Elke cursus in e-CPE heeft eenzelfde opzet. Er is een begin- en eindpunt, waartussen een vaste volgorde van cursusonderdelen moet worden doorlopen. Er zijn verschillende cursusonderdelen, waaronder leesmateriaal, audio, video, cases, reviews van cases, tests en games. Bij elk cursusonderdeel kan een discussie met medecursisten worden gevoerd. Als een cursist een case inlevert, dan moet de cursusleider deze eerst goedkeuren. Als de case nog onvoldoende is, dan geeft de cursusleider suggesties voor verbetering. Zodra een case is goedgekeurd kan deze aan andere cursisten worden voorgelegd ter becommentariëring, dit is een review. Ook de reviews worden aan de cursusleider voorgelegd ter goedkeuring en ook hier kan de cursusleider suggesties doen voor verbetering. De tests bestaan uit stellingen die waar of onwaar kunnen zijn. Bij elke test is aangegeven welke score de cursist moet halen om door te kunnen gaan naar het volgende cursusonderdeel. Als een test onvoldoende is gemaakt door een cursist, dan wordt hij automatisch teruggestuurd naar het deel van de cursus waarin het desbetreffende studiemateriaal is opgenomen. Een cursist is geslaagd voor de cursus als hij alle tests, cases en reviews voldoende heeft gemaakt en als hij alle cursusonderdelen heeft doorlopen.