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Joaquín V. Martínez-Suárez, Sagrario Ortiz y Victoria López-Alonso
Listeria monocytogenes
Supervivencia
Listeriosis
 Serotipos 1/2a, 1/2b y 4b
 Alimentos RTE (ready-to-eat)
 Cepas del ambiente del procesado de alimentos
Incidencia de L. monocytogenes en el ambiente y productos cárnicos
 Ambiente/equipos, canales y productos del despiece < 10%
 Productos crudos o materias primas: 10-30%
 Productos procesados (carne picada) hasta 70%
 Productos RTE (embutidos cocidos/curados, jamones) hasta 10%
Supervivencia de L. monocytogenes en productos curados
 Origen y grado de contaminación
 Elaboración sin cultivos iniciadores
 Condiciones de maduración (tiempo, temperatura)
 Origen y/o características (serotipo) de las cepas:
reducido número de subtipos aislados
PERSISTENTEMENTE
Identificación de subtipos
 Identificación de subtipos
Rutas de transmisión en plantas de procesado
Posibles patrones de persistencia
 Técnicas genotípicas de identificación de subtipos
 PCR multiplex para identificación del grupo de serotipo
 Electroforesis en gel en campo pulsante (PFGE)
 Secuenciación de múltiples genes (MLST)
Secuenciación del genoma completo
 Organización del genoma altamente conservada
 Rasgos específicos (virulencia, persistencia o resistencia a desinfectantes)
RESULTADOS
Rutas de contaminación y patrones de
persistencia de L. monocytogenes en la Planta A
1/2a
68%
1/2c
8%
1/2b
21%
4b
3%
Identificación del serotipo molecular mediante PCR multiplex
Identificación de subtipos de L. monocytogenes
Identificación de subtipos mediante PFGE (protocolo PulseNet)
 21 perfiles de restricción AscI
 29 perfiles de restricción ApaI
29 pulsotipos
 Detección de los cuatro serotipos moleculares
 Serotipos mayoritarios 1/2a y 1/2b
 Predominancia de 1/2a en el área de elaboración
Rutas de contaminación y patrones de persistencia en la Planta A
Índice de diversidad de Simpson 0,7
(L. monocytogenes 0,99)
Rutas de contaminación y patrones de persistencia en la Planta A
Pulsotipos persistentes
 Detectados ≥ 3veces en un periodo ≥ 3 meses
 8 pulsotipos persistentes (91% aislados)
Patrones de contaminación
Pulsotipos predominantes (≥ 10% aislados)
 S1, con 244 aislados (45%)
 S2-1, con 89 aislados (16%)
 S4-1, con 62 aislados (12%)
73% del total de aislados
S1
S2-1
S4-1
S4-2
S4-3
S5
S10-1
S17-1
Pulsotipos
esporádicos
Biofilms
 Propiedades específicas de las cepas
 Mayor resistencia a estrés, limpieza y desinfección
Movilidad
Serotipo (1/2a)
Interacción con otros organismos
 Zonas de difícil acceso nichos o reservorios
 Biofilms
 Resistencia a antimicrobianos
 Resistencia al estrés
Persistencia de L. monocytogenes en el ambiente de las plantas de procesado
Resistencia de L. monocytogenes a los desinfectantes
Biofilms
Limpieza insuficiente previa a la desinfección
Humedad excesiva de las superficies
Aclarado insuficiente tras la desinfección
Dosis inadecuadas de desinfectantes
Exposición a concentraciones subletales de desinfectantes
Adquisición de mecanismos de resistencia
Adaptación fenotípica a desinfectantes
No. assayed
isolates
No. resistant
isolates (%)
Main origin of strains Reference
132 12 (9%) Poultry (France) Lemaitre et al., 1998
200 20 (10%) Fish (Norway) Aase et al., 2000
97 7 (7%) Food and others (France) Mereghetti et al., 2000
19 5 (26%) Meat, poultry (USA and Canada) Romanova et al., 2002
4 1 Poultry (Finland) Lundén et al., 2003
112 17 (15%) Meat (Norway) Heir et al., 2004
254 108 (42%) Fish (France) Soumet et al., 2005
114 9 (8%) Retail food (Denmark) Aarestrup et al., 2007
123 57 (46%) Poultry (turkey) (USA) Mullapudi et al., 2008
11 2 Cheese (Ireland) Fox et al., 2011
138 19 (14%) Different foods (USA) Ratani et al., 2012
91 15 (16%) Foods and others (Austria) Müller et al., 2013
29 3 (10%) Pork (Spain) Ortiz et al., 2014b
71 19 (27%) Retail foods (China) Xu et al., 2014
59 13 (22%) Retail foods (China) Jiang et al., 2015
142 25 (18%) Different foods (Switzerland) Ebner et al., 2015
20 3 (15%) Different foods (China) Zhang et al., 2015
