Tutoriel pour passer d'EndNote à Zotero sans (trop) de problèmes.

1. Migrer d’EndNote vers Zotero
Les questions à se poser :
https://zotero.hypotheses.org/2766
1. A‐t‐on eu recours à des champs personnalisés ?
2. A‐t‐on détourné des champs de leur fonction initiale ?
3. Plusieurs bases EndNote doivent‐elles être migrées ?
4. Si oui, doivent‐elles être fusionnées ?
5. Des PDF sont‐ils attachés aux références ?
6. Si oui, doivent‐ils être migrés ?
Si on répond par l’affirmative à au moins l’une des 2 premières questions, il conviendra de
d’évaluer les 3 composantes du processus :
 Le point de départ dans la bibliothèque EndNote : quel(s) champ(s) est(sont)‐il
concerné(s) dans EndNote?
 Le point d’arrivée dans la bibliothèque Zotero : dans quel(s) champ(s) souhaite‐t‐on
reporter l’information ? S’il n’y a pas d’équivalent (dans le cas des champs
personnalisés ou propres à EndNote), on peut stocker l’information dans une note).
 Le moyen de passer du point de départ au point d’arrivée : effectue‐t‐on les
modifications
o dans EndNote, en exploitant les outils puissants de modification par lot (Edit >
Find and Replace ou Tools Change/move/Copy Fields) ?
o dans le fichier texte de transfert, entre l’export et l’import ?

2. La procédure de base
I ‐Dans EndNote :
1. choisir File > Export ;
2. inscrire le nom du fichier dans le dossier Nom‐de‐votre‐bibliothèque.data, au même
niveau que le dossier PDF, pour garder les liens PDF/références ;
3. choisir Text File dans la boîte Type ;
4. sélectionner RefMan (RIS) Export dans la boîte Output Style. (S’il n’apparait pas,
cocher‐le dans Edit > Output Styles > Open Style Manager)
5. cliquer sur Save
II ‐Dans Zotero :
1. Créer une nouvelle bibliothèque ou sauvegarder l’ancienne et positionnez‐vous là où
vous voulez créer la nouvelle collection, Si vous avez déjà des références dans Zotero.
2. choisir Fichier > Importer ou > Import ;
3. sélectionner le fichier sur votre ordinateur ;
4. cliquer sur OK/ Ouvrir.
5. Vérifier
Trucs et astuces:
cf. http://archiveweb.epfl.ch/flashinformatique.epfl.ch/IMG/pdf/9‐12‐page18.pdf
Le filtre d'importation RIS est celui qui convient le mieux au transfert des références entre
EndNote et Zotero, car il est très facile à modifier par de simples rechercher/remplacer
(Edition/Remplacer dans le bloc note par exemple).
Les formats BibTeX et XML sont aussi acceptés par Zotero mais ils sont plus complexes…
Pour en savoir plus sur le format RIS : article Wikipedia RIS_(file_format)
Seuls les champs principaux sont bien transférés. Il est possible que certaines informations
soient perdues (ou mises en note) durant le processus.
En particulier, les champs personnalisés (Custom) d'EndNote, ne seront pas reconnus par
Zotero. Pour les récupérer, vous pouvez :
 ouvrir le fichier RIS.txt dans un éditeur de texte et renommer (rechercher‐remplacer)
les champs C1, C2, etc. en N1, N2, etc., =>ces champs seront mis dans les notes.
 Configurer Zotero pour qu’il mette en note toutes les informations qu’il n’a pas su
récupérer : Edition > préférences > avancées : clic sur Editeur de configuration.
Accepter le risque. Rechercher « Ignoreunknown » et double‐cliquer sur la ligne pour
que « true » soit remplacé par « false ». Quitter et redémarrer Zotero
Vos dossiers de classement EndNote seront perdus lors d’un transfert de l’ensemble de
votre bibliothèque.
Pour conserver vos dossiers EndNote, il faut exporter chaque dossier séparément.
Avant d’importer vos références dans Zotero, créer une collection du nom du dossier
d’EndNote et se placer dedans pour importer.

3. Si vous avez beaucoup de références dans votre bibliothèque EndNote, vous pouvez
rencontrer des problèmes. Zotero n'a pas de limite au nombre de références à importer,
mais la probabilité qu'une référence soit défectueuse augmente avec le nombre. Si Zotero
indique une erreur du type « The selected file is not in a supported format », il faudra diviser
les références en sous‐groupes afin d'identifier la ou les références qui empêche(nt)
l'import…
Le format RIS ne prend pas toujours en charge les retours à la ligne (séparateurs des mots‐
clés par exemple…).
Si vos mots clés EndNote sont agrégés dans un seul mot clé de Zotero, une manipulation est
nécessaire dans EndNote :
1. sélectionner l’ensemble des références à transférer et aller sur Edit > Change Text.
2. Dans la boîte de dialogue qui s’ouvre, sélectionner le champ Keywords, rechercher le
retour‐chariot (à l’aide du bouton Insert Special) et remplacer par « retour‐chariot
KW ‐ « (retour‐chariot + KW + 2 espaces + un trait d’union + un espace)