Suivi Avifaune de plaine- 2016 - PCN

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Rapport réalisé pour le compte de :
LGV SEA TOURS-BORDEAUX
Impacts de la LGV SEA et évaluation de
l’efficience des mesures compensatoires
sur l’avifaune de plaine
Rapport de suivi 2016 (3ème
année de suivi) –
Méthodologie et résultats à l’échelle du Poitou-Charentes

Suivi 2016 – Impacts de la LGV et des MC sur l’avifaune de plaine – Avril 2017
2 Poitou-Charentes Nature
année de suivi) –
Méthodologie et résultats à l’échelle du Poitou-Charentes
Type de rapport :
Rapport de suivi 2016
Associations intervenantes Intervenants
CEBC - CNRS
LPO Vienne
GODS
Charente Nature (CN)
Vincent BRETAGNOLLE – Alexandre VILLERS – Laura HENCKEL
(CEBC - CNRS)
Chloé DEPRE – Thomas CHEVALLIER - Thierry DUBOIS – Johan
TILLET (LPO Vienne)
Victor TURPAUD-FIZZALA – Jessica VILLERS – Jean-Baptiste
PERROTIN – Thomas GOUELLO (GODS)
Tiphanie HERCE – Matthieu DORFIAC (Charente Nature)
Coordinateur PCN / Rédacteur Version du document
Agnès BOYÉ V1
Destinataires Date d’envoi
Delphine QUINTARD, Pierre COUTURIER
Thierry CHARLEMAGNE (LISEA)
14/06/2017

Poitou-Charentes Nature 3
Sommaire
Introduction ............................................................................................................... 5
1. Méthodologie et protocoles ................................................................................ 6
1.1. Questionnements ............................................................................................................ 6
1.2. Echelles de travail ........................................................................................................... 6
1.3. Espèces concernées ........................................................................................................ 6
1.4. Stratégie d’échantillonnage .............................................................................................. 7
1.5. Protocoles pour les relevés .............................................................................................. 7
1.5.1. Indice Ponctuel d’Abondance (IPA) Passereaux et Outarde canepetière.................... 8
1.5.2. Recherche des couples nicheurs d’Œdicnème criard ............................................... 8
1.5.3. Recherche des couples nicheurs de Busards .......................................................... 8
1.5.4. Recherche des couples nicheurs de Pie-grièche écorcheur ...................................... 9
1.6. Saisie des données.......................................................................................................... 9
1.7. Synthèse des périodes de réalisation ................................................................................ 9
2. Résultats .......................................................................................................... 10
2.1. Présentation synthétique ............................................................................................... 10
2.2. Echantillonnage ............................................................................................................ 12
2.3. Espèces contactées ....................................................................................................... 16
2.4. Méthodes d’analyses ..................................................................................................... 17
2.4.1. Calcul de la diversité.......................................................................................... 20
2.4.2. Analyse statistique ............................................................................................ 20
2.4.3. Méthode cartographique .................................................................................... 20
2.5. Contexte et objectifs visés par les analyses 2016 ............................................................. 20
2.6. Analyses complémentaires et documents associés ........................................................... 21
3. Analyse descriptive........................................................................................... 22
3.1. Représentativité de la communauté échantillonnée .......................................................... 22
3.2. Diversité observée par passage ...................................................................................... 23
4. Modélisation à l’échelle de la communauté....................................................... 24
5. Modélisation à l’échelle de l’espèce .................................................................. 28
5.1. Effet de la ligne et des mesures environnementales sur l’abondance des espèces ............... 28
5.2. Répartition ................................................................................................................... 34

6. Conclusions et perspectives.............................................................................. 36
6.1. Bilan 2014-2016............................................................................................................ 36
6.2. Synthèse des résultats des modélisations ........................................................................ 37
6.3. Limites......................................................................................................................... 37
6.4. Fréquence du suivi et des bilans..................................................................................... 38
Annexe 1 - Exemple d’identification et de localisation préalable des points d’écoute
sous SIG........ ........................................................................................................... 39
Annexe 2 - Exemple de fiche de relevé IPA ........................................................... 40
Annexe 3 - Exemple de fiche de relevé de l’assolement......................................... 42

année de suivi) – Méthodologie et résultats
Introduction
Le présent suivi vise à évaluer les impacts de la LGV SEA et l’efficience des mesures compensatoires sur
l’avifaune de plaine.
Il s'inscrit dans le cadre de l'article 23 des arrêtés inter-préfectoraux des 24 février et 21 décembre 2012,
portant dérogation à l’interdiction de destruction d’espèces et d’habitats d’espèces animales protégées et de
destruction d’espèces végétales protégées. L’article 23 indique qu’ « un suivi des populations et des habitats
d'espèces protégées impactées par la construction et l'exploitation de la Ligne à Grande Vitesse Tours-Bordeaux
devra être réalisé pendant la durée de la concession. »
Le présent suivi s'inscrit également dans le cadre des propositions du groupe de travail sur les suivis, composé
d’un ensemble de partenaires inter-régionaux. Une note proposée par ce groupe de travail et intitulée
« Propositions de suivi des mesures environnementales liées à la construction et à l'exploitation de la LGV-SEA
Tours-Bordeaux » mentionne ce suivi élaboré en partenariat avec le Centre d’Etudes Biologiques de Chizé
(CEBC – CNRS), la LPO Vienne, le Groupe Ornithologique des Deux-Sèvres, Charente Nature, Poitou-Charentes
Nature et la LPO France.
Le protocole détaillé lié à ce suivi a été présenté aux services de l’Etat en amont de sa mise en œuvre, validée
par le concessionnaire LISEA au début de l’année 2014.
Le suivi a été mené en 2014 et reconduit en 2015 et 2016 en Vienne, Deux-Sèvres et Charente. Il a également
été mené en 2015 et 2016 en Indre et Loire.

