How to manage bibliographic references, and articles from electronic journals

1. Gestion des références bibliographiques Isabelle de Kaenel & Pablo Iriarte, BiUM/CDSP – CHUV Mars 2010

2. Plan de l’atelier Présentation des principales fonctions des logiciels de gestion bibliographique des outils connexes Applications et exercices avec EndNote les spécificités EndNote Reference Manager vs. EndNote Panorama des nouveaux logiciels de gestion de références caractéristiques des nouveaux logiciels diffusion et partage des références Conclusion Métadonnées vs. Texte intégral (ou Bibliothèques vs. Editeurs?) Les identificateurs

3. Introduction Imaginons, un chercheur se présente… avec une liste bibliographique en format Word avec une liste de références imprimée depuis PubMed avec une clé USB contenant plusieurs fichiers PDF …Et vous demande conseil pour constituer, gérer, modifier un corpus de références élaborer une bibliographie réutiliser ces références pour différents travaux organiser ses fichiers PDF partager ses références avec des collègues à distance rendre la base accessible sur le web

4. Travailler depuis un document Word Examiner le document Word Liste bibliographique simple = il faut récupérer les métadonnées Exemples : bibliographie d’un document SERVAL : BIB_10313CEAA18D Cette liste : Gilbert, M. T. P. et al. Paleo-eskimo mtDNAgenomerevealsmatrilinealdiscontinuity in Greenland. Science 320, 1787–1789 (2008) Pääbo, S. Ancient DNA: extraction, characterization, molecularcloning, and enzymatic amplification. Proc. Natl Acad. Sci. USA 86, 1939–1943 (1989) Brotherton, P. et al. Novelhigh-resolutioncharacterization of ancient DNA reveals C > U-type base modification events as the sole cause of post mortem miscodinglesions. NucleicAcidsRes. 35, 5717–5728 (2007) Fogg, M. J. et al. Structural basis for uracil recognition by archaealfamily b DNA polymerases. Nature Struct. Biol. 9, 922–927 (2002) Willerslev, E. & Cooper, A. Ancient DNA. Proc. Biol. Sci. 272, 3–16 (2005) Handt, O. et al. The retrieval of ancienthuman DNA sequences. Am. J. Hum. Genet. 59, 368–376 (1996) Skaletsky, H. et al. The male-specificregion of the human Y chromosome is a mosaic of discretesequence classes. Nature 423, 825–837 (2003) Outil de CrossRef (taux de réussite élevé, DOI, PMID et PMCID) : http://www.crossref.org/SimpleTextQuery/ Outil de HubMed (moins fiable) : http://www.hubmed.org/citation.cgi Liste bibliographique générée dynamiquement par un logiciel Reconstituer la « travelling library » ex. Evidence for acupuncture relevant to primary care

6. mais pas extraction automatique des métadonnées à partir du pdfModèles d’édition des publications et de diffusion sur le web conformes aux normes de publication : les styles publication et partage sur le web

7. Evolution des styles Bibliographies, citations, références… le besoin de se référer à une source externe est aussi vieux que l’écriture. Les bibliographies sont apparues en même temps que les premiers catalogues… sur des tablettes d’argile! Les citations sont apparues avec les premières revues : Journal des Scavantset Philosophical Transactions. Première citation (non autocitation) : 1666 dans : An Accompt of the Use of the Grain of Kermes for Coloration Philosophical Transactions, Vol. 1, 1666, p. 362-63

8. Evolution des styles Les normes : Normes ISO 690, ISO 690-2 (1997), ISO 690:2010 norme AFNOR NF Z 44-005 et AFNOR Z 44-005-2 de 1987 et 1998 Styles liés aux associations professionnelles MLA (Modern Language Association of America) APA (American Psychological Association) Pratiques mises en œuvre par les universités (Chicago Style) Usages mis en place par les éditeurs de livres et de revues Panorama fait par Véronique Pierre http://revues.refer.org/redaction_scientifique/fiche_bibliographie.pdf aussi sur Scrib : http://www.scribd.com/doc/25441304/Fiche-Bibliographie De plus en plus de styles demandent un identificateur Soit le DOI ex. http://my.unil.ch/serval/document/BIB_9A47A2222AF1.pdf Soit le PMID ex. Annals of internalmedicine

