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Assessor de Gabinete & IQSC
Seminário de Gestão de Dados de Pesquisa e Boas Práticas
São Paulo, 9 de março de 2018.
Boas práticas em pesquisa científica e a
importância da gestão de dados
hv_boas_praticas_090318.pptx © Hamilton Varela hamiltonvarela@usp.br
Casos típicos de má conduta
Introdução & contextualização
Plano de Gestão de Dados
Boas práticas e dados de pesquisa
Iniciativas na USP - Comitê de Boas Práticas em Pesquisa
Exemplos
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Although 52% of those surveyed agree
that there is a significant ‘crisis’of
reproducibility, less than 31% think that
failure to reproduce published results
means that the result is probably wrong,
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published literature.
M. Baker, Nature 533 (2016) 453.
4
M. Baker, Nature 533 (2016) 453.
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Intense competition and time pressure...
 University leaders should better promote the critical importance of research
quality;
 All achievements—from receiving a grant to publication—must have a solid
base of robust methods and clear reporting;
 Universities should publicly reinforce the value of research quality by
identifying it as a criterion for appointments, promotions, and adjustments
in compensation;
 Universities must also strengthen their research integrity offices, review and
improve research integrity training programs, and develop proactive
programs to prevent research misconduct;
 In an era when “alternative facts” and “fake news” are increasingly
prevalent, research universities are guardians of evidence-based analysis.
N. J. Schrag, G. M. Purdy
Step up for quality research, Science 357 (2017) 531.
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 Fabricação de dados
 Manipulação/falsificação de dados
 Plágio & Apropriação indevida de conteúdo de terceiros
 Não realização de testes/experimentos óbvios que poderiam confirmar ou não o
modelo, teoria ou experimento em questão
 Tornar uma história mais sensacional do que de fato é
 Autoria indevida/injustificada
 Omissão de informações relevantes
 Fragmentação de resultados – Salami Science
 Publicação duplicada
 Referências inadequadas e enviesadas
 Negligência com erros encontrados após a publicação
 Comportamento inapropriado em caso de suspeita de má
Casos típicos de má conduta científica
http://www.enago.com.br/blog/10-exemplos-de-ma-conduta-cientifica/
R. G. S. Berlinck, The academic plagiarism and its punishments, Rev. Bras. Farmacogn. 21 (2011) 365.
W. F. van Gunsteren, The Seven Sins in Academic Behavior in the Natural Sciences,
Angew. Chem. Int. Ed. 52 (2013) 118.
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8
Processo 16/104: Emitiu pareceres em processos da FAPESP e registrou esse
fato em seu Currículo Lattes do CNPq, identificando pelo número e, em um
caso, pelo nome do pesquisador solicitante, os processos em que atuou.
Má conduta não grave: o pesquisador foi advertido e seu nome foi retirado
do cadastro de assessores da FAPESP pelo período de doze meses.
Processo 11/323: Falsa co-autoria de dois artigos no Lattes e na Súmula
Curricular apresentada à FAPESP como elemento de avaliação de sua
solicitação de Auxílio e Bolsa Jovem Pesquisador.
Má conduta grave intencional: Cancelados o auxílio e a bolsa da FAPESP de
que o pesquisador foi beneficiário; devolução à FAPESP das mensalidades
recebidas; impedimento de apresentar solicitações de auxílios e bolsas à
FAPESP pelo período de três anos.
http://www.fapesp.br/8577: Divulgação de um sumário de toda investigação que tenha
resultado na constatação da ocorrência de violação de boas práticas científicas.
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Exemplos
Karl-Theodor zur Guttenberg
 Ministro da Economia e Tecnologia
em 2009 e da Defesa da Alemanha
entre 2009 e 2011;
https://pt.wikipedia.org/wiki/Karl-Theodor_zu_Guttenberg
Barão von Googleberg
 Acusado de plágio em 2011, perdeu
o título de doutor pela Universidade
de Bayreuth, por ter violado
consideravelmente as regras, não
creditando corretamente as fontes e
a bibliografia utilizadas em seu
trabalho. É acusado de ter copiado
passagens inteiras de outras teses
sem citar os seus autores.