1. Méthodologie et protocoles
1.1. Questionnements
Le protocole décrit ci-après est destiné à collecter des données en mesure de répondre à trois questions
précises, qui déclinent plus précisément l’analyse des impacts :
→ Quel est l’impact local de l’infrastructure (lorsqu’elle sera en fonctionnement) sur les
différentes espèces d’oiseaux ?
Cela consiste à déterminer, pour les espèces ciblées, la largeur de la zone d’évitement (ce qui inclut
aussi les variations de cette largeur, par exemple en fonction de la densité des individus) et/ou les
moyens de diminuer cette largeur par des mesures de mitigation.
→ Quel est l’impact régional de l’infrastructure sur les différentes espèces d’oiseaux ?
Il s’agit d’évaluer l’impact global de l’infrastructure (travaux, fonctionnement) sur la dynamique des
populations des espèces patrimoniales.
→ Quel est l’impact des mesures compensatoires sur les espèces cibles ?
Pour évaluer l’efficacité des mesures compensatoires sur ces espèces, il s’agit d’évaluer cet effet
« toutes choses égales par ailleurs », c’est-à-dire en tenant compte des effets confondants, comme par
exemple la présence de MAE, la présence de prairies ou encore la nature du paysage.
1.2. Echelles de travail
Au total, trois échelles spatiales sont déclinées :
- Une échelle très locale : la ligne et son fuseau, dont la largeur, en termes d’impact, reste à déterminer
et va sans doute varier selon les espèces.
- Une échelle plus large : qui est celle du territoire dans lequel les mesures de compensation sont mises
en place.
- Une échelle régionale : Poitou-Charentes.
Le protocole décrit ci-après intègre ces trois échelles.
1.3. Espèces concernées
Les espèces ciblées par cette étude sont des espèces du milieu de plaine ouverte, à savoir :
- L’Outarde canepetière (Tetrax tetrax) ;
- L’Œdicnème criard (Burhinus oedicnemus) ;
- Le Busard cendré (Circus pygargus) ;
- Le Busard Saint-Martin (Circus cyaneus) ;
- La Pie-grièche écorcheur (Lanius collurio) ;
- Le cortège global des passereaux, qui sont des indicateurs de l’évolution qualitative du milieu
(ressources alimentaires).

1.4. Stratégie d’échantillonnage
La stratégie est destinée à rendre l’effet dont on recherche à mesurer l’impact (par exemple les mesures
compensatoires) indépendant des effets paysagers confondants. Ceci revient à les « décorréler » au sens
statistique. Les variables confondantes identifiées sont :
- la distance à l’infrastructure ;
- la proportion de prairies en voisinage (sur des carreaux de 1 km²), qui sont des habitats favorables aux
différentes espèces cibles (reproduction et/ou alimentation) ;
- la présence et la quantité de MAE déjà contractualisées (en incluant les mesures compensatoires).
Laura Henckel, Paul Miguet (en thèse sous la supervision de Vincent Bretagnolle au Centre d’Etudes Biologiques
de Chizé, CEBC – CNRS) et Alexandre Villers ont développé un algorithme qui permet de tirer ces carrés de
manière aléatoire selon des gradients indépendants. Cet algorithme est mobilisé ainsi chaque année.
Figure 1 : Exemple de cartographie des données sources qui
sont utilisées lors du tirage des carrés
Source : Image CNRS – CEBC / Données GODS – PCN
Comme indiqué sur la figure en vis-à-vis,
le tirage des carrés consiste à
sélectionner des carreaux (les teintes de
bleu correspondent ici à la proportion du
carré de 1 km² en prairie), à des
distances croissantes de l’infrastructure
(ici en rouge), tout en contrôlant la
position et la superficie des parcelles
déjà en acquisition ou en contrat (ici, en
jaune) dans le cadre des mesures
compensatoires.
En matière de puissance statistique et afin de disposer d’un échantillon représentatif, 150 à 200 carrés de 1
km² sont à réaliser chaque année, choisis selon un tirage aléatoire stratifié, effectué par le CEBC - CNRS de
Chizé dans chaque département (Vienne, Deux-Sèvres et Charente) pour la région Poitou-Charentes. Si,
exceptionnellement, au regard des quantités de travail à réaliser et des forces humaines en présence, 100
carrés ont été suivis en 2014, ce sont 149 carrés qui ont été suivis en 2015.
1.5. Protocoles pour les relevés
Pour chaque protocole, la météo est relevée pendant la réalisation du relevé (pourcentage de couverture
nuageuse, absence ou présence de pluie, vent nul / faible / moyen ou fort).
L’assolement (relevé de l’occupation des sols à l’échelle de la parcelle) est réalisé sur l’ensemble de chaque
carré échantillonné entre avril et juin, puis saisi sous SIG.

