数字だけ見る) A8: 1.2.0 (release), 1.3.0 (devel) （ユーザーが戸惑うから、基本的に数字は減らさない） 以下は説明が無いが、Core Teamに言われた事
- 28. 仮想マシン
- 29. 仮想マシンとは 主な周辺ツール • Vagrant : VirtualBoxをコマンドで操作する • Chef : Vagrantの起動時の設定を色々する • Docker : Vagrant + Chefみたいな事をより軽量に行うツール • Boot2docker, Docker provider : Mac OS XでDockerを使うためのツール OS上であたかも一つのソフトウェアのように起動された他のOS（例: Mac上で起動するWindows） Mac Book Air （物理マシン） 仮想化ソフト Virtual Box、 VM ware Fusion、 Vagrant-LXC、 Parallels、KVC...など Windows 7 （仮想マシン）
- 30. 一度作っておけば、再度インストール不要、どこでもすぐ使えるし 同じ動作をする、メイン環境が壊れない、実験的な事ができる 仮想マシンの研究利用 解析結果の再現性が保証される （このまま論文のAdditional Fileにしたいくらい） Mac OS X （仮想マシン） R, R-studio, Evernote, Skitch, ST2, Office, Cyberduck, IGV, AppCleaner, Dropbox, GitHub, FastQC, Keynote, Xcode, homebrew, Skype, Xmarks, Growl, … データ 解析結果
- 31. BioCパッケージ開発用マシン Mac Book Air （物理マシン） Ubuntu-14.04 LTS （仮想マシン） 作り方、イメージ（自分用に設定した状態の仮想マシン）を公開中 仮想環境構築（Docker) [参考] ・ドットインストールの「Docker入門」 ・はじめてのDocker on Mac OS X、Installing Docker on Max OS X ・Vagrant を使って Bioconductor Devel の解析・開発環境をAWSに構築する （Hacking is believing) r-base、subversion、 ccache、r-base-dev、 libxml2-dev、r-cran- xml、libcurl3-gnutls-dev、 XML(R package)、Rcurl (R package) Docker on Virtual Box パッケージ開発 に必要なツール Docker Index (マシン丸ごと バージョン管理）プッシュ
- 32. まとめ • コードスニペット – ST2にがしがし登録 → ⌘ + Ctrl + P • バージョン管理 : – git, svnで差分を登録 （BioCのパッケージを作成するならsvnの知識が必須） • 仮想マシン – 一度作っておくと便利、他の環境に影響しない隔離し たマシンが作れる