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Jan Hendrik Schön
1997: Ph.D. University of Konstanz, Germany
2001: ~ one newly published paper every 8 days!
Science, Nature, Phys. Rev. Lett., etc.
No one succeeded in preparing aluminium oxide
layers of similar quality as claimed by Schön!
Withdrawn journal papers:
01.10.02: 8 Science;
20.12.02: 6 Phys. Rev. Lett.;
24.02.03: 4 App. Phys. Lett.
05.03.03: 7 Nature;
02.05.03: 1 Science...
1997: Bell Labs, New Jersey, USA.
http://en.wikipedia.org/wiki/Sch%C3%B6n_scandal
Anomalies and duplicate data…
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https://pixabay.com/
Iniciativas na Universidade de São Paulo
USP > 5k títulos de mestrado e doutorado por ano + artigos
Originality Check (Turnitin): relatório com o porcentual de
similaridade de determinado texto em relação a uma base de dados
(~ 143 milhões de artigos acadêmicos, 55 bilhões de sites
armazenados e 300 milhões de trabalhos de alunos)
Grade Mark: plataforma on line de ensino que permite aos
professores organizar disciplinas e cursos voltados à formação dos
alunos e prevenção do plágio ainda durante a iniciação científica
Similarity Check: sistema semelhante ao Originality Check, mas
voltado aos editores de revistas científicas
http://jornal.usp.br/universidade/pesquisadores-da-usp-tem-acesso-a-ferramentas-anti-plagio/
http://www.prpg.usp.br/attachments/article/3565/turnitin2017_tutorial_final20170214.pdf
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Comitê de Boas Práticas em Pesquisa
Ocupar o papel Institucional da USP para a
promoção de boas práticas em pesquisa
Foco:
(promover a cultura da integridade ética da pesquisa, mediante programas
regulares de educação, disseminação, aconselhamento e treinamento
acessíveis a todos os pesquisadores a ela vinculado)
Educação para prevenção;
Disseminação de Boas Práticas;
Alfabetização Científica;
Orientação Gerais.
Linhas de Ação:
 Curadoria de documentos – portal de Boas Práticas
 Cursos on line (IC & PD)
 Promoção de palestras e mesas-redondas em eventos (SIICUSP, etc)
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Art. 1º. A Pró-Reitoria de Pesquisa, visando promover a cultura da
integridade ética da pesquisa mediante programas regulares de educação,
disseminação, aconselhamento e treinamento acessíveis a todos os
pesquisadores, por meio de um Comitê de Boas Práticas Científicas, atuará
antecipadamente e de maneira proativa na Educação e Prevenção de
incidentes de má conduta científica.
Art. 2º. Para a persecução desse fim serão priorizadas atividades de
disseminação de boas práticas, alfabetização científica, orientação gerais e
viabilização/divulgação de novos regramentos.
Portaria que institui, no âmbito da Pró-Reitoria de
Pesquisa, o Comitê de Boas Práticas Científicas
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Art. 3º. As linhas de ação para a execução das atividades previstas no artigo
anterior serão cursos on-line abertos, eventos, avaliações on-line obrigatórias
para acesso a laboratórios, curadoria de documentos e vídeos
disponibilizados no site da Pró-Reitoria de Pesquisa, além de indicação de
ferramentas e instâncias da universidade que tenham relevância para o tema.
Art, 4º. Em toda sessão do Conselho de Pesquisa haverá atualização aos
conselheiros do andamento das ações pertinentes a essa Portaria.
Art 5º. O Comitê será composto pelo Pró-Reitor de Pesquisa, o Pró-Reitor
Adjunto e três membros indicados pelo Pró-Reitor de Pesquisa e ratificados
pelo Conselho de Pesquisa.
Portaria que institui, no âmbito da Pró-Reitoria de
Pesquisa, o Comitê de Boas Práticas Científicas
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(Electronic) Lab Notebook
MIT: DEPARTMENT OF MECHANICAL ENGINEERING
Instructions for Using Your Laboratory Notebook
A good test of your work is the following question: could someone else, with an equivalent
technical background to your own, use your notebook to repeat your work, and obtain the same
results? For that matter, could you come back six months later, read your notes, and make
sense of them? If you can answer yes to these two questions, you are keeping a good notebook.
http://web.mit.edu/me-ugoffice/communication/labnotebooks.pdf
Guidelines for Keeping a Laboratory Record
Experimental Bioscienses – Rice University
As you record your activities in the laboratory, ask yourself, “Did I...”