Chaque contact d’Outarde canepetière, Pie-grièche écorcheur, Œdicnème criard, Busard cendré et Busard Saint-
Martin détecté en dehors des périodes de mise en œuvre stricte des protocoles (au cours d’un point IPA mais
au-delà des 200m, au cours de trajets entre points d’écoute ou encore au cours du relevé assolement) est
systématiquement localisé et de façon précise, sur une carte IGN en relevant l’horaire, l’effectif, le sexe, l’âge et
les comportements. Chaque nid détecté est également géo-localisé.
Un descriptif spécifique à chacun des protocoles est présenté dans les paragraphes 1.5.1. à 1.5.4.
1.5.1. Indice Ponctuel d’Abondance (IPA) Passereaux et Outarde canepetière
→ Par carré de 1 km², 4 points d’écoute (1 pour 25 ha, distants d’au moins 500 m) de 10 minutes sont
réalisés avec 2 passages : entre 1er
avril et le 8 mai, puis entre le 8 mai et le 15 juin, avec au minimum
4 semaines d’écart entre les 2 passages. L’ensemble des contacts d’espèce d’oiseaux sont relevés et
reportés, aussi précisément que possible, sur une carte préalablement préparée. Les types de contact
(vol, posé, chant, cri) sont également répertoriés par individu.
Les points d’écoutes débutent une heure après le lever du soleil et se poursuivent jusqu’à 10h maximum, en
évitant les pics de chaleur.
Chaque contact d’Outarde canepetière et de Pie-grièche est systématiquement géo-localisé, en relevant
l’horaire, l’effectif, le sexe, le comportement, le type et la hauteur du couvert fréquenté.
1.5.2. Recherche des couples nicheurs d’Œdicnème criard
Les prospections sont effectuées d’une traite sur l’ensemble du carré de 1 km². Deux passages sont réalisés par
carré : le premier est effectué entre le 1er
et le 20 mai et le second entre le 1er
et le 20 juin.
→ La réalisation de parcours en voiture sur l’ensemble des chemins carrossables s’effectue en évitant les
pics de chaleur et les heures d’alimentation de l’espèce (alimentation avant 9h et après 18h), par
météo favorable (sans pluie ou vent important) en matinée ou l’après-midi, sur l’ensemble de la zone
agricole de la commune, avec halte régulière pour observer minutieusement (plusieurs angles sur les
grands îlots) toutes les parcelles favorables (labour, semis, vigne, prairie rase), afin de rechercher les
individus et les indices de nidification (couveur-guetteur, alarme, poussins, chants / parades /
accouplements, part en marchant, feinte de blessure, etc…).
Chaque observation d’Œdicnème criard est systématiquement géo-localisée sur une carte IGN en relevant
l’horaire, l’effectif, le sexe, l’âge et les comportements. Chaque nid détecté est également géo-localisé.
1.5.3. Recherche des couples nicheurs de Busards
Il s’agit d’une recherche des couples nicheurs nécessitant plusieurs étapes (« prospection en entonnoir ») :
→ Parcours de l’ensemble des chemins carrossables du carré (avril-mai) sur l’ensemble des milieux
favorables : repérage des potentiels noyaux de colonie, des indices de cantonnement :
« Il s’agit pour l’observateur de se déplacer dans le carré d’un kilomètre carré en empruntant tous les itinéraires
possibles, à basse vitesse, en s’arrêtant régulièrement sur les points ouverts ou culminants offrant une bonne
visibilité, ou à pied. Il est important, dans cette stratégie, de visiter au moins une fois chaque secteur du carré
afin de visualiser l’ensemble des milieux favorables. » (Cf. Protocole enquête nationale rapaces diurnes
nicheurs)

→ Réalisation de points d’observation pour détecter le nombre de couples nicheurs et localiser
précisément les nids (mai-juin-juillet) : 2 à 4 passages (fonction de la densité en busards) sont
nécessaires par temps favorable pour un minimum de 2 heures d’observation pour les 4 passages.
Chaque observation de Busard cendré, de Busard Saint-Martin et de Busard des roseaux est systématiquement
géo-localisée, de façon précise sur une carte IGN en relevant l’horaire, l’espèce, l’effectif, le sexe, l’âge, les
comportements, la présence de marquage ou de trait individuel (ex : mélanisme, mue des femelle). Chaque nid
détecté est également géo-localisé précisément.
1.5.4. Recherche des couples nicheurs de Pie-grièche écorcheur
Les prospections sont effectuées à raison de 3 passages par carré. Les passages sont à répartir entre mi-mai et
début juillet.
→ La réalisation de parcours en voiture sur l’ensemble des chemins carrossables s’effectue à partir de 1h
après le lever du soleil et jusqu’à 1h avant le coucher du soleil, en privilégiant les heures chaudes pour
faciliter la détection (heures d’activité de nombreux cortèges d’insectes). Il s’agit de sillonner
l’ensemble du carré en faisant des points d’arrêt à proximité des milieux favorables à la nidification.
Chaque observation de Pie-grièche écorcheur est systématiquement géo-localisée précisément sur une carte
IGN en relevant l’horaire, l’effectif, le sexe, l’âge et les comportements.
1.6. Saisie des données
Des fiches de localisation et de relevé de terrain sont utilisées pour chaque protocole (cf. Annexes 1, 2 et 3).
Les données protocolaires et non-protocolaires sont ensuite saisies et envoyées au CEBC - CNRS de Chizé, en
tableur Excel avec les coordonnées géographiques de chaque donnée, au cours des mois d’août et septembre.
1.7. Synthèse des périodes de réalisation
Figure 2 : Périodes de préparation et de passage terrain
jan fév mar avr mai juin juil aoû sept oct nov déc
Echantillonnage aléatoire
Préparation des fiches de relevé de terrain
Terrain - IPA Passereaux et Outarde canepetière
Terrain - Œdicnème criard
Terrain - Busards
Terrain - Pie-grièche écorcheur
Saisie des données

2. Résultats
2.1. Présentation synthétique
Les données d’échantillonnage sont synthétisées dans le tableau ci-dessous. Pour rappel et première
comparaison, les données du suivi des deux années précédentes ont été gardées.
Depuis 2014, 97 puis 104 espèces ont été contactées lors des IPA.
Année : 2014 2015 2016
Nombre de carrés échantillonnés : 108 160 153
Nombre de carrés suivis : 105 149 141
Surface suivie : 105 km² 149 km² 141 km²
Superficie totale prise en compte pour le suivi MC AP : 1669,85 km²
% surface suivie par rapport à la totalité du zonage : 6,3 % 8,9 % 8,5 %
Nombre d’IPA réalisés :
840 (soit 140 h
d’écoute)
1192 (soit
199 h
d’écoute)
1124 (soit
187 h
d’écoute)
Nombre de contacts recensés au moment des IPA : 97 104 104
Ainsi, l’échantillon sur trois années représente 1580 IPA sur 395 carrés (38 793 individus comptés), soit plus de
526 heures d’écoute protocolisée.
Prairie – Mons (16) – D. NEAU

