1. 130112 version 1.0
STC
(Structure Thermodynamic Calculation)
Protein-Protein & Protein-DNA interactionの熱力学特性 (Gibbs エネルギー ΔG、エン
タルピー変化 ΔH、エントロピー変化 ΔS、埋没露出表面積 ΔASA)を経験的に算出す
ることができる。 Protein-Ligand interactionにも適応可能だが、 ΔASA で説明できる
かは懐疑的である。
Provided by Satoshi Kume, Osaka Prefecture University

2. Case 1: Protein-Protein interaction (PDB ID: 1HQO)
1. PDB file(text)のダウンロード
Dimer Protein: yeast prion protein
URL: http://www.rcsb.org/pdb/explore/explore.do?structureId=1HQO
2. PyMOLによるPDB fileの変更
・ MSE (セレノメチオニン) & 全水分子（300-399）の削除
・ 水素原子の付加 (Action → hydrogens → add)
・ PDB fileとして再保存（file → save molecule）
3. テキストエディタによるPDB fileの変更
・ ファイルのChain AとBの間に”TER”を挿入する
（Chain A: リガンド、B: タンパク質として認識される）
・ 最後の行に、”TER”を挿入する
・ その他のTER行を削除する
（ 例えば、TER 1864 PRO A 225 などの行を削除）
・ Chain名が全体を通してズレていないことを確認する

3. 4. STCの操作手順
（System Type: binding）
A. Output directoryの設定 (保存場所は任意)
B. Calc ASAの設定
B-1. Bound complex pdb file (ligand first)のみ選択
（Optionalの設定は、エラーの原因！！）
B-2. Calculate → Done calculations, no errorsなら、O.K.
B-3. Dismiss
C. Thermodynamics
C-1. sbb & Sex->uの設定
ΔASAのヒストグラム
C-2. Calculate
C-3. Histograms解析

4. Case 2: Protein-ligand interaction (PDB ID: 1CBS)
1. PDB file(text)のダウンロード
Protein: Cellular retinoic acid binding proteins
Ligand: Retinoic acid
URL: http://www.rcsb.org/pdb/explore/explore.do?structureId=1CBS
2. PyMOLによるPDB fileの変更
・ 全水分子（300-399）の削除（Action → remove atoms）
・ 水素原子の付加 (Action → hydrogens → add)
・ PDB fileとして再保存（file → save molecule）

5. 3. テキストエディタによるPDB fileの変更
・ ”REMARK”だけの行を先頭に２行挿入する（入れなくても良い！！）
・ リガンドの行を最初に挿入する
・ リガンドの文頭にある”HETATM”を” ATOM”に変更する（変更不要？）
・ リガンドの三文字表記をamino.def内の形式に変更する（ADD など）
・ リガンド情報の最後に、”TER”を挿入する
・ リガンドの原子名に通し番号がある場合は、削除する
（C、O、あるいはHに変更する）
・ CONECT 行の削除
・ Chain名が全体を通してズレていないことを確認する
・ 原子の番号は前後していても問題ない！！
・ 最後の行に”TER”を挿入する

6. 4. STCの操作手順
（System Type: binding）
A. Output directoryの設定 (保存場所は任意)
B. Calc ASAの設定
B-1. Bound complex pdb file (ligand first)のみ選択
（Optionalの設定は、エラーの原因！！）
B-2. Calculate → Done calculations, no errorsなら、O.K.
B-3. Dismiss
C. Thermodynamics
C-1. sbb & Sex->uの設定 ΔASAのヒストグラム
C-2. Calculate
C-3. Histograms解析