14 11 (79%) Pork (Spain) Ortiz et al., 2016
Reports of resistance to QACs in planktonic cells of Listeria monocytogenes
(adapted from Martínez-Suárez et al., 2016)
Müller et al. (2013). Tn6188 - a novel transposon in Listeria monocytogenes
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91 15 (16%) Foods and others
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Müller et al., 2013
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142 25 (18%) Different foods
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Ebner et al., 2015
20 3 (15%) Different foods (China) Zhang et al., 2015
14 11 (79%) Pork (Spain) + Ortiz et al., 2016
RESULTADOS
Relación entre características específicas de los
pulsotipos de L. monocytogenes y su
supervivencia a la desinfección en la Planta A
Cepa
MIC (mg/l)
BAC
BAC
con
reserpina
CTAB Clorhexidina
Bromuro
de etidio
Ciprofloxacino Gentamicina
S1 10 5 10 5 160 5 0.6
S6 BAC
R
10 5 10 5 160 5 0.6
S10-1 20 20 20 2.5 40 1.25 0.3
EGD-e 1.25 0.6 5 2.5 20 1.25 0.3
Relación entre características específicas y la supervivencia a la desinfección
Patrones de resistencia y susceptibilidad
 Fenotipo MDR de S1 y S6 BACR
 Genotipo de resistencia a BAC de S10-1: Tn6188 (qacH)
Características asociadas a la supervivencia
 S1, S6 y S10-1 BACR
 Asociación BACR y supervivencia
 Selección de cepas BACR de serotipo 1/2a
Pulsotipo Nº de aislados
S1 13
S4-1 2
S6 1
S10-1 8
RESULTADOS
Persistencia ambiental de L. monocytogenes en
la Planta B. Relación con la resistencia a la
desinfección
% similitud
AscI ApaI
S1
S6
S19
S15
S16
S11
S3
S10-3
S10-2
S10-1
S2-2
S2-1
S2-3
S14
Persistencia de L. monocytogenes en la Planta B. Relación con la resistencia a la desinfección
Identificación de subtipos
 S1 y S10-1 (BACR, Planta A y Planta B), S2-2, S2-3 y S10-3 (BACR, exclusivos Planta B)
 S1 y S2-2 persistentes
 2 clusters PFGE
 2 subtipos inlA
Detección de L. monocytogenes
Mes Pulsotipo Nº de aislados
13,14, 23 S1 4
19 S10-1 1
22, 23, 24, 26, 27 S2-2 8
22 S2-3 1
26 S10-3 1
Persistencia de L. monocytogenes en la Planta B. Relación con la resistencia a la desinfección
Secuenciación (WGS) de 5 aislados BACR
 Contenido G+C y tamaño habituales de L. monocytogenes
 Tamaño y número CDS S1 y S10-1 < S2-2, S2-3 y S10-3
Identificación in silico de subtipos MLST
 S1: ST31 (abcZ-7, bglA-14, cat-10, dapE-19, dat-9, ldh-8 y lhkA-1)
 S10-1, S10-3, S2-2 y S2-3: ST121 (abcZ-7, bglA-6, cat-8, dapE-8, dat-6, ldh-37 y lhkA-1)
Característica
Pulsotipo de la cepa utilizada
S1 S10-1 S10-3 S2-2 S2-3
Planta de procesado A A B B B
Año de aislamiento 2008 2008 2010 2010 2010
Nº de secuencias contigs 51 70 73 52 71
Longitud total de todos los contigs (kb) 2997 3009 3114 3112 3086
Nº de secuencias codificantes (CDS) 3044 2972 3108 3115 3069
Persistencia de L. monocytogenes en la Planta B. Relación con la resistencia a la desinfección
Fagos, elementos transponibles y plásmidos
Cepas ST121
 Diferente contenido en profagos
 Tn6188 (qacH)
 Plásmido ST121 (Tn5422, clpL)
Cepa ST31
 Profago en comK
 Tn5422
 Isleta de supervivencia al estrés (SSI-1)
Profago en comK: S2-2, S2-3 y S10-3
Profago tRNA-Arg-CCG: S10-1, S2-2, S2-3 y S10-3
Profago tRNA-Arg-TCT: S2-2, S2-3 y S10-3
RESULTADOS
Influencia de la presencia de cloruro de
benzalconio sobre la formación de biofilm
Influencia del cloruro de benzalconio sobre la formación de biofilm
Subtipos persistentes y resistentes ST31 y ST121
CONCLUSIONES
Persistencia: supervivencia en el ambiente
(cualquier cepa puede sobrevivir en un “nicho”)
Cepas persistentes: determinadas cepas
especialmente “resistentes”
pueden contribuir a la persistencia
Importancia de la persistencia en los brotes de listeriosis
(ej., EE. UU. 1988-2000)
Necesidad de identificar y controlar la persistencia …
AMBIENTE GENÉTICA
Persistencia Cepas persistentes
CONCLUSIONES
IDENTIFICACIÓN DE LA PERSISTENCIA
Investigación
CONTROL DE LA PERSISTENCIA
1. NICHOS
Localizar y corregir
2. BIOFILMS
Limpieza y materiales “anti-biofilm”
3. RESISTENCIA
¿Rotación?