Figure 3 : Zonages pris en compte dans le cadre du suivi

2.2. Echantillonnage
Le tirage aléatoire stratifié des carrés de 1 km² a permis le suivi de 141 carrés échantillon en 2016 (149 en
2015, 105 en 2014). Les cartes ci-après mettent en évidence la localisation des carrés suivis en Poitou-
Charentes au regard des zonages prioritaires de prospection des mesures compensatoires, des ZPS ciblées
avifaune de plaine impactées par la LGV, ainsi que des sites de compensation en acquisition et en
conventionnement connus en fin d’année 2016. On peut voir sur les cartes ci-après que le suivi depuis 2014 a
permis de couvrir une surface de plus en plus importante au sein des secteurs ciblés.
Figure 4 : Carrés suivis depuis 2014 en Poitou-Charentes

Figure 5 : Carrés suivis depuis 2014 en Vienne

Figure 6 : Carrés suivis depuis 2014 en Deux-Sèvres

Figure 7 : Carrés suivis depuis 2014 en Charente

2.3. Espèces contactées
Depuis les relevés de 2014, 120 espèces ont été contactées au total via les protocoles mis en place dans le
cadre de ces suivis ‘avifaune de plaine’. Elles sont listées dans le tableau ci-dessous :
Tableau 1 : Espèces contactées (et nombre de contacts de chacune) depuis 2014
Espèce Nb Espèce Nb
Alouette des champs 4288 Mésange bleue 324
Pinson des arbres 2029 Coucou gris 323
Pigeon ramier 1970 Rougegorge familier 315
Etourneau sansonnet 1880 Faucon crécerelle 309
Merle noir 1857 Geai des chênes 305
Fauvette à tête noire 1754 Buse variable 295
Corneille noire 1707 Rougequeue noir 278
Hirondelle rustique 1580 Tarier pâtre 267
Linotte mélodieuse 1505 Faisan de Colchide 265
Bruant proyer 1497 Caille des blés 264
Rossignol philomèle 1271 Bergeronnette_grise 261
Fauvette grisette 1001 Grive musicienne 233
Moineau domestique 949 Choucas des tours 227
Tourterelle des bois 804 Corbeau freux 220
Bergeronnette printanière 757 Pic épeiche 181
Mesange charbonnière 687 Loriot d’Europe 180
Hypolais polyglotte 624 Busard cendré 151
Chardonneret élégant 618 Huppe fasciée 138
Bruant zizi 609 Hirondelle de fenêtre 134
Tourterelle turque 599 Canard colvert 119
Troglodyte mignon 551 Mésange a longue queue 118
Pie_bavarde 530 Pic vert 113
Pouillot véloce 530 Busard Saint-Martin 108
Pipit des arbres 505 Héron cendre 105
Verdier d‘Europe 502 Outarde canepetiere 105
Pipit farlouse 422 Pigeon biset domestique 105
Martinet noir 409 Grive draine 100
Bruant jaune 382 Perdrix rouge 94
Accenteur mouchet 373 Pie-grieche écorcheur 83
Oedicneme criard 361 Milan noir 79

Espèce Nb Espèce Nb
Grimpereau des jardins 75 Pouillot de Bonelli 7
Cochevis huppé 68 Tadorne de Belon 6
Courlis cendré 68 Cheveche d’Athéna 5
Perdrix grise 66 Gobemouche gris 5
Rougequeue à front blanc 55 Mesange nonnette 5
Bruant ortolan 54 Pic épeichette 5
Traquet motteux 52 Pic noir 5
Roitelet à triple bandeau 48 Pipit rousseline 5
Serin cini 46 Cisticole des joncs 4
Vanneau huppé 45 Cygne tubercule 4
Fauvette des jardins 32 Grebe castagneux 4
Pouillot fitis 30 Martin-Pêcheur d‘Europe 3
Grosbec casse-noyaux 27 Elanion blanc 2
Sittelle torchepot 23 Faucon émerillon 2
Alouette lulu 19 Goéland argenté 2
Gallinule poule d’eau 19 Goéland leucophée 2
Epervier d’Europe 16 Locustelle tachetée 2
Gorgebleue à miroir 16 Merle à plastron 2
Pigeon colombin 14 Phragmite des joncs 2
Tarier des prés 14 Torcol fourmilier 2
Bouscarle de Cetti 13 Autour des palombes 1
Faucon hobereau 13 Chevalier aboyeur 1
Rousserolle effarvatte 13 Foulque macroule 1
Courlis corlieu 10 Grande Aigrette 1
Grand Cormoran 10 Grive litorne 1
Guepier dEurope 9 Hirondelle de rivage 1
Aigrette garzette 8 Mésange huppée 1
Bergeronnette des ruisseaux 7 Pic mar 1
Bondrée apivore 7 Pouillot siffleur 1
Busard des roseaux 7 Tarin des aulnes 1
En gris : espèces non prises en compte dans les analyses (oiseaux en halte migratoire ou non inféodés aux milieux de plaine) : en
gras : avifaune de plaine ciblée par ce suivi
2.4. Méthodes d’analyses
Parmi les espèces listées ci-avant, seules celles nicheuses dans des habitats de plaine agricole ont été retenues
pour les analyses. A noter également que les groupes de plus de 10 individus ont également été écartés pour
les analyses, car correspondant plutôt à des individus en déplacement ou en alimentation et non à des nicheurs
locaux.

