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TRABALHO DE BIOLOGIA 4º BIMESTRE

  ENGENHARIA GENÉTICA
TEMA: REAÇÃO EM CADEIA DA
    POLIMERASE (PCR)

Flora Bello Milanez, 10054
Guilia Russon, 10056
Larissa Brabo, 100--
Leticia Gonçalves de Mattei,10064
Maiara Emer, 10066
Marina Morais Tófili, 10069
Sabrina Ultremare, 10077
HISTÓRICO
• 1983 - O processo de Reação em Cadeia de Polimerase (PCR,
  do inglês Polymerase Chain Reaction) foi descrito por Kary
  Mullis;

• 1989 - A Hoffman La Roche & Perkin-Elmer Corporation
  patenteou este processo;

• 1993 - K. Mullis recebeu o Prémio Nobel da Química pelo seu
  trabalho.
O QUE É A REAÇÃO EM CADEIA DE
         POLIMERASE?
        A técnica de biologia
           molecular por PCR
           promove, in vitro, a
   duplicação de cadeias de
            DNA, envolvendo
   nucleotídeos, sequências
      iniciadoras (primers) e
        enzimas polimerases
    (enzima que catalisam a
 reação de polimerização de
    ácidos nucléicos a partir
     dos seus monômeros).
OBJETIVO DA PCR
É a obtenção de muitas cópias de uma
 sequência específica de ácido nucléico, a
 partir de uma fita molde, ou seja, consiste na
 produção de DNA, in vitro.
COMO É FEITO?
A reação de polimerização em cadeia é realizada
  pelos seguintes passos:
 Em primeiro lugar, deve-se extrair o material
  genético (DNA) da célula ou outro material a ser
  estudado como, por exemplo, vestígios de crimes.
COMO É FEITO?
 Após esta extração, o DNA é colocado em
  microtubo de ensaio juntamente com a
  enzima taq polimerase, nucleotídeos, os
  primers complementares a sequência de
  DNA, Mg ²+ e solução tampão.
COMO É FEITO?
 Coloca-se o micro tubo de ensaio em uma
  máquina termocicladora que possui como
  função fazer ciclos de temperaturas pré-
  estabelecidos com tempos exatos específicos
  para as reações seguintes da análise.
COMO É FEITO?
No termociclador ocorrerá um ciclo com 3 etapas:
 desnaturação, anelamento e extensão. Isso
 acontecerá repetidas vezes com alternância de
 temperaturas a cada ciclo como descreve o gráfico
 abaixo:
ETAPAS DO
     CICLO
1. Desnaturação
2. Anelamento
3. Extensão
Desnaturação:
Inicialmente o termociclador irá elevar a temperatura da
   mistura de 90 a 95 ºC o que irá promover a separação
   da fita dupla de DNA em duas fitas simples através da
   quebra das pontes de hidrogênio.




Muitas vezes a temperatura de desnaturação é
determinada empiricamente e depende de alguns
fatores como a quantidade de guanina e citosina (GC)
do fragmento DNA alvo ou de interesse.
Anelamento:
Cada fita simples do DNA que foi desnaturado
 serve de molde para a síntese de novas
 cadeias complementares. Para isso resfria-se a
 54ºC onde os primers se anelam as duas fitas
 simples, servindo de iniciadores para a enzima
 polimerase.
SEQUENCIAMENTO DE DNA PELO
     MÉTODO DE SANGER:
Antes   de   entendermos      o   processo     de
 sequenciamento     de    DNA,    é    importante
 relembrarmos a estrutura dessa molécula:
Extensão:
Aquece-se novamente o tubo a 72ºC (temperatura
 ideal de funcionamento da Taq polimerase) para a
 duplicação da fita. A Taq polimerase inicia, após o
 final do primer, a colocar os nucleotídeos livres na
 fita de DNA ligando-os por complementaridade,
 formando assim uma nova fita dupla.
Estas 3 etapas acontecem repetidas vezes até a
 formação de milhares de novas fitas de DNA. Ou
 seja, após cada ciclo descrito a cima, o número de
 fragmentos se duplica: de 1 forma-se 2, e então
 novamente 4, 8, 16, 32, 64, 128... de tal forma que
 pode ser definida matematicamente por:

                    N= No x 2n



N = número de moléculas amplificadas
No = número de moléculas iniciais
n = número de ciclos de amplificação
ANIMAÇÕES : ETAPAS DO CICLO
COMO É FEITO?
 A leitura dos resultados através do método de eletroforese
  em gel de agarose:
COMO É FEITO?
 Após a eletroforese em
    gel, os fragmentos de
   DNA normalmente são
    corados com brometo
    de etídeo, que possui
     afinidade pelo DNA e
         fluorece (torna-se
  visível) em contato com
           a luz ultravioleta
 (procedimento realizado
      em câmera escura).
VANTAGENS DA TÉCNICA:
Não é necessário isolar o DNA que se
 pretende amplificar;
Capacidade de amplificar uma sequência
 precisa de DNA;
 Rápida;
De baixo custo;
 Segura.
LIMITAÇÕES:
 Necessidade de conhecer a sequência de DNA a
  amplificar para que possam ser
  sintetizados primers específicos;
 Facilidade de contaminação da amostra;
 Extensão limitada da sequência a se amplificar;
 Limitada extensão da sequência;
 Incorporação errônea de bases durante a
  replicação;
 Substâncias que conhecidamente inibem a reação,
  como é o caso da hemoglobina.
CURIOSIDADE:
O grande problema inicial foi a desnaturação
 seguida da enzima polimerase, que, obtida
 de Escherichia coli, não suportava a temperatura
 para abertura das fitas de ácidos nucléicos. Assim,
 a cada ciclo, uma nova quantidade de enzima
 deveria ser adicionada.
Em 1988, contudo, Randall Saiki e colaboradores
 substituíram a polimerase de E. coli pela já
 conhecida Taq polimerase, polimerase da
 bactéria Thermus aquaticus, que vive em águas
 quentes de gêiseres e vulcões submersos, e
 possui um ponto de crescimento ótimo entre 70 e
 75ºC.
PRINCIPAS USOS DA PCR
REFERÊNCIAS BIBLIOGRÁFICAS:
•   Anthony J.F. Griffiths, Jeffrey H. Miller, David T. Suzuki, Richard C. Lewontin, William M. Gelbart, “An
    introduction to genetic analysis”, 7th edition Freeman, 1999;

•   Attila G, Yalin S, Tuli A, Yalin E, Aksoy K. (1999); “Prenatal diagnosis of sickle cell anemia in twin
    pregnancies and identification by VNTRs”.; Cukurova University Medical Faculty, Department of
    Biochemistry; Disponível em:<www.pubmed.com > Acesso em: 30 set.2012;

•   BIOMEDICINA PADRÃO - Disponível em:
    <http://www.biomedicinapadrao.com/2011/10/reacao-em-cadeia-da-polimerase-pcr.html> Acesso em: 30
    set.2012;

•   GOOGLE IMAGENS - Disponível em:
    < http://www.google.com/imgres?q=termociclador+pcr&um=1&hl=pt-
    BR&sa=X&biw=930&bih=615&tbm=isch&tbnid=FSga7vMb89YOCM:&imgrefurl=http://www.biomol.com.br/Se
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    nw=107&start=0&ndsp=14&ved=1t:429,r:4,s:0,i:80> Acesso em: 30 set.2012;

•   GOOGLE IMAGENS - Disponível em:
    < http://www.google.com/imgres?q=pcr&um=1&hl=pt-
    BR&biw=930&bih=615&tbm=isch&tbnid=b2edwXxocRD-
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REFERÊNCIAS BIBLIOGRÁFICAS:
•   GOOGLE IMAGENS - Disponível em:
    < http://www.google.com/imgres?q=PCR+gif&um=1&hl=pt-
    BR&sa=X&biw=930&bih=615&tbm=isch&tbnid=741Tq-
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    DQDg&zoom=1&iact=hc&vpx=119&vpy=300&dur=175&hovh=179&hovw=283&tx=207&ty=73&sig=10841891
    0831431724553&page=1&tbnh=133&tbnw=240&start=0&ndsp=15&ved=1t:429,r:5,s:0,i:84> Acesso em: 30
    set.2012;

•   H. Serap Kalkanoglu et al, “Evaluation of a fetus at risk for dihydropteridine reductase deficiency by direct
    mutation analysis using denaturing gradient gel electrophoresis”, Prenatal Diagnosis, 2001;

•   EBAH - Disponível em:
    <http://www.ebah.com.br/content/ABAAAAJoQAB/pcr> Acesso em: 30 set.2012;

•   PCR- Disponível em:
    <http://pt.scribd.com/doc/15362706/Reacao-em-cadeia-da-polimerase-PCR> Acesso em: 30 set.2012;

•   PORTAL EDUCAÇÃO – Disponível em: <http://www.portaleducacao.com.br/farmacia/artigos/8577/tecnica-
    de-biologia-molecular-pcr-reacao-em-cadeia-da-polimerase#ixzz27yZCuuJ9> Acesso em: 30 set.2012;

•   SÓ BIOLOGIA - Disponível em:
    <http://www.sobiologia.com.br/conteudos/Biotecnologia/PCR.php> Acesso em: 30 set.2012;

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3S_PCR_ 3-TA_2012

  • 1. TRABALHO DE BIOLOGIA 4º BIMESTRE ENGENHARIA GENÉTICA TEMA: REAÇÃO EM CADEIA DA POLIMERASE (PCR) Flora Bello Milanez, 10054 Guilia Russon, 10056 Larissa Brabo, 100-- Leticia Gonçalves de Mattei,10064 Maiara Emer, 10066 Marina Morais Tófili, 10069 Sabrina Ultremare, 10077
  • 2. HISTÓRICO • 1983 - O processo de Reação em Cadeia de Polimerase (PCR, do inglês Polymerase Chain Reaction) foi descrito por Kary Mullis; • 1989 - A Hoffman La Roche & Perkin-Elmer Corporation patenteou este processo; • 1993 - K. Mullis recebeu o Prémio Nobel da Química pelo seu trabalho.
  • 3. O QUE É A REAÇÃO EM CADEIA DE POLIMERASE? A técnica de biologia molecular por PCR promove, in vitro, a duplicação de cadeias de DNA, envolvendo nucleotídeos, sequências iniciadoras (primers) e enzimas polimerases (enzima que catalisam a reação de polimerização de ácidos nucléicos a partir dos seus monômeros).
  • 4. OBJETIVO DA PCR É a obtenção de muitas cópias de uma sequência específica de ácido nucléico, a partir de uma fita molde, ou seja, consiste na produção de DNA, in vitro.
  • 5. COMO É FEITO? A reação de polimerização em cadeia é realizada pelos seguintes passos:  Em primeiro lugar, deve-se extrair o material genético (DNA) da célula ou outro material a ser estudado como, por exemplo, vestígios de crimes.
  • 6. COMO É FEITO?  Após esta extração, o DNA é colocado em microtubo de ensaio juntamente com a enzima taq polimerase, nucleotídeos, os primers complementares a sequência de DNA, Mg ²+ e solução tampão.
  • 7. COMO É FEITO?  Coloca-se o micro tubo de ensaio em uma máquina termocicladora que possui como função fazer ciclos de temperaturas pré- estabelecidos com tempos exatos específicos para as reações seguintes da análise.
  • 8. COMO É FEITO? No termociclador ocorrerá um ciclo com 3 etapas: desnaturação, anelamento e extensão. Isso acontecerá repetidas vezes com alternância de temperaturas a cada ciclo como descreve o gráfico abaixo:
  • 9. ETAPAS DO CICLO 1. Desnaturação 2. Anelamento 3. Extensão
  • 10. Desnaturação: Inicialmente o termociclador irá elevar a temperatura da mistura de 90 a 95 ºC o que irá promover a separação da fita dupla de DNA em duas fitas simples através da quebra das pontes de hidrogênio. Muitas vezes a temperatura de desnaturação é determinada empiricamente e depende de alguns fatores como a quantidade de guanina e citosina (GC) do fragmento DNA alvo ou de interesse.
  • 11. Anelamento: Cada fita simples do DNA que foi desnaturado serve de molde para a síntese de novas cadeias complementares. Para isso resfria-se a 54ºC onde os primers se anelam as duas fitas simples, servindo de iniciadores para a enzima polimerase.
  • 12. SEQUENCIAMENTO DE DNA PELO MÉTODO DE SANGER: Antes de entendermos o processo de sequenciamento de DNA, é importante relembrarmos a estrutura dessa molécula:
  • 13. Extensão: Aquece-se novamente o tubo a 72ºC (temperatura ideal de funcionamento da Taq polimerase) para a duplicação da fita. A Taq polimerase inicia, após o final do primer, a colocar os nucleotídeos livres na fita de DNA ligando-os por complementaridade, formando assim uma nova fita dupla.
  • 14. Estas 3 etapas acontecem repetidas vezes até a formação de milhares de novas fitas de DNA. Ou seja, após cada ciclo descrito a cima, o número de fragmentos se duplica: de 1 forma-se 2, e então novamente 4, 8, 16, 32, 64, 128... de tal forma que pode ser definida matematicamente por: N= No x 2n N = número de moléculas amplificadas No = número de moléculas iniciais n = número de ciclos de amplificação
  • 15.
  • 17.
  • 18. COMO É FEITO?  A leitura dos resultados através do método de eletroforese em gel de agarose:
  • 19. COMO É FEITO?  Após a eletroforese em gel, os fragmentos de DNA normalmente são corados com brometo de etídeo, que possui afinidade pelo DNA e fluorece (torna-se visível) em contato com a luz ultravioleta (procedimento realizado em câmera escura).
  • 20. VANTAGENS DA TÉCNICA: Não é necessário isolar o DNA que se pretende amplificar; Capacidade de amplificar uma sequência precisa de DNA;  Rápida; De baixo custo;  Segura.
  • 21. LIMITAÇÕES:  Necessidade de conhecer a sequência de DNA a amplificar para que possam ser sintetizados primers específicos;  Facilidade de contaminação da amostra;  Extensão limitada da sequência a se amplificar;  Limitada extensão da sequência;  Incorporação errônea de bases durante a replicação;  Substâncias que conhecidamente inibem a reação, como é o caso da hemoglobina.
  • 22. CURIOSIDADE: O grande problema inicial foi a desnaturação seguida da enzima polimerase, que, obtida de Escherichia coli, não suportava a temperatura para abertura das fitas de ácidos nucléicos. Assim, a cada ciclo, uma nova quantidade de enzima deveria ser adicionada. Em 1988, contudo, Randall Saiki e colaboradores substituíram a polimerase de E. coli pela já conhecida Taq polimerase, polimerase da bactéria Thermus aquaticus, que vive em águas quentes de gêiseres e vulcões submersos, e possui um ponto de crescimento ótimo entre 70 e 75ºC.
  • 24.
  • 25. REFERÊNCIAS BIBLIOGRÁFICAS: • Anthony J.F. Griffiths, Jeffrey H. Miller, David T. Suzuki, Richard C. Lewontin, William M. Gelbart, “An introduction to genetic analysis”, 7th edition Freeman, 1999; • Attila G, Yalin S, Tuli A, Yalin E, Aksoy K. (1999); “Prenatal diagnosis of sickle cell anemia in twin pregnancies and identification by VNTRs”.; Cukurova University Medical Faculty, Department of Biochemistry; Disponível em:<www.pubmed.com > Acesso em: 30 set.2012; • BIOMEDICINA PADRÃO - Disponível em: <http://www.biomedicinapadrao.com/2011/10/reacao-em-cadeia-da-polimerase-pcr.html> Acesso em: 30 set.2012; • GOOGLE IMAGENS - Disponível em: < http://www.google.com/imgres?q=termociclador+pcr&um=1&hl=pt- BR&sa=X&biw=930&bih=615&tbm=isch&tbnid=FSga7vMb89YOCM:&imgrefurl=http://www.biomol.com.br/Se coes.asp%3FSecao%3D146&docid=vyExzHkneYePTM&imgurl=http://www.biomol.com.br/Imagens/Fotos/ %25257Bxhct0nbyobctfji3hv2ud8k3hgbw9r %25257D_TX96.jpg&w=400&h=500&ei=nW1oUOeYMoba8wTYqoG4Ag&zoom=1&iact=hc&vpx=695&vpy=1 22&dur=4911&hovh=251&hovw=201&tx=154&ty=148&sig=108418910831431724553&page=1&tbnh=137&tb nw=107&start=0&ndsp=14&ved=1t:429,r:4,s:0,i:80> Acesso em: 30 set.2012; • GOOGLE IMAGENS - Disponível em: < http://www.google.com/imgres?q=pcr&um=1&hl=pt- BR&biw=930&bih=615&tbm=isch&tbnid=b2edwXxocRD- 3M:&imgrefurl=http://www.extension.org/pages/32364/the-polymerase-chain-reaction- pcr&docid=p4hzAsckpfC3XM&imgurl=http://pbgworks.org/sites/pbgworks.org/files/user/25/eLib_PCR.png&w
  • 26. REFERÊNCIAS BIBLIOGRÁFICAS: • GOOGLE IMAGENS - Disponível em: < http://www.google.com/imgres?q=PCR+gif&um=1&hl=pt- BR&sa=X&biw=930&bih=615&tbm=isch&tbnid=741Tq- 9WyFaaJM:&imgrefurl=http://bldg6.arsusda.gov/cregan/pcr_anime.html&docid=2o7- 3FnYsLLMOM&imgurl=http://bldg6.arsusda.gov/cregan/pcr.gif&w=715&h=450&ei=AHpoUKnPLoXe9ATR_Y DQDg&zoom=1&iact=hc&vpx=119&vpy=300&dur=175&hovh=179&hovw=283&tx=207&ty=73&sig=10841891 0831431724553&page=1&tbnh=133&tbnw=240&start=0&ndsp=15&ved=1t:429,r:5,s:0,i:84> Acesso em: 30 set.2012; • H. Serap Kalkanoglu et al, “Evaluation of a fetus at risk for dihydropteridine reductase deficiency by direct mutation analysis using denaturing gradient gel electrophoresis”, Prenatal Diagnosis, 2001; • EBAH - Disponível em: <http://www.ebah.com.br/content/ABAAAAJoQAB/pcr> Acesso em: 30 set.2012; • PCR- Disponível em: <http://pt.scribd.com/doc/15362706/Reacao-em-cadeia-da-polimerase-PCR> Acesso em: 30 set.2012; • PORTAL EDUCAÇÃO – Disponível em: <http://www.portaleducacao.com.br/farmacia/artigos/8577/tecnica- de-biologia-molecular-pcr-reacao-em-cadeia-da-polimerase#ixzz27yZCuuJ9> Acesso em: 30 set.2012; • SÓ BIOLOGIA - Disponível em: <http://www.sobiologia.com.br/conteudos/Biotecnologia/PCR.php> Acesso em: 30 set.2012;