Como Python pode ajudar na automação do seu laboratório

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Palestra realizada no Encontro de Usuários de Python de Pernambuco (PUG-PE) em 17.07.2014

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Como Python pode ajudar na automação do seu laboratório

  1. 1. Como Python pode ajudar a automatizar seu laboratório Marcel Caraciolo Julho, 2014 ajudou
  2. 2. O que fazemos ?
  3. 3. Laboratório de análises clínicas que oferece os mais modernos testes genéticos para diagnóstico de doenças raras e tumores.
  4. 4. Para isto usamos seu DNA!
  5. 5. Para isto usamos seu DNA!
  6. 6. Para isto usamos seu DNA!
  7. 7. Para isto usamos seu DNA!
  8. 8. Para quem não entendeu lembra do Angelina Joulie effect ?
  9. 9. Para quem não entendeu lembra do Angelina Joulie effect ?
  10. 10. Para quem não entendeu lembra do Angelina Joulie effect ?
  11. 11. Para quem não entendeu lembra do Angelina Joulie effect ?
  12. 12. NextGen Sequencing
  13. 13. NextGen Sequencing
  14. 14. NextGen Sequencing
  15. 15. Bioinformática Aplicação de técnicas de informática para análise de informação da área de estudo de biologia. http://pt.wikipedia.org/wiki/Bioinform%C3%A1tica
  16. 16. Variant Analysis
  17. 17. Variant Analysis
  18. 18. Variant Analysis
  19. 19. Como Python pode nos ajudar ? genp pipeline
  20. 20. Como Python pode nos ajudar ?
  21. 21. Como Python pode nos ajudar ? Orquestrador de pipelines para análise de variantes em ambientes de sequenciamento clínico
  22. 22. Como Python pode nos ajudar ?
  23. 23. Como Python pode nos ajudar ?
  24. 24. Desafios 1. Armazenamento de dados (20 a 50 GB por paciente) 2. Alto desempenho (Corrida em menos de 48 hrs) 3. Visualização, interpretação dos dados (Como os especialistas poderão usar estes dados ?)
  25. 25. Desafios genp vallys genv mipMutation Identification Pipeline genome sequencing pipeline variant analysis pipeline genome environment builder
  26. 26. Gestão Laboratorial
  27. 27. Sim, usamos Windows.
  28. 28. Sim , somos tristes.
  29. 29. Sim , somos tristes.
  30. 30. LMS Sistemas de gerenciamento de laboratório para processos de coleta, atendimento, cadastro, faturamento, liberação de laudos, etc http://en.wikipedia.org/wiki/Laboratory_information_management_system
  31. 31. It comes Python and Django!
  32. 32. It comes Python and Django! 1. Django 1.6 com celery; south; e outras apps mágicas. 2. Muito javascript, ajax e html/css 3. Muito SqlServer no início também…
  33. 33. Melhor parte !
  34. 34. I can’t forget Flask! Sistemas de notificação de amostras, laudos e internos. Não há wikipedia para isto.
  35. 35. I can’t forget Flask!
  36. 36. I can’t forget Flask! 1. Flask, Flask-admin, Jinja, flask-sqlalchemy 2. celery 3. MVP com sqlite3
  37. 37. Infra-Estrutura
  38. 38. Servidores, rede, etc. Servidores de armazenamento, NAS, servidores para processamento, xenserver, virtualização, etc. Já é claro de entender!
  39. 39. xenserver 1. 8 VM’s distribuídas em Darwin e Mendel 2. Logo em breve Fisher! 3. Debians, Windows Servers, Centos, etc.
  40. 40. backup , backup, monitor. Python nos ajudou a montar as rotinas de backup!! subprocess I love you!
  41. 41. Para quem não entendeu o que o subprocess faz ainda…. https://docs.python.org/2/library/subprocess.html >>> subprocess.check_output(["echo", "Hello World!"]) 'Hello World!n'
  42. 42. Desafios 1. Desenvolvimento de um monitor de serviços 2. Melhorias nas políticas de backup e armazenamento em nuvem privada 3. Monitorar todos os torrents de seriados e filmes. 4. Container para construção de imagens especializadas para as diversas aplicações do setor de T.I & Bioinformática
  43. 43. Desafios 1. Flask, Python, javascript, shell e python.
  44. 44. Open-Source
  45. 45. biopandas Ferramentas para análise de dados genômicos com Python e pandas
  46. 46. Para quem não conhece o pandas ?
  47. 47. Para quem não conhece o pandas ?
  48. 48. Como posso começar na área de bioinformática já ?
  49. 49. Tales of Genome (Udacity) Curso On-line gratuito sobre Genética (bem completo!)
  50. 50. Rosalind Desafios de Python na área de bioinformática rosalind.info/
  51. 51. Broad workshops Variant analysis; sequencing pipelines, etc. https://www.broadinstitute.org/partnerships/education/broade/broad-workshops/
  52. 52. Trabalhe conosco! github.com/genomika/jobs
  53. 53. PS: Sim, usamos php! https://www.mediawiki.org/wiki/MediaWiki
  54. 54. Como Python pode ajudar a automatizar seu laboratório Marcel Caraciolo Julho, 2014 ajudou marcel@genomika.com.br

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