circos-可视化自由软件-中文简介-by-nodexy

1. Circos 简介
可视化自由软件http://circos.ca中文简介
By nodexy@Gmail 2011@ShenZhen

2. Outline
• 了解：Circos 是什么？
• 学习：如何开始？
• 交流：还有谁在用？
• 乱问：可以跟Martin或nodexy交流么？

3. 了解：Circos 是什么？
• Circos 是一个用于可视化数据和信息的软件包；它采用一种圆形风格
的布局 – 这使得circos非常适合于挖掘数据对象或位置及其之间的关
系。
• Circos 是自由软件，采用GPL协议分发。
• Circos 采用perl编写，所以可在装有perl的任何操作系统上运行。
• Circos 输出PNG和SVG格式的、达到可发表质量的信息图片。
• 官方网站：http://circos.ca
• 图例：

5. 了解：Circos 是什么？
• 典型的案例或场景：基因组, 染色体,各种变异数据,基于位
置的质量等数据 …
• 通用场合：不限于基因组数据 ---只要是有数据对象及其
连接关系，就可以选择circos来表达；circos非常善于表达
多个数据对象及其内部或相互之间的关系（主要是连接关
系）

6. 学习：如何开始？
1. 在官方网站 http://circos.ca了解circos;
2. 学习circos网站的教程第1章，下载并安装circos；
http://circos.ca/tutorials/lessons/
3. 学习教程第2到5章，同时根据教程中的示例练习使用
circos画图；
4. 准备你自己的数据，使用circos画图；
5. 学习教程第6到10章，设计你自己的可视化方案，准备
数据并画图。

7. 学习：如何开始？
• Circos画图原理：
– 数据对象排布：在极坐标中根据偏移角度计算
– 数据对象之间的关系：二次贝塞尔曲线
– 数据对象的排序：circos tools中的order算法
• Circos画图过程：
– 数据准备 ：按照circos需要准备数据，无特殊格式
– 图形布局规划：画几个圈？每个圈画哪些数据？…
– 图形样式规划：什么颜色？粗细？是否留间隙？…
– 配置文件 创建或修改：在配置文件中指定自己的数据和图形样式
– 绘图： bin/circos –conf ./circos.conf

8. 交流：还有谁在用？
• Circos官方的google group:
http://groups.google.com/group/circos-data-visualization
• Circos在中国：
– 文档翻译项目：http://code.google.com/p/circos-chn/
– 豆瓣小组：http://www.douban.com/group/circos/
– QQ群：171307056
– 新浪微博：http://weibo.com/circos
– 腾讯微博：http://t.qq.com/circos

9. 乱问：可以跟Martin或nodexy交流么？
• Circos 作者是 Martin Krzywinski，他工作在加拿大Michael Smith 基
因组科学中心 ；他的网站和email分别是：mkweb.bcgsc.ca ，
martink@bcgsc.ca
• 在中国, nodexy(也就是我)较早并较热情地参与和推进circos的用户社
区构建与交流；我是一个普通的程序猿，兴趣之一是可视化；我的
Gmail是 nodexy
• 希望有更多中文资料？
– 敬请关注尚未完成的 circos文档翻译项目(已经Martin许可)
– 参与贡献：分享你自己的经验和心得

10. 欢迎交流 Circos
• 好了，就说这么多！
• 这里旨在帮你稍微快速地了解下circos；
• 更进一步还需要你自己的学习，以及跟其他circos用户的交流。