Medidas difusas para comparación de TFBSs.
•Transferir como PPT, PDF•
0 gostou•355 visualizações
Fernando Garcia
![¿Qué es la transcripción? ,[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object]](data:image/gif;base64,R0lGODlhAQABAIAAAAAAAP///yH5BAEAAAAALAAAAAABAAEAAAIBRAA7)
Recomendados
Mais conteúdo relacionado
Semelhante a Medidas difusas para comparación de TFBSs.
Semelhante a Medidas difusas para comparación de TFBSs. (20)
Mais de Alberto Labarga
Mais de Alberto Labarga (20)
Último
Último (11)
Medidas difusas para comparación de TFBSs.
- 1. Medidas Difusas para Motivos de ADN Fernando García Alcalde
- 14. Esquema general Genes relacionados Genes con el motivo en su secuencia promotora All Genes on the Microarray Considerar la contribución de cada TFBS Construir un nuevo motivo basado en su contribución a la significatividad del motivo Buscar las 100 semillas más prometedoras (bajo p-value) Degenerar cada semilla Calcular el p-value de la intersección mediante la distribución hipergeométrica 41 … 21 12 5 All Genes 1.0 1 CCCACTCCCG … … … 1e-5 7 TTTCTCTTTC 1e-7 10 TTTCAGTTTC 1e-10 12 TTTCACTTTC P-value Induced Genes Sequence
- 27. Clustering de JASPAR (II) 0.48 0.08 0.41 0.65 0.55 0.57 Media 0.92 0.26 0.09 0.77 0.69 0.70 CREB 0.07 0.01 0.91 0.53 0.44 0.45 Nuclear 0.37 0.02 0.73 0.59 0.47 0.47 HOM 0.50 0.05 0.90 0.68 0.54 0.55 HMG 0.17 0.03 0.26 0.58 0.49 0.50 TRP 0.77 0.19 0.27 0.76 0.68 0.70 REL 0.70 0.01 0.04 0.69 0.61 0.62 MADS 0.62 0.11 0.25 0.72 0.63 0.64 EBP 0.43 0.02 0.24 0.64 0.54 0.57 bHLH 0.05 0.01 0.02 0.55 0.45 0.46 Fork 0.71 0.19 0.75 0.71 0.62 0.63 ETS ALLR Chi 2 Ang Mink FPSM Jac Fam