FSIS Listeria Guideline January 2014:
… rotating sanitizers will help prevent the development
of microorganisms resistant to a particular sanitizer …
CONCLUSIONES
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Joaquín v Martínez Suárez supervivencia de listeria

  • 1. Joaquín V. Martínez-Suárez, Sagrario Ortiz y Victoria López-Alonso
  • 2.
  • 3. Listeria monocytogenes Supervivencia Listeriosis  Serotipos 1/2a, 1/2b y 4b  Alimentos RTE (ready-to-eat)  Cepas del ambiente del procesado de alimentos
  • 4. Incidencia de L. monocytogenes en el ambiente y productos cárnicos  Ambiente/equipos, canales y productos del despiece < 10%  Productos crudos o materias primas: 10-30%  Productos procesados (carne picada) hasta 70%  Productos RTE (embutidos cocidos/curados, jamones) hasta 10% Supervivencia de L. monocytogenes en productos curados  Origen y grado de contaminación  Elaboración sin cultivos iniciadores  Condiciones de maduración (tiempo, temperatura)  Origen y/o características (serotipo) de las cepas: reducido número de subtipos aislados PERSISTENTEMENTE
  • 5. Identificación de subtipos  Identificación de subtipos Rutas de transmisión en plantas de procesado Posibles patrones de persistencia  Técnicas genotípicas de identificación de subtipos  PCR multiplex para identificación del grupo de serotipo  Electroforesis en gel en campo pulsante (PFGE)  Secuenciación de múltiples genes (MLST) Secuenciación del genoma completo  Organización del genoma altamente conservada  Rasgos específicos (virulencia, persistencia o resistencia a desinfectantes)
  • 6. RESULTADOS Rutas de contaminación y patrones de persistencia de L. monocytogenes en la Planta A
  • 7. 1/2a 68% 1/2c 8% 1/2b 21% 4b 3% Identificación del serotipo molecular mediante PCR multiplex Identificación de subtipos de L. monocytogenes Identificación de subtipos mediante PFGE (protocolo PulseNet)  21 perfiles de restricción AscI  29 perfiles de restricción ApaI 29 pulsotipos  Detección de los cuatro serotipos moleculares  Serotipos mayoritarios 1/2a y 1/2b  Predominancia de 1/2a en el área de elaboración Rutas de contaminación y patrones de persistencia en la Planta A Índice de diversidad de Simpson 0,7 (L. monocytogenes 0,99)
  • 8. Rutas de contaminación y patrones de persistencia en la Planta A Pulsotipos persistentes  Detectados ≥ 3veces en un periodo ≥ 3 meses  8 pulsotipos persistentes (91% aislados) Patrones de contaminación Pulsotipos predominantes (≥ 10% aislados)  S1, con 244 aislados (45%)  S2-1, con 89 aislados (16%)  S4-1, con 62 aislados (12%) 73% del total de aislados S1 S2-1 S4-1 S4-2 S4-3 S5 S10-1 S17-1 Pulsotipos esporádicos
  • 9.