Keep up with the table of contents?
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(...)
http://www.ruf.rice.edu/~bioslabs/tools/notebook/notebook.html
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Lab eNotebook – Alternatives to paper
 Electronic lab notebook (ELN) is growing in
popularity
 backup
 search ability
 accessibility
 multiple lab members, and multiple options
http://splice-bio.com/the-7-best-electronic-lab-notebooks-
eln-for-your-research/
Plano de Gestão de Dados
(DMP, Data Management Plan)
22
A FAPESP reconhece a importância da gestão adequada dos dados de
pesquisa como parte essencial das boas práticas de pesquisa. Dados
resultantes de projetos financiados pela Fundação sejam gerenciados e
compartilhados de forma a garantir o maior benefício possível para o avanço
científico e tecnológico.
 Racionalização de recursos
 Reprodutibilidade da pesquisa
 Indução de novas pesquisas (reutilização e compartilhamento de dados)
 Realização de novas análises (outros testes ou métodos de análise)
 Treinamento de novas gerações de pesquisadores
 Exploração de tópicos não previstos no projeto original
http://www.fapesp.br/gestaodedados/
1. Quais dados serão gerados pelo projeto?
2. Como serão preservados e disponibilizados, considerando
questões éticas, legais, de confidencialidade e outras?
23
Plano de Gestão de Dados
 Descrição dos dados e metadados produzidos pelo projeto (amostras,
registros de coleta, formulários, modelos, resultados experimentais,
software, gráficos, mapas, vídeos, ...)
 Quando aplicável, restrições legais ou éticas para compartilhamento de
tais dados, políticas para garantir a privacidade, confidencialidade,
segurança, propriedade intelectual e outros
 Política de preservação e compartilhamento (compartilhamento imediato
ou apenas após a aceitação da publicação, ...)
 Descrição de mecanismos, formatos e padrões para armazenar tais itens
de forma a torná-los acessíveis por terceiros
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Ten Simple Rules for Creating a Good Data Management Plan
by William K. Michener
Rule 1: Determine the Research Sponsor Requirements
Rule 2: Identify the Data to Be Collected
Rule 3: Define How the Data Will Be Organized
Rule 4: Explain How the Data Will Be Documented
Rule 5: Describe How Data Quality Will Be Assured
Rule 6: Present a Sound Data Storage and Preservation Strategy
Rule 7: Define the Project’s Data Policies
Rule 8: Describe How the Data Will Be Disseminated
Rule 9: Assign Roles and Responsibilities
Rule 10: Prepare a Realistic Budget
W. K. Michener
Ten Simple Rules for Creating a Good Data Management Plan
PLoS Comput. Biol. 11 (2015) e1004525.
hv_boas_praticas_090318.pptx © Hamilton Varela hamiltonvarela@usp.br
W. K. Michener, Ten Simple Rules for
Creating a Good Data Management Plan.
PLoS Comput Biol 11 (2015) e1004525.
https://dmptool.org/
https://dmptool.org/plan_export/14019.pdf
 Products of research
 Data format
 Access to data and data sharing practices
and policies
 Policies and provision for re-use, re-
distribution and products of derivatives
 Archiving of data
Free, open-source, online
application that helps researchers
create data management plans
+ direct links to funder websites
+ resources for best practices
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Boas Práticas de Pesquisa e a importância da gestão dos dados

  • 1. Prof. Hamilton Varela, Dr. rer. nat. Assessor de Gabinete & IQSC Seminário de Gestão de Dados de Pesquisa e Boas Práticas São Paulo, 9 de março de 2018. Boas práticas em pesquisa científica e a importância da gestão de dados hv_boas_praticas_090318.pptx © Hamilton Varela hamiltonvarela@usp.br
  • 2. Casos típicos de má conduta Introdução & contextualização Plano de Gestão de Dados Boas práticas e dados de pesquisa Iniciativas na USP - Comitê de Boas Práticas em Pesquisa Exemplos hv_boas_praticas_090318.pptx © Hamilton Varela hamiltonvarela@usp.br
  • 3. Although 52% of those surveyed agree that there is a significant ‘crisis’of reproducibility, less than 31% think that failure to reproduce published results means that the result is probably wrong, and most say that they still trust the published literature. M. Baker, Nature 533 (2016) 453.
