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第52回生命科学夏の学校
- 1. 文献情報活用術 山本泰智 ライフサイエンス統合データベースセンター @yayamamo
- 2. In 1993 NCSA/University of Illinois 第52回生命科学夏の学校 2012/08/24 ライフサイエンス統合データベースセンター
- 3. NCSA/University of Illinois 第52回生命科学夏の学校 2012/08/24 ライフサイエンス統合データベースセンター
- 4. As We May Think Dr. Vannevar Bush From The Atlantic Monthly, July 1945: 101-108. Mendel's concept of the laws of genetics was lost to the world for a generation because his publication did not reach the few who were capable of grasping and extending it; and this sort of catastrophe is undoubtedly being repeated all about us, as truly significant attainments become lost in the mass of the inconsequential. 第52回生命科学夏の学校 2012/08/24 ライフサイエンス統合データベースセンター
- 5. 67年前からの課題 研究課題は多い 研究分野は細分化する 研究者は他の多くの研究成果をしっかり吟味出来ない 次々に論文が発表されており，一研究者が成果を十分活用出来ない 第52回生命科学夏の学校 2012/08/24 ライフサイエンス統合データベースセンター
- 6. memex ©2011 ACM 0001-0782/11/0200 第52回生命科学夏の学校 2012/08/24 ライフサイエンス統合データベースセンター
- 7. DBCLSでもこの課題に取り組んでいる 第52回生命科学夏の学校 2012/08/24 ライフサイエンス統合データベースセンター
- 8. DBCLSテキスト処理サービス 主にこれらの文献関連データを利 用したサービス これらの辞書データなどを用いた 日本語対応 第52回生命科学夏の学校 2012/08/24 ライフサイエンス統合データベースセンター
- 9. ライセンス 再利用性を高めるためのライセンス選択 DBCLSで構築した著作物はCreative Commons 表示 2.1 日本 (CC BY 2.1) で公開 原著作者のクレジットを表示する限り、自由に複製等可能 (営利目的も含む) 第52回生命科学夏の学校 2012/08/24 ライフサイエンス統合データベースセンター
- 10. Allie inMeXes 文献で使われる略語 文献で使われる英語 を検索 表現を検索 キュレーション支援 日本語 随時更新 無料 TogoDoc Suite 文献情報を管理 第52回生命科学夏の学校 2012/08/24 ライフサイエンス統合データベースセンター
- 11. Allie 略語とその展開形を検索 Allie http://allie.dbcls.jp/
- 12. danmachold 第52回生命科学夏の学校 2012/08/24 ライフサイエンス統合データベースセンター
- 13. 生命科学分野の文献中には略語が多い 2200万件 研究者により自由に略語が生み出されている 発表文献数は増加 (PubMedには2000報以上追加/日) 5万6千略語 多くの多義語・類義語が存在 (出現頻度10以上) 読み手に誤解と混乱を生じさせる Year 2012 PC: personal computer, primary care, prostate cancer, ... Alcoholic chronic pancreatitis: ACP, alcoholic CP, ... 第52回生命科学夏の学校 2012/08/24 ライフサイエンス統合データベースセンター
- 14. 生命科学分野の文献中には略語が多い 2200万件 研究者により自由に略語が生み出されている 発表文献数は増加 (PubMedには2000報以上追加/日) 5万6千略語 多くの多義語・類義語が存在 (出現頻度10以上) 読み手に誤解と混乱を生じさせる Year 2012 PC: personal computer, primary care, prostate cancer, ... Alcoholic chronic pancreatitis: ACP, alcoholic CP, ... 第52回生命科学夏の学校 2012/08/24 ライフサイエンス統合データベースセンター
- 15. 生命科学系の略語を簡単に調 べる方法はないか? 新たに作られた略語も含めて
- 16. 計算機を用いて自動的に抽出 Lactate dehydrogenase - LDH 第52回生命科学夏の学校 2012/08/24 ライフサイエンス統合データベースセンター
