Como Python pode ajudar a 
automatizar seu laboratório 
Marcel Caraciolo 
Novembro, 2014
Laboratório de análises clínicas que oferece 
os mais modernos testes genéticos para 
diagnóstico de doenças raras e tumor...
Para isto usamos seu DNA!
Para isto usamos seu DNA!
Para quem não entendeu lembra 
do Angelina Joulie effect ?
Para quem não entendeu lembra 
do Angelina Joulie effect ?
Para quem não entendeu lembra 
do Angelina Joulie effect ?
Para quem não entendeu lembra 
do Angelina Joulie effect ?
NextGen Sequencing
NextGen Sequencing
NextGen Sequencing
Tamanho
Volume
O que é bioinformática ?
Significado
Significado
Significado
Significado
Significado
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Variant Analysis
Variant Analysis
Variant Analysis
Como Python pode nos ajudar ?
Como Python pode nos ajudar ? 
Orquestrador de pipelines para análise de 
variantes em ambientes de sequenciamento 
clínic...
Como Python pode nos ajudar ?
Como Python pode nos ajudar ?
Análise de Variantes
Gestão Laboratorial
Sim, usamos Windows.
Sim , sofremos algumas vezes.
Sim , sofremos algumas vezes.
LMS 
Sistemas de gerenciamento de laboratório para 
processos de coleta, atendimento, cadastro, 
faturamento, liberação de...
It comes Python and Django!
It comes Python and Django!
Melhor parte !
I can’t forget Flask! 
Sistemas de notificação de amostras, 
laudos e internos. 
Não há wikipedia para isto.
I can’t forget Flask!
Infra-Estrutura
Servidores, rede, etc. 
Servidores de armazenamento, NAS, servidores 
para processamento, xenserver, virtualização, 
etc. ...
xenserver 
1. 10 VM’s distribuídas em Darwin ,Mendel e Fisher 
3. Debians, Windows Servers, Centos, etc.
backup , backup, monitor. 
Python nos ajudou a montar as rotinas de backup!! 
subprocess I love you!
Para quem não entendeu o que 
o subprocess faz ainda…. 
https://docs.python.org/2/library/subprocess.html 
>>> subprocess....
Desafios 
1. Flask, Python, javascript, shell e python.
Open-Source
biopandas 
Ferramentas para análise de dados genômicos com Python e pandas
Para quem não conhece o pandas ?
Para quem não conhece o pandas ?
Como posso começar na área 
de bioinformática já ?
Tales of Genome (Udacity) 
Curso On-line gratuito sobre Genética (bem completo!)
Rosalind 
rosalind.info/ 
Desafios de Python na área de bioinformática
Broad workshops 
https://www.broadinstitute.org/partnerships/education/broade/broad-workshops/ 
Variant analysis; sequenci...
Trabalhe conosco! 
github.com/genomika/jobs
PS: Sim, usamos php! 
https://www.mediawiki.org/wiki/MediaWiki
Como Python pode ajudar a 
automatizar o meu 
laboratório 
Marcel Caraciolo 
marcel@genomika.com.br 
Novembro, 2014
Como Python ajudou a automatizar o nosso laboratório v.2
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Como Python ajudou a automatizar o nosso laboratório v.2

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Apresentação realizada no XXXV encontro de python do grupo de usuários de pernambuco.

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Como Python ajudou a automatizar o nosso laboratório v.2

  1. 1. Como Python pode ajudar a automatizar seu laboratório Marcel Caraciolo Novembro, 2014
  2. 2. Laboratório de análises clínicas que oferece os mais modernos testes genéticos para diagnóstico de doenças raras e tumores.
  3. 3. Para isto usamos seu DNA!
  4. 4. Para isto usamos seu DNA!
  5. 5. Para quem não entendeu lembra do Angelina Joulie effect ?
  6. 6. Para quem não entendeu lembra do Angelina Joulie effect ?
  7. 7. Para quem não entendeu lembra do Angelina Joulie effect ?
  8. 8. Para quem não entendeu lembra do Angelina Joulie effect ?
  9. 9. NextGen Sequencing
  10. 10. NextGen Sequencing
  11. 11. NextGen Sequencing
  12. 12. Tamanho
  13. 13. Volume
  14. 14. O que é bioinformática ?
  15. 15. Significado
  16. 16. Significado
  17. 17. Significado
  18. 18. Significado
  19. 19. Significado
  20. 20. Significado
  21. 21. Variant Analysis
  22. 22. Variant Analysis
  23. 23. Variant Analysis
  24. 24. Como Python pode nos ajudar ?
  25. 25. Como Python pode nos ajudar ? Orquestrador de pipelines para análise de variantes em ambientes de sequenciamento clínico
  26. 26. Como Python pode nos ajudar ?
  27. 27. Como Python pode nos ajudar ?
  28. 28. Análise de Variantes
  29. 29. Gestão Laboratorial
  30. 30. Sim, usamos Windows.
  31. 31. Sim , sofremos algumas vezes.
  32. 32. Sim , sofremos algumas vezes.
  33. 33. LMS Sistemas de gerenciamento de laboratório para processos de coleta, atendimento, cadastro, faturamento, liberação de laudos, etc http://en.wikipedia.org/wiki/Laboratory_information_management_system
  34. 34. It comes Python and Django!
  35. 35. It comes Python and Django!
  36. 36. Melhor parte !
  37. 37. I can’t forget Flask! Sistemas de notificação de amostras, laudos e internos. Não há wikipedia para isto.
  38. 38. I can’t forget Flask!
  39. 39. Infra-Estrutura
  40. 40. Servidores, rede, etc. Servidores de armazenamento, NAS, servidores para processamento, xenserver, virtualização, etc. Já é claro de entender!
  41. 41. xenserver 1. 10 VM’s distribuídas em Darwin ,Mendel e Fisher 3. Debians, Windows Servers, Centos, etc.
  42. 42. backup , backup, monitor. Python nos ajudou a montar as rotinas de backup!! subprocess I love you!
  43. 43. Para quem não entendeu o que o subprocess faz ainda…. https://docs.python.org/2/library/subprocess.html >>> subprocess.check_output(["echo", "Hello World!"]) 'Hello World!n'
  44. 44. Desafios 1. Flask, Python, javascript, shell e python.
  45. 45. Open-Source
  46. 46. biopandas Ferramentas para análise de dados genômicos com Python e pandas
  47. 47. Para quem não conhece o pandas ?
  48. 48. Para quem não conhece o pandas ?
  49. 49. Como posso começar na área de bioinformática já ?
  50. 50. Tales of Genome (Udacity) Curso On-line gratuito sobre Genética (bem completo!)
  51. 51. Rosalind rosalind.info/ Desafios de Python na área de bioinformática
  52. 52. Broad workshops https://www.broadinstitute.org/partnerships/education/broade/broad-workshops/ Variant analysis; sequencing pipelines, etc.
  53. 53. Trabalhe conosco! github.com/genomika/jobs
  54. 54. PS: Sim, usamos php! https://www.mediawiki.org/wiki/MediaWiki
  55. 55. Como Python pode ajudar a automatizar o meu laboratório Marcel Caraciolo marcel@genomika.com.br Novembro, 2014

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