  • 4. 4 M. Baker, Nature 533 (2016) 453.
  • 5. hv_boas_praticas_090318.pptx © Hamilton Varela hamiltonvarela@usp.br Intense competition and time pressure...
  • 6.  University leaders should better promote the critical importance of research quality;  All achievements—from receiving a grant to publication—must have a solid base of robust methods and clear reporting;  Universities should publicly reinforce the value of research quality by identifying it as a criterion for appointments, promotions, and adjustments in compensation;  Universities must also strengthen their research integrity offices, review and improve research integrity training programs, and develop proactive programs to prevent research misconduct;  In an era when “alternative facts” and “fake news” are increasingly prevalent, research universities are guardians of evidence-based analysis. N. J. Schrag, G. M. Purdy Step up for quality research, Science 357 (2017) 531. hv_boas_praticas_090318.pptx © Hamilton Varela hamiltonvarela@usp.br
  • 7.  Fabricação de dados  Manipulação/falsificação de dados  Plágio & Apropriação indevida de conteúdo de terceiros  Não realização de testes/experimentos óbvios que poderiam confirmar ou não o modelo, teoria ou experimento em questão  Tornar uma história mais sensacional do que de fato é  Autoria indevida/injustificada  Omissão de informações relevantes  Fragmentação de resultados – Salami Science  Publicação duplicada  Referências inadequadas e enviesadas  Negligência com erros encontrados após a publicação  Comportamento inapropriado em caso de suspeita de má Casos típicos de má conduta científica http://www.enago.com.br/blog/10-exemplos-de-ma-conduta-cientifica/ R. G. S. Berlinck, The academic plagiarism and its punishments, Rev. Bras. Farmacogn. 21 (2011) 365. W. F. van Gunsteren, The Seven Sins in Academic Behavior in the Natural Sciences, Angew. Chem. Int. Ed. 52 (2013) 118. hv_boas_praticas_090318.pptx © Hamilton Varela hamiltonvarela@usp.br
  • 8. 8 Processo 16/104: Emitiu pareceres em processos da FAPESP e registrou esse fato em seu Currículo Lattes do CNPq, identificando pelo número e, em um caso, pelo nome do pesquisador solicitante, os processos em que atuou. Má conduta não grave: o pesquisador foi advertido e seu nome foi retirado do cadastro de assessores da FAPESP pelo período de doze meses. Processo 11/323: Falsa co-autoria de dois artigos no Lattes e na Súmula Curricular apresentada à FAPESP como elemento de avaliação de sua solicitação de Auxílio e Bolsa Jovem Pesquisador. Má conduta grave intencional: Cancelados o auxílio e a bolsa da FAPESP de que o pesquisador foi beneficiário; devolução à FAPESP das mensalidades recebidas; impedimento de apresentar solicitações de auxílios e bolsas à FAPESP pelo período de três anos. http://www.fapesp.br/8577: Divulgação de um sumário de toda investigação que tenha resultado na constatação da ocorrência de violação de boas práticas científicas. hv_boas_praticas_090318.pptx © Hamilton Varela hamiltonvarela@usp.br
  • 10. Karl-Theodor zur Guttenberg  Ministro da Economia e Tecnologia em 2009 e da Defesa da Alemanha entre 2009 e 2011; https://pt.wikipedia.org/wiki/Karl-Theodor_zu_Guttenberg Barão von Googleberg  Acusado de plágio em 2011, perdeu o título de doutor pela Universidade de Bayreuth, por ter violado consideravelmente as regras, não creditando corretamente as fontes e a bibliografia utilizadas em seu trabalho. É acusado de ter copiado passagens inteiras de outras teses sem citar os seus autores. hv_boas_praticas_090318.pptx © Hamilton Varela hamiltonvarela@usp.br
