PubMed MEDLINE

1. PubMed « expert » Philippe Eveillard ISCMM 15 mai 2008 “ I hate Pub Med . I hate it with a burning passion. For a site that is as vital to scientific progress as PubMed is, their search engine is shamefully bad. It’s embarrassingly, frustratingly, painfully bad”. Anna Kushnir 22 mars 2008 http://minilien.com/?xKLNJq18Wh

2. Prétest Recherche des revues de synthèse publiées depuis 2003 sur l’antibiothérapie des infections respiratoires à Pseudomonas au cours de la mucoviscidose Philippe Eveillard ISCMM 15 mai 2008

3. Prétest - corrigé Philippe Eveillard ISCMM 15 mai 2008 Anti-Bacterial Agents/TU AND Respiratory tract Infections/DT AND Pseudomonas Infections [mh] AND review [pt] AND 2003:2008 [dp] Champ date Champ type de publication Affiliation descripteur/qualificatif

5. Descripteur Philippe Eveillard ISCMM 15 mai 2008 Descripteur = terme d’un thesaurus Thesaurus = ensemble de termes ayant entre eux des relations hiérarchiques Les relations hiérarchiques du descripteur Asthma : - au niveau hiérarchique supérieur : Bronchial Diseases et Respiratory tract Diseases - au niveau hiérarchique inférieur Asthma, Exercise-Induced et Status Asthmaticus

6. Thesaurus Philippe Eveillard ISCMM 15 mai 2008 *MeSH = Me dical S ubject H eadings Thesaurus MeSH 2008 = 24 767 descripteurs répartis en 16 catégories dont les catégories :  Diseases  Chemical And Drugs  Analytical Diagnostic and Therapeutic Techniques  Psychiatry and Psychology Thesaurus MeSH* = thesaurus de MEDLINE

7. Affiliation descripteur/qualificatif Philippe Eveillard ISCMM 15 mai 2008 Affiliation descripteur/qualificatif = élément moteur de l’équation de recherche = « mariage » d’un qualificatif* avec un descripteur  si (et seulement si) affinités** **Affinités Chaque catégorie de descripteur a ses propres qualificatifs. Maladies : diagnostic, traitement, complications, épidémiologie… Médicaments : effets indésirables, pharmacologie, toxicité… Investigations diagnostiques : normes, méthodes, statistiques… … *Qualificatif = terme précisant le sens d’un descripteur Exemple : diagnostic de l’asthme = asthma/diagnosis : indications des antalgiques = analgesics/therapeutic use

8. Descripteur – « en pratique » Philippe Eveillard ISCMM 15 mai 2008 Comment traduire un mot clé du langage courant (en français) en descripteur MeSH (anglais) ? En faisant appel au module Terminologie de CISMeF

9. Descripteur – Terminologie Philippe Eveillard ISCMM 15 mai 2008 4. Résultat : Asthme = Asthma 1. Entrée du mot clé asthme 2. Clic sur OK 3. Sélectionner le « bon » descripteur parmi la liste proposée Note +++ Il est conseillé :  de ne pas cocher la case « sans troncature »  d’entrer les mots clés « décomposés » Exemple : arrêt (pour « arrêt cardiaque ») ou rhumatoïde (pour polyarthrite rhumatoïde)

11. Descripteur – Exercices – Corrigé Philippe Eveillard ISCMM 15 mai 2008 Embolie pulmonaire  embolie  embolie pulmonaire  pulmonary embolism Cancer du pancreas  pancreas  cancers du pancreas  pancreatic neoplasms Maladie de Kahler  Kahler  myélome multiple  multiple myeloma Vitesse de sédimentation  sédimentation  vitesse sédimentation globulaire  blood sedimentation Bêta-bloquant  bloquant  antagonistes bêta adrénergiques  adrenergic beta-antagonists Anti TNF alpha  TNF alpha  facteur de nécrose tumorale alpha  tumor necrosis factor alpha (+ qualificatif antagonists and inhibitors ) Histoire naturelle (d’une maladie)  naturelle  histoire naturelle  natural history (mais ce n’est pas le bon descripteur – v. définition)

12. Affiliation– « en pratique » Philippe Eveillard ISCMM 15 mai 2008 Comment affilier un qualificatif (anglais) à un descripteur (VO)? En faisant appel au module Terminologie de CISMeF

13. Affiliation– Terminologie Philippe Eveillard ISCMM 15 mai 2008 Procédure identique à celle décrite pour le descripteur asthma Les qualificatifs pouvant être affiliés au descripteur asthma figurent dans ces 2 lignes. Il suffit de passer le pointeur de la souris sur chaque abréviation pour afficher sa signification