- 17. 約2200万件 reactive oxygen species ROS high-performance liquid chromatography FTIR superoxide dismutase SOD MEDLINEに含まれる全文献情報を対象に抽出 約1200万ペア 第52回生命科学夏の学校 2012/08/24 ライフサイエンス統合データベースセンター
- 18. Allie 日本語訳があれば提示 reactive oxygen species / 活性酸素種, 反応性酸素生成物 よく使われる分野を提示、絞り込みも可 Biochemistry / 生化学, 生物化学 出現文献情報を提示 ROS - (1980) Evidence for both oxygen and non-oxygen dependent mechanisms of antibody sensitized target cell lysis by human monocytes. 同じ文献で使われている他の略語 (共起略語) も提示 ROS -SOD, NO, NAC, ... 第52回生命科学夏の学校 2012/08/24 ライフサイエンス統合データベースセンター
- 19. 発展的な利用 自分でプログラムを書いて必要なデータを取得する人向け ftpでデータベースのダウンロードが無料で可能 毎週更新 APIにより利用者の開発したプログラムから検索可能 SOAP / REST / SPARQL http://data.allie.dbcls.jp/ 第52回生命科学夏の学校 2012/08/24 ライフサイエンス統合データベースセンター
- 20. 生物化学分野で頻出する略語 略語 展開形 展開形 (和訳) 頻度 ROS reactive oxygen species ((単複同形)) 活性酸素種, 反応性酸素生成物 23263 (カルシウムとジアシルグリセロールにより活性化されるタンパク質リン PKC protein kinase C 酸化酵素ファミリー) プロテインキナーゼC, リン脂質依存性タンパク質 18579 リン酸化酵素, リン脂質依存性タンパク質キナーゼ LDL low-density lipoprotein 低密度リポタンパク質, 低比重リポ蛋白, 低比重リポタンパク質 16633 WT wild-type 野生型 14845 EGF epidermal growth factor 上皮増殖因子, 上皮細胞増殖因子, 上皮成長因子, 上皮細胞成長因子 14149 (活性酸素消去酵素) スーパーオキシドジスムターゼ, スーパーオキサイド SOD superoxide dismutase 13781 ジスムターゼ HDL high-density lipoprotein 高密度リポタンパク質, 高比重リポタンパク質, 高比重リポ蛋白 11991 ER endoplasmic reticulum (解剖) 小胞体 11715 mitogen-activated protein (細胞内シグナル伝達を担うリン酸化酵素) マイトジェン活性化プロテイ MAPK 10870 kinase ンキナーゼ, 分裂促進因子活性化タンパク質キナーゼ, MAPキナーゼ (代表的な細胞増殖抑制因子) トランスフォーミング増殖因子β, 形質転換 TGF-beta transforming growth factor-beta 9833 増殖因子β, トランスフォーミング成長因子β 第52回生命科学夏の学校 2012/08/24 ライフサイエンス統合データベースセンター
- 21. http://allie.dbcls.jp/ 略語のアリー 検索 第52回生命科学夏の学校 2012/08/24 ライフサイエンス統合データベースセンター
- 22. 動画チュートリアル (統合TV) http://togotv.dbcls.jp/20100831.html#p01 第52回生命科学夏の学校 2012/08/24 ライフサイエンス統合データベースセンター
- 23. inMeXes (インメクセズ) 文献中に書かれている英語表現を検索 inMeXes http://docman.dbcls.jp/im/
- 24. 英作文をしていると出くわす悩み is associated に続く前置詞は何だったっけ? リン酸化に対応する英単語、phosの続きはどう綴ったかな? associated with を修飾する副詞、文献でよく使われているものは? thermodynamic parameters には the が付くことが多い? 付いている場合の実際の文章は? is associated ... 第52回生命科学夏の学校 2012/08/24 ライフサイエンス統合データベースセンター
- 25. inMeXes にお任せください! 第52回生命科学夏の学校 2012/08/24 ライフサイエンス統合データベースセンター
- 26. inMeXes 高速 MEDLINEに含まれる全ての題目、要旨中の表現を高速に検索 軽快 4文字以上入力すると、キーを叩く毎に検索結果を表示 便利 結果は頻度順、気になる表現をクリックすると関連情報を表示 第52回生命科学夏の学校 2012/08/24 ライフサイエンス統合データベースセンター
- 27. 少し進んだ使い方 were _ correlated with の _ に当たる副詞はどんな語が多く MEDLINE中では使われているのだろう? 正規表現フィルタを使うと検索可能 検索に時間がかかる場合があるので注意 第52回生命科学夏の学校 2012/08/24 ライフサイエンス統合データベースセンター