  • 11. Jan Hendrik Schön 1997: Ph.D. University of Konstanz, Germany 2001: ~ one newly published paper every 8 days! Science, Nature, Phys. Rev. Lett., etc. No one succeeded in preparing aluminium oxide layers of similar quality as claimed by Schön! Withdrawn journal papers: 01.10.02: 8 Science; 20.12.02: 6 Phys. Rev. Lett.; 24.02.03: 4 App. Phys. Lett. 05.03.03: 7 Nature; 02.05.03: 1 Science... 1997: Bell Labs, New Jersey, USA. http://en.wikipedia.org/wiki/Sch%C3%B6n_scandal Anomalies and duplicate data… hv_boas_praticas_090318.pptx © Hamilton Varela hamiltonvarela@usp.br
  • 14. USP > 5k títulos de mestrado e doutorado por ano + artigos Originality Check (Turnitin): relatório com o porcentual de similaridade de determinado texto em relação a uma base de dados (~ 143 milhões de artigos acadêmicos, 55 bilhões de sites armazenados e 300 milhões de trabalhos de alunos) Grade Mark: plataforma on line de ensino que permite aos professores organizar disciplinas e cursos voltados à formação dos alunos e prevenção do plágio ainda durante a iniciação científica Similarity Check: sistema semelhante ao Originality Check, mas voltado aos editores de revistas científicas http://jornal.usp.br/universidade/pesquisadores-da-usp-tem-acesso-a-ferramentas-anti-plagio/ http://www.prpg.usp.br/attachments/article/3565/turnitin2017_tutorial_final20170214.pdf hv_boas_praticas_090318.pptx © Hamilton Varela hamiltonvarela@usp.br
  • 15. Comitê de Boas Práticas em Pesquisa Ocupar o papel Institucional da USP para a promoção de boas práticas em pesquisa Foco: (promover a cultura da integridade ética da pesquisa, mediante programas regulares de educação, disseminação, aconselhamento e treinamento acessíveis a todos os pesquisadores a ela vinculado) Educação para prevenção; Disseminação de Boas Práticas; Alfabetização Científica; Orientação Gerais. Linhas de Ação:  Curadoria de documentos – portal de Boas Práticas  Cursos on line (IC & PD)  Promoção de palestras e mesas-redondas em eventos (SIICUSP, etc) hv_boas_praticas_090318.pptx © Hamilton Varela hamiltonvarela@usp.br
  • 16. Art. 1º. A Pró-Reitoria de Pesquisa, visando promover a cultura da integridade ética da pesquisa mediante programas regulares de educação, disseminação, aconselhamento e treinamento acessíveis a todos os pesquisadores, por meio de um Comitê de Boas Práticas Científicas, atuará antecipadamente e de maneira proativa na Educação e Prevenção de incidentes de má conduta científica. Art. 2º. Para a persecução desse fim serão priorizadas atividades de disseminação de boas práticas, alfabetização científica, orientação gerais e viabilização/divulgação de novos regramentos. Portaria que institui, no âmbito da Pró-Reitoria de Pesquisa, o Comitê de Boas Práticas Científicas hv_boas_praticas_090318.pptx © Hamilton Varela hamiltonvarela@usp.br
  • 17. Art. 3º. As linhas de ação para a execução das atividades previstas no artigo anterior serão cursos on-line abertos, eventos, avaliações on-line obrigatórias para acesso a laboratórios, curadoria de documentos e vídeos disponibilizados no site da Pró-Reitoria de Pesquisa, além de indicação de ferramentas e instâncias da universidade que tenham relevância para o tema. Art, 4º. Em toda sessão do Conselho de Pesquisa haverá atualização aos conselheiros do andamento das ações pertinentes a essa Portaria. Art 5º. O Comitê será composto pelo Pró-Reitor de Pesquisa, o Pró-Reitor Adjunto e três membros indicados pelo Pró-Reitor de Pesquisa e ratificados pelo Conselho de Pesquisa. Portaria que institui, no âmbito da Pró-Reitoria de Pesquisa, o Comitê de Boas Práticas Científicas hv_boas_praticas_090318.pptx © Hamilton Varela hamiltonvarela@usp.br