  • 10. Biofilms  Propiedades específicas de las cepas  Mayor resistencia a estrés, limpieza y desinfección Movilidad Serotipo (1/2a) Interacción con otros organismos  Zonas de difícil acceso nichos o reservorios  Biofilms  Resistencia a antimicrobianos  Resistencia al estrés Persistencia de L. monocytogenes en el ambiente de las plantas de procesado
  • 11. Resistencia de L. monocytogenes a los desinfectantes Biofilms Limpieza insuficiente previa a la desinfección Humedad excesiva de las superficies Aclarado insuficiente tras la desinfección Dosis inadecuadas de desinfectantes Exposición a concentraciones subletales de desinfectantes Adquisición de mecanismos de resistencia Adaptación fenotípica a desinfectantes
  • 12. No. assayed isolates No. resistant isolates (%) Main origin of strains Reference 132 12 (9%) Poultry (France) Lemaitre et al., 1998 200 20 (10%) Fish (Norway) Aase et al., 2000 97 7 (7%) Food and others (France) Mereghetti et al., 2000 19 5 (26%) Meat, poultry (USA and Canada) Romanova et al., 2002 4 1 Poultry (Finland) Lundén et al., 2003 112 17 (15%) Meat (Norway) Heir et al., 2004 254 108 (42%) Fish (France) Soumet et al., 2005 114 9 (8%) Retail food (Denmark) Aarestrup et al., 2007 123 57 (46%) Poultry (turkey) (USA) Mullapudi et al., 2008 11 2 Cheese (Ireland) Fox et al., 2011 138 19 (14%) Different foods (USA) Ratani et al., 2012 91 15 (16%) Foods and others (Austria) Müller et al., 2013 29 3 (10%) Pork (Spain) Ortiz et al., 2014b 71 19 (27%) Retail foods (China) Xu et al., 2014 59 13 (22%) Retail foods (China) Jiang et al., 2015 142 25 (18%) Different foods (Switzerland) Ebner et al., 2015 20 3 (15%) Different foods (China) Zhang et al., 2015 14 11 (79%) Pork (Spain) Ortiz et al., 2016 Reports of resistance to QACs in planktonic cells of Listeria monocytogenes (adapted from Martínez-Suárez et al., 2016)
  • 13. Müller et al. (2013). Tn6188 - a novel transposon in Listeria monocytogenes responsible for tolerance to benzalkonium chloride. PLoS One 8, e76835.
  • 14. Efflux determinants conferring QAC resistance (adapted from Tezel and Pavlostathis, 2015)
  • 15.
  • 16. Pathways and mechanisms of QAC resistance (adapted from Tezel and Pavlostathis, 2015)
  • 17. Reports of resistance to QACs in planktonic cells of Listeria monocytogenes (adapted from Martínez-Suárez et al., 2016) No. assayed isolates No. resistant isolates (%) Main origin of strains Persistence Reference 132 12 (9%) Poultry (France) Lemaitre et al., 1998 200 20 (10%) Fish (Norway) + Aase et al., 2000 97 7 (7%) Food and others (France) Mereghetti et al., 2000 19 5 (26%) Meat, poultry (USA and Canada) Romanova et al., 2002 4 1 Poultry (Finland) + Lundén et al., 2003 112 17 (15%) Meat (Norway) Heir et al., 2004 254 108 (42%) Fish (France) Soumet et al., 2005 114 9 (8%) Retail food (Denmark) Aarestrup et al., 2007 123 57 (46%) Poultry (turkey) (USA) Mullapudi et al., 2008 11 2 Cheese (Ireland) + Fox et al., 2011 138 19 (14%) Different foods (USA) Ratani et al., 2012 91 15 (16%) Foods and others (Austria) Müller et al., 2013 29 3 (10%) Pork (Spain) + Ortiz et al., 2014b 71 19 (27%) Retail foods (China) Xu et al., 2014 59 13 (22%) Retail foods (China) Jiang et al., 2015 142 25 (18%) Different foods (Switzerland) Ebner et al., 2015 20 3 (15%) Different foods (China) Zhang et al., 2015 14 11 (79%) Pork (Spain) + Ortiz et al., 2016
  • 18. RESULTADOS Relación entre características específicas de los pulsotipos de L. monocytogenes y su supervivencia a la desinfección en la Planta A