- 28. 発展的な利用 API (JSONP) による検索が可能 ご自身のブログやホームページに検索サービスを埋め込めます API Keyなどの認証は不要 第52回生命科学夏の学校 2012/08/24 ライフサイエンス統合データベースセンター
- 29. http://docman.dbcls.jp/im/ インメクセズ 検索 第52回生命科学夏の学校 2012/08/24 ライフサイエンス統合データベースセンター
- 30. 動画チュートリアル (統合TV) http://togotv.dbcls.jp/20091216.html#p01 第52回生命科学夏の学校 2012/08/24 ライフサイエンス統合データベースセンター
- 32. Lawrence Berkeley National Laboratory mteson 第52回生命科学夏の学校 2012/08/24 ライフサイエンス統合データベースセンター
- 33. 日々流される情報の横 必要な情報の取得が困難 電子ジャーナル、読後は DPFファイルがPCに蓄積 研究者の興味に基づく情報の取得・ 整理が可能な環境を実現出来ないか? 第52回生命科学夏の学校 2012/08/24 ライフサイエンス統合データベースセンター
- 34. TogoDoc Suite TogoDoc TogoDocClient TogoDocMobile 文献の検索と整理の効率化 研究活動の効率化、DB構築の効率化 TogoDocClientは東京大学との共同開発 第52回生命科学夏の学校 2012/08/24 ライフサイエンス統合データベースセンター
- 35. TogoDocClient 利用者のPCにインストール して利用するソフトウェア 利用者 DBCLS TogoDoc TogoDocClientからの情報を処理して文献を推薦したり PDFファイルを保存するインターネット上のサーバー TogoDocMobile 利用者のiOSデバイスにイン ストールして利用するアプリ 第52回生命科学夏の学校 2012/08/24 ライフサイエンス統合データベースセンター
- 36. TogoDoc Suite 自身のPCに散逸しがちなPDFファイルを簡単整理 フォルダ指定で自動解析、ファイル名自動変更も可 取得済みの文献情報を基にしたお薦め文献検索 PubMed/MEDLINE中の文献情報から提示 取得済みPDFファイルのDBCLS内サーバーへの保管 複数のPCを利用していてもコピー不要 第52回生命科学夏の学校 2012/08/24 ライフサイエンス統合データベースセンター
- 37. TogoDocClient使い方 OpenIDを取得 TogoDocClientのダウンロードとインストール 普段PDFファイルが保存されるフォルダの確認と指定 詳細は http://tdc.cb.k.u-tokyo.ac.jp/jinstall.html を参照 第52回生命科学夏の学校 2012/08/24 ライフサイエンス統合データベースセンター
- 38. 注意点 OpenIDは http:// から始まる標記がユーザーIDであること 例 http://openid.dbcls.jp/user/your_user_name OpenIDを入力する際に、your_user_name だけ入力するのは誤り OpenIDサーバー自体にログインする際 your_user_name を入力 → OpenIDサーバーにログインと、OpenIDを利用したサービスにログイ ンの違いを認識する Windowsでは圧縮ファイルのダブルクリックでは解凍にならない → 対象ファイルアイコンを右クリックして表示されるメニューから「全 て展開(T)...」を選択する 第52回生命科学夏の学校 2012/08/24 ライフサイエンス統合データベースセンター
- 39. TogoDocMobile使い方 AppStoreでTogoDocMobileを検索 (iPhone, iPad, iPod touch) アプリのインストール OpenIDの設定 第52回生命科学夏の学校 2012/08/24 ライフサイエンス統合データベースセンター
- 40. TogoDocMobile 推薦文献の確認 PubMed検索 全文PDFファイルの取得、閲覧 (可能な環境であれば) お気に入り文献の登録 ソーシャルサービスへの投稿 (Twitter、facebook、Evernote) 第52回生命科学夏の学校 2012/08/24 ライフサイエンス統合データベースセンター
- 41. http://docman.dbcls.jp/pubmed_recom 第52回生命科学夏の学校 2012/08/24 ライフサイエンス統合データベースセンター
- 42. 動画チュートリアル (統合TV) http://togotv.dbcls.jp/20110328.html#p01 第52回生命科学夏の学校 2012/08/24 ライフサイエンス統合データベースセンター
- 43. DBCLSの各種開発サービスは以下のアドレスから http://biosciencedbc.jp/ 第52回生命科学夏の学校 2012/08/24 ライフサイエンス統合データベースセンター
- 44. 終 第52回生命科学夏の学校 2012/08/24 ライフサイエンス統合データベースセンター
Editor's Notes
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