  • 19. MIT: DEPARTMENT OF MECHANICAL ENGINEERING Instructions for Using Your Laboratory Notebook A good test of your work is the following question: could someone else, with an equivalent technical background to your own, use your notebook to repeat your work, and obtain the same results? For that matter, could you come back six months later, read your notes, and make sense of them? If you can answer yes to these two questions, you are keeping a good notebook. http://web.mit.edu/me-ugoffice/communication/labnotebooks.pdf Guidelines for Keeping a Laboratory Record Experimental Bioscienses – Rice University As you record your activities in the laboratory, ask yourself, “Did I...” Keep up with the table of contents? Date each page? Number each page consecutively? Enter all information directly into the notebook? (...) http://www.ruf.rice.edu/~bioslabs/tools/notebook/notebook.html
  • 20. hv_boas_praticas_090318.pptx © Hamilton Varela hamiltonvarela@usp.br Lab eNotebook – Alternatives to paper  Electronic lab notebook (ELN) is growing in popularity  backup  search ability  accessibility  multiple lab members, and multiple options http://splice-bio.com/the-7-best-electronic-lab-notebooks- eln-for-your-research/
  • 21. Plano de Gestão de Dados (DMP, Data Management Plan)
  • 22. 22 A FAPESP reconhece a importância da gestão adequada dos dados de pesquisa como parte essencial das boas práticas de pesquisa. Dados resultantes de projetos financiados pela Fundação sejam gerenciados e compartilhados de forma a garantir o maior benefício possível para o avanço científico e tecnológico.  Racionalização de recursos  Reprodutibilidade da pesquisa  Indução de novas pesquisas (reutilização e compartilhamento de dados)  Realização de novas análises (outros testes ou métodos de análise)  Treinamento de novas gerações de pesquisadores  Exploração de tópicos não previstos no projeto original http://www.fapesp.br/gestaodedados/ 1. Quais dados serão gerados pelo projeto? 2. Como serão preservados e disponibilizados, considerando questões éticas, legais, de confidencialidade e outras?
  • 23. 23 Plano de Gestão de Dados  Descrição dos dados e metadados produzidos pelo projeto (amostras, registros de coleta, formulários, modelos, resultados experimentais, software, gráficos, mapas, vídeos, ...)  Quando aplicável, restrições legais ou éticas para compartilhamento de tais dados, políticas para garantir a privacidade, confidencialidade, segurança, propriedade intelectual e outros  Política de preservação e compartilhamento (compartilhamento imediato ou apenas após a aceitação da publicação, ...)  Descrição de mecanismos, formatos e padrões para armazenar tais itens de forma a torná-los acessíveis por terceiros hv_boas_praticas_090318.pptx © Hamilton Varela hamiltonvarela@usp.br
  • 24. Ten Simple Rules for Creating a Good Data Management Plan by William K. Michener Rule 1: Determine the Research Sponsor Requirements Rule 2: Identify the Data to Be Collected Rule 3: Define How the Data Will Be Organized Rule 4: Explain How the Data Will Be Documented Rule 5: Describe How Data Quality Will Be Assured Rule 6: Present a Sound Data Storage and Preservation Strategy Rule 7: Define the Project’s Data Policies Rule 8: Describe How the Data Will Be Disseminated Rule 9: Assign Roles and Responsibilities Rule 10: Prepare a Realistic Budget W. K. Michener Ten Simple Rules for Creating a Good Data Management Plan PLoS Comput. Biol. 11 (2015) e1004525. hv_boas_praticas_090318.pptx © Hamilton Varela hamiltonvarela@usp.br
  • 25. W. K. Michener, Ten Simple Rules for Creating a Good Data Management Plan. PLoS Comput Biol 11 (2015) e1004525.
  • 26. https://dmptool.org/ https://dmptool.org/plan_export/14019.pdf  Products of research  Data format  Access to data and data sharing practices and policies  Policies and provision for re-use, re- distribution and products of derivatives  Archiving of data Free, open-source, online application that helps researchers create data management plans + direct links to funder websites + resources for best practices surrounding data management. hv_boas_praticas_090318.pptx © Hamilton Varela hamiltonvarela@usp.br