Présentation des fonctions de base de PubMed

1. Apprentissage en français
Université Pierre-
et-Marie-Curie
Formation_Bu_Medecine
(at)scd.upmc.fr
www.upmc.fr

2. JUBIL, portail des bibliothèques de l’UPMC
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3. Trouver des revues en ligne : liste AZ
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4. Accès distant pour accéder de l’extérieur

5. Bases de données
bibliographiques
• Si on cherche des articles sans savoir dans
quelle revue on va les trouver :
• ATTENTION : Les catalogues des bibliothèques
ne répertorient que des titres de revues, pas des
titres d’articles
• Il faut passer par des bases de données
bibliographiques : PubMed, Web of Science…
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6. PubMed / MedLine :
présentation
- MEDLINE (Medical Literature Analysis and
Retrieval System Online)
- Base de données bibliographiques
(= références d’articles ≠ texte des articles) en
sciences biologiques et biomédicales
- Base gérée et mise à jour par la bibliothèque
nationale de médecine des États-Unis (NLM)
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7. PubMed / MedLine : contenu
- MedLine = le contenu (base de données)
≠ PubMed = le contenant (accès à MedLine +
autres bases)
- 21 millions de références d’articles, tirés de
5 000 revues, depuis les années 1950
- Une centaine de titres français
- Liste des revues :
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/citmatch_help.html#JournalLists
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8. PubMed via JUBIL
PubMed est accessible gratuitement sur
Internet mais si on passe par JUBIL pour
s’y connecter :
On garde l’interface classique
+ lien vers texte intégral si nos
bibliothèques sont abonnées
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9. PubMed via JUBIL
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10. PubMed via JUBIL
Accès distant possible, quand on se connecte
depuis chez soi ou dans son service !
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11. PubMed via JUBIL

12. Interroger PubMed
• Pour avoir des résultats pertinents, rechercher en anglais
• Les articles sont indexés avec un système de mots-clefs
hiérarchisés : le MeSH
• MeSH pour Medical Subject Headings
• Intérêt du MeSH : gère les synonymes (Trisomy 21 = Down
Syndrome = Mongolism)
+ permet de chercher sur le sujet seulement des articles :
exemple de la revue Cell ou du docteur Cell
+ permet de réaliser des recherches fines, en allant du général
au particulier
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13. Qu’est-ce que le MeSH ?
- Plus de 25 000 termes, hiérarchisés entre eux,
répartis en 16 grandes catégories
- Mise à jour annuelle
- Traduction française
par l’INSERM
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14. Le MeSH est accessible via PubMed
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15. Des tutoriels sur le MeSH
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16. Exemple d’un terme dans
l’arborescence du MeSH (on part du
général pour arriver au plus précis)
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17. Un même terme peut appartenir à
plusieurs arborescences

18. Une recherche dans l’idéal :
Étape 1 : trouver le mot-clef de départ en français
• On détermine un mot-clef intéressant en
français
• On cherche l’équivalent de ce mot-clef dans le
MeSH français
• Le site du CISMeF propose la traduction
française du vocabulaire MeSH
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19. Équivalent du mot-clef dans le MeSH
français : http://pts.chu-rouen.fr
19

20. Exemple : moelle épinière
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21. Place du terme dans l’arborescence
MeSH
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22. Étape 2 : choix des qualificatifs
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23. Les qualificatifs du MeSH
Le MeSH comprend 83 qualificatifs
Chaque mot-clef du MeSH ne peut être associé
qu’avec certains qualificatifs
AB Abnormalities EM Embryology PP Physiopathology
AD Administration and Dosage EN Enzymology PO Poisoning
AE Adverse Effects EP Epidemiology PC Prevention and Control
AG Agonists ES Ethics PX Psychology
AA Analogs and Derivatives EH Ethnology RE Radiation Effects
AN Analysis ET Etiology RA Radiography
AH Anatomy and Histology GE Genetics RI Radionuclide Imaging
AI Antagonists and Inhibitors GD Growth and Development RT Radiotherapy
BI Biosynthesis HI History RH Rehabilitation
BS Blood Supply IM Immunology SC Secondary
BL Blood IN Injuries SE Secretion
CF Cerebrospinal Fluid IR Innervation ST Standards
CS Chemical Synthesis IS Instrumentation SN Statistics and Numerical Data
CI Chemically Induced IP Isolation and Purification SD Supply and Distribution
CH Chemistry LJ Legislation and Jurisprudence SU Surgery
CL Classification MA Manpower TU Therapeutic Use
CO Complications ME Metabolism TH Therapy
CN Congenital MT Methods TO Toxicity
CT Contraindications MI Microbiology TM Transmission
CY Cytology MO Mortality TR Transplantation
DF Deficiency NU Nursing TD Trends
DI Diagnosis OG Organization and Administration US Ultrasonography
DU Diagnostic Use PS Parasitology UL Ultrastructure
DH Diet Therapy PY Pathogenicity UR Urine
DE Drug Effects PA Pathology UT Utilization
DT Drug Therapy PK Pharmacokinetics VE Veterinary
EC Economics PD Pharmacology VI Virology
ED Education PH Physiology
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24. Pourquoi utiliser le MeSH ?
• Recherche dans PubMed
– Avec « moelle épinière » : 85 articles seulement
– Avec « moelle spinale » : 1 article seulement
– Avec « spinal cord » (directement) :
plus de 145 000 articles
– Avec « spinal cord [MeSH] » : 73 000 articles
– Avec un qualificatif « "Spinal Cord/surgery"[Mesh] » :
2 600 articles
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25. Combiner les termes recherchés
• Opérateurs booléens (en majuscules)
AND / OR / NOT
• (AND) par défaut (en majuscule !)
• Troncature (transpl*) + guillemets
(« kidney allograft »)
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26. Liste de résultats dans PubMed
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27. Les limites…
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28. Limiter le nombre de résultats (par langue, type de
document, population…)
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29. Consulter les articles trouvés
• Sur papier dans les bibliothèques (JUBIL)
• En ligne, sur les postes des bibliothèques
• Et maintenant de chez vous, via l’accès
distant
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30. Lien direct vers le PDF ?
• Quand on est sur un ordinateur de l’université
• OU connecté en accès distant via JUBIL
• ET SI l’université est abonnée aux revues en
ligne où est paru l’article recherché
• Alors icône pour accès direct au PDF
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31. Exemple d’article accessible
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32. FIN
Merci de votre attention