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Semelhante a Why dont you_create_new_spark_jl
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Why dont you_create_new_spark_jl
- 1. Why don't you create new Spark.jl? 2015年7月11日 JuliaTokyo#4 @sfchaos 1
- 2. 自己紹介 ■ twitterID： @sfchaos ■ キーワード： データマイニング，機械学習，オントロジー， R，Python，Perl，C++，Julia ■ 今日はこの言葉を言うためにやって来ました． “Why don't you create Spark.jl?” 2
- 3. アジェンダ 1. Sparkとは 2. SparkRを使ってみる 3. PySparkを使ってみる 4. JuliaとSparkの連携をめぐる動向 5. まとめとご提案 3
- 4. 1. Sparkとは 4
- 5. Apache Sparkの概要 ■ OSSのインメモリ処理の分散並列基盤． ■ RDDという分散コレクションに対して， map, filter, reduceなどのデータ処理を繰り返して 目的のデータを得る処理モデル． ※ RDD: Resilient Distributed Dataset ■ 2009年，UC Berkeley(当時)のMatei Zaharia氏が 関数プログラミング言語Scalaを用いて開発． 5
- 6. Apache Sparkの概要 ■ Sparkのコアとなる分散処理エンジン (Apache Spark Core) ■Spark SQL: SparkのアプリでSQL ■Spark Streaming: ストリーム処理 ■MLlib: 機械学習 ■GraphX: グラフの処理 6
- 7. データ分析でSparkを使用する意義 ■ インタラクティブな分析が可能． ■ 並列分散方法などを意識せずに，大規模データ (~TB級)の処理が可能． ■ 機械学習のアルゴリズムで頻出する反復処理を 高速化． 7
- 8. データ分析でSparkを使用する意義 ■k平均法などの反復計算で高速化が期待できる． 8 猿田浩輔，「Spark MLlibではじめるスケーラブルな機械学習」， JJUG ナイトセミナー, 2014年． http://www.slideshare.net/hadoopxnttdata/spark-m-llib-nttdata
- 10. SparkRのサポートの開始 ■ 従来は，Scala, Java, Pythonで記述，実行可能． ■ 先日リリースされたSpark 1.4.0からは SparkRのサポートを公式に開始． 10
- 12. MLlibとは ■ Sparkで機械学習を実行するライブラリ ■ 残念ながら，Spark 1.4.0のSparkRではMLlibへの インタフェースは提供されていない． 12
- 13. MLlibで利用できるアルゴリズム ■ 線形モデル ■ クラス分類(線形カーネルSVM, ロジスティック回帰) ■ 回帰(最小二乗法，LASSO，リッジ回帰) ■ 決定木 ■ 集団学習(ランダムフォレスト，勾配ブースティング) ■ ナイーブベイズ分類器 ■ isotonic回帰(等調回帰?) 13
- 14. MLlibの参考資料 ■ MLlibについては，以下の資料が大変参考になる． ■ MapReduceを用いる問題点の指摘からSparkや MLlibの処理の概要まで，非常に分かりやすい． 14 猿田浩輔，「Spark MLlibではじめるスケーラブルな機械学習」， JJUG ナイトセミナー, 2014年． http://www.slideshare.net/hadoopxnttdata/spark-m-llib-nttdata
- 16. Scalaのファイルを覗いてみる ${SPARK_HOME}/examples/src/main/scala/org/apache/spark/examples/mllib/ DecisionTreeRunner.scala 16 object DecisionTreeRunner { object ImpurityType extends Enumeration { type ImpurityType = Value val Gini, Entropy, Variance = Value } import ImpurityType._
- 17. Scalaのファイルを覗いてみる ${SPARK_HOME}/examples/src/main/scala/org/apache/spark/examples/mllib/ DecisionTreeRunner.scala 17 case class Params( input: String = null, testInput: String = "", dataFormat: String = "libsvm", algo: Algo = Classification, maxDepth: Int = 5, impurity: ImpurityType = Gini, maxBins: Int = 32, minInstancesPerNode: Int = 1, minInfoGain: Double = 0.0, numTrees: Int = 1, featureSubsetStrategy: String = "auto", fracTest: Double = 0.2, useNodeIdCache: Boolean = false, checkpointDir: Option[String] = None, checkpointInterval: Int = 10) extends AbstractParams[Params] def main(args: Array[String]) {
- 18. ランダムフォレストを用いたホールドアウト検定 ■ 現状は，あえてSparkRを使う理由はない気がする 18 scala> import org.apache.spark.SparkContext scala> import org.apache.spark.mllib.tree.RandomForest scala> import org.apache.spark.mllib.util.MLUtils scala> import org.apache.spark.mllib.evaluation.BinaryClassificationMetrics scala> import org.apache.spark.mllib.evaluation.MulticlassMetrics scala> // データのロード scala> val sc = new SparkContext("local", "RandomForest") scala> val data = MLUtils.loadLibSVMFile(sc, "data/mllib/sample_libsvm_data.txt") scala> // 訓練データとテストデータへの分割 scala> val splits = data.randomSplit(Array(0.7, 0.3)) scala> val (trainingData, testData) = (splits(0), splits(1))