15. Affiliation– Exercices - Corrigé Philippe Eveillard ISCMM 15 mai 2008 Chirurgie de l’ostéochondrite de hanche ostéochondrite  maladie de Legg Calvé Perthes  Legg-Perthes Disease  Legg Perthes Disease/SU Epidémiologie de la maladie de Crohn Crohn  maladie de Crohn  Crohn Disease  Crohn Disease/EP Effets indésirables des corticoïdes Corticoïdes  Glucocorticoïdes (ou hormones corticosurrénaliennes)  Glucocorticoids (ou Adrenal Cortex Hormones)  Glucocorticoids/AE (ou Adrenal Cortex Hormones/AE ) Prévention des infections dues aux prothèses Prothèses  infections dues aux prothèses  Prosthesis-Related Infections  Prosthesis-Related Infections/PC Radiographie dans la sarcoïdose pulmonaire Sarcoïdose  Sarcoïdose pulmonaire  Sarcoidosis, Pulmonary  Sarcoidosis, Pulmonary/RA

17. Champs - exemple Philippe Eveillard ISCMM 15 mai 2008 asthma/DT AND review [pt] AND french [la] AND 2003:2008 [dp] AND Arch Pediatr [ta] AND Children [ti] Note : Les affiliations descripteur/qualificatif sont les seuls éléments de l’équation qui peuvent se passer de champ, sauf si vous souhaitez les pondérer (champ [majr]) ou éviter leur explosion (champ [mh:noexp]).

19. Champs – exercices - corrigé Philippe Eveillard ISCMM 15 mai 2008 Pancreatic Neoplasms [mh] AND Guideline [pt] AND 2005:2008 [dp] AND Ann Oncol [ta] Spondylitis, Ankylosing/TH AND french [la] AND review [pt] AND Wendling [au] Heart Arrest Meta-analysis

20. Opérateurs booléens Philippe Eveillard ISCMM 15 mai 2008 Trois opérateurs booléens : - AND, OR, NOT - saisis en lettres capitales Une règle : Les mots clés encadrant OR Sont mis entre parenthèses AND « croise » OR « unit » NOT « exclut »

21. Opérateurs booléens - exemple Philippe Eveillard ISCMM 15 mai 2008 Growth Disorders/CI AND ( Glucocorticoids/AE OR Adrenal Cortex Hormones/AE ) AND Child [mh] NOT Adolescent [mh]

22. Opérateurs booléens - exercice Philippe Eveillard ISCMM 15 mai 2008 Formuler l’ équation de recherche des articles (à l’exception des lettres et des éditoriaux ) publiés en français sur la chirurgie de la coxarthrose . Les éléments nécessaires à la formulation : osteoarthritis, hip/SU french [la] letter [pt] editorial [pt] journal article [pt]

23. Opérateurs booléens – exercice - corrigé Philippe Eveillard ISCMM 15 mai 2008 osteoarthritis, hip/SU AND french [la] AND journal article [pt] NOT ( letter [pt] OR editorial [pt] )

25. Explosion Philippe Eveillard ISCMM 15 mai 2008 Par défaut , toute requête effectuée sur le descripteur Osteoarthritis est étendue aux descripteurs Osteoarthritis, Hip, Osteoarthritis, Knee et Spinal Osteophytosis. C’est le phénomène de l’explosion . Pour éviter le phénomène de l’explosion, il faut le préciser dans l’équation en utilisant le champ [mh:noexp] ou [majr:noexp] Exemple : Osteoarthritis/CL [mh:noexp] AND review [pt]

27. Filtres « evidence-based » - exercices Philippe Eveillard ISCMM 15 mai 2008 Formuler une équation de recherche sur la valeur diagnostique du débit expiratoire de pointe dans l’asthme (en sollicitant une réponse « précise »). Formuler une équation de recherche sur l’intérêt thérapeutique des corticoïdes dans la bronchiolite du nourrisson (en sollicitant une réponse sensible)

28. Filtres « evidence-based » - exercices - corrigé Philippe Eveillard ISCMM 15 mai 2008

30. Filtres « données validées » -exercices Philippe Eveillard ISCMM 15 mai 2008 Formuler une équation de recherche des données « validées » récentes (moins de 3 ans) sur le traitement médicamenteux de la maladie de Crohn (en utilisant les filtres « données validées » ). Formuler la même recherche dans la Cochrane Database.