Sur le graphique suivant représentant l’abondance cumulée par espèce, on peut constater que le cortège est
dominé par quelques espèces qui peuvent être abondantes, alors que bon nombre d’espèces ne sont au
contraire présentes qu’en faibles effectifs. Les modèles utilisés pour les analyses réalisées ne peuvent être
utilisés pour ces dernières espèces (‘modèles inexploitables’), qui ne sont pas assez représentées pour que le
modèle soit exploitable. Des protocoles complémentaires seraient à mener pour acquérir des données
supplémentaires sur ces espèces.
Pour les espèces ‘intermédiaires’, d’abondance moyenne, d'autres types de modèles pourraient être testés pour
améliorer leur fiabilité (‘modèles moyens’).
Pour les espèces abondantes, les modèles sont corrects et exploitables pour les analyses.
Busard cendré – Tusson (16) – M. DORFIAC
Repousses sur chaumes – Bessé (16) – D. NEAU

Figure 8 : Abondance cumulée par espèce et compatibilité des modèles
Modèles
corrects
Modèles
moyens
Modèles
inexploitables

2.4.1. Calcul de la diversité
Deux types d’analyses de la diversité ont été menés :
- par point : la richesse spécifique/point/passage/année a été calculée ;
- par carré : les résultats des 2 sessions de terrain ont été groupés afin de garder la diversité maximale/carré. Il
a ainsi pu être calculé β=γ/α, avec la diversité α : Nombre d'espèce moyen par point par carré, la diversité γ :
Nombre d'espèce total par carré et la diversité β: hétérogénéité entre points au sein du carré.
2.4.2. Analyse statistique
Le modèle final retenu est un modèle mixte linéaire généralisé.
Les analyses statistiques ont été réalisées avec le logiciel R 3.3.2, avec la fonction "glmer".
Le modèle a intégré séquentiellement les co-variables explicatives suivantes, en 3 étapes :
"Facteurs confondants" :
- Effets aléatoires : passage imbriqué dans l’ID du point, observateur,
- Effets fixes : année, date en jour julien (effet simple et quadratique), heure, vent, pluie, nuage, visibilité, bruit
"Paysage" :
-% de chaque culture regroupée en catégories : plantations ligneuses, prairie-luzerne, ray-grass, tournesol-
maïs, colza, céréales, autres cultures,
-% d'éléments boisés (haie et forêts),
-% de bâtis (village et péri-village)
Variables d’intérêt :
- Distance à la LGV
- MAE prairie (retard de fauche), gel + agriculture biologique,
- Mesures compensatoires LGV.
La sélection de variable s’est faite à chaque étape, basée sur l'AIC des modèles (critère évaluant la qualité des
modèles tout en tenant compte du nombre de variables dans le modèle).
L'objectif est de mettre en évidence un éventuel effet de la ligne et des MAE en contrôlant l'effet
de tous les autres facteurs potentiellement influents.
2.4.3. Méthode cartographique
Les étapes des analyses cartographiques ont été les suivantes :
- Etablir une carte de répartition des espèces basée sur les modèles (prédictions) tenant compte à la fois de la
structuration spatiale des données et des variables environnementales ;
- Extrapoler à l'ensemble de la zone d'étude.
2.5. Contexte et objectifs visés par les analyses 2016
Les suivis de l’avifaune de plaine ont actuellement été réalisés sur une période de 3 ans (2014-2016),
correspondant à la période des travaux de création de la ligne et avant sa mise en fonctionnement (en juillet
2017).
Les analyses menées dans le cadre de ce rapport à 3 ans visent à répondre à :

- Définir un état des lieux initial de la biodiversité aviaire avant la mise en fonctionnement de la ligne ;
- Détecter d'éventuels effets précoces de la ligne (perturbations liées aux travaux de mise en place) ;
- Evaluer l'effet des Mesures Agro-Environnementales (MAE) et des mesures compensatoires mises en place
autour de la ligne ;
- Etablir une cartographie de richesse spécifique et d'abondance de chaque espèce (état initial).
2.6. Analyses complémentaires et documents associés
Afin de pouvoir analyser et discriminer l’influence de différentes variables dans le cadre du suivi (prairies à
proximité, MAEt/MAEc...), certaines données telles que la localisation des MAE (Mesures Agro-
Environnementales), le RPG (Registre Parcellaire Graphique) de chaque année de suivi ou encore les données
cartographiques topographiques BDTOPO sont nécessaires.
A ce jour, plusieurs données sont encore à actualiser afin d’affiner les analyses. La sollicitation des partenaires
concernés par ces données est nécessaire. Cela concerne notamment les données suivantes :
- Localisation des MAEt/MAEc ;
- RPG ;
- BDTOPO.
A titre d’information, la dernière année d’actualisation des ressources utilisées pour les analyses est précisée
dans le tableau ci-dessous :
Deux-
Sèvres
Charente Vienne
Assolement carré 2014-15-16 2014-15-16 2014-15-16
MC LGV 2014-15-16 2014-15-16 2014-15-16
MAEt 2014 20141
2014
RPG 2012-14-15 2012 2012-2014
Corine Land Cover 2012 2012 2012
Tracé ligne oui oui oui
BD topo végétation
(haies)
2012 2012 2012
1
Aucune MAEt n’a été mise en place en 2015 et 2016 en Charente. On peut donc considérer être à jour
concernant ces données dans ce département.

