第28回統合DBミーティングの内容を共有します。 （なお，プライバシーの観点から一部発表資料を削除しています。）

1. 第28回統合DBミーティング
Integrated MTG in NIBIO
2014/1/23

2. 本日の予定
• Sagace
‒
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‒
‒
アクセス解析
進捗報告
Sagaceに追加するDBについて
アンケート項目について
・医薬基盤研内のデータのRDF化
‒ 進捗報告
• 今後の予定
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3. アクセス解析(12月）
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4. Sagaceに追加するDBについて
ファセット分類／
データベース名
NBDCヒトデータベース
データベースの種類
その他のデータベース
生物種
ヒト
生体の階層
ゲノム・遺伝子，個体
分類
B
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5. 進捗報告（近況）
• JAPICから使用許可
‒ 添付文書検索
‒ 臨床試験情報検索
• 山中さんに基盤研のトップページに
Sagaceのリンクを貼って頂く
• BRC 細胞 リソースからメタデータ
の取り出しを交渉(OWLからのデー
タの取り出し）
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6. 進捗報告（開発版）
• DBを固定して検索する機能の追加
6

7. 進捗報告
• MEDALS(DB)にmicrodataが導入
‒ 論文のポップアップに対応
• http://sagace.nibio.go.jp/cgi-bin/
sagace/search.cgi?
action=search&keyword=forte
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8. 進捗報告
• Apache Solrについて
‒ Sagaceで実装している機能は実装可能
‒ 分散検索（サーバーの分散した場合の検索）
‒ データベース毎の結果表記（件数の表記）も
可能
‒ 全体的に速度も速い印象
‒ NBDCと協力して数個のデータベースでの横
断検索サービスのテストの提案をしたらどう
か。
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9. アンケートの実施について
• 昨年度と同様にウェブ上でのアン
ケートを実施予定
• 2月，3月開始。
• 対象者：創薬・疾患研究に関わる方。
• 人数：100人程度
• 目的：Sagaceの機能改善（別紙参
照）
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10. 医薬基盤研内のデータのRDF化
• 実験動物研究資源バンク
‒ RDF化開始
‒ 8割程度は理研の動物バンクのデータと類似
‒ purl(Persistent Uniform Resource Locator)
を多用しているため，書き方などについて
BH13.13で理研桝屋さんと相談することに。
• purl.jpはNBDCが中心となってURL設計を行ってい
る。http://bit.ly/1ecGCUk
• NBDCが進めるDB統合推進事業に該当するプ
ロジェクトはドメイン/bio/以下のURIを使用
• cf.http://purl.jp/bio/グループ番号/識別番号・記号
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11. 参考
• 理研で公開している
RDF形式のデータの
利用方法
• biolod.orgにアクセス
• Mouse Strainをクリック
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12. 参考
• http://ja.biolod.org/class/
cria315s1i/Mouse_Strain
• ページ下部のDownload
LOD filesから使用する形式
のファイルをダウンロード
• ここでは，
semantic_web.ttl.txtを選択
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13. もとのウェブサイト上の情報
（例：RBRC01389）
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14. Turtle形式のファイルの中身
• ページ上部
• prefixで使用している語の定義
@prefix BioLOD_property_pria315s15i: <http://purl.jp/bio/13/property/pria315s15i/> .
@prefix BioLOD_class_crib158s72i: <http://purl.jp/bio/13/class/crib158s72i/> .
@prefix BioLOD_property_pria315s6i: <http://purl.jp/bio/13/property/pria315s6i/> .
@prefix BioLOD_class_crib139u1i: <http://purl.jp/bio/13/class/crib139u1i/> .
@prefix BioLOD_class_crib23s57i: <http://purl.jp/bio/13/class/crib23s57i/> .
@prefix BioLOD_class_cria111s1i: <http://purl.jp/bio/13/class/cria111s1i/> .
・・・・・
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15. Turtle形式のファイルの中身
(例：RBRC01389)
<http://purl.jp/bio/13/RBRC01389/cria315s1ria315u100000001389i>
rdf:type BioLOD_class_cria315s1i:Mouse_Strain ;
タイプ
rdfs:label "Human AhR knock in mouse"@en ;
ラベル
もとのURL
cc:attributionURL <http://www2.brc.riken.jp/lab/animal/detail.php?brc_no=RBRC01389
BioLOD_property_pria315s13i:taxon
生物種
<http://purl.jp/bio/13/10090/crib166u26rib166u10090i> ;
ID
BioLOD_property_pria315s14i:BRC_ID
"RBRC01389"@en ;
保管者
BioLOD_property_pria315s15i:Depositor
"Masayuki YAMAMOTO"@en ;
保管所
BioLOD_property_pria315s16i:Institute_Depositor
<http://purl.jp/bio/13/Univ._Tsukuba/crio2046s1rio2046u615i> ;
BioLOD_property_pria315s18i:Japanese_description
説明
"human AhR がノックインされたマウス"@en ;
系統
BioLOD_property_pria315s3i:BRC_Strain_Type
<http://purl.jp/bio/13/Targeted_Knock-in/cria314s1ria314s15i> .
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16. RDF化をしていく上での問題点
• （前提：RDFの要素はURLを持っていたほうが良い。）
• NIBIOのデータのSubjectをどうすべきか。NIBIOのみで
使用しているpredicateに該当する情報はどう表記すべき
か。
‒ 独自のURL or purl
• predicateやobjectに理研で使用しているURLが該当し
ない場合にはどうするのか。
‒ 機関名や実験動物の提供までの時間については，理研に条件を追
加してもらうほうが素直
• 公開方法，データの共有方法
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17. 参考： purlのメリット
• こちらでurlの設計を悩む必要が無い。
• RDF内のurlが変更されても，参照の
purlを変更してしまえば，RDFを変
更する必要がない。
• NBDCが進めている4省連携に協力し
ていることが示せる。
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18. 参考： purlのデメリット
• URIの設計を柔軟にできない。
• 参照箇所増加に寄る処理速度の低下
の懸念
• 文科省系の機関に管理を任せるとい
うことが厚労省系のデータとしてど
うなのか。
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19. 今後の予定
• 1月,2月
‒ 実験動物バンクのRDF化
‒ 外部データベースとの連携
‒ BioHackathon 国内版（1月27日∼31日）
‒ アンケートの実施と集計

20. 次回
• 2月21日（金）or 28日（金）？
• 予定
‒ 実験動物研究資源バンクのRDF化の進捗
‒ BioHackathon 国内版の報告
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