  • 19. Cepa MIC (mg/l) BAC BAC con reserpina CTAB Clorhexidina Bromuro de etidio Ciprofloxacino Gentamicina S1 10 5 10 5 160 5 0.6 S6 BAC R 10 5 10 5 160 5 0.6 S10-1 20 20 20 2.5 40 1.25 0.3 EGD-e 1.25 0.6 5 2.5 20 1.25 0.3 Relación entre características específicas y la supervivencia a la desinfección Patrones de resistencia y susceptibilidad  Fenotipo MDR de S1 y S6 BACR  Genotipo de resistencia a BAC de S10-1: Tn6188 (qacH) Características asociadas a la supervivencia  S1, S6 y S10-1 BACR  Asociación BACR y supervivencia  Selección de cepas BACR de serotipo 1/2a Pulsotipo Nº de aislados S1 13 S4-1 2 S6 1 S10-1 8
  • 20. RESULTADOS Persistencia ambiental de L. monocytogenes en la Planta B. Relación con la resistencia a la desinfección
  • 21. % similitud AscI ApaI S1 S6 S19 S15 S16 S11 S3 S10-3 S10-2 S10-1 S2-2 S2-1 S2-3 S14 Persistencia de L. monocytogenes en la Planta B. Relación con la resistencia a la desinfección Identificación de subtipos  S1 y S10-1 (BACR, Planta A y Planta B), S2-2, S2-3 y S10-3 (BACR, exclusivos Planta B)  S1 y S2-2 persistentes  2 clusters PFGE  2 subtipos inlA Detección de L. monocytogenes Mes Pulsotipo Nº de aislados 13,14, 23 S1 4 19 S10-1 1 22, 23, 24, 26, 27 S2-2 8 22 S2-3 1 26 S10-3 1
  • 22. Persistencia de L. monocytogenes en la Planta B. Relación con la resistencia a la desinfección Secuenciación (WGS) de 5 aislados BACR  Contenido G+C y tamaño habituales de L. monocytogenes  Tamaño y número CDS S1 y S10-1 < S2-2, S2-3 y S10-3 Identificación in silico de subtipos MLST  S1: ST31 (abcZ-7, bglA-14, cat-10, dapE-19, dat-9, ldh-8 y lhkA-1)  S10-1, S10-3, S2-2 y S2-3: ST121 (abcZ-7, bglA-6, cat-8, dapE-8, dat-6, ldh-37 y lhkA-1) Característica Pulsotipo de la cepa utilizada S1 S10-1 S10-3 S2-2 S2-3 Planta de procesado A A B B B Año de aislamiento 2008 2008 2010 2010 2010 Nº de secuencias contigs 51 70 73 52 71 Longitud total de todos los contigs (kb) 2997 3009 3114 3112 3086 Nº de secuencias codificantes (CDS) 3044 2972 3108 3115 3069
  • 23. Persistencia de L. monocytogenes en la Planta B. Relación con la resistencia a la desinfección Fagos, elementos transponibles y plásmidos Cepas ST121  Diferente contenido en profagos  Tn6188 (qacH)  Plásmido ST121 (Tn5422, clpL) Cepa ST31  Profago en comK  Tn5422  Isleta de supervivencia al estrés (SSI-1) Profago en comK: S2-2, S2-3 y S10-3 Profago tRNA-Arg-CCG: S10-1, S2-2, S2-3 y S10-3 Profago tRNA-Arg-TCT: S2-2, S2-3 y S10-3
  • 24. RESULTADOS Influencia de la presencia de cloruro de benzalconio sobre la formación de biofilm
  • 25. Influencia del cloruro de benzalconio sobre la formación de biofilm Subtipos persistentes y resistentes ST31 y ST121
  • 26. CONCLUSIONES Persistencia: supervivencia en el ambiente (cualquier cepa puede sobrevivir en un “nicho”) Cepas persistentes: determinadas cepas especialmente “resistentes” pueden contribuir a la persistencia Importancia de la persistencia en los brotes de listeriosis (ej., EE. UU. 1988-2000) Necesidad de identificar y controlar la persistencia … AMBIENTE GENÉTICA Persistencia Cepas persistentes
  • 27. CONCLUSIONES IDENTIFICACIÓN DE LA PERSISTENCIA Investigación CONTROL DE LA PERSISTENCIA 1. NICHOS Localizar y corregir 2. BIOFILMS Limpieza y materiales “anti-biofilm” 3. RESISTENCIA ¿Rotación? FSIS Listeria Guideline January 2014: … rotating sanitizers will help prevent the development of microorganisms resistant to a particular sanitizer …
  • 29. MUCHAS GRACIAS POR SU ATENCIÓN