- 19. ランダムフォレストを用いたホールドアウト検定 ■ 現状は，あえてSparkRを使う理由はないかも 19 scala> // ランダムフォレストを用いた予測モデルの構築 scala> val numClasses = 2 // クラス数 scala> val categoricalFeaturesInfo = Map[Int, Int]() // カテゴリ変数の 情報 scala> val numTrees = 500 // 構築する決定木の個数 scala> val featureSubsetStrategy = "auto" // 特徴量選択のアルゴリズム scala> val impurity = "gini" // 不純度に用いる指標 scala> val maxDepth = 5 // 木の最大の深さ scala> val maxBins = 32 scala> val model = RandomForest.trainClassifier(trainingData, numClasses, categoricalFeaturesInfo, numTrees, featureSubsetStrategy, impurity, maxDepth, maxBins)
- 20. ランダムフォレストを用いたホールドアウト検定 ■ 現状は，あえてSparkRを使う必要はないかも． 20 scala> // テストデータに対する予測モデルの評価 val labelAndPreds = testData.map { point => val prediction = model.predict(point.features) (point.label, prediction) } scala> // 混合行列 scala> val metrics = new MulticlassMetrics(labelAndPreds) scala> metrics.confusionMatrix res20: org.apache.spark.mllib.linalg.Matrix = 13.0 1.0 0.0 17.0 scala> metrics.precision res21: Double = 0.9285714 正例と予測 実績が正例 適合率 (precision)
- 22. SparkRとは ■ RからSparkを使うためのバインディング ■ Spark 1.4.0から公式にサポートされることになった． 22
- 23. SparkRの情報 ■ qtwiさんのQiitaの記事が非常にまとまっている． ■ 本資料でも大いに参考にさせていただいた． http://qiita.com/qtwi/items/7abcfc53ba9568f20004 ■ というか，この記事を読んだ方がはるかに良い． 23
- 25. SparkRのアーキテクチャ 25 Shivaram Venkataraman, Zongheng Yang, SparkR: Enabling Interactive Data Science at Scale, https://spark-summit.org/2014/wp-content/uploads/2014/07/SparkR- SparkSummit.pdf
- 26. SparkRの起動 ■Sparkのディレクトリ配下のbin/sparkRを実行 ■必要に応じてパスを通しておくと良い 26 $ bin/sparkR R version 3.1.2 (2014-10-31) -- "Pumpkin Helmet" Copyright (C) 2014 The R Foundation for Statistical Computing Platform: x86_64-apple-darwin13.4.0 (64-bit) (中略) Welcome to SparkR! Spark context is available as sc, SQL context is available as sqlContext
- 27. データの入出力・変換 ■ createDataFrame: SparkのDataFrameに変換 ※ DataFrameは，SparkSQL用のデータ形式 27
- 28. データの入出力・変換 ■ jsonファイル ■ read.df関数で読み込みHiveSQL上のテーブルに 変換 ■ SQLによりデータ抽出可能 28 > people <- read.df(sqlContext, “./examples/src/main/resources/ > people.json", "json") > head(people) ## age name ##1 NA Michael ##2 30 Andy ##3 19 Justin > printSchema(people) # root # |-- age: integer (nullable = true) # |-- name: string (nullable = true)
- 29. データの入出力・変換 ■ Hiveとの連携 ■ HDFSに蓄積されたデータの抽出 29 > hiveContext <- sparkRHive.init(sc) > sql(hiveContext, "CREATE TABLE IF NOT EXISTS src (key INT, value STRING)") > sql(hiveContext, "LOAD DATA LOCAL INPATH ‘examples/src/main/ resources/kv1.txt' INTO TABLE src") > # クエリはHiveQLで表現可能 > results <- hiveContext.sql("FROM src SELECT key, value") > # 返り値はRのデータフレームで返される > head(results) ## key value ## 1 238 val_238 ## 2 86 val_86 ## 3 311 val_311
- 30. DataFrameオブジェクトの作成 ■ createDataFrame関数によりRのデータフレームから作成 30 > iris.df <- createDataFrame(sqlContext, iris) > iris.df DataFrame[Sepal_Length:double, Sepal_Width:double, Petal_Length:double, Petal_Width:double, Species:string] > class(iris.df) [1] "DataFrame" attr(,"package") [1] “SparkR" > head(iris.df, 3) Sepal_Length Sepal_Width Petal_Length Petal_Width Species 1 5.1 3.5 1.4 0.2 setosa 2 4.9 3.0 1.4 0.2 setosa 3 4.7 3.2 1.3 0.2 setosa
- 31. DataFrameオブジェクトの操作 ■ 行の抽出(filter関数) 31 > library(magrittr) > head(filter(iris.df, iris.df$Sepal_Length >= 5.0), 3) Sepal_Length Sepal_Width Petal_Length Petal_Width Species 1 5.1 3.5 1.4 0.2 setosa 2 5.0 3.6 1.4 0.2 setosa 3 5.4 3.9 1.7 0.4 setosa > # パイプ処理も可能 > iris.df %>% filter(iris.df$Sepal_Length >= 5.0) %>% head(3) > # NSE(Non Standard Evaluation)は使えない > iris.df %>% filter(Sepal_Length >= 5.0) %>% head(3) 以下にエラー filter(., Sepal_Length >= 5) : 引数 'condition' の評価中にエラーが起きました (関数 'filter' に対するメソッ ドの選択時): エラー: オブジェクト 'Sepal_Length' がありません magrittrパッケージを使用 (dplyrを読み込むと名前の衝突が起きて， 面倒なことに・・・)