3. Analyse descriptive
3.1. Représentativité de la communauté échantillonnée
Les graphiques cumulés ci-dessous présentent le nombre d’espèces contactées en fonction du nombre de points
d’échantillonnage suivis.
On constate que les courbes d'accumulation s'approchent de la saturation. Le nombre de points
échantillonnés semble donc satisfaisant pour avoir une bonne représentation de la richesse totale
de la communauté.
Figure 9 : Nombre d’espèces cumulé par point échantillonné entre 2014 et 2016
2014 2015
2016

3.2. Diversité observée par passage
La méthode cartographique extrapolée à l’échelle de l’ensemble de la zone suivie nous donne les résultats
présentés sur les figures suivantes, pour le premier et le second passage de terrain qui ont été distingués. La
richesse spécifique est d’autant plus élevée que la couleur est chaude.
Figure 10 : Diversité observée par point extrapolée à l’échelle globale, entre 2014 et 2016 – 1er
passage
La zone suivie au nord correspond à l’Indre et Loire
Nombre d’espèces relevé
L’année 2015 ressort sur ces premières cartes, la diversité par point apparaissant globalement plus importante
cette année-là. L’année 2016 semble quant à elle avoir observé une richesse spécifique moindre, mais tout de
même meilleure qu’en 2014, année où la diversité par point semble avoir été la moins importante.
2014 2015 2016

Figure 11 : Diversité observée par point extrapolée à l’échelle globale, entre 2014 et 2016 – 2e
passage
Nombre d’espèces relevé
Les tendances identifiées par les premiers passages de terrain ne sont pas complètement confirmées par le
second. En effet si l’année 2015 ressort également sur les graphiques ci-dessus comme une année accueillant
une forte diversité spécifique à l’échelle globale, la même tendance ressort en 2016. L’année 2014 semble
toujours moins riche en nombre d’espèces lors du second passage de 2014. Il est à noter également que les
résultats sont plus hétérogènes via ce second passage.
On constate donc une variabilité entre les passages, ce qui confirme bien l’intérêt des deux passages préconisés
dans les protocoles, mais également une forte variabilité inter-annuelle de la richesse spécifique observée par
point, d’où l’intérêt de réaliser le suivi sur plusieurs années.
4. Modélisation à l’échelle de la communauté
Le résultat du modèle final sur la prédiction du nombre d’espèces amène aux constatations suivantes :
- l’effet de l’année est très marqué (1), confirmant la modélisation cartographique présentée précédemment ;
- un très fort effet des haies/forêts et des zones urbaines (2) ;
- le peu d’effet des cultures (3) ;
2014 2015 2016

- le faible effet de la ligne et des MAE (4). Cette dernière conclusion est compréhensible car les mesures
compensatoires et MAE diminuent la diversité des milieux et par conséquent les cortèges associés. L’analyse
espèce par espèce serait différente.
Ci-dessous des représentations graphiques de ces effets par les variables citées sur la richesse spécifique :
Figure 12 : Effet des haies sur la richesse spécifique
2
‘Facteurs
confondants’
1
3
4

De manière non surprenante, le facteur principal structurant la communauté aviaire à notre échelle d'étude est
la présence de haies et éléments boisés (Figure 12).
Figure 13 : Effet de la distance à la ligne sur la richesse spécifique
Le modèle ne fait ressortir aucun effet de la ligne sur la diversité de la communauté aviaire (Figure 13).
Figure 14 : Effet des MC et MAE sur la richesse spécifique
Pour cette modélisation, les MAE pris en compte ont été les HE4 et +, GC5 et GC6 (AB), gel, ainsi que les
mesures compensatoires liées à la LGV SEA (dans un buffer de 200m autours des IPA).
Le modèle ne fait pas ressortir d'effet significatif de ces mesures environnementales sur la richesse spécifique
de la communauté dans son ensemble (Figure 14).

L’objectif de ce modèle est d’aboutir à la prédiction du calcul de la richesse spécifique à l’échelle de l’ensemble
des zones ciblées. Pour cela, tous les paramètres influents précisés ci-avant ont été mis à 0 (présence de haies,
habitats, etc.). La richesse spécifique prédite peut ainsi être représentée :
Figure 15 : Carte de la richesse spécifique prédite par le modèle
La carte de richesse prédite a été extrapolée sur l'ensemble de la zone d'étude en tenant compte des variables
environnementales à l'échelle de la région :
- données RPG 2012 pour les cultures,
- Corin Land Cover 2012 pour les zones urbaines et forêts,
- BD topo 2012 végétation pour les haies.
Si la richesse spécifique moyenne est globalement égale à 10 espèces/point sur l’ensemble de la
zone, on observe des zones plus riches (en rouge), réparties de manière hétérogène.
On ne constate pas visuellement d'effet de la ligne.

5. Modélisation à l’échelle de l’espèce
Ce chapitre de l’analyse se concentre sur l’influence des mesures environnementales (MC et MAE) et de la LGV
sur l’abondance des espèces.
Les graphiques présentés ci-après sont issus des prédictions du modèle présenté dans les paragraphes
précédents.
5.1. Effet de la ligne et des mesures environnementales sur l’abondance des
espèces
Alouette des champs
On peut voir sur ces graphiques qu’il est attendu que l’Alouette des champs soit plus abondante à proximité de
la LGV qu’à distance. Les MAE et mesures compensatoires ont un effet attendu très positif sur l’abondance de
cette espèce.

