1. 60th Annual Meeting of the Japanese Society of Plant Physiologists
深層学習による植物注釈タスクとPublic Cloud活用法
神沼英里
東京医科歯科大学 医療データ科学推進室 特任講師
兼) 国立遺伝学研究所 生命情報・DDBJセンター 外来研究員
兼) 産業技術総合研究所 人工知能研究センター 機械学習研究チーム 協力研究員
Date : March 14, 2019
Time: 9:00 - 12:00
Venue : Higashiyama Campus, Nagoya University
*申告すべきCOIはございません
*本講演は個人的見解です
2. (Kaminuma et al., NAR 2010)
1. NGS Sequence
Annotation Pipeline on
NIG Supercomputer
2. Plant DNA
Polymorphism
Annotation Database
4. Citrus SNP Genotyping
Array Design
5. CrowdScience Catalog
3. SNP-Trait Heritability
Curation Database
(Mochizuki et al., 2017)
(Shimizu et al., Acta H.2016)(Kaminuma et al., NAR 2013)
http://p.ddbj.nig.ac.jp/
http://tga.nig.ac.jp/dnapod/
http://tga.nig.ac.jp/h2db/
(Kaminuma et al., JSAI 2016 report)
6. BioSample Tag Annotation
Research Topics (2010~2019) :
“Automatic Annotation” in Bioinformatics
Accacactggtactgagacacggacc
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sequence
tagging
BioSample
annotations
INSDC FlatFile
Format
①DNA-based
smart tagging tools
DNA sequence
Tentatively
Offline for
PI Law Update
②Image-based smart
tagging tools
Image
image
tagging
→Merged into Kazusa DNA Institute’s
Plant Integrated DB
Collaborated with Kashima Lab. (Kyoto Univ. )
Collaborated with NARO Institute
of Fruit Tree Science
(Kaminuma et al., 12th Soc
Meeting of Genome Biol, 2018)
29. Public Cloudとは① Cloud Computing
*クラウドとは
Cloudとは、ユーザがインターネット経由でデータセンターに設置された計算機を
利用する形態。Cloud Computingの省略形で、Cloud(クラウド)と呼ばれる理由は、
インターネット上のネットワークを雲(Cloud)に見立ている為。
引用:Wikipediaのクラウドコンピューティング画像
SaaS (Software as a Service)
PaaS (Platform as a Service)
IaaS (Hardware / Infrastracture
as a Service)
Cloudサービスの分類
https://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thu
mb/b/b5/Cloud_computing.svg/600px-
Cloud_computing.svg.png