- 32. データフレームの操作 ■ 列の抽出 32 > head(select(iris.df, iris.df$Species), 3) Species 1 setosa 2 setosa 3 setosa > # パイプ処理も可能 > iris.df %>% select(iris.df$Species) %>% head(3) > # NSE(Non Standard Evaluation)は使えない > iris.df %>% select(Species) %>% head(3) 以下にエラー select(., Species) : 引数 'col' の評価中にエラーが起きました (関数 'select' に対するメソッドの選 択時): エラー: オブジェクト 'Species' がありません
- 33. グループ化・集約 ■ グループ化処理はgroupBy関数で実行． ■ 集約処理はsummarize関数で実行． 33 > # 列Speciesの種別ごとに件数を集計する > iris.df %>% groupBy(iris.df$Species) %>% summarize(count=n(iris.df$Species)) %>% collect Species count 1 versicolor 50 2 setosa 50 3 virginica 50
- 34. SparkRからのランダムフォレストの実行 ■ launchBackend関数でScalaやJavaでビルドした関 数を実行するのが良さそう． ※ qtwiさんのqiita記事を参照． 34 > SparkR:::launchBackend( sparkSubmitOpts=“--class org.apache.spark.examples.mllib.DecisionTreeRunner lib/spark-examples-1.4.0-hadoop2.6.0.jar”, jars=“", args="-input data/mllib/sample_libsvm_data.txt -numTrees 500 -fracTest 0.3”, sparkHome=Sys.getenv("SPARK_HOME")) ランダムフォレストの実行例
- 35. その他の話題 ■ ローカルモードだけでなく，マスター・スレーブを 用いた実行例 ■ RStudioからの利用 ■ SparkRからのRDDの利用 等々 qtwiさんのqiita記事を参照． 35
- 38. PySparkの起動 ■ PySparkの起動 38 $ cd $SPARK_HOME/bin $ ./pyspark Python 2.7.9 (default, Feb 10 2015, 03:28:08) [GCC 4.2.1 Compatible Apple LLVM 6.0 (clang-600.0.56)] on darwin Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information. Using Spark's default log4j profile: org/apache/spark/log4j- defaults.properties 15/07/11 13:35:56 INFO SparkContext: Running Spark version 1.4.0 (中略) Welcome to ____ __ / __/__ ___ _____/ /__ _ / _ / _ `/ __/ '_/ /__ / .__/_,_/_/ /_/_ version 1.4.0 /_/ Using Python version 2.7.9 (default, Feb 10 2015 03:28:08) SparkContext available as sc, HiveContext available as sqlContext. >>>
- 39. MLlibの使用 ■ランダムフォレストの実行 39 >>> from pyspark.mllib.tree import RandomForest, RandomForestModel >>> from pyspark.mllib.util import MLUtils >>> # データファイルをロードしパースしてLabeledPointのRDDに変換 >>> data = MLUtils.loadLibSVMFile(sc, ... ’../data/mllib/sample_libsvm_data.txt’) >>> # データを訓練用とテスト用に分割 (テスト用は30%) >>> (trainingData, testData) = data.randomSplit([0.7, 0.3], seed=123) >>> # ランダムフォレストを用いた予測モデル構築 >>> model = RandomForest.trainClassifier( ... trainingData, numClasses=2, ... categoricalFeaturesInfo={}, numTrees=3, ... featureSubsetStrategy=‘auto’, impurity='gini', ... maxDepth=4, maxBins=32) >>> # テストデータに対してモデルを評価し，誤差を算出 >>> predictions = model.predict(testData.map(lambda x: x.features)) >>> labelsAndPredictions = testData.map( ... lambda lp: lp.label).zip(predictions) >>> testErr = labelsAndPredictions.filter( ... lambda (v, p): v != p).count() / float(testData.count()) >>> print('Test Error = ' + str(testErr)) >>> print('Learned classification forest model:') >>> print(model.toDebugString()) 自然な記述が可能
- 41. JuliaとSparkの連携 ■ Spark.jl : JuliaでRDDの実装． ■ RPC(Remote Procedure Call)でJVMと連携． 41 https://github.com/d9w/Spark.jl
- 43. JuliaとSparkの連携 ■ とりあえずインストール 43 $ julia julia> Pkg.clone("https://github.com/d9w/Spark.jl.git") INFO: Cloning Spark from https://github.com/d9w/Spark.jl.git INFO: Computing changes...