Bruant proyer
Aucune tendance sur les effectifs de Bruant proyer n’est prédite par le modèle concernant la distance à la LGV.
Par contre, tout comme pour l’Alouette des champs, le modèle prédit un effet très positif des mesures
environnementales sur l’abondance du Bruant proyer.
Bruant proyer – Brettes – M. DORFIAC

Œdicnème criard
Les mêmes tendances sont prédites pour l’Œdicnème criard : un effet nul de la distance à la LGV et un effet
positif de la présence de mesures environnementales. On note toutefois que ce dernier effet positif est moins
marqué que pour le Bruant proyer.
Œdicnème criard – J. PELLERIN

Pinson des arbres
Le modèle prédit une favorisation de l’abondance du Pinson des arbres par la proximité de la LGV. La présence
d’habitats favorables à proximité de la ligne vient sans doute biaiser cette modélisation. Les MAE et mesures
compensatoires ont quant à elles un effet négatif sur l’abondance de l’espèce, ce qui se comprend aisément du
fait que le Pinson des arbres n’est pas favorisé dans un contexte de grandes plaines, où sont mises en place ces
mesures (espèce liée aux haies et boisements, on pourrait plutôt la retrouver en milieu bocager).

Fauvette à tête noire
Enfin, les mêmes tendances semblent prédites pour la Fauvette à tête noire, mais au regard de l’échelle
utilisée, ces paramètres sont plutôt considérés comme neutres sur les effectifs de cette espèce.
Le tableau ci-après indique, pour les espèces dont les effectifs permettent de les intégrer au modèle, si un effet
de la ligne LGV ou des mesures environnementales sont attendus. Il reprend ainsi les conclusions exploitables à
partir des graphiques présentés au paragraphe 5.1.
De manière générale, on n'observe pas d'effet très marqué de la LGV à ce stade de l'étude.
Le léger effet positif de la ligne est parfois observé mais pourrait s'expliquer par la présence d'habitats plus
favorables dans ces zones pour les espèces concernées (cas du Pinson des arbres notamment).
On observe tout de même un effet positif significatif des MAE et mesures compensatoires, mais seulement pour
les espèces de milieux ouverts (espèces ciblées par ces mesures et affiliées aux milieux cultivés).

Figure 16 : Effet de la ligne et des MAE/MC sur l’abondance des espèces
Espèce Effet ligne Effet MAE Qualité du modèle
Alouette des champs +
Bruant proyer +
Bergeronnette printanière =
Oedicnème criard -
Caille des blés -
Outarde canepetière -
Pinson des arbres +
Pigeon ramier +
Etourneau sansonnet +
Merle noir +
Fauvette à tête noire +
Corneille noire +
Linotte mélodieuse +
Rossignol philomèle +
Fauvette grisette +
Moineau domestique =
Tourterelle des bois =
Mésange charbonnière =
Hypolaïs polyglotte =
Chardonneret élégant =
Bruant zizi =
Troglodyte mignon =
Pie bavarde =
Pouillot véloce =
Pipit des arbres =
Verdier d'Europe =
Echelle de valeur de l’effet :
-- - = + ++
Espèces des
milieux ouverts
Espèces des
milieux plus
bocagers ou
urbains

5.2. Répartition
De même que la richesse spécifique a pu être modélisée par point à l’échelle de la région, il a été fait de même
pour l’abondance spécifique. Quelques cartes de répartition sont ainsi présentées ci-dessous :
Alouette des champs Bruant proyer
Ces cartes de répartition confirment les conclusions des graphiques du paragraphe précédent : les effectifs
d’Alouette des champs ressortent légèrement plus importants à proximité de la ligne que par ailleurs sur la
représentation graphique ci-dessus. Aucun effet de la LGV ne se dessine par contre sur la carte de répartition
du Bruant proyer.

Œdicnème criard Bergeronnette printanière
Globalement aucun effet de la LGV n’est visible sur les répartitions de l’Œdicnème criard ou de la
Bergeronnette printanière. Très ponctuellement, on semble déceler des effectifs plus élevés accolés à la ligne
pour l’Œdicnème, qui ne reflète pas l’effet global de ce paramètre sur l’abondance de l’espèce.

Hypolaïs polyglotte Mésange charbonnière
Il en est de même pour les abondances d’Hypolais polyglotte et de Mésange charbonnière : aucun effet de la
LGV sur les effectifs ne semble se dessiner sur les cartes de répartition ci-dessus.
6. Conclusions et perspectives
6.1. Bilan 2014-2016
Le nombre de carrés suivis a été maintenu pour ce suivi 2016. L’échantillon des milieux ciblés reste ainsi
représentatif et permet d’obtenir des résultats plus fiables et exploitables.
Le tirage aléatoire avait également été fait sur un nombre de carrés légèrement plus important (environ 153
carrés) afin de disposer d’une marge d’ajustement au moment de la disposition des points d’écoute sur
cartographie (caractère trop urbain ou forestier de certains carrés par exemple ou inaccessibilité).