31. Filtres « données validées » -exercices - corrigé Philippe Eveillard ISCMM 15 mai 2008 Crohn Disease/DT AND systematic [filter] AND free full text [filter] AND core clinical journals [filter] AND 2005:2008 [dp] Crohn Disease/DT AND Cochrane Database Syst rev [ta] AND 2005:2008 [dp]

32. My NCBI - Collections Philippe Eveillard ISCMM 15 mai 2008 Dans le « coffre-fort » de PubMed (My NCBI), vous pouvez ranger les notices que vous souhaitez conserver 1. Entrer l’équation de recherche 3. Sélectionner « collections » dans le menu déroulant send to 2. Cocher la case de la notice à ranger dans My NCBI 4. Donner un nom à la notice avant de la sauvegarder

33. My NCBI - Searches Philippe Eveillard ISCMM 15 mai 2008 Dans le « coffre-fort » de PubMed (My NCBI), vous pouvez conserver une équation de recherche et surveiller ses résultats 1. Entrer l’équation 2. Cliquer sur « Save Search » 3. Donner un nom à votre équation 4. Cliquer sur OK

34. My NCBI – Flux RSS Philippe Eveillard ISCMM 15 mai 2008 My NCBI vous permet d’accrocher un flux RSS à une ou plusieurs équations de recherche 1. Entrer l’équation 2. Dans le menu déroulant send to sélectionner RSS Feed 3. Cliquer sur Create Feed 4. Cliquer sur le logo XML et suivre les instructions

37. My NCBI – « Flux RSS » - Exercices Philippe Eveillard ISCMM 15 mai 2008 Accrocher un flux RSS à chacune des équations suivantes : Diabetes Mellitus, Type 2/DH AND Weight Loss [mh] AND Caloric Restriction [mh] Internet/trends AND Education,Medical [mh] AND Education, Distance [mh]

40. Sensibilité – exercices Philippe Eveillard ISCMM 15 mai 2008 Améliorer la sensibilité des 2 équations suivantes : Hypertension/CL AND Blood Pressure determination [mh] AND 2003:2008 [dp] Diabetes Mellitus, Type 1/DT AND Insulin [mh] AND review [pt] AND 2003:2008 [dp]

41. Sensibilité – exercices - corrigé Philippe Eveillard ISCMM 15 mai 2008 Hypertension/CL AND Blood Pressure Determination [mh] AND 2003:2008 [dp] Hypertension [mh] AND Blood Pressure Determination [mh] AND 2003:2008 [dp] Hypertension [tw] AND Blood Pressure Determination [mh] AND 2003:2008 [dp] Hypertension [tw] AND Blood Pressure Determination [mh] AND 1998 :2008 [dp] Diabetes Mellitus, Type 1/DT AND Insulin [mh] AND review [pt] AND 2003:2008 [dp] Diabetes Mellitus, Type 1 [mh] AND Insulin [mh] AND review [pt] AND 2003:2008 [dp] Diabetes Mellitus, Type 1 [mh] AND Insulin [tw] AND review [pt] AND 2003:2008 [dp] Diabetes Mellitus, Type 1[mh] AND Insulin [tw] AND review [pt] AND 1998 :2008 [dp]

44. Précision – exercices Philippe Eveillard ISCMM 15 mai 2008 Améliorer la précision des 2 équations suivantes : Hypertension/CL AND Blood Pressure determination [mh] AND 2003:2008 [dp] Diabetes Mellitus, Type 1/DT AND Insulin [mh] AND review [pt] AND 2003:2008 [dp]

45. Précision – exercices - corrigés Philippe Eveillard ISCMM 15 mai 2008 Hypertension/CL AND Blood Pressure Determination [mh] AND 2003:2008 [dp] Hypertension/CL AND Blood Pressure Determination/ MT AND 2003:2008 [dp] Hypertension/CL [majr] AND Blood Pressure Determination/MT AND 2003:2008 [dp] Hypertension [tw] AND Blood Pressure Determination [mh] AND 2007 :2008 [dp] Diabetes Mellitus, Type 1/DT AND Insulin [mh] AND review [pt] AND 2003:2008 [dp] Diabetes Mellitus, Type 1/DT AND Insulin/ TU AND review [pt] AND 2003:2008 [dp] Diabetes Mellitus, Type 1/DT [majr] AND Insulin/TU AND review [pt] AND 2003:2008 [dp] Diabetes Mellitus, Type 1[mh] AND Insulin [tw] AND review [pt] AND 2007 :2008 [dp]