- 44. JuliaとSparkの連携 ■ とりあえずサンプルコードの実行 44 $ julia julia> using Spark julia> # マスターサーバ julia> master = Spark.Master("127.0.0.1", 3333) julia> # ワーカーサーバの起動 julia> # Spark.load(master, “default_workers.json") julia> # マスターサーバーの初期化 julia> Spark.initserver(master) julia> # RDDの生成と操作 julia> # 整数が並んだデータを読みこむ julia> rdd = Spark.input(master, "RDDA.txt", "int_reader") julia> filtered_rdd = Spark.filter(master, rdd, "number_filter") julia> results = Spark.collect(master, filtered_red) 0-element Array{Any,1} 1 2 … 10 !!!原因究明中
- 45. JuliaとSparkの連携 ■ 他にも Spock.jl や Sparta.jl などがある． 45 Spock.jl Sparta.jl https://groups.google.com/forum/m/#!msg/julia-dev/-Ft7jaHLAec/ZfLo9uTAP1cJ
- 47. Spock.jl ■ Jey Kottalam(カリフォルニア大学バークレー校)が 開発． ■ JavaCall.jl を用いてJuliaからJavaのコードを呼ぶ． 47 https://github.com/jey/Spock.jl
- 48. Spock.jl ■ インストールとサンプルプログラムの実行 48 $ julia julia> Pkg.clone(“https://github.com/jey/Spock.jl.git") julia> quit() $ cd $HOME/.julia/v0.3/Spock/ $ ln -s /usr/local/share/spark/lib/spark-assembly-1.4.0- hadoop2.6.0.jar lib/spark.jar $ make mkdir -p build javac -Xlint -d build -cp lib/spark.jar: src//JuliaFunction.java src//JuliaObject.java jar cf lib/spock.jar -C build . julia test/runtests.jl 2> stderr.log Loaded /Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_45.jdk/ Contents/Home/jre/lib/server/libjvm.dylib
- 49. Spock.jl ■ サンプルプログラムの実行 49 julia> using Spock julia> using Base.Test julia> sc = SparkContext() julia> rdd1 = parallelize(sc, 1:10, 2) julia> collect(rdd1) 10-element Array{Int64,1}: 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10
- 50. Sparta.jl ■ Andrei Zhabinski氏が開発しているライブラリ． ■ Pysparkを移植しようとしている． 50 https://github.com/dfdx/Sparta.jl
- 51. Sparta.jl ■ これも多分，RPCでJVMと連携． 51 using JavaCall JList = @jimport java.util.List JArrays = @jimport java.util.Arrays JJuliaRDD = @jimport org.apache.spark.api.julia.JuliaRDD JJavaRDD = @jimport org.apache.spark.api.java.JavaRDD JJavaRDD_ = @jimport "org.apache.spark.api.java.JavaRDD$" JRDD = @jimport org.apache.spark.rdd.RDD JJavaSparkContext = @jimport org.apache.spark.api.java.JavaSparkContext
- 53. Sparta.jl ■ githubからインストール． 53 julia> Pkg.clone("https://github.com/dfdx/Sparta.jl.git") INFO: Cloning Sparta from https://github.com/dfdx/Sparta.jl.git INFO: Computing changes... INFO: No packages to install, update or remove INFO: Package database updated
- 54. Sparta.jl ■ パッケージの読み込み 54 julia> using Sparta Loaded /Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_45.jdk/ Contents/Home/jre/lib/server/libjvm.dylib signal (11): Segmentation fault: 11 unknown function (ip: 362844852) julia> using Sparta せまりくるセグフォの恐怖
- 55. Sparta.jl ■ テストを確認してみる． 55 using Sparta using Base.Test # write your own tests here @test 1 == 1 ~ test/runtests.jl
- 56. 5. まとめとご提案 56
- 57. まとめ ■ Spock.jl や Sparta.jl などのパッケージ開発中． ■ セグフォ問題: Julia-Spark連携に立ちふさがる壁 ■ そこで， 57 “Why don't you create new Spark.jl?”