Le protocole 2014 a été maintenu et renouvelé pour la troisième année consécutive. Il a été poursuivi dans le
département de l’Indre et Loire, où le suivi en est à sa seconde année.
Comme expliqué dans le rapport, la puissance explicative des modèles n’est encore pas suffisante pour
certaines espèces dont les effectifs sont réduits, ce qui concerne une partie des oiseaux de plaine. Même si des
premières conclusions peuvent être ressorties de ces trois premières années de suivi, les protocoles doivent
donc être poursuivis les années à venir, d’autant plus que les données accumulées jusqu’en 2017 compris
constitueront un état initial solide ‘d’avant mise en service’ et pourront servir de base à l’étude des
dérangements causés par la circulation des trains (étude 2018-2020). L’augmentation progressive des trains en
2017 ne sera marquée qu’à partir du mois de juillet, alors que les protocoles seront achevés. Les données
collectées pourront ainsi être mises à profit pour la finalisation d’un état 0. Ce bilan est envisagé fin 2017, et
pourra également faire un focus sur les impacts de la construction de la LGV sur les Outardes. Un parallèle avec
les enquêtes nationales de 2012, 2014 et 2016 pourra alors être fait.
6.2. Synthèse des résultats des modélisations
A l'échelle communauté, certaines conclusions peuvent toutefois d’ores et déjà être annoncées :
- La construction de la ligne LGV ne semble pas avoir d’impact significatif sur la richesse spécifique de la
communauté ;
- La diversité des communautés d'oiseaux est en revanche favorisée par la présence d'éléments boisés mais est
également très influencée par le voisinage de zones urbaines ; cela est aisément entendable car la
diversification des habitats engendrant celle des communautés avifaunistiques ;
- Aucun effet des MAE ou des mesures compensatoires ou de la distance à la ligne n’est constaté sur la
diversité spécifique à l'échelle de la communauté dans son ensemble.
A l'échelle de l’espèce, on peut retenir :
- Il n’y a pas d’effet significatif (ni négatif ni positif) de la LGV sur l'abondance des espèces suivies (il est
toutefois rappelé que les données sont insuffisantes pour les espèces peu abondantes) ;
- La présence de MAE et des mesures compensatoires semble favoriser les espèces de milieux ouverts (comme
l'Alouette des champs, le Bruant proyer ou l'Œdicnème criard) ;
- On ne note pas d'effet des MAE ni des mesures compensatoires sur les espèces de milieux boisés et des haies
(Pinson des arbres, Fauvette à tête noire, etc.)
Ces conclusions seront actualisées avec les résultats du suivi 2017, qui permettra de disposer d’un ‘point zéro’
pour étudier l’effet de la mise en service de la ligne, et l’effet à moyen terme des mesures compensatoires et
des MAE. Rappelons que pour ce faire, il est indispensable d’avoir accès aux données régionalisées des RPG et
MAE.
6.3. Limites
Comme évoqué, une forte hétérogénéité inter-annuelle a été constatée suite aux analyses menées. La nécessité
d’une répétition des suivis dans le temps se voit donc confirmée.
Par ailleurs, les modèles présentés dans cette étude ont été satisfaisants pour suivre les tendances des espèces
les plus abondantes (comme l'Alouette des champs ou le Bruant proyer), en revanche les données sont
insuffisantes en l’état pour établir des modèles satisfaisants pour les espèces les moins abondantes, comme
malheureusement une partie des espèces de plaine ciblées par ce suivi.

Des protocoles de suivis particuliers seraient donc utiles pour les espèces prioritaires en termes de conservation
(Outarde Canepetière, Œdicnème criard ou Busards).
6.4. Fréquence du suivi et des bilans
Comme évoqué dès la mise en place du protocole, et comme confirmé par les résultats de ce bilan à 3 ans, ce
suivi s’inscrit dans une démarche à long terme au regard des temps de réponse ou de détection de certains
facteurs. Ainsi pour rappel, le suivi doit être très régulier et se poursuivre au-delà de la mise en service de la
ligne, les 3 premières années suivant la mise en service de la ligne : 2018 - 2019 - 2020.
A compter de cette date, le suivi devra se poursuivre et la fréquence sera à adapter en fonction des résultats
obtenus les premières années.
Outardes canepetières – Saint-Jean-de-Sauves (86) – C. DEPRE

Annexe 1 - Exemple d’identification et de
localisation préalable des points
d’écoute sous SIG

Annexe 2 - Exemple de fiche de relevé IPA

Rappels de notation :
- Points d’écoute 10 min, séparés en 2 min.
- Noter toute les espèces et leur nombre chaque session de 2 min.
- Noter leur position sur la carte avec leur identifiant
- Distance : 0-50m ; 50-100m ; 100-200m
- Code vent : 0 = pas de vent ; 3 = vent de 30 km/h (ne pas faire de points d’écoute au-delà.
- Code nuage : 0% = ciel bleu ; 100% = totalement couvert.
- Code pluie : 0 = pas de pluie ; 1 = pluie fine (ne pas faire de points d’écoute si pluie importante).
- Code visibilité : 1 = bonne ; 2 = modéré ; 3 = faible.
- Code bruit : 0 = pas de bruit ; 1 = faible ; 2 = seuls les oiseaux les plus bruyants entendus au-delà de
100m ; 3 = très peu ou pas d’ouseaux entendus au-delà de 100m ; 4 = oiseaux non détectables au-
delà de 50m.
- Noter les huppes, oedicnèmes et outardes à plus de 200 m sur la carte mais pas dans le tableau.
- Noter le comportement : vol (V) ; chante (C) ; posé (P). Si vol et chant ou posé et chant, noter chant.

Annexe 3 - Exemple de fiche de relevé de
l’assolement

Principaux codes d’assolement :
CODE_OCS ASSOLEMENT
10 Prairie permanente (âge > 3 ans)
11 Prairie âge inconnu
15 Friche
20 Prairie temporaire (age 2-3 ans)
25 Luzerne
26 Trèfle
27 Féverole
30 Ray-grass suivi inconnu
31 Ray-grass suivi Ray Grass
32 Ray-grass suivi Maïs
33 Ray-grass suivi Tournesol
34 Moha
35 Ray-grass suivi Labour
36 Jachère spontanée (juin)
37 Prairie année 1
38 Jachère spontanée suivi de Labour
39 Céréale + légumineuse
40 Céréale
41 Blé
42 Blé barbu
44 Orge d'hiver
45 Avoine
46 Seigle
CODE_OCS ASSOLEMENT
47 Orge de printemps
48 Mélange céréale/légumineuse
49 Culture de printemps
50 Colza
51 Moutarde
61 Lin
62 Pois
63 Jardin ou culture maraîchère
64 Sorgho/Millet
65 Sorgho
66 Millet
70 Labour
71 Maïs
72 Tournesol
73 Tabac
74 Autre culture
81 Bâti
82 Péri-village
83 Route
84 Surface en eau
90 Bois ou haie
91 Vigne
93 Forêt RBI

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