9. Evolution des styles EndNote / Reference Manager : 2900 styles mais toujours les mêmes éléments textuels avec identificateurs (ISBN, DOI, PMCID, URL) Des nouveaux formats « augmentés » arrivent Avec des liens actifs pour l’édition électronique : format HTML ou « PDF plus » Avec des informations cachées ou codées : type de citation, liens rétroactifs…

10. Reference Manager vs. EndNote A vos tests! Tableau comparatif : http://wiki.bium.ch/doku.php?id=aides:comparatif_rm_en

11. Panorama des nouveaux logiciels Open source / propriétaires Payants / gratuits En ligne / sur le disque dur Intégrés avec le navigateur / avec le traitement de texte Orientés gestion locale / orientés partage Limités à la gestion des références / ouverts à la gestion des fichiers associés Spécialisés sur l’importation directe / indirecte depuis les bases de données Supportant un nombre de formats limités / illimités pour l’import et la mise en page

12. Comparatifs : logiciels ECLORE : http://eclore.veille.inist.fr

13. Comparatifs : formats Microformats : http://microformats.org/wiki/citation-formats

14. Nouveaux acteurs : Zotero et Mendeley Zotero : http://www.zotero.org/

15. Nouveaux acteurs : Zotero et Mendeley Zotero : http://www.zotero.org/ Extension FireFox Importation des références Archivage des pages Synchronisation entre postes Attachement de fichiers Import/export RIS Plugin Word Grand choix de styles Open Source Evolue très bien

16. Nouveaux acteurs : Zotero et Mendeley Mendeley : http://www.mendeley.com/

17. Nouveaux acteurs : Zotero et Mendeley Mendeley : http://www.mendeley.com/ Logiciel indépendant Importation des références par bookmarklet Extraction des métadonnées du PDF et des références Attachement de fichiers Synchronisation entre postes y compris des fichiers attaché Import/export RIS Plugin Word Petit choix de styles Logiciel propiétaire Statistiques des tendances de rechercher

18. Nouveaux acteurs : Word, OpenOffice Spécification : http://www.schemacentral.com/sc/ooxml/s-shared-bibliography.xsd.html

19. Diffusion et partage des références Outils de diffusion sur le web : RefBase : http://www.refbase.net/ EndNote Web : http://www.endnoteweb.com Wikindx : http://retourexpcafel.metawiki.com/Wikindex Outils web de partage des références et de catalogage social Connotea : http://www.connotea.org/ CiteUlike : http://www.citeulike.org/ 2Collab : http://www.2collab.com/ Babelio : http://www.babelio.com/ Library Thing : http://www.librarything.fr/ Libfly : http://www.libfly.com/

20. Métadonnées vs. Texte intégral Formats pour tous les goûts et besoins : MARC, MARCXML, FRBR, RDA Dublin Core, ONIX, PRISM RIS, BibTex PubMedXML, Web of Science XML…

21. Texte intégral + Métadonnées! Cohabitation depuis longtemps dans les fichiers image, audio et vidéo (EXIF, ID3, etc.) Généralisation aux PDF et e-books : XMP, Epub

22. Les identificateurs Les classiques : ISBN : 10 / 13 (EAN) La famille des revues : ISSN : p-ISSN, e-ISSN, l-ISSNs, Gerés par une instance garante : DOI, URN Permaliens : PURL Databasecentric : ASIN, PMID, UT, REROID, SAPHIRID Auteurs : Researcher-ID, Open-ID Identificateurs vs. liens, les identificateurs comme ciment du web sémantique

23. Citations -> liens -> Web semantique Ontologies